• 생명과학회지
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• 제23권11호
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• pp.1317-1324
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• 2013

고분자 글루테닌 서버유닛(high molecular-weight glutenin subunit, HMW-GS)은 밀의 가공적성을 결정하는데 중요한 역할을 수행한다. 우리는 Agrobacterium 동시 형질전환법을 이용하여 한국 밀 품종인 '조경'으로부터 밀 HMW-GS을 암호화하는 Glu-1Bx7 유전자를 가지는 marker-free 형질전환 벼를 생산하였다. Glu-1Bx7 유전자의 종자 특이적 발현을 위하여 밀 Glu-1Bx7 유전자 자체 프로모터를 벡터 내에 삽입하였다. 동시 접종을 위해서 오직 Glu-1Bx7 유전자와 hygromycin phosphotransferase II (HPTII) 저항성 유전자만으로 구성된 두 종류의 발현 카셋트를 독립적으로 Agrobacterium EHA105에 도입하였고, Glu-1Bx7와 HPTII가 도입된 각각의 EHA105 Agrobacterium 을 3:1 비율로 혼합하여 벼 캘러스에 접종하였다. 216개의 HPTII 저항성 형질전환체 중에서 벼 게놈에 Glu-1Bx7과 HPTII가 모두 삽입된 24개의 형질전환 라인을 획득하였다. Glu-1Bx7와 HPTII가 벼 게놈에 도입된 것을 Southern blot을 통해서 다시 확인하였다. 형질전환 벼 $T_1$ 세대의 종자에서 밀 Glu-1Bx7 유전자가 전사와 번역되어 오직 Glu-1Bx7만을 가지는 marker-free 식물체를 $T_1$ 세대에서 성공적으로 선발할 수 있었다.

• 대한토목학회논문집
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• 제37권2호
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• pp.289-301
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• 2017

국내외적으로 지진의 발생이 빈번함에 따라 인명 및 재산 피해가 발생하고 추가적인 경제적 손실을 초래한다. 국내의 비내진으로 설계된 구조물의 보수 보강이 시급할 뿐만 아니라 지진에 대한 관심이 고조됨에 따라 내진보강에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 최근 고연성 보강재를 사용한 내진보강기법이 소개되면서 강성보강보다는 연성보강에 대한 신뢰도가 높아지고 있다. 따라서 본 연구에서는 연성보강 재료로써 최근 각광받고 있는 폴리우레아를 이용한 내진보강공법을 소개하기 위해서, 폴리우레아로 보강한 RC 시편에 대하여 일축압축시험과 유사동적실험을 수행하였다. 일축압축시험에서 폴리우레아 보강시 강도가 증진되었을 뿐 아니라 연성거동을 확인할 수 있었으며, 실제 지진파를 적용한 유사동적실험에서는 상대변위, 주철근의 변형률, 변위연성도, 소산에너지 모두 향상된 보강성능을 확인할 수 있었다. 연성보강의 목적으로 개발한 폴리우레아 보강방법은 기둥부재의 내진보강에 유용하게 사용될 것이라고 판단된다.

• 생약학회지
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• 제38권2호통권149호
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• pp.197-203
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• 2007

Benign prostatic hyperplasia (BPH) is one of the common disease in elderly men. Recently old-age population is increased and we are growing more and more interested in clinical importance of BPH. In this study, the effect of PLX, which was the mixture of tomato extract (including 2% of lycopene) and chitooligosaccharide, on prostatic cancer cell and testosterone-induced BPH in adult rats of the Sprague Dawley strain was determined. The cell viability was evaluated by MTT method using L929 and LNCaP cell line, pretreated with various concentrations of PLX. The expression of prostatic specific antigen (PSA) and 5${\alpha$}$-reductase genes were evaluated by realtime PCR using LNCaP cell line and compared various concentrations of PLX with 50 ${\mu}$M of finasteride. An experimental prostatic hyperplasia was induced in male Sprague Dawley rats by giving testosterone for 8 weeks. After 2 weeks from start of giving testosterone, PLX and finasteride were administered orally once a day. The results were analyzed with prostate weight per body weight at 8 weeks. Cell viability of L929 cell line decreased specifically at the concentration of 2000 ${\mu}$g/mf of PLX. The cytotoxicity of PLX to the LNCaP cell line was shown at above 500 ${\mu}$g/ml of PLX. The inhibitory effect of PLX to the expression of PSA and 5${\alpha$}$-reductase genes in LNCaP cell line increased with the concentration of PLX. In vivo study, the results of PLX and finasteride administered group were 3.75${\pm}$0.60 and 3.49${\pm}$0.49 prostate weight ${\times}10^3$/body weight, which were lower than the result of BPH induced group (4.74${\pm}$0.58). These results suggested that PLX may be an effective material in BPH by having the role of the 5a-reductase inhibitor.

• 생태와환경
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• 제38권2호통권112호
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• pp.137-145
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• 2005

전통적인 스크린 방법으로는 자연계에 존재하는 99% 이상의 미생물 자원을 확보하지 못했다. 자연생태계의 핵산을 직접 클로닝하는 전략은 배양 가능한 미생물의 유전적인 정보보다 더 광범위한 유전적인 정보를 전체의 미생물 메타지놈에서 확보하기 위한 계획을 세웠다. 그 결과 유용한 유전자를 탐색하는 한 방법으로 다양한 환경에서 메타지놈 DNA 라이브러리를 구축하는 방법이었다. 본 연구는 국내 중부권에 위치한 대청호로부터 시료를 수집하였고, T-RFLP 방법을 사용하여 미생물 군집의 다양성을 분석하였다. 핵산의 추출은 SDS를 사용한 freeing-thawing 방법을 사용하였으며, 추출한 핵산은 $UltraClean^{TM}kit$ (MoBio, USA)을 사용하여 정제하였다. 메타지놈 라이브러리는 제작은 정제한DNA와 pBACe3.6 vector를 EcoRI, BamHI, 그리고 SacII 등의 제한효소로 partial digestion하였고, 이들을 ligation한 다음 Escherichia coli DH10B에 형질전화 시켜 제작하였다. 메타지놈 라이브러는 14 Mb 정도 확보하였는데, 평균 insert size는 약 13 ${\sim}$ 15 kb이었다. Colony hybridization으로 메타지놈 라이브러리로부터 1, 2-dichloroethane (1, 2-DCE) hydrolytic dehalogenation의 분해에 관련된 유전자를 확인하였다. 1, 2-DCE dehalogenas효소는 기질에 대한 높은 활성을 나타내었다. 1, 2-dichloroethane dehalogenase 유전자의 클론을 만들었고, 염기서열을 분석하였다. 이들 결과로 보아 대청호로부터 제작한 메타지놈에서 dhlA 유전자를 확인한 균주는 1, 2-DCE 분해에 탁월한 능력을 나타내었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제12권2호
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• pp.318-326
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• 2002

The pathogenic marine bacterium Vibrio vulnificus is the causative agent of food-borne diseases such as life-threatening septicemia. To better understand this organism's strategies to survive osmotic stress, a mutant that was more sensitive to high osmolarity was screened from a library of mutants constructed by a random transposon mutagenesis. By a transposon-tagging method, putAP genes encoding a proline dehydrogenase and a proline permease were identified and cloned from V. vulnificus. The amino acid sequences deduced from nucleotide sequences of putAP from V. vulnificus were 38 to $59\%$ similar to those of PutA and PutP reported from other Enterobacteriaceae. Functions of putAP genes were assessed by the construction of mutants, whose putAP genes were inactivated by allelic exchanges. When proline as the sole carbon or nitrogen source was used, the putA mutant was not able to grow to the substantial level, revealing the proline dehydrogenase is the only enzyme for metabolic conversion of proline into other amino acids. Although the growth rate of the putP mutant on proline as the sole carbon or nitrogen source was significantly reduced, the mutant still grew. This indicated that at least one more proline permease is produced by V. vulnificus. The putP mutant decreased approximately $2-log_10$ CFU/ml after a hyperosmotic challenge, while the parent strain decreased approximately $l-log_10$ CFU/ml. This result suggests that the gene product of putP contributes to the osmotic tolerance of V. vulnificus.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제34권5호
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• pp.1146-1153
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• 2024

The increasing economic losses associated with growth retardation caused by Enterocytozoon hepatopenaei (EHP), a microsporidian parasite infecting penaeid shrimp, require effective monitoring. The internal transcribed spacer (ITS)-1 region, the non-coding region of ribosomal clusters between 18S and 5.8S rRNA genes, is widely used in phylogenetic studies due to its high variability. In this study, the ITS-1 region sequence (~600-bp) of EHP was first identified, and primers for a polymerase chain reaction (PCR) assay targeting that sequence were designed. A newly developed nested-PCR method successfully detected the EHP in various shrimp (Penaeus vannamei and P. monodon) and related samples, including water and feces collected from Indonesia, Thailand, South Korea, India, and Malaysia. The primers did not cross-react with other hosts and pathogens, and this PCR assay is more sensitive than existing PCR detection methods targeting the small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) and spore wall protein (SWP) genes. Phylogenetic analysis based on the ITS-1 sequences indicated that the Indonesian strain was distinct (86.2% nucleotide sequence identity) from other strains collected from Thailand and South Korea, and also showed the internal diversity among Thailand (N = 7, divided into four branches) and South Korean (N = 5, divided into two branches) samples. The results revealed the ability of the ITS-1 region to determine the genetic diversity of EHP from different geographical origins.

• 생명과학회지
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• 제17권3호통권83호
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• pp.386-395
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• 2007

본 연구는 1999년에서 2001년도 걸쳐서 3년간 국내에서 분리된 환자유래 장염비브리오 18균주와 일본 후쿠오카 지역에서 2002년도에 환자에서 분리한 장염비브리오 9균주 등 총 27균주에 대하여 toxR 유전자의 검출, 혈청형별 검사, 약제내성의 양상, tdh, trh1 및 trh2 유전자의 보유상태 및 urease 생성성을 살펴보고, 혈청형 O3:K6 균주에 대하여 TDH의 생성성 검사, tdh 양성균주의 RFLP 형별, ORF 8의 분포, PFGE법과 RAPD법을 실시하였으며 결과는 다음과 같다. 1. 한국 및 일본의 환자유래 균주 대부분에서 urease음성이었으며, toxR 유전자로 확인 동정하였고 혈청형의 분포는 국내 분리 주의 O3:K6, O4:K9, O6:K46, O3:K57, O5:Kl5와 일본 분리주의 O3:K6, O1:K38, O4:K68, O4:Kl2의 혈청형으로 나타났다. 2. 항생제 감수성 시험에서는 vancomycin과 oxacillin은 27균주 (100%), penicillin은 26균주 (96.3%)로 높은 내성을 나타내었고, 14균주 (51.9%)가 4가지 이상의 항생제에 다제내성을 나타내었다. 항생제의 내성양상은 6종류로 혈청형에 관계없이 vancomycin, oxacillin, penicillin에 내성을 나타내는 V형이 15균주 (55.6%)로 가장 많이 나타났다. 3. tdh 유전자는 26균주가 PCR법과 DNA probe hybridization법의 결과에서 양성으로 나타났으며, urease양성이었던 일본 환자유래 혈청형 O3:K6 1균주만이 tdh유전자 음성, trh2 유전자 양성을 나타냈다. 혈청형 O3:K6의 TDH 생성성역가는 전 균주가 256배에서 2,048배 정도로 나타났으며, RFLP 양상은 모든 균주가 11.5 kb와 4.3 kb에 tdh 유전자를 보유하고 있었다. 또한 혈청형 O3:K6 균주들은 RAPD법과 PFGE법으로 유전자형별을 비교 검토한 결과 8형으로 거의동일한 유전자형별의 결과를 나타내었다. 4. ORF 8의 분포는 혈청형 O3:K6 전 균주에서 양성이었고, 특히 혈청형 O6:K46 4균주 모두에서 ORF 8 양성을 나타내어 새롭게 나타난 유행균주일 가능성을 시사 하였다. 따라서 ORF 8 유전자의 검출은 범세계적으로 유행하는 균주들을 동정하는데 있어 genetic marker로서 매우 유용한 것으로 사료된다.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2015년도 춘계학술대회 및 임시총회
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• pp.53-53
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• 2015

Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation(ATMT) of Flammulina velutipes was used to produce a diverse number of transformants to discover the functions of gene that is vital for its variation color, spore pattern and cellulolytic activity. Futhermore, the transformant pool will be used as a good genetic resource for studying gene functions. Agrobacterium-mediated transformation was conducted in order to generate intentional mutants of F. velutipes strain KACC42777. Then Agrobacterium tumefaciens AGL-1 harboring pBGgHg was transformed into F. velutipes. This method is use to determine the functional gene of F. velutipes. Inverse PCR was used to insert T-DNA into the tagged chromosomal DNA segments and conducting sequence analysis of the F. velutipes. But this experiment had trouble in diverse morphological mutants because of dikaryotic nature of mushroom. It needed to make monokaryotic fruiting varients which introduced genes of compatible mating types. In this study, next generation sequencing data was generated from 28 strains of Flammulina velutipes with different phenotypes using Illumina Hiseq platform. Filtered short reads were initially aligned to the reference genome (KACC42780) to construct a SNP matrix. And then we built a phylogenetic tree based on the validated SNPs. The inferred tree represented that white- and brown- fruitbody forming strains were generally separated although three brown strains, 4103, 4028, and 4195, were grouped with white ones. This topological relationship was consistently reappeared even when we used randomly selected SNPs. Group I containing 4062, 4148, and 4195 strains and group II containing 4188, 4190, and 4194 strains formed early-divergent lineages with robust nodal supports, suggesting that they are independent groups from the members in main clades. To elucidate the distinction between white-fruitbody forming strains isolated from Korea and Japan, phylogenetic analysis was performed using their SNP data with group I members as outgroup. However, no significant genetic variation was noticed in this study. A total of 28 strains of Flammulina velutipes were analyzed to identify the genomic regions responsible for producing white-fruiting body. NGS data was yielded by using Illumina Hiseq platform. Short reads were filtered by quality score and read length were mapped on the reference genome (KACC42780). Between the white- and brown fruitbody forming strains. There is a high possibility that SNPs can be detected among the white strains as homozygous because white phenotype is recessive in F. velutipes. Thus, we constructed SNP matrix within 8 white strains. SNPs discovered between mono3 and mono19, the parental monokaryotic strains of 4210 strain (white), were excluded from the candidate. If the genotypes of SNPs detected between white and brown strains were identical with those in mono3 and mono19 strains, they were included in candidate as a priority. As a result, if more than 5 candidates SNPs were localized in single gene, we regarded as they are possibly related to the white color. In F. velutipes genome, chr01, chr04, chr07,chr11 regions were identified to be associated with white fruitbody forming. White and Brown Fruitbody strains can be used as an identification marker for F. veluipes. We can develop some molecular markers to identify colored strains and discriminate national white varieties against Japanese ones.

• 한국버섯학회지
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• 제2권1호
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• pp.15-20
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• 2004

국내에서 많이 재배되는 버섯 중의 하나인 느타리 P. ostreatus는 먹물버섯이나 치마버섯과는 달리 실험실 수준에서의 자실체 발생이 힘든 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 실험실에서 느타리버섯을 샤레를 이용하여 전 발생과정을 유도하기 위한 방법을 검토하였다. 샤레상의 배양조건은 프라스틱 샤레 ($60{\times}15mm$)의 감자배지에서 균사를 접종한 후 빛이 없는 상태에서 배양한 뒤에, 균사의 환기상태, 균사표면의 상처, 빛 그리고 저온충격 등의 여러 환경요인들이 원기 및 자실체 형성에 미치는 영향을 검토하였다. 느타리의 최초 자실체 형성은 접종 이후 3주 내에 얻을 수도 있었으며, 균사접종 이후 10주 동안에 자실체의 형성은 균주에 따라서 76%에서 97%의 높은 빈도로 유도될 수 있었다. 위와 같이 샤레상에서 자실체를 형성할 수 있었으며, 정상적인 자실체의 성장을 위해서 빛은 필수적이며, 환기도 필요하였다. 또한 균사의 상처 처리가 원기, 자실체 및 포자의 형성에 미치는 영향이 균주에 따라서 크게 차이가 났으며, 같은 균주라 하더라도 발생단계별 그 반응의 차이도 크다는 사실을 확인하였다. 이들 자실체에서 수집된 담자포자는 발아가 가능하였다. 샤레상의 완전한 자실체 형성 방법은 느타리버섯의 생육주기를 단축시킬 수 있을 뿐만 아니라, 다양한 재배조건의 시료 획득과 한개의 배양 용기 내에서 버섯 발생의 전 단계를 관찰하고 분석하는데 유용할 수 있다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제24권2호
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• pp.174-181
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• 2009

생활수준의 향상으로 건강과 웰빙에 대한 관심이 늘면서 즉석섭취(ready-to-eat) 농산물의 수요가 증가하고 있다. 이들 농산물중 파프리카, 딸기, 토마토 등은 우리나라의 대표적인 수출 농산물로서 안전성 확보가 중요하다. 본 연구는 대전시내 2개 백화점과 2개 대형할인점에서 유통 중인 파프리카, 딸기 및 토마토를 대상으로 총호기성균, 대장균군, 식중독 유발 세균 및 기생충의 오염 수준을 배지 배양법, multiplex PCR, 상업용키트 및 현미경으로 조사하였으며, 또한 세척방법별 세균 감소율을 평가하였다. 유통중인 파프리카, 딸기 및 토마토의 평균 총호기성균 수는 $1.3{\times}10^4{\sim}1.8{\times}10^5$CFU/g, 평균 대장균군의 수는 $1.4{\times}10^3{\sim}9.6{\times}10^3$CFU/g 범위이었으며, 세균 오염 정도는 매장별로 유의한 차이를 보이지 않았다. 총호기성균 및 대장균군의 오염 정도는 딸기에서 가장 높았으며, 딸기에서 미확인 기생충 충란이 발견되었다. 조사한 농산물에서 가장 흔히 분리되는 세균은 Enterobacter cloacae 이었으며, 식중독 유발 세균중 Staphylococcus aureus가 딸기에서 발견 되었으나 그 외의 식중독 유발 세균은 분리되지 않았다. 딸기를 대상으로 세척방법별 세균 감소율을 조사한 결과 수돗물로 5회이상 세척시 일반세균의 80%이상을 제거할 수 있었으며 야채용 세제를 사용하거나 초음파 세척시 세균 감소율이 증가하였다. 이상의 결과로 보아, 파프리카, 딸기 및 토마토의 세균 및 기생충의 오염 정도를 조사한 결과 딸기에서 가장 많은 생물학적 오염을 보였으며, 이들 농산물들의 생물학적 오염 정도는 구입 매장별로 유의한 차이를 보이지 않았다.