• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제16권10호
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• pp.980-984
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• 2010

microRNA (miRNA)와 mRNA 조절 상호작용 탐색은 다양한 생물학적 현상에 있어 새로운 시야를 제공해 줄 수 있다. 최근 생물학적 프로세스에서 miRNA는 유전자 발현을 제어하고 세포를 기능적으로 조절하는 중요한 역할을 하는 요소로 밝혀졌다. 이에 복잡한 생물학 시스템에서 miRNA의 기능적 활동을 이해하기 위해서는 miRNA와 mRNA간 상호작용 분석은 필수적이다. 그러나 아직까지 복잡한 miRNA와 mRNA간 상호작용 관계를 추론하는 것은 어려운 문제이기 때문에 많은 연구자들이 실험적, 전산학적 접근 방법을 제안하며 활발한 연구를 진행하고 있다. 본 논문에서는 이종의 발현 데이터로부터 기능적으로 상호작용하는 miRNA-mRNA 조합을 탐색하기 위한 진화 연산 기반의 새로운 하이퍼네트워크 모델을 제안한다. 이에 실험결과로 제안하는 방법을 인간 암 관련 miRNA와 mRNA 발현 데이터에 적용하여 암 특이적 miRNA-mRNA 상호작용 집합을 탐색하고 발견한 miRNA-mRNA 상호작용 관계가 생물학적으로 유의함을 제시한다.

• BMB Reports
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• 제48권7호
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• pp.367-368
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• 2015

It has long been thought that glucocorticoid receptor (GR) functions as a DNA-binding transcription factor in response to its ligand (a glucocorticoid) and thus regulates various cellular and physiological processes. It is also known that GR can bind not only to DNA but also to mRNA; this observation points to the possible role of GR in mRNA metabolism. Recent data revealed a molecular mechanism by which binding of GR to target mRNA elicits rapid mRNA degradation. GR binds to specific RNA sequences regardless of the presence of a ligand. In the presence of a ligand, however, the mRNA-associated GR can recruit PNRC2 and UPF1, both of which are specific factors involved in nonsense-mediated mRNA decay (NMD). PNRC2 then recruits the decapping complex, consequently promoting mRNA degradation. This mode of mRNA decay is termed "GR-mediated mRNA decay" (GMD). Further research demonstrated that GMD plays a critical role in chemotaxis of immune cells by targeting CCL2 mRNA. All these observations provide molecular insights into a previously unappreciated function of GR in posttranscriptional regulation of gene expression. [BMB Reports 2015; 48(7): 367-368]

• Molecules and Cells
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• 제46권1호
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• pp.41-47
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• 2023

The rapid development of mRNA vaccines has contributed to the management of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, suggesting that this technology may be used to manage future outbreaks of infectious diseases. Because the antigens targeted by mRNA vaccines can be easily altered by simply changing the sequence present in the coding region of mRNA structures, it is more appropriate to develop vaccines, especially during rapidly developing outbreaks of infectious diseases. In addition to allowing rapid development, mRNA vaccines have great potential in inducing successful antigen-specific immunity by expressing target antigens in cells and simultaneously triggering immune responses. Indeed, the two COVID-19 mRNA vaccines approved by the U.S. Food and Drug Administration have shown significant efficacy in preventing infections. The ability of mRNAs to produce target proteins that are defective in specific diseases has enabled the development of options to treat intractable diseases. Clinical applications of mRNA vaccines/therapeutics require strategies to safely deliver the RNA molecules into targeted cells. The present review summarizes current knowledge about mRNA vaccines/ therapeutics, their clinical applications, and their delivery strategies.

• 미생물학회지
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• 제26권1호
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• pp.27-31
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• 1988

Biosynthesis and processing of cytoplasmic mRNA from heterogenous nuclear RNA (hn-RNA) in Aspergillus phoenicis were studied by $^{3}H$-uridine labeling and synchronous culture techniques during their life cycle. Incorporations of $^{3}H$-uridine into hn-RNA and mRNA were most rapid in vesicle-phialide fromation stage and diminished in hyphal growth stage. The processing of cytoplasmic mRNA from hn-RNA was proceeded more rapidly in hyphal growth and conidiophore formation stages than in conidia and vesicle-phialide formation stages. The specific radioactivities of hn-RNA and mRNA were very high in vesicle-phialide formation stage.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제13권1호
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• pp.56-62
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• 2010

To determine whether long double-stranded RNA (dsRNA) induces RNA interference and type I interferon (IFN) responses in fish, long dsRNAs encoding enhanced green fluorescent protein (EGFP), GFPuv, and polyinosinic-polycytidylic acid sequences were co-injected with an EGFP expressing plasmid, into rock bream (Oplegnathus fasciatus). We investigated the EGFP mRNA and protein levels, and the transcriptional responses of dsRNA-dependent protein kinase and Mx1 genes. Long dsRNAs were strong inducers of a type I IFN response in rock bream, resulting in nonspecific suppression of exogenous gene expression. Furthermore, sequence-specific knockdown of exogenous gene expression at the mRNA level was detected at an early phase (24 h). These results suggested that long dsRNA may inhibit exogenous gene expression through an early mRNA interference response and a later type I IFN response in fish.

• 대한의생명과학회지
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• 제20권3호
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• pp.162-167
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• 2014

Tuberculosis (TB) is one of the major global health problems and it has been estimated that in 5~10% of Mycobacterium tuberculosis (MTB)-infected individuals, the infection progresses to an active disease. Numerous cytokines and chemokines regulate immunological responses at cellular level including stimulation and recruitment of wide range of cells in immunity and inflammation. In the present study, the mRNA expression levels of eight host immune markers containing of IFN-${\gamma}$, TNF-${\alpha}$, IL-2R, IL-4, IL-10, CXCL9, CXCL10, and CXCL11 in whole blood cells from active pulmonary TB patients were measured after T-cell mitogen (PHA) and MTB specific antigens (ESAT-6, CFP-10, and TB7.7). Among the TH1-type factors, IFN-${\gamma}$ mRNA expression was peaked at 4 h, TNF-${\alpha}$ and IL-2R mRNA expression was significantly high at the late time points (24 h) in active TB patients, TH2-type cytokine (IL4 and IL10) mRNA expression levels in both active TB and healthy controls samples did not changed significantly, and the mRNA expression of the three IFN-${\gamma}$-induced chemokines (CXCL9, CXCL10, and CXCL11) were peaked at the late time points (24 h) in active TB patients after MTB specific antigen stimulation. In conclusion, the mRNA expression patterns of the TB-related immune markers in response to the T-cell mitogen (PHA) differed from those in response to MTB specific antigens and these findings may helpful for understanding the relationship between MTB infection and host immune markers in a transcripts level.

• 치위생과학회지
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• 제13권3호
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• pp.321-329
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• 2013

과산화수소는 치아미백에 널리 사용되는 물질로 과다 사용시 치수세포에 손상을 일으킬 수 있다. 본 연구의 목적은 활성산소인 과산화수소에 의해 유도되는 상아모세포의 단계별 분화와 LOX isoforms과의 관계를 밝히고자 하였다. 치수세포에 분화유도 배지와 과산화수소를 시간과 농도별로 처리한 후 LOX 유전자 발현은 RT-PCR로 측정하였고, LOX enzyme activity는 고감도 형광분석으로 확인하였다. 또한 가장 많은 발현억제를 보인 LOX와 LOXL을 선택하여 siRNA 처리 후 분화표지자의 발현변화와 LOX enzyme activity를 확인하였다. 1. 과산화수소 처리에 따라 LOX, LOXL, LOXL3 mRNA 발현은 농도와 시간 의존적으로 감소하였으나 LOXL2와 LOXL4 mRNA는 변화가 없었다. 2. 과산화수소 처리된 LOX enzyme activity는 0.3 mM과 24시간에서 가장 많은 증가를 보였다. 3. ALP, OPN, OCN의 mRNA 발현은 LOX와 LOXL siRNAs 모두에서 억제되었고, DMP1과 DSPP는 LOX siRNA에서 더 많은 억제 효과를 보였다. 하지만, 분화단계별(초기, 중기, 말기) 차이는 보이지 않았다. 4. LOX와 LOXL siRNAs를 처리하여 LOX enzyme activity를 측정한 결과 LOX siRNA를 처리한 실험군에서 더 많은 억제효과를 보였다. 이러한 결과는 상아모세포 성장과 분화과정에 낮은 농도의 과산화수소가 분화를 유도하고 여기에 LOX가 관련됨을 알 수 있었다. 결론적으로, 과산화수소는 LOX 유전자 발현조절을 통해 치수세포의 성장과 분화에서 중추적인 역할을 할 것이라고 생각된다.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제2권1호
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• pp.17-23
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• 2007

Short interfering RNA(siRNA)는 특별한 gene의 발현을 막는데 사용될 수 있고 그 gene의 기능과 치료의 적용에 많은 가능성을 가지고 있지만, 효과적인 siRNA를 디자인하는 방법은 아직까지 명확하지 않다. 효과적인 siRNA는 서열적인 경향을 가지고 있는데 낮은 G/C content, Sense strand의 3' 끝에 적은 안정성과 1번 위치에는 G/C, 19번 위치에는 A/U의 존재 여부를 들 수 있다. 이러한 특성 말고도 최근에는 mRNA의 2차구조가 RNAi 작용에 중요한 역할을 하게 되는데 복잡한 구조(hairpin, multi loop)를 가지고 수소결합을 많이 하여 안정한 상태에 있는 부분은 siRNA의 기능을 크게 줄어들게 한다. 또한, siRNA가 특정한 mRNA에 작동하도록 BLAST 검색을 하여 부작용의 가능성을 배제한다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제56권4호
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• pp.393-404
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• 2004

연구배경 : 유전자 재결합 반응에 있어서 다른 종류의 RNA의 첨가에도 불구하고 유전자 반응에 영향이 없어야 여타 실험의 정량적 분석에 이용이 가능하다. 이에 저자들은 쥐를 대상으로 filter hybridization방법과 SP-A mRNA을 이용하여 비특이성 RNA 즉, 쥐의 비장 RNA의 첨가가 surfactant protein A (SP-A)의 유전자 재결합반응의 linearity, 상관계수 및 특이성에 미치는 영향을 알아보기 위하여 이 연구를 시행하였다. 방 법 : SP-A transcript mRNA의 정량, 즉 0, 0.1, 0.5, 1 및 2.5 ng에 비특성 RNA 즉 비장 RNA를 각각 0,1, 5 및 $10{\mu}g$을 첨가하여 filter hybridization 방법을 이용하여 SP-A mRNA양과 cpm과의 연관성을 비교정량측정하여 각각의 linearity, 상관계수 및 특이성의 분자생물학적 정도관리에 대한 비교 관찰을 하기 위하여 이 연구를 시행하였다. 결 과 : 1. 쥐의 spleen RNA 0, 1, 5, 10 및 $20{\mu}g$에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.13X-19.35(X=cpm, Y=spleen RNA input)이고, 상관계수는 0.98이었다. 2. SP-A sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.00066X-0.046 (X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이었다. 3. 쥐의 비장 RNA $1{\mu}g$을 첨가 후 SP-A sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.00056X-0.051(X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이였다. 쥐의 비장 RNA $5{\mu}g$을 첨가 후 표준곡선은 Y=0.00065X-0.088 (X=cpm, Y=SP-AmRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이였다. 쥐의비장 RNA $10{\mu}g$을 첨가 후 표준곡선은 Y=0.00051X-0.10 (X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이었다. 결 론 : 이상의 결과는 비특이성 RNA인 비장 RNA의 첨가 후 SP-A sense mRNA양과 cpm과의 상관관계는 sense 유전자와 anti-sense 유전자의 유전자 재결합 반응에 있어서 다양한 양의 비특이성 RNA의 첨가나 오염에도 불구하고 linearity, 상관계수 및 그 특이성이 잘 유지됨을 입증해 준 결과라 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제30권3호
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• pp.177-180
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• 1992

Among 120 U. maydis strains isolated in Korea 14 different strains containing specific viral dsRNA segments were analyzed for the distribution of dsRNA and the production of toxin protein. Several distinctive dsRNA patterns were identified, 9 cases of P type with typical H, M and L ds RNA and one case of non-P-type, the frequency of a specific isolate was decreased with increasing number of dsRNA segments. The presence of dsRNA had no effect on the cultural or morphological phenotype of the host. Two isolates containing P type dsRNA segments appeared to produce toxin protein (killer strains) which inhibited the growth of 4 isolates (sensitive strain) with different susceptibility. Two killer strains contain unique M dsRNA segment which may code for toxin protein. However, the presence of toxin-sensitive strains among dsRNA-free isolates was similar to that of ds RNA containing strains.