• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제11권3호
• /
• pp.515-523
• /
• 2001

The dinoflagellates have some primitive nuclear features and are evolutionarily intermediate between prokaryotes and eukaryotes. The small subunit ribosomal RAN gene, the 5.8S ribosomal RNA gene, and the internal transcribed spacer (ITS) of Gonyaulax polyedra were cloned, and their sequences were analyzed to better understand their evolutionary position. The small subunit ribosomal RNA gene was 1,794 nt long, the large subunit ribosomal RNA gene was approximately 3,500 nt long, and the 5.8S ribosomal RNA gene was 159 nt long. The first internal transcribed spacer (ITS1) was 191 nt long, and the second internal transcribed spacer (ITS2) was 185 nt long. The intergenic spacer of the ribosomal RNA gene (IGS) was about 2,200 nt long, indicating that 5,800 nt of transcribed sequences were separated by roughly 2,200 nt of intergenic spacer. The ribosomal RNA genes were repeated many times and arranged in a head-to-tail, tandemly repeated manner. The repeating unit of ribosomal RNA gene of G. polyedra was proposed to be 8,000 nt long. Based on the lengths of ribosomal RNA, sequence alignments with representative organisms, and phylogenetic analysis on ribosomal RNA, G. polyedra appears to be one of the alveolates branched from the eukaryotic crown and, among dinoflagellates, it seems to not have emerged early.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제36권1호
• /
• pp.47-54
• /
• 1998

소의 주혈원충인 Reileria sp.의 small subunit ribosomal RMh (SSU rRNA) 유전자의 염 기서 열분 석을 위해 한국의 전북 장수로부터 분리하여 계대보관 중인 실험실 보관주 (KLS)와 김제 분리주 (KCB), 그리고 일본의 Shintoku 분리주 (JHS)를 실험에 사용하였다. 이들 분리주로 부터 원충을 회수 한 후 유전자를 추출하여 중합효소연쇄반응에 의 해 1.8 kb의 SSU rRNA 유전자를 증폭시 킬 수 있었으며, 증폭된 유전자를 이용하여 클론을 제작하고. 이들 클론으로 부터 플라스미드를 추출하여 유전자 염기서열분석을 실시하였다. 각 ReTheileria 분리주의 SSU rRNA유전자의 염기서열분석은 forma터와 reverse양쪽 다중복하여 실시하였으며 연속적인 primer를 이용하였다. 그 결과 한국의 소로부터 분리 한 Theue4n sp. (KLS. KCB)의 SSU rRNA유전자 염 기서 열 (Type A로 명명하였슴)은 일본 분리주와 동 일하였으며, 이 Type A를 GenBank로부터 유전자 검색을 해본 결과 Kenya의 Marula 분리주인 Reixerin buffeli의 SSU rRNA유전자 염기서열과 일치 하였다.

• 미생물학회지
• /
• 제30권6호
• /
• pp.466-471
• /
• 1992

HTLV-I 의 gag-pro 유전자 중첩영역내에서 -1 ribosomal frameshifting 이 일어나는 자리를 결정하기 위하여 gag-pro 중첩영역의 일부를 SP6 promoter 를 가진 백터내에 클로닝하였다. 그 결과 닭의 prelysozyme 에서 유래한 5개의 아미노산을 코드하는 합성유전자와 141 bp 로된 gag-pro 중첩영역의 뒤에 Straphylococcus aureus 의 protein A 유전자단편이 연결된 hybrid 유전자를 보유한 플라스미드를 제작하였다. 이 DNA 클론을 주형으로 SP6 RNA polymerase 의 작용에 의해 한종류의 mRNA 를 다량으로 합성하였다. Invitro 에서 합성된 mRNA 로 무세포계에서 단백질을 합성한 결과 21 kDal 의 단백질이 생성되었고 IgG-Sepharose 를 사용한 affinity chromatography 로 합성된 단백질을 순수하게 정제할 수 있었다. 본연구에서 설명한 in vitro 실험계는 Gag-Pro transframe 단백질의 신속한 정제 및 일차구조의 결정에 유익하게 사용될 것으로 보이며 이와 같은 실험의 결과 mRNA 에서 ribosomal frameshifting 이 일어나는 정확한 site 를 결정할 수 있을 뿐 같은 실험의 결과 mRNA 에서 ribosomal frameshifting 이 일어나는 정확한 site 를 결정할 수 있을 뿐 아니가 pro 유전자의 발현에 필요한 frameshift 를 유도하는 tRNA 의 동정도 가능하게 될 것이다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제14권2호
• /
• pp.133-137
• /
• 1986

원생동물인 Tetrahymena thermophila의 17S-rDNA구조 및 hygromycin 내성 기구에 대한 연구의 일부로서 hygromycin 내성변이주 hmr3의 17S-rDNA를 대장균의 vector pBR 322에 cloning하였다. 우선 rDNA는 hot phenol-cresol 용액으로 추출하여 제한효소 Hind III 처리로서 약 2.2kbp의 17S-rDNA를 agarose 전기영동상에서 분리하였다. 이를 pBR 322에 cloning하여 wild type의 17S-rDNA probe와 colony hybridization시켜 선별하였다. 그중 5-19 균주의 recombinant plasmid로부터 17S-rDNA 의 전사 orientation위치가 pBR322의 tetracyline내성 유전자 쪽으로 삽입되어 있는 것을 확인하였다.

• 미생물학회지
• /
• 제26권4호
• /
• pp.312-317
• /
• 1988

The genes for ribosomal RNA in Rhizobium meliloti and Bradyrhizobium japonicum were analyzed by southern hybridization of BamHI, EcoRI, HindIII digested chromosomal DNA with purified 5' $^{32}P$-labeled 16S and 23S rRNA. The big differences in the hybridization pattern of both rhizobia were found. The comparative results were discussed in relation to the copy number and conservativity of restriction sites in the rRNA genes of both rhizobia.

• BMB Reports
• /
• 제55권11호
• /
• pp.535-540
• /
• 2022

Ribosomes, acting as the cellular factories for protein production, are essential for all living organisms. Ribosomes are composed of both proteins and RNAs and are established through the coordination of several steps, including transcription, maturation of ribosomal RNA (rRNA), and assembly of ribosomal proteins. In particular, diverse factors required for ribosome biogenesis, such as transcription factors, small nucleolar RNA (snoRNA)-associated proteins, and assembly factors, are tightly regulated by various post-translational modifications. Among these modifications, small ubiquitin-related modifier (SUMO) targets lots of proteins required for gene expression of ribosomal proteins, rRNA, and snoRNAs, rRNA processing, and ribosome assembly. The tight control of SUMOylation affects functions and locations of substrates. This review summarizes current studies and recent progress of SUMOylation-mediated regulation of ribosome biogenesis.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제5권4호
• /
• pp.194-199
• /
• 1995

A portion (7.4 kb) of ribosomal DNA tandem repeat unit from a genome of the mushroom T. matsutake has been cloned. A 1.75 kb EcoRI fragment was cloned first using S. cerevisiae 255 rRNA gene as a probe, and this was then used for further cloning. A chromosomal walking experiment was carried out and the upstream region of the 1.75 kb fragment was cloned using SmaI/BamHI enzyme, the size was estimated to be 5.2 kb in length. Part of the downstream region of the 1.75 kb fragment was also cloned using XbaI/BamHI enzymes. Restriction enzyme maps of three cloned DNA fragments were constructed. Northern hybridization, using total RNA of T. matsutake, and the restriction fragments of three cloned DNAs as probes, revealed that all four ribosomal RNA genes (large subunit[LSU], small subunit [SSU], 5.85 and 5S rRNA genes) are present in the cloned region. The gene organization of the rDNA are regarded as an intergenic spacer [IGS]2 (partial) - SSU rRNA - internal transcribed spacer [ITS]1 - 5.8S rRNA - ITS2 - LSU rRNA - IGS1 -5S rRNA - IG52 (partial).

• 미생물학회지
• /
• 제30권6호
• /
• pp.472-478
• /
• 1992

HTLV-1 이 pol 유전자산물을 합성하기 위해서는 genome-size mRNA 를 번역해 나아가는 ribosome 이 -1 방향으로 두차례 frame 을 바꾸어야 한다. 우리는 단 한차계의 frameshifting 만으로도 많은 양의 Gag-Pro-Pol polyprotein 의 합성어 가능하도록 gag 와 pro 유전자의 frame 을 연결시킨 mutant RNA 를 제작하였다. 이 돌연변이를 이용하여 ribosome 의 shift site 하류영역내에 형성이 예상되는 RNA 의 이차구조 또는 삼차 구조가 -1 frameshifting 을 결정하는 인자로서 작용하는지의 여부를 조사하였다. 결손변이주의를 해석한 결과 pro-pol 중첩영역에서 효율적으로 frameshifting 이 일어나기 위해서는 stem-loop 가 필수적으로 형성되어야 하지만 pseudoknot 의 형성은 그다지 중요하지 않다는 사실을 알았다.

• 대한수의학회지
• /
• 제38권4호
• /
• pp.909-917
• /
• 1998

한국과 일본의 서로 다른 지역으로부터 소의 Theileria 분리주에 있어서 6가지 type(A부터 E 그리고 H)과 subtype(B1)의 small subunit ribosomal RNA(SSUrRNA) 유전자를 밝혔다. 이들 유전자 염기서열을 비교하여 본 바 염기서열의 위치 212~231, 261~270 그리고 632~690으로 3군데의 hypervariable region이 관찰되었다. SSUrRNA 유전자 염기서열 type A는 한국의 전북 분리주(KCB), 충남 분리주(KCN), 제주 분리주(KCJ)그리고 실험실 보관주(KLS)와 일본의 Shintoku 분리주(JHS)인 5개의 분리주에서 나타났으며, 이 염기서열은 Kenya의 Marula 분리주인 Theileria buffeli의 SSUrRNA 유전자(GenBank accession number Z15106)와 일치하였다. 한국의 경북 분리주(KKB)에서는 type B만이 관찰되었으나 그 외의 분리주에서는 2 type 이상의 유전자 염기서열이 관찰되었다. KCB와 JHS 분리주에서는 type A와 B, 강원 분리주(KKW)에서는 type B와 H, KCN 분리 주에서는 type A, C 및 D 그리고 KCJ 분리주에서는 type A, B, E 및 subtype B1이 관찰되었다. 한국과 일본 소의 Theileria 분리주에 있어서 여러 type의 SSUrRNA 유전자 염기서열이 나타나는 것으로 보아 혼함감염이 되어 있는 것으로 판단된다.

• 한국잠사곤충학회지
• /
• 제51권2호
• /
• pp.137-141
• /
• 2013

ITS 1, 2, 5.8S ribosomal RNA gene 염기서열 분석과 주사전자현미경 구조 분석을 통해 3종의 페루산 곤충병원성진균들의 동정을 수행하고자 하였다. 이를 위해 두개의 ITS 부위와 5.8S rRNA gene 부위를 포함하는 PCR product를 증폭하여 염기서열 분석을 수행하였으며 분석된 염기서열을 이용하여 NCBI의 BLAST를 이용하여 가장 높은 상동성을 보이는 종들의 ITS1-5.8S-ITS2 염기서열 정보와 비교분석을 위한 근연종들의 염기서열 정보를 다운로드하여 neighbor joining 분석을 수행하였다. 이를 통해 5.8S rRNA 유전자 염기서열은 속 수준에서도 거의 차이를 보여주지 않을 정도로 매우 안정적으로 보존되어 있음을 확인할 수 있었으며 종간 구분이 모호한 결과를 보여주었다. 그와 반대로 ITS 부위의 염기서열은 종에 매우 특이적임을 확인할 수 있었으며, 비교분석에 사용된 Beauveria bassiana strain 간의 차이는 확인할 수 없었다. ITS 염기서열 분석결과를 뒷받침하고자 곤충병원성 진균류의 동정을 위한 분류 key로 사용되는 미세구조 관찰을 위해 주사전자현미경 관찰과 광학현미경 관찰을 통해 B. bassiana 및 Lecanicillium attenuatum의 전형적 구조를 관찰할 수 있었다.