The genus Termitomyces (Lyophyllaceae, Basidiomycota) is often associated with fungus-feeding termites (Macrotermitinae) due to their strong symbiotic relationships. The genus is widely found exclusively in certain regions of Africa and Asia. They are recognized as edible mushroom within Southeast Asia as well. But it is often misidentified based on morphology by the local communities especially in Malaysia for Chlorophyllum molybdites which is a highly poisonous mushroom. Thus, it is necessary to study the genus for Malaysia with the synergy of using both morphological and molecular identification. In this study, we aim to describe another new species as an addition to the genus Termitomyces found within Sabah, Malaysia. We generated two new sequences (nrLSU and mtSSU) for the new species and a total of 28 nrLSU and mtSSU sequences were retrieved from GenBank for the phylogenetic analysis using maximum likelihood and Bayesian inferences. We identified that the new collection from Sabah province is a new species and named as Termitomyces gilvus based on the termites found in the mound. A phylogeny tree made from the concatenated genes of LSU and mtSSU suggests that T. gilvus is closely related to T. bulborhizus from China. According to our results, the combination of molecular and morphology proved to be a robust approach to re-evaluate the taxonomic status of Termitomyces species in Malaysia. Additional surveys are needed to verify the species diversity and clarify their geographic distribution.
Proceedings of the Microbiological Society of Korea Conference
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2002.10a
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pp.22-26
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2002
There are a number of ways in which environmental microbiology and microbial ecology will benefit from DNA micro array technology. These include community genome arrays, SSU rDNA arrays, environmental functional gene arrays, population biology arrays, and there are clearly more different applications of microarray technology that can be applied to relevant problems in environmental microbiology. Two types of the applications, bacterial identification chip and functional gene detection chip, will be presented. For the bacterial identification chip, a new approach employing random genome fragments that eliminates the disadvantages of traditional DNA-DNA hybridization is proposed to identify and type bacteria based on genomic DNA-DNA similarity. Bacterial genomes are fragmented randomly, and representative fragments are spotted on a glass slide and then hybridized to test genomes. Resulting hybridization profiles are used in statistical procedures to identify test strains. Second, the direct binding version of microarray with a different array design and hybridization scheme is proposed to quantify target genes in environmental samples. Reference DNA was employed to normalize variations in spot size and hybridization. The approach for designing quantitative microarrays and the inferred equation from this study provide a simple and convenient way to estimate the target gene concentration from the hybridization signal ratio.
Jeon, Boo Seong;Nam, Seung Won;Kim, Sunju;Park, Myung Gil
ALGAE
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v.33
no.1
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pp.1-19
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2018
Members of the family Parviluciferaceae (Alveolata, Perkinsozoa) are the well-known dinoflagellate parasitoids along with Amoebophrya ceratii species complex and parasitic chytrid Dinomyces arenysensis and contain six species across three genera (i.e., Parvilucifera infectans, P. sinerae, P. rostrata, and P. corolla, Dinovorax pyriformis, and Snorkelia prorocentri) so far. Among Parvilucifera species, the two species, P. infectans and P. sinerae, are very similar or almost identical each other morphologically and genetically, thereby make it difficult to distinguish between the two. The only main difference between the two species known so far is the number of sporangium wall (i.e., 2 layers in P. infectans vs. 3 layers in P. sinerae). During sampling in Masan bay, Korea during the spring season of 2015, the dinoflagellate Akashiwo sanguinea cells infected by the parasite Parvilucifera were observed and this host-parasite system was established in culture. Using this culture, its morphological and ultrastructural features with special emphasis on the variation in the number of sporangium wall over developmental times, were investigated. In addition, the sequences of rDNA regions and ${\beta}-tubulin$ genes were determined. The result clearly demonstrated that the trophocyte at 36 h was covered with 4 layers, and then outer layer of the sporocyte gradually degraded over time, resulting in wall structure consisting of two layers, with even processes being detached from 7-day-old sporangium with smooth surface, indicating that the difference in the number of layers seems not to be an appropriate ultrastructural character for distinguishing P. infectans and P. sinerae. While pairwise comparison of the large subunit rDNA sequences showed 100% identity among P. infectans / P. sinerae species complex, genetic differences were found in the small subunit (SSU) rDNA sequences but the differences were relatively small (11-13 nucleotides) compared with those (190-272 nucleotides) found among the rest of Parvilucifera species (P. rostrata and P. corolla). Those small differences in SSU rDNA sequences of P. infectans / P. sinerae species complex may reflect the variations within inter- strains of the same species from different geographical areas. Taken together, all morphological, ultrastructural, and molecular data from the present study suggest that they are the same species.
Soo-Min Hong;Seong-Keun Lim;Young-Kun Kim;Sang Jae Suh;Leonid N. Ten;Seung-Yeol Lee;Hee-Young Jung
The Korean Journal of Mycology
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v.52
no.2
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pp.125-134
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2024
A fungal strain, KNUF-4H-A belonging to the genus Phaeosphaeria was isolated from the citrus flower chafer (Gametis jucunda) in Chungcheongbuk-do, Korea. This strain was further identified as Phaeosphaeria chengduensis through phylogenetic analyses based on a concatenated dataset of DNA sequences of internal transcribed spacer (ITS) regions, as well as the small subunit rDNA (SSU), large subunit rDNA (LSU), RNA polymerase II second largest subunit (RPB2), and translation elongation factor 1-α (TEF1-α) genes. The isolate KNUF-4H-A exhibited typical cultural characteristics of P. chengduensis, producing colonies that were flattened, greenish-grey at the edges, grey-white at the center, and dark brown on the reverse side. Phaeosphaeria species have been reported in various ecosystems, including terrestrial and freshwater environments. The isolation of KNUF-4H-A from the citrus flower chafer provides valuable insights into the habitat diversity of Phaeosphaeria. This is the first record of Phaeosphaeria chengduensis in Korea.
White, B.A.;Cann, I.K.O.;Kocherginskaya, S.A.;Aminov, R.I.;Thill, L.A.;Mackie, R.I.;Onodera, R.
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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v.12
no.1
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pp.129-138
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1999
If rumen bacteria can be manipulated to utilize nutrients (i.e., ammonia and plant cell wall carbohydrates) more completely and efficiently, the need for protein supplementation can be reduced or eliminated and the digestion of fiber in forage or agricultural residue-based diets could be enhanced. However, these approaches require a complete and accurate description of the rumen community, as well as methods for the rapid and accurate detection of microbial density, diversity, phylogeny, and gene expression. Molecular ecology techniques based on small subunit (SSU) rRNA sequences, nucleic acid probes and the polymerase chain reaction (PCR) can potentially provide a complete description of the microbial ecology of the rumen of ruminant animals. The development of these molecular tools will result in greater insights into community structure and activity of gut microbial ecosystems in relation to functional interactions between different bacteria, spatial and temporal relationships between different microorganisms and between microorganisms and reed panicles. Molecular approaches based on SSU rRNA serve to evaluate the presence of specific sequences in the community and provide a link between knowledge obtained from pure cultures and the microbial populations they represent in the rumen. The successful development and application of these methods promises to provide opportunities to link distribution and identity of gastrointestinal microbes in their natural environment with their genetic potential and in situ activities. The use of approaches for assessing pupulation dynamics as well as for assessing community functionality will result in an increased understanding and a complete description of the gastrointestinal communities of production animals fed under different dietary regimes, and lead to new strategies for improving animal growth.
Rumen microbiology research has undergone several evolutionary steps: the isolation and nutritional characterization of readily cultivated microbes; followed by the cloning and sequence analysis of individual genes relevant to key digestive processes; through to the use of small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) sequences for a cultivation-independent examination of microbial diversity. Our knowledge of rumen microbiology has expanded as a result, but the translation of this information into productive alterations of ruminal function has been rather limited. For instance, the cloning and characterization of cellulase genes in Escherichia coli has yielded some valuable information about this complex enzyme system in ruminal bacteria. SSU rRNA analyses have also confirmed that a considerable amount of the microbial diversity in the rumen is not represented in existing culture collections. However, we still have little idea of whether the key, and potentially rate-limiting, gene products and (or) microbial interactions have been identified. Technologies allowing high throughput nucleotide and protein sequence analysis have led to the emergence of two new fields of investigation, genomics and proteomics. Both disciplines can be further subdivided into functional and comparative lines of investigation. The massive accumulation of microbial DNA and protein sequence data, including complete genome sequences, is revolutionizing the way we examine microbial physiology and diversity. We describe here some examples of our use of genomics- and proteomics-based methods, to analyze the cellulase system of Ruminococcus flavefaciens FD-1 and explore the genome of Ruminococcus albus 8. At Illinois, we are using bacterial artificial chromosome (BAC) vectors to create libraries containing large (>75 kbases), contiguous segments of DNA from R. flavefaciens FD-1. Considering that every bacterium is not a candidate for whole genome sequencing, BAC libraries offer an attractive, alternative method to perform physical and functional analyses of a bacterium's genome. Our first plan is to use these BAC clones to determine whether or not cellulases and accessory genes in R. flavefaciens exist in clusters of orthologous genes (COGs). Proteomics is also being used to complement the BAC library/DNA sequencing approach. Proteins differentially expressed in response to carbon source are being identified by 2-D SDS-PAGE, followed by in-gel-digests and peptide mass mapping by MALDI-TOF Mass Spectrometry, as well as peptide sequencing by Edman degradation. At Ohio State, we have used a combination of functional proteomics, mutational analysis and differential display RT-PCR to obtain evidence suggesting that in addition to a cellulosome-like mechanism, R. albus 8 possesses other mechanisms for adhesion to plant surfaces. Genome walking on either side of these differentially expressed transcripts has also resulted in two interesting observations: i) a relatively large number of genes with no matches in the current databases and; ii) the identification of genes with a high level of sequence identity to those identified, until now, in the archaebacteria. Genomics and proteomics will also accelerate our understanding of microbial interactions, and allow a greater degree of in situ analyses in the future. The challenge is to utilize genomics and proteomics to improve our fundamental understanding of microbial physiology, diversity and ecology, and overcome constraints to ruminal function.
Jung-Joo Ryu;Seung-Yeol Lee;In-Kyu Kang;Leonid N. Ten;Hee-Young Jung
The Korean Journal of Mycology
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v.50
no.3
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pp.195-204
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2022
A fungal strain, designated KNUF-20-NI009, was isolated from soil collected from Gunsan-si, Jeollabuk-do, Korea. The isolate showed cultural features typical of the genus Xenoroussoella. Colonies cultivated on malt extract agar were olivaceous-brown to pale olivaceous-white at the margins, with undersides of dark olivaceous to olivaceous-brown and a white margin. The conidia, with a size range of 2.7-5.1×1.6-3.3 ㎛ ($\bar{x}=3.6\times2.6{\mu}m$, n=50), were globoid to ellipsoid in shape, hyaline when immature, becoming light brown to golden-brown when mature, and characterized by 1 or 2 guttules. Multi-locus sequence analysis based on a combined dataset of internal transcribed spacer regions (ITS), large subunit rDNA (LSU), small subunit rDNA (SSU), translation elongation factor 1-alpha (TEF1α), and RNA polymerase II largest subunit (RPB2) sequences revealed KNUF-20-NI009 to be a strain of Xenoroussoella triseptata. This is the first report of this species in Korea.
Yellow goosefish (Lophius litulon) is one of the important commercial fisheries target species in Korea, and commonly consumed as braised or stew. The microsporidian Spraguea is known to infect the nervous system of lophiid fish, forming numerous visible whitish xenomas. This parasite is commonly found in lophiid fish worldwide, but there is no information on the infection status of this parasite in Korea. We obtained commercially available chopped packs of lophiid fish from several fish markets and investigated their prevalence of infection. The isolated xenomas were crushed and purified as mature spore suspension. Microscopic observation and PCR were conducted to visualize and identify them. The host fish was also identified by DNA bar cording analysis. All the specimens were heavily infected and microscopic observation with Giemsa or Chromotrope 2R stain revealed tiny oval shapes of typical microsporidian spores. PCR analysis targeting the partial SSU rDNA showed that our specimen belongs to the genus Spraguea clade. But clear identification at the species level was not possible, due to the insufficient information of gene sequences available in GenBank. In addition, all of our host fish specimen was identified as yellow goosefish. This is the first report of a microsporidian parasite Spraguea infection in yellow goosefish from Korea.
Kim, Choong-jae;Kim, Sook-Yang;Kim, Kui-Young;Kang, Young-Sil;Kim, Hak-Gyoon;Kim, Chang-Hoon
Proceedings of the Korean Aquaculture Society Conference
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2003.10a
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pp.136-137
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2003
The marine dinoflagellate genus Alexandrium has been recognized as the most representative toxic phytoplankton on account of production of paralytic shellfish poisoning (PSP) throughout the world. PSP producers, generally A, tamarense and A. catenella, within the genus Alexandrium have caused high level intoxicauon of fisheries products and even death of human. In addition, more recent increasing of geographical range of this deleterious species has given rise to alarming tension. The study presented here aimed construction of the molecular phylogenetic relationships through sequences-determination from 16 morphotypic species (containing newly sequenced 3 morphotypic species, A. tamiyavainchii, A. fraterculus and A. pseudogonyaulax) in LSU rDNA D1-D2 and 12 morphotypic species (containing newly sequenced 6 - morphotypic species, A. catenella, A. tamiyavanichii, A. fraterculus, A. affine, A. insuetum and A. pseudogonyaulax) in SSU rDNA region, and the sequences were subjected to comparative-analysis in respect to regional population using functionally expressed rDNA genus and pseudogenes. And we discussed on genetic differentiation between A. tamarense and A. catenella together with putative PSP divegence of the genus Alexandrium. The results of phylogenetic analysis showed the robust monophyletic 14 distinct classes of A. tamarense, A. excavatum, A. catenella, Tasmanian A. tamarense, A. affine (and/or A. concavum), Thai A. tamarense, A. tamiyavanichii, A. fraterculus, A. margalefii, A. andersonii, A. ostenfeldii, A. minutum (and/or A. lusitanicum), A. insuetum, and A, pseudogonyaulx clade. A. fraterculus and A. tamiyavanichii were sister relationship and they were positioned independently between A, affine cluster and those of A. margalefi, A. andersonii, A. ostenfeldii, A. minutum and A. insuetum. A. pseudogonyaulax appeared to be an ancestral taxon among Alexandrium.
Geon-Woo Lee;Sang-Tae Seo;Byeongjin Cha;Sang-Sub Han
Research in Plant Disease
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v.29
no.4
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pp.420-424
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2023
In 2020, within the Dongbaekdongsan area in Jeju Island, a Septobasidium sp. associated with a felt disease in Castanopsis sieboldii (Makino) Hatus. ex T. Yamaz. & Mashiba was identified. The symptom included the presence of brown, thin, and silk-like mycelial mats attached to the tree's bark, displaying variations in size from large to small. To induce hyphal growth, the samples collected were incubated in a moist chamber, and the newly formed hyphae were subjected to genomic DNA extractions. The nucleotide sequences of the internal transcribed spacer and small subunit rDNA genes were determined, and molecular characteristics among the isolates were investigated through polymerase chain reaction-based restriction fragment length polymorphism analysis. This Septobasidium sp. exhibited distinct morphological and phylogenetic features compared to those that were previously reported in South Korea. Consequently, this strain is taxonomically classified as a provisionally novel species of Septobasidium. Furthermore, the observed felt disease exhibited a high degree of host specificity, as it was exclusively identified in C. sieboldii without occurrence in other tree species at the time of observation.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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