• 대한의생명과학회지
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• 제16권4호
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• pp.229-238
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• 2010

Chicken Mx protein (cMx) induced interferon (IFN) is an antiviral protein to inhibit replication of RNA virus, particularly negative stranded RNA virus, through blockage of transfortation of viral RNA and proteins. In order to determine antiviral effects of cMx from different MHC haplotype chicken, we characterized cMx gene by studying on nucleotide sequencing, antiviral effects to Newcastle disease virus, VSV and MDV, and transcription activities. Three types of eMx genes (2,118 bp) were detected from the different MHC haplotype chickens [B19 (N), B15(F) and B21 (GSP)] chickens, which have showed different susceptible to Marek's disease (MD). Several amino acid substitutions were showed in the cMx. The amino acid 548 and 631 in the cMxs from N and F, chickens susceptible to MD, was Val and Asn which was important on antiviral effects, and showed in resistant cMx. Those in the cMx from GSP, chicken resistant to MD, were same that showed in susceptible cMx. Though every cMx transactivated the expression of the reporter gene, the transcription activation by resistant cMx from N and F was lower compared to that by susceptible cMx from GSP. The decease of the cell growth in the resistant cMx cloned cells was seen in comparison with another cMx clone cells. Replication of NDV and VSV was suppressed in the clones with resistant cMx from N and F. NMx258-transducted cells lack of antiviral effects, and NMx437 or NMx646-transducted cells was showed 60% of antiviral effects compared to NMx705. Mean death time (MDT) and hemaggutination (HA) titer to NDV was long and low in the eggs of N and F lines, but short and high in the egg of GSP line. Interestingly, strong suppression to NDV was observed in the clone with N-Mx and in the eggs of N line. However, the effects of Mx for replication of vvMDV1 have not been. Thus, resistant types of cMx, N- and F-Mx, have showed the anti-viral effects to only RNA virus including NDV and VSV, but not to DNA virus. Antiviral effects of cMx were required whole length of amino acid including Val and Asn in amino acid 548 and 631.

• 생명과학회지
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• 제19권3호
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• pp.311-316
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• 2009

갈조류 모자반과 Pelvetia속은 다세포 조류로 많은 해조류를 포함하고 있으며 북반구 태평양과 대서양에 분포되어 있다. Pelvetia속에 속하는 우리나라의 동종 및 근연한 같은 속내 종에 대해 유전자은행을 통해 밝혀진 ITS에 의한 서열을 이용하여 계통관계를 조사하였다. 한국의 P. babingtonii은 북미의 P. babingtonii AF102957과 유사한 핵산서열로 계통도 분석에서 같은 분지군을 형성하였다. 한국의 P. siliquosa은 역시 북미의 P. siliquosa AF102958과 유사한 핵산서열로 계통도 분석에서 같은 분지군을 형성하였다. Pelvetia 속 내 여러 종간은 결실이나 삽입에 의한 indel이 많은 반면 같은 종내 계통은 치환에 의한 차이가 현저하였다. 이 속은 NJ분석에서 크게 두 분지군으로 나뉘는데 한 그룹은 P. canaliculata와 P. limitata이며 나머지 그룹은 P. siliquosa, P. compressa, P. babingtonii을 포함하고 있었다. ITS 서열로 한국 내 분류군과 북미 간 분류군이 잘 구분되었다. MP 분석에서도 높은 지지도로 잘 구분되었다. 따라서 ITS 서열로 종 동정에 이용할 수 있었으며, 종의 보전이나 생식질 보전에 기초로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제6권2호
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• pp.146-154
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• 2009

Multiplex ligation dependent probe amplification (MLPA)은 탐침자를 표적지에 교잡시킨 후, ligation 시키고, 그 산물을 중합효소연쇄반응으로 증폭시킴으로써 표적지의 존재여부 또는 농도를 확인할 수 있는 방법으로, 그 원리가 소개된 이래로 여러 유전자들에 대한 거대결실 및 중복돌연변이에 대한 탐색에 이용되었다. 유전자진단은 질환에 관련된 유전자에 대한 돌연변이를 탐색함으로써 질환을 진단하는 방법으로, 단일유전자 결핍 질환에 대한 유전자진단은 주로 중합효소연쇄반응과 염기서열 분석 방법을 통한 점돌연변이의 탐색에 집중되어 있다. 거대결실 또는 중복돌연변이의 경우, 특히 이형접합자를 형성하게 되는 경우는 중합효소 연쇄반응을 통하여 결실 또는 중복돌연변이 여부의 확인이 힘들다. PCR 방법에 기초하여 유전자의 농도(gene dosage)를 알 수 있는 방법으로 MLPA 방법이 소개되면서 거대결실 또는중복돌연변이를 포함하고 있던 질병 관련돌연변이들의 규명이 한층 쉬워졌다. MLPA의 원리를 응용하여 단순한 유전자의 농도 측정뿐 아니라 유전자내의 메칠화양상의 차이를 확인하거나, 염색체의 배수체 이상 등 염색체이상의 돌연변이 규명과, 전체 유전자의 크기가 비교적 커서 거대결실 돌연변이를 많이 동반하는, 주로 우성유전의 암 관련 유전자 돌연변이의 규명에 유용하게 이용된다. MLPA는 상용적인 중합효소연쇄반응으로 확인할 수 없는 유전자의 농도를 효과적으로 규명할 수 있는 방법으로, 적은 양의 주형 DNA만을 사용하고, 한가지의 실험원리로 다양한 응용이 가능하며 high-throughput이 가능한 장점을 가지는 반면, 주형 DNA의 질에 결과의 의존도가 높고, 민족 또는 개인간의 차이를 보일 수 있는 표적 DNA 염기서열 내의 single nucleotide polymorphism (SNP) 등으로 인해 분석의 오류가 생길 수 있으며, 양적 차이를 규명하는 것이므로 수 차례의 대조군 검사가 함께 진행되어야 하는 단점이 있다. 여기서는 MLPA를 이용하여 질병유전자의 돌연변이를 밝힌 사례를 바탕으로 MLPA의 원리와 탐색할 수 있는 돌연변이의 종류, 그리고 이 방법의 장단점에 대해 고찰해 보고자 한다.

• 생명과학회지
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• 제18권11호
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• pp.1507-1512
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• 2008

오랜 기간 동안의 연구에도 불구하고 사람에 특이적으로 장티푸스를 유발하는 S. typhi는 실험동물을 대상으로 하는 감염모델이 확립되어 있지 않기 때문에 S. typhi의 병원성 유발기작에 관한 정보는 부족하다. S. typhi Ty2 균주는 최소배지에서 시스테인의 영양요구성을 지닌다. 본 연구에서는 시스테인 영양요구성이, S. typhi Ty2 균주가 실험동물에서 균체형성을 하는데 어떤 영향을 미치는지를 조사하기 위해 시스테인 영양요구성을 상보할 수 있는 유전자를 찾고자 하였다. S. typhimurium의 genomic library로 형질전환된 S. typhi 균들 중 시스테인을 함유하지 않은 최소배지에서 생육을 하는 3개의 형질전환 균주를 선별하였으며, 이들 중 2개는 S. typhi의 시스테인 영양요구성을 아주 약하게 상보하였고 하나는 명확하게 시스테인의 영양요구성을 상보하였다. 이 클론에 포함되어져 있는 3개의 ORF의 시스테인 영양요구성을 분석한 결과, STM1490을 가진 클론이 S. typhi의 시스테인 영양요구성을 상보하였다. 비록 S. typhi에도 STM1490에 해당하는 유전자가 존재하지만 S. typhimurium의 STM1490에 해당하는 ORF와 비교하였을 때 2개의 아미노산 잔기가 서로 달랐다. 이들의 차이가 시스테인 영양요구성을 보이는 것은 아닌지 확인하기 위해 Overlapping PCR을 통해 S. typhimurium의 STM1490 아미노산(H229Y, C246W)을 치환하였다. 아미노산을 바꾼 돌연변이체도 역시 시스테인 영양요구성을 상보할 수 있어서 아미노산의 차이는 아닌 것을 확인되었으므로 그 외의 다른 인자들이 영양요구성에 관여하는 것으로 추정되었고 후속연구에서 그인자를 찾을 수 있을 것으로 생각된다.

• 한국시조학회지:시조학논총
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• 제25집
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• pp.29-48
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• 2006

인간의 삶을 반영하고 있는 사설시조에서는 애정과 관련된 재화(財貨)나 금전(金錢)이 등장하여 그 당대 사람들의 애정과 경제의 상관성을 보여주는 경우가 종종 있다. 주부란 한 가정을 이루며 살고 있는 가장의 아내로서 여성을 의미하는 말이라고 할 수 있다. 사설시조에 나타난 물질문제나 금전문제는 물질적 궁핍을 강요하는 사회와의 투쟁이 드러나지 않고 오락성이나 유흥성의 측면에서 재화나 금전의 과소비를 추구하고 있다고 할 수 있다. 이때 나타난 사설시조의 성담론은 여성의 성적억압을 상상적으로 해소하기 위한 욕망의 투사체이거나 혹은 대리 만족으로 여성의 성적 욕망을 다루었다고 보아야 할 것이다. 조선후기 우리 사회의 풍류방이나 유흥의 산물로 흥행한 사설시조에 담겨있는 주부의 모습은 유교적 질서가 확고했던 조선시대에도 여성이 가정 내에서 그 역할이 점차 변해가고 있었으며 현대 사회의 주부들 못지 않게 자유롭고 발랄한 성담론을 구사하고 있었다. 사설시조에 나타난 금전을 매개로 한 주부들의 성담론이라는 주제는 현재 무너져 가는 가족관계와 천민자본주의 그리고 성(性) 산업의 노예가 되고 있는 21세기 현대인들에게 많은 시사점을 준다고 할 수 있다

• 암석학회지
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• 제7권2호
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• pp.98-110
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• 1998

홍천자철광상은 경기변성암복합체의 동북부에 위치하는 흑움노대상편마암내에 렌즈상으로 협재되어 있다. 자철광체는 모암인 석영-장석질대상편마암과는 광물함량에 있어 점이적이다. 자철광체는 자철광석과 자철석대상편마암으로 이루어져 있으며 이들은 자철석의 함량의 차이에 따라 구분되어진다. 이들 암석의 주 구성광물은 자철석, 석영, 사장석과 녹니석이며 각섬석류, 흑운모, 백운모, 인회석, 능철석, 안케라이트, 모나자이트, 돌로마이트 및 방해석 등이 부성분 광물로 산출된다. 각섬석류는 자철광석인 경우 보통각섬석, 리치테라이트(richterite), Mg-아페소나이트(arfvedsonite), Mg-리베카이트(riebekite), 그리고 자철석대상편마암의 경우 보통각섬석에 해당되는 화학조성을 나타내고 있어 이들이 모암의 화학조성과 변성작용시 글로코페인(glaucophane) Na(M4)Al3VI=CaMg 및 리치테라이트 Na(M4)Na(A)=Ca 치환에 의하여 주로 조절되어졌음을 나타낸다. 흑운모는 주로 자철석 대상편마암에 함유되며 앤나이트(annite)의 화학조성을 갖는다. 녹니석은 자철광석의 경우 피크노녹니석(pycnochlorite)에서 다이아반타이트(diabantite)에 이르는, 그리고 자철석대상편마암의 경우 피크노녹니석의 화학조성을 보여 준다. 함탄산염광물은 후기에 도입된 열수용액에 의해 2차로 생성된 것이며 Fe, Mg 및 Mn의 함량비에 따라 능철석, 안케라이트 및 능망간질돌로마이트 등으로 구분된다.

• Toxicological Research
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• 제24권2호
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• pp.109-112
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• 2008

The G184C and G134A single nucleotide polymorphisms(SNPs) of the CYP1A1 gene result in Ala62Pro and Gly45Asp substitutions, respectively. Here, we tested whether these SNPs are associated with an alteration in lung cancer incidence. We examined 80 Korean subjects with lung cancer and 240 age- and sex-matched controls. For each subject, the CYP1A1 gene was PCR amplified and sequenced. We observed that the odds ratio(OR) for lung cancer was 3.37 higher in subjects with the G184C polymorphism than in controls(95% confidence interval(CI), $0.89{\sim}12.73$, P=0.07). In contrast, the OR for lung cancer was 1.23 in subjects with the G134A polymorphism compared to controls(95% CI, $0.68{\sim}2.20$, P=0.49). The G184C polymorphism exacerbated the effects of smoking on lung cancer development. Gene-smoking interaction analyses revealed that past or present smokers with the G184C polymorphism had a higher incidence of lung cancer(OR, 24.72; 95% CI, $4.48{\sim}136.31$; P<0.01) than control smokers(OR, 6.65; 95% CI, $2.72{\sim}16.28$; P<0.01). However, there was only a slight difference in the ORs for lung cancer between control smokers and smokers with the G134A polymorphism. These findings suggest that the G184C polymorphism, but not the G134A polymorphism, is associated with an increased risk of lung cancer.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제22권7호
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• pp.943-954
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• 2009

Diacylglycerol acyltransferase (DGAT) is a key enzyme that catalyzes the final and rate-limiting step of triglyceride synthesis. Both DGAT1 and DGAT2 genes code proteins with DGAT activity. Studies have shown DGAT1 polymorphisms associate with intramuscular fat deposition in beef cattle, but fewer associations between DGAT2 and beef cattle economic traits have been reported. The objective of this study was to investigate single nucleotide polymorphism (SNP) in intron3 of bovine DGAT2 and evaluate the associations of that with carcass, meat quality, and fat yield traits. Test animals were 157 commercial feedlot steers belonging to 3 Chinese native breeds (22 for Luxi, 24 for Jinnan, and 23 for Qinchuan), 3 cross populations (20 for Charolais${\times}$Fuzhou, 18 for Limousin ${\times}$Luxi, and 17 for Simmental${\times}$Jinan) and 1 Taurus pure breed population (16 Angus steers). In the current study, 15 SNP were discovered in intron3 and exon4 of DGAT2 at positions 65, 128, 178, 210, 241, 255, 270, 312, 328, 334, 365, 366, 371, 415, and 437 (named as their positions in PCR amplified fragments). Only 7 of them (128, 178, 241, 270, 312, 328, and 371) were analyzed, because SNP in three groups (65-128-255, 178-210-365 and 241-334-366) were in complete linkage disequilibrium within the group, and SNP 415 was a deletion and 437 was a null mutation. Frequencies for rare alleles in the 3 native breed populations were higher than in the 3 cross populations for 178 (p = 0.04), 270 (p = 0.001), 312 (p = 0.03) and 371 (p = 0.002). A general linear model was used to evaluate the associations between either SNP genotypes or allele substitutions and the measured traits. Results showed that SNP 270 had a significant association with the fat yield associated with kidney, pelvic cavity, heart, intestine, and stomach (KPHISY). Animals with genotype CC and CT for 270 had less (CC: -7.71${\pm}$3.3 kg and CT: -5.34${\pm}$2.5 kg) KPHISY than animals with genotype TT (p = 0.02). Allele C for 270 was associated with an increase of -4.26${\pm}$1.52 kg KPHISY (p = 0.006) and $-0.92{\pm}0.45%$ of retail cuts weight percentage (NMP, Retail cuts weight/slaughter body weight) (p = 0.045); allele G for 312 was associated with an increase of -5.45${\pm}$2.41 kg KPHISY (p = 0.026). An initial conclusion was that associations do exist between DGAT2 gene and carcass fat traits. Because of the small sample size of this study, it is proposed that further effort is required to validate these findings in larger populations.

• 대한바이러스학회지
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• 제30권1호
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• pp.71-81
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• 2000

We have determined and analyzed the full-length cDNA sequence of a coxsackievirus B3 (CVB3) Korean isolate (CVB3-Korea/97) which has been known as a general human pathogen. The whole genome contains 7,400 nucleotides and has a single large open reading frame with 6,555 nucleotides that encodes a potential polyprotein precursor of 2,185 amino acids. The genome also contains a 5' non-coding region (NCR) of 741 bases and a 3' NCR of 104 bases followed by poly(A) tail. Sequence homologies of nucleotides and deduced amino acids between the CVB3-Korea/97 strain and the prototype (Nancy strain) were 81.7% and 91.5%, respectively. The genes encoding the functional proteins including viral protease and RNA dependent RNA polymerase showed higher homology than those encoding the structural proteins. We have further analyzed the sequences of 5' NCR, VP1 and VP2 of CVB3-Korea/97, which are known as cardiovirulent determining factors at the nucleotide and amino acid levels. Although the CVB 3-Korea/97 strain was isolated from an aseptic meningitis patient without cardiomyopathy, its 234th nucleotide and 165th amino acid were uracil and Asn as same as those of other cardiovirulent strains one. However, the 155th amino acid of VP1, which closely associated with cardiovirulence, was replaced with $Arg^{155}$ by single nucleotide substitution from $A^{2916}$ to $T^{2916}$. Moreover, additional amino acid substitutions were observed in the flanking region of $Asp^{155}$. Taken together, amino acid(s) substitution in VP1 may playa critical role in determining cardiovirulence of the CVB3-Korea/97 strain rather than individual nucleotide replacements in the 5' NCR and/or an amino acid substitution in VP2.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제43권1호
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• pp.82-90
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• 2016

한국에 분포하는 두릅나무과 식물 대부분은 중요한 약용 식물로 경제적인 가치가 크다. 본 연구는 분자적 방법인 엽록체 DNA 바코드 염기서열 분석을 통해 한국에 자생하고 있는 두릅나무과 식물 14종 전체의 속 및 종간 유연관계를 파악해 보고 이를 구별할 수 있는 마커를 개발하기 위해 수행되었다. 국제 생물 DNA 바코드 컨소시엄(CBOL, the Consortium for the Barcode of Life)이 DNA barcoding marker로 제안한 엽록체 DNA 7영역의 염기서열을 분석한 결과, psbA-trnH영역에서 가장 많은 삽입, 결실 및 염기치환이 나타났으며 조사된 한국의 두릅나무과 식물 14종 모두 구분 될 수 있었다. 또한 각각의 영역에서 특정 속과 종만이 지니는 특이적인 염기서열을 찾을 수 있었다. 인삼의 경우 중국삼과 한국삼의 염기서열에는 차이가 전혀 없었다. 7영역을 모두 유합하여 작성한 계통수에서는 통탈목이 특이성을 나타내며 가장 기부에 분계조를 형성하였다. 두릅나무속과 인삼속은 자매군을 형성하였고, 오갈피속 5 종 역시 서로 높은 유연관계를 나타내었다. 결론적으로 한국에 자생하는 14종의 두릅나무과 식물들이 모두 엽록체 DNA 바코드 마커 개발을 통해 동정이 가능함을 확인하였다.