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Analysis of whole genome sequencing and virulence factors of Vibrio vulnificus 1908-10 isolated from sea water at Gadeok island coast

  • Hee-kyung Oh;Nameun Kim;Do-Hyung Kim;Hye-Young Shin;Eun-Woo Lee;Sung-Hwan Eom;Young-Mog Kim
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제26권9호
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    • pp.558-568
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    • 2023
  • Vibrio vulnificus is an aquatic bacterium causing septicemia and wound infection in humans. To understand this pathogen at the genomic level, it was performed whole genome sequencing of a cefoxitin-resistant strain, V. vulnificus 1908-10 possessing virulence-related genes (vvhA, viuB, and vcgC) isolated from Gadeok island coastal seawater in South Korea. The genome of V. vulnificus 1908-10 consisted of two circular contigs and no plasmid. The total genome size was estimated to be 5,018,425 bp with a guanine-cytosine (GC) content of 46.9%. We found 119 tRNA and 34 rRNA genes respectively in the genome, along with 4,352 predicted protein sequences. Virulence factor (VF) analysis further revealed that V. vulnificus 1908-10 possess various virulence genes in classes of adherence, antiphagocytosis, chemotaxis and motility, iron uptake, quorum sensing, secretion system, and toxin. In the comparison of the presence/absence of virulence genes, V. vulnificus 1908-10 had fur, hlyU, luxS, ompU, pilA, pilF, rtxA, rtxC, and vvhA. Of the 30 V. vulnificus comparative strains, 80% of the C-genotype strains have all of these genes, whereas 40% of the E-genotype strains have all of them. In particular, pilA were identified in 80% of the C-type strains and 40% of the E-type strains, showing more difference than other genes. Therefore, V. vulnificus 1908-10 had similar VF characteristics to those of type C strains. Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin (MARTX) toxin of V. vulnificus 1908-10 contained 8 A-type repeats (GXXGXXXXXG), 25 B.1-type repeats (TXVGXGXX), 18 B2-type repeats (GGXGXDXXX), and 7 C-type repeats (GGXGXDXXX). The National Center for Biotechnology Information (NCBI) Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) showed that the RtxA protein of V. vulnificus 1908-10 had the effector domain in the order of cross-liking domain (ACD)-C58_PaToxP-like domain- α/β hydrolase-C58_PaToxP-like domain.

문헌 분석을 통한 정보보안 감사 분야의 국내 및 국제 연구동향 분석 (Analysis of Research Trends of the Information Security Audit Area Through Literature Review)

  • 소영재;황경태
    • 정보화정책
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    • 제30권4호
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    • pp.3-39
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    • 2023
  • 정보/정보시스템의 중요성이 높아지면서, 정보보안에 대한 중요성이 강조되고 있고, 조직에 적합한 정보보안 수준을 유지하기 위한 도구로서 정보보안 감사의 중요성 또한 높아지고 있다. 본 연구의 목적은 정보보안 감사 분야의 국내외 학술 논문들을 분석하여 전반적인 연구 현황을 살펴보고 향후 연구 분야를 제시하는 것이다. 이를 위해 총 103편의 국내외 논문을 일반 기준과 연구 주제 관련 기준을 바탕으로 분석하였다. 주요한 분석 결과로는 연구 방법적인 측면에서 이 분야의 이론적인 발전을 위해 실증 연구의 비중을 높일 필요가 있다. 연구의 내용적인 측면에서 보면, 연구주제 '감사인/감사조직'의 경우, 연구의 누적적인 발전을 위해 역량과 같은 변수들에 대한 프레임워크를 제시하는 연구가 필요하다. 연구 주제 '감사 활동/절차'에 대해서는 감사의 세부 활동 과정/결과를 분석하는 연구를 수행할 필요가 있다. 연구 주제 '감사 대상'의 경우에는 해외 연구에서 분석한 신기술/특정 산업/특정 보안분야 등을 주목해 볼 가치가 있다. 연구 주제 '감사 목적/효과'의 경우, 현재 연구마다 서로 다르게 조작화되고 있는 성과/품질을 종합적이고 체계적으로 정의하는 연구가 필요하다. 연구 주제 '감사 기준/지침'의 경우, 국내에서는 2016년 이후로 지침/모델에 대한 연구가 없으므로, 지속적인 관심이 필요하다.

Neutrophil to Lymphocyte Ratio and Serum Biomarkers : A Potential Tool for Prediction of Clinically Relevant Cerebral Vasospasm after Aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage

  • Osman Kula;Burak Gunay;Merve Yaren Kayabas;Yener Akturk;Ezgi Kula;Banu Tutunculer;Necdet Sut;Serdar Solak
    • Journal of Korean Neurosurgical Society
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    • 제66권6호
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    • pp.681-689
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    • 2023
  • Objective : Subarachnoid hemorrhage (SAH) is a condition characterized by bleeding in the subarachnoid space, often resulting from the rupture of a cerebral aneurysm. Delayed cerebral ischemia caused by vasospasm is a significant cause of mortality and morbidity in SAH patients, and inflammatory markers such as systemic inflammatory response index (SIRI), systemic inflammatory index (SII), neutrophil-to-lymphocyte ratio (NLR), and derived NLR (dNLR) have shown potential in predicting clinical vasospasm and outcomes in SAH patients. This article aims to investigate the relationship between inflammatory markers and cerebral vasospasm after aneurysmatic SAH (aSAH) and evaluate the predictive value of various indices, including SIRI, SII, NLR, and dNLR, in predicting clinical vasospasm. Methods : A retrospective analysis was performed on a cohort of 96 patients who met the inclusion criteria out of a total of 139 patients admitted Trakya University Hospital with a confirmed diagnosis of aSAH between January 2013 and December 2021. Diagnostic procedures, neurological examinations, and laboratory tests were performed to assess the patients' condition. The Student's t-test compared age variables, while the chi-square test compared categorical variables between the non-vasospasm (NVS) and vasospasm (VS) groups. Receiver operating characteristic (ROC) curve analyses were used to evaluate the diagnostic accuracy of laboratory parameters, calculating the area under the ROC curve, cut-off values, sensitivity, and specificity. A significance level of p<0.05 was considered statistically significant. Results : The study included 96 patients divided into two groups : NVS and VS. Various laboratory parameters, such as NLR, SII, and dNLR, were measured daily for 15 days, and statistically significant differences were found in NLR on 7 days, with specific cut-off values identified for each day. SII showed a significant difference on day 9, while dNLR had significant differences on days 2, 4, and 9. Graphs depicting the values of these markers for each day are provided. Conclusion : Neuroinflammatory biomarkers, when used alongside radiology and scoring scales, can aid in predicting prognosis, determining severity and treatment decisions for aSAH, and further studies with larger patient groups are needed to gain more insights.

Development of Metrics to Measure Reusability Quality of AIaaS

  • Eun-Sook Cho
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제28권12호
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    • pp.147-153
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    • 2023
  • 인공지능 기술의 전 산업 분야로 확산되면서 기존 SaaS에 인공지능 서비스가 탑재된 AIaaS가 등장하고 있다. 특히 비IT 분야 기업들에서는 소프트웨어 전문가의 부재, 빅 데이터 모델 훈련의 어려움, 다양한 형태의 데이터들에 대한 수집 및 분석에 대한 어려움 등을 겪고 있다. AIaaS는 인공지능 소프트웨어 개발에 필요한 다양한 IT 자원들 뿐만 아니라 인공지능 소프트웨어에 필요한 기능들을 서비스 형태로 제공함으로써 사용자들에게는 보다 쉽고 경제적으로 시스템을 구축할 수 있게 한다. 따라서 이러한 클라우드 기반의 AIaaS 서비스에 대한 수요와 공급은 점점 급증할 것이다. 그런데 이처럼 AIaaS에 대한 수요와 공급이 증가함에 따라 요구되는 것이 AIaaS에서 제공하는 서비스들의 품질이 중요한 요소가 된다. 그러나, 현재 이를 측정하기 위한 포괄적이고 실용적인 품질 평가 메트릭에 대한 연구가 미흡하다. 따라서 본 논문에서는 AIaaS의 서비스 품질 측정 요소 중 재사용성 평가를 위해 AIaaS가 갖는 특징인 구현성, 편리성, 효율성, 접근성을 기반으로 재사용성 측정에 필요한 4가지 메트릭인 사용성, 교체성, 확장성, 홍보성 메트릭을 개발하여 제안한다. 제안된 메트릭은 AIaaS에서 제공하는 서비스들이 향후 잠재된 사용자들에게 얼마나 재사용할 수 있는지를 예측하는 도구로 사용될 수 있다.

식물구계학적 특정종 분류에 관한 고찰 - 식물구계의 역리 - (Discussion on the Classification of Floristic Target Species - An Ecological Paradox of Floristic Regions -)

  • 김종원;엄병철;박정석;김윤하;최병기
    • 한국환경생태학회지
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    • 제37권5호
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    • pp.318-326
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    • 2023
  • 식물구계학적 특정종은 식물상 정보를 이용한 지역환경을 평가하는 주요 수단이며, 종의 선정과 평가는 식물구계 정보에 의거해서 이루어진다. 본 연구는 이러한 식물구계에 대해 학술적 진의를 규명하고자 하였다. 식물구계 관련 핵심문헌 7편을 검토하였으며, 식물구계 적용 근거를 비교 검증하였다. 1919년의 Nakai 울릉도 식물상 조사보고서는 식물구계에 관련한 일반적인 지리구분(지방)을 처음으로 기재했다. Oh는 1977년에 한국의 유관속식물에 대한 식물지리구계도를 처음으로 제시하였다. 1978년에는 Lee & Yim이 중부와 남부를 가르는 구계도를 제시했고, 그 밖에 많은 연구자들에 의해 식물구계 경계는 조정되고 개정되었다. 마침내 2018년에는 Lee & Yim (1978)에서 변형된 식물구계학적 특정종의 식물구계도가 채택되었다. 그런데 이러한 식물구계들은 연구자 간에 차이가 있었고, 구계 지표 식물의 불일치성도 확인되었다. 그럼에도 그런 상이성에 대한 근거는 찾을 수 없었다. 결론적으로 도식화된 모든 식물구계도는 선험적으로 그은 임의 선에 의존하고 있었다. 본 연구는 식물구계학적 특정종이 환경영향평가 및 국가 식물상 평가를 위한 과학적 수단으로서 그 실효성과 실체성을 확보하기 위해 다음의 두 가지 생태학적 전략을 제안했다 : 종분포 고유성(nativeness) 정보를 바탕으로 하는 식물상 및 식물구계의 성취와 서식처 기반(habitat-based) 식물상 장기모니터링 시스템의 구축.

Accuracy of Digital Breast Tomosynthesis for Detecting Breast Cancer in the Diagnostic Setting: A Systematic Review and Meta-Analysis

  • Min Jung Ko;Dong A Park;Sung Hyun Kim;Eun Sook Ko;Kyung Hwan Shin;Woosung Lim;Beom Seok Kwak;Jung Min Chang
    • Korean Journal of Radiology
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    • 제22권8호
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    • pp.1240-1252
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    • 2021
  • Objective: To compare the accuracy for detecting breast cancer in the diagnostic setting between the use of digital breast tomosynthesis (DBT), defined as DBT alone or combined DBT and digital mammography (DM), and the use of DM alone through a systematic review and meta-analysis. Materials and Methods: Ovid-MEDLINE, Ovid-Embase, Cochrane Library and five Korean local databases were searched for articles published until March 25, 2020. We selected studies that reported diagnostic accuracy in women who were recalled after screening or symptomatic. Study quality was assessed using the Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies-2 tool. A bivariate random effects model was used to estimate pooled sensitivity and specificity. We compared the diagnostic accuracy between DBT and DM alone using meta-regression and subgroup analyses by modality of intervention, country, existence of calcifications, breast density, Breast Imaging Reporting and Data System category threshold, study design, protocol for participant sampling, sample size, reason for diagnostic examination, and number of readers who interpreted the studies. Results: Twenty studies (n = 44513) that compared DBT and DM alone were included. The pooled sensitivity and specificity were 0.90 (95% confidence interval [CI] 0.86-0.93) and 0.90 (95% CI 0.84-0.94), respectively, for DBT, which were higher than 0.76 (95% CI 0.68-0.83) and 0.83 (95% CI 0.73-0.89), respectively, for DM alone (p < 0.001). The area under the summary receiver operating characteristics curve was 0.95 (95% CI 0.93-0.97) for DBT and 0.86 (95% CI 0.82-0.88) for DM alone. The higher sensitivity and specificity of DBT than DM alone were consistently noted in most subgroup and meta-regression analyses. Conclusion: Use of DBT was more accurate than DM alone for the diagnosis of breast cancer. Women with clinical symptoms or abnormal screening findings could be more effectively evaluated for breast cancer using DBT, which has a superior diagnostic performance compared to DM alone.

한국어 언어모델 파인튜닝을 통한 협찬 블로그 텍스트 생성 (Generating Sponsored Blog Texts through Fine-Tuning of Korean LLMs)

  • 김보경;변재연;차경애
    • 한국산업정보학회논문지
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    • 제29권3호
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    • pp.1-12
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    • 2024
  • 본 논문에서는 대규모 한국어 언어모델인 KoAlpaca를 파인튜닝하고 이를 이용한 블로그 텍스트 생성 시스템을 구현하였다. 소셜 미디어 플랫폼의 블로그는 기업 마케팅 수단으로 널리 활용된다. 수집된 협찬 블로그 텍스트의 감정 분석과 정제를 통한 긍정 리뷰의 학습 데이터를 구축하고 KoAlpaca 학습의 경량화를 위한 QLoRA를 적용하였다. QLoRA는 학습에 필요한 메모리 사용량을 크게 줄이는 파인튜닝 접근법으로 파라미터 크기 12.8B 경우의 실험 환경에서 LoRA 대비 최대 약 58.8%의 메모리 사용량 감소를 확인하였다. 파인튜닝 모델의 생성 성능 평가를 위해서 학습 데이터에 포함되지 않은 100개의 입력으로 생성한 텍스트는 사전학습 모델에 비해서 평균적으로 두배 이상의 단어 수를 생성하였으며 긍정 감정의 텍스트 역시 두 배 이상으로 나타났다. 정성적 생성 성능 평가를 위한 설문조사에서 파인튜닝 모델의 생성 결과가 제시된 주제에 더 잘 부합한다는 응답이 평균 77.5%로 나타났다. 이를 통해서 본 논문의 협찬물에 대한 긍정 리뷰 생성 언어모델은 콘텐츠 제작을 위한 시간 관리의 효율성을 높이고 일관된 마케팅 효과를 보장하는 콘텐츠 제작이 가능함을 보였다. 향후 사전학습 모델의 생성 요소에 의해서 긍정 리뷰의 범주에서 벗어나는 생성 결과를 감소시키기 위해서 학습 데이터의 증강을 활용한 파인튜닝을 진행할 예정이다.

ChatGPT는 한국작업치료사면허시험에 합격할 수 있을까? (Can ChatGPT Pass the National Korean Occupational Therapy Licensure Examination?)

  • 홍준화;김나연;민혜민;양하민;이시현;최서진;박진혁
    • 재활치료과학
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    • 제13권1호
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    • pp.65-74
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    • 2024
  • 목적 : 본 연구는 대규모 언어 모델에 기반한 인공지능인 ChatGPT가 한국작업치료사면허시험에 통과할 수 있는지 알아보고자 하였다. 연구방법 : 한국보건의료인국가시험원에서 제공하는 2018년부터 2022년도까지의 한국작업치료사면허시험 문항 중 공개되지 않은 작업치료실기 문항을 제외하고 작업치료학기초, 의료관계법규, 작업치료학 문항을 활용하였다. 시험문항과 함께 가장 적절한 정답을 제시하도록 프롬프트를 영어로 구성하였고 이를 입력한 후 ChatGPT가 제시하는 답을 채점하였다. 2명의 연구자가 독립적으로 전체 과정을 진행하였으며, 2명의 연구자 채점한 정확도를 평균으로 5개년도의 시험에 대한 합격 여부를 확인하였고 연구자 간 ChatGPT 답에 대한 일치도를 확인하였다. 결과 : ChatGPT는 2020년에서만 합격하였고 나머지 4개년도 시험은 탈락권 점수를 보였다. 구체적으로 의료관계법규 문항의 정확도는 25~57% 범위를 보였고 다른 문항의 정확도는 모두 60% 이상을 기록하였다. 또한 의료관계법규 문항을 제외한 연구자 간 ChatGPT는 높은 일치도를 보였으며, 이는 정확도와 유의미한 상관관계를 보였다. 결론 : 언어나 문화권에 영향을 받는 문항의 경우 아직 ChatGPT를 적용하는 데 제한이 있음을 확인하였다. 추후 프롬프트의 최적화 작업과 함께 지속적인 데이터의 학습에 따라 작업치료학을 전공하는 학생들의 학습 도구로서 활용될 수 있는지에 대한 지속적인 연구가 필요하다.

Automated Versus Handheld Breast Ultrasound for Evaluating Axillary Lymph Nodes in Patients With Breast Cancer

  • Sun Mi Kim;Mijung Jang;Bo La Yun;Sung Ui Shin;Jiwon Rim;Eunyoung Kang;Eun-Kyu Kim;Hee-Chul Shin;So Yeon Park;Bohyoung Kim
    • Korean Journal of Radiology
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    • 제25권2호
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    • pp.146-156
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    • 2024
  • Objective: Automated breast ultrasound (ABUS) is a relevant imaging technique for early breast cancer diagnosis and is increasingly being used as a supplementary tool for mammography. This study compared the performance of ABUS and handheld ultrasound (HHUS) in detecting and characterizing the axillary lymph nodes (LNs) in patients with breast cancer. Materials and Methods: We retrospectively reviewed the medical records of women with recently diagnosed early breast cancer (≤ T2) who underwent both ABUS and HHUS examinations for axilla (September 2017-May 2018). ABUS and HHUS findings were compared using pathological outcomes as reference standards. Diagnostic performance in predicting any axillary LN metastasis and heavy nodal-burden metastases (i.e., ≥ 3 LNs) was evaluated. The ABUS-HHUS agreement for visibility and US findings was calculated. Results: The study included 377 women (53.1 ± 11.1 years). Among 385 breast cancers in 377 patients, 101 had axillary LN metastases and 30 had heavy nodal burden metastases. ABUS identified benign-looking or suspicious axillary LNs (average, 1.4 ± 0.8) in 246 axillae (63.9%, 246/385). According to the per-breast analysis, the sensitivity, specificity, positive and negative predictive values, and accuracy of ABUS in predicting axillary LN metastases were 43.6% (44/101), 95.1% (270/284), 75.9% (44/58), 82.6% (270/327), and 81.6% (314/385), respectively. The corresponding results for HHUS were 41.6% (42/101), 95.1% (270/284), 75.0% (42/56), 82.1% (270/329), and 81.0% (312/385), respectively, which were not significantly different from those of ABUS (P ≥ 0.53). The performance results for heavy nodal-burden metastases were 70.0% (21/30), 89.6% (318/355), 36.2% (21/58), 97.3% (318/327), and 88.1% (339/385), respectively, for ABUS and 66.7% (20/30), 89.9% (319/355), 35.7% (20/56), 97.0% (319/329), and 88.1% (339/385), respectively, for HHUS, also not showing significant difference (P ≥ 0.57). The ABUS-HHUS agreement was 95.9% (236/246; Cohen's kappa = 0.883). Conclusion: Although ABUS showed limited sensitivity in diagnosing axillary LN metastasis in early breast cancer, it was still useful as the performance was comparable to that of HHUS.

CBCT와 Simulation CT를 이용한 치료계획의 선량비교 (Comparison of using CBCT with CT Simulator for Radiation dose of Treatment Planning)

  • 김대영;최지원;조정근
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제9권12호
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    • pp.742-749
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    • 2009
  • 최근의 방사선치료용 선형가속기에 부착된 진단용 kV 에너지 영역의 X선 선원과 아모퍼스 실리콘(a-Si)의 검출기로 구성된 온보드영상장치(OBI)를 이용하여 콘빔 전산화단층촬영 영상(CBCT)획득이 가능하다. CBCT영상을 이용하여 치료계획을 세우게 되면 치료실에서 CT영상 촬영이 가능해짐으로써 고식적 치료환자들의 부담이 많이 감소될 수 있고 더 나아가 선량을 재계산하여 치료과정 중 치료계획 재수립도 가능하다. 본 연구에서는 CBCT를 이용한 치료계획과 기존의 모의치료용 CT를 이용한 치료계획을 비교 연구 함으로서 CBCT영상만으로 광자선 선량계산이 정확한지를 평가하고 임상에서 고식적방사선치료를 목적으로 하는 환자들을 대상으로 온라인 방사선치료계획의 가능성을 연구하였다. 선량계산에 필요한 CT수와 밀도간의 상호관계 확인을 위하여 Catphan 600 팬텀을 이용하여 교정곡선을 산출하였고 팬텀과 환자들의 모의 치료용 CT영상과 CBCT영상을 획득하여 치료계획 및 선량계산 된 결과를 비교하였다. CBCT 영상을 이용한 치료계획에서의 MU차이는 중심점에 100cGy 처방하였을 때 Phantom에서의 경우 3~4MU로 약 2.7%, 환자에서의 경우 1~3MU로 약 2.5% 이하로 차이가 났다. 팬텀과 환자에서의 Monitor unit(MU)차이는 2.7%, 2.5% 이내였으나, CBCT영상의 경우 검출기의 크기의 제약 및 환자의 불수의적인 움직임에 의하여 전자밀도가 큰 물질에서 산란선과 artifact의 발생이 크게 증가한다. 따라서 뇌 및 폐 영역의 치료계획시 선량의 오차가 더 커질 수 있어 이에 대한 주의가 요구된다. 치료시작 전 CBCT 영상을 획득하여 환자의 자세와 내부 장기의 위치를 보정하고 선량을 재계산하여 치료계획을 재수립하는 적응방사선치료(ART)를 시행하기 위해서는 산란선과 움직임에 의한 artifact의 감소방안이 마련되어야 할 것으로 사료된다.