• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권7호
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• pp.855-861
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• 2022

A white-pigmented, non-motile, gram-negative, and rod-shaped bacterium, designated CYS-02^T, was isolated from soil sampled at Suwon, Gyeonggi-do, Republic of Korea. Cells were strictly aerobic, grew optimally at 20-28℃ and hydrolyzed Tween 40. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence indicated that strain CYS-02^T formed a lineage within the family Comamonadaceae and clustered as members of the genus Variovorax. The closest members were Variovorax guangxiensis DSM 27352^T (98.6% sequence similarity), Variovorax paradoxus NBRC 15149^T (98.5%), and Variovorax gossypii JM-310^T (98.3%). The principal respiratory quinone was Q-8 and the major polar lipids contain phosphatidylethanolamine (PE), phosphatidylethanolamine (PG), and diphosphatidylglycerol (DPG). The predominant cellular fatty acids were C_16:0, summed feature 3 (C_16:1ω7c and/or C_16:1ω6c) and summed feature 8 (C_18:1ω7c and/or C_18:1ω6c). The DNA GC content was 67.7 mol%. The ANI and dDDH values between strain CYS-02T and the closest members in the genus Variovorax were ≤ 79.0 and 22.4%, respectively, and the AAI and POCP values between CYS-02^T and the other related species in the family Comamonadaceae were > 70% and > 50%, respectively. The genome of strain CYS-02^T showed a putative terpene biosynthetic cluster responsible for antioxidant activity which was supported by DPPH radical scavenging activity test. Based on genomic, phenotypic and chemotaxonomic analyses, strain CYS-02^T was classified into a novel species in the genus Variovorax, for which the name Variovorax terrae sp. nov., has been proposed. The type strain is CYS-02^T (= KACC 22656^T = NBRC 00115645^T).

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제30권10호
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• pp.1500-1509
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• 2020

Drought is a major abiotic factor and has drastically reduced crop yield globally, thus damaging the agricultural industry. Drought stress decreases crop productivity by negatively affecting crop morphological, physiological, and biochemical factors. The use of drought tolerant bacteria improves agricultural productivity by counteracting the negative effects of drought stress on crops. In this study, we isolated bacteria from the rhizosphere of broccoli field located in Daehaw-myeon, Republic of Korea. Sixty bacterial isolates were screened for their growth-promoting capacity, in vitro abscisic acid (ABA), and sugar production activities. Among these, bacterial isolates YNA59 was selected based on their plant growth-promoting bacteria traits, ABA, and sugar production activities. Isolate YNA59 highly tolerated oxidative stress, including hydrogen peroxide (H₂O₂) and produces superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), and ascorbate peroxidase (APX) activities in the culture broth. YNA59 treatment on broccoli significantly enhanced plant growth attributes, chlorophyll content, and moisture content under drought stress conditions. Under drought stress, the endogenous levels of ABA, jasmonic acid (JA), and salicylic acid (SA) increased; however, inoculation of YNA59 markedly reduced ABA (877 ± 22 ng/g) and JA (169.36 ± 20.74 ng/g) content, while it enhanced SA levels (176.55 ± 9.58 ng/g). Antioxidant analysis showed that the bacterial isolate YNA59 inoculated into broccoli plants contained significantly higher levels of SOD, CAT, and APX, with a decrease in GPX levels. The bacterial isolate YNA59 was therefore identified as Variovorax sp. YNA59. Our current findings suggest that newly isolated drought tolerant rhizospheric Variovorax sp. YNA59 is a useful stress-evading rhizobacterium that improved drought-stress tolerance of broccoli and could be used as a bio-fertilizer under drought conditions.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.471-473
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• 2018

본 연구에서 생물 및 비생물학적 스트레스에 내성을 유도하는 식물 생육 촉진 세균인 Variovarx sp. PMC12 균주의 유전체 염기서열을 분석하였다. PMC12 균주의 유전체는 5,873,297 bp와 1,141,940 bp 크기의 원형 염색체 2개로 구성되었다. 총 6,436개 단백질 유전자, rRNA 9개, tRNA 64개, ncRNA 3개와 유사유전자 80개가 확인되었다. 유전체상에서 발견된 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) deaminase, 항산화 활성, 인산 가용화, 프롤린 생합성, 시드로포어 생합성과 관련된 유전자들은 PMC12 균주가 염, 온도, 병원균에 대한 스트레스에 대한 식물의 내성 유도와 관련되어 있을 것으로 판단된다.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2009년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.141-142
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• 2009

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권9호
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• pp.1217-1217
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• 2022

• 식물병연구
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• 제24권3호
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• pp.221-232
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• 2018

근권세균은 식물 생육과 건강 증진에 중요한 역할을 하며 생물학적 스트레스뿐만 아니라 저온, 고온, 건조 및 염과 같은 비생물적 스트레스에도 내성을 부여한다. 본 연구는 토마토에 생물적 및 비생물적 스트레스를 완화시키는 기능을 가진 식물생장촉진 근권세균(plant growth promoting rhizobacteria, PGPR)을 선발하는 것을 목표로 하였으며 토마토 근권에서 Variovorax sp. PMC12균주를 분리하였다. PMC12균주는 in vitro에서 PGPR의 특성으로 알려진 암모니아, IAA, 시드로포아 및 ACC 탈아민효소를 생성하였다. PMC12 균주를 처리한 토마토는 대조구에 비해 염, 저온 및 건조 스트레스 조건에서 지상부 생체중이 유의적으로 높았다. 또한 PMC12 균주를 처리한 토마토는 Ralstonia solanacearum에 의한 세균성 시들음병에 대한 저항성이 증가되었다. 결과적으로 PMC12 균주는 식물의 비생물적 스트레스 및 생물적 스트레스에 대한 감수성을 감소시키는 유망한 생물학적 방제제 및 생물활성제로 사용될 수 있을 것으로 전망된다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2020년도 춘계학술대회
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• pp.33-33
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• 2020

• 농약과학회지
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• 제4권4호
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• pp.26-30
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• 2000

토양미생물 및 잔디 추출액에 의한 제초제 dicamba의 분해성을 평가하기 위하여 본 실험을 수행하였다. Dicamba를 분해하는 토양미생물 5종을 enrichment culture에 의해 토양으로부터 분리하였으며, 이들 균주는 Acidovorax sp., Alcaligenes sp. 및 Variovorax sp.로 동정되었다. Dicamba를 10 ppm 수준으로 처리한 무기배지에서 분리균에 의한 dicamba 분해는 배양 21일 후에 평균 90% 이상이었으며, 분해산물로 5-hydroxydicamba가 검출되었다. 한국잔디 (Zoysia Japonica S.)를 phosphate buffer로 추출하여 추출액에 의한 dicamba 분해를 조사한 결과 dicamba의 반감기는 $2.5{\sim}2.7$일 이었으며, 대사산물로 소량의 4- 및 5-hydroxydicamba가 검출되었다.

• 환경생물
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• 제22권1호
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• pp.213-219
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• 2004

동굴 내 정점별 세균 군집 구조를 분석하기 위하여 PCf amplified 16S rDNA denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE)를 적용하였다. DGGE는 동일한 분자량을 갖는 dsDNA band라고 할지라도, 각각의 염기서열 차이에 따라 전기영동 상에서 고유한 band양상을 나타낼 수 있다. eubacteria의 16S rDNA V3region을 증폭하기 위해 GC341F와 PRUN518r을 primer로 사용하여 지하수내에 미생물 군집의 다양성과 유사성을 분석하였다. DGGE band 양상을 통해 동굴내의 세균 군집 구조는 외부 환경에 비해 상대적으로 종다양성이 낮으며 동굴내 에서 특이적으로 서식하는 종이 있음을 확인하였다. 또한 유기 영양물질의 공급이 제한되어 있는 동굴에서 구아노가 주요 유기 영양물질의 공급원으로서 큰 영향을 미치고 있는 것으로 파악되었다. DGGE 상의 일부 band의 염기서열분석 결과 Pseudomonas sp. NZ060과 Pseudomonas pseudoalcaligenes, uncultured Variovorax sp., soil bacterium NS7로 동정되었다.

• Journal of Species Research
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• 제7권2호
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• pp.135-150
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• 2018

Eleven bacterial strains 17SD2_15, 17Sr1_23, 17SD2_13, 17Sr1_31, 17gy_18, 16B15D, 16B02D, 16B04G, 16B01D, 17U4-2 and 17J28-10 assigned to the phylum Proteobacteria were isolated from soil samples collected from Seoul Women's University, in South Korea. The Belnapia species, strain 17SD2_15 was cocci-shaped and pink-colored. The Methylobacterium species, strain 17Sr1_23, 17SD2_13, 17Sr1_31, and 16B15D were short rod-shaped and pink-colored. The Microvirga species, strain 17gy_18, and 16B02D were short rod-shaped and pink-colored. The Oxalicibacterium species, strain 16B04G was short rod-shaped and pink-colored. The Sphingomonas species, strain 16B01D was short rod-shaped and yellow-colored. The Variovorax species, strain 17U4-2 was cocci-shaped and yellow-colored. The Paracoccus species, 17J28-10 was cocci-shaped and orange-colored. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence showed that strains 17SD2_15, 17Sr1_23, 17SD2_13, 17Sr1_31, 17gy_18, 16B15D, 16B02D, 16B04G, 16B01D, 17U4-2 and 17J28-10 were most closely related to Belnapia soli (with 99.9% similarity), Methylobacterium gregans (99.1%), Methylobacterium isbiliense (99.6%), Methylobacterium oxalidis (99.9%), Microvirga aerilata (98.7%), Methylobacterium aerolatum (99.0%), Microvirga vignae (100.0%), Noviherbaspirillum canariense (100.0%), Sphingomonas desiccabilis (100.0%), Variovorax humicola (99.6%), and Paracoccus acridae (99.1%), respectively. This is the first report of these eleven species in Korea.