• 제목/요약/키워드: Reverse annealing

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Development of a multiplex qRT-PCR assay for detection of African swine fever virus, classical swine fever virus and porcine reproductive and respiratory syndrome virus

  • Chen, Yating;Shi, Kaichuang;Liu, Huixin;Yin, Yanwen;Zhao, Jing;Long, Feng;Lu, Wenjun;Si, Hongbin
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제22권6호
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    • pp.87.1-87.12
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    • 2021
  • Background: African swine fever virus (ASFV), classical swine fever virus (CSFV), and porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) are still prevalent in many regions of China. Co-infections make it difficult to distinguish their clinical symptoms and pathological changes. Therefore, a rapid and specific method is needed for the differential detection of these pathogens. Objectives: The aim of this study was to develop a multiplex real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (multiplex qRT-PCR) for the simultaneous differential detection of ASFV, CSFV, and PRRSV. Methods: Three pairs of primers and TaqMan probes targeting the ASFV p72 gene, CSFV 5' untranslated region, and PRRSV ORF7 gene were designed. After optimizing the reaction conditions, including the annealing temperature, primer concentration, and probe concentration, multiplex qRT-PCR for simultaneous and differential detection of ASFV, CSFV, and PRRSV was developed. Subsequently, 1,143 clinical samples were detected to verify the practicality of the assay. Results: The multiplex qRT-PCR assay could specifically and simultaneously detect the ASFV, CSFV, and PRRSV with a detection limit of 1.78 × 100 copies for the ASFV, CSFV, and PRRSV, but could not amplify the other major porcine viruses, such as pseudorabies virus, porcine circovirus type 1 (PCV1), PCV2, PCV3, foot-and-mouth disease virus, porcine parvovirus, atypical porcine pestivirus, and Senecavirus A. The assay had good repeatability with coefficients of variation of intra- and inter-assay of less than 1.2%. Finally, the assay was used to detect 1,143 clinical samples to evaluate its practicality in the field. The positive rates of ASFV, CSFV, and PRRSV were 25.63%, 9.36%, and 17.50%, respectively. The co-infection rates of ASFV+CSFV, ASFV+PRRSV, CSFV+PRRSV, and ASFV+CSFV+PRRSV were 2.45%, 2.36%, 1.57%, and 0.17%, respectively. Conclusions: The multiplex qRT-PCR developed in this study could provide a rapid, sensitive, specific diagnostic tool for the simultaneous and differential detection of ASFV, CSFV, and PRRSV.

전기화학적 정전위 활성화를 사용한 수소 제거에 의한 AlGaN기반의 UV-C 발광 다이오드의 p-형 활성화 (p-Type Activation of AlGaN-based UV-C Light-Emitting Diodes by Hydrogen Removal using Electrochemical Potentiostatic Activation)

  • 이고은;최낙준;찬드라 모한 마노즈 쿠마르;강현웅;조제희;이준기
    • 마이크로전자및패키징학회지
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    • 제28권4호
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    • pp.85-89
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    • 2021
  • AlGaN 기반 UV-C 발광다이오드(LEDs)에 전기화학적 전위차 활성화(EPA)에 의한 p-형 활성화를 진행하였다. 높은 저항과 낮은 전도도를 유발하는 중성 Mg-H의 복합체의 수소원자를 EPA를 이용하여 제거하여 p-형 활성화 효율을 높였다. 중성 Mg-H 복합체는 주요 매개 변수인 용액, 전압, 시간에 의해 Mg-과 H+로 분해되며, 2차 이온질량 분광법(SIMS) 분석을 통하여 개선된 정공 캐리어의 농도를 확인할 수 있었다. 이 메커니즘은 결국 내부 양자효율(IQE)의 증가, 광 추출 효율 향상, 역 전류 영역의 누설전류 값 개선, 접합 온도 개선 등을 이루어 결과적으로 UV-C LED의 수명을 향상시켰다. 체계적인 분석을 위해 SIMS, Etamax IQE 시스템, 적분구, 전류-전압(I-V) 측정 등을 사용하였으며, 그 결과를 기존의 N2-열 처리 방법과 비교 평가하였다.

담배에서 병원균에 반응하는 MAPK 신호전달체계에 의해 매개되는 방어 유전자들의 분리 및 특성화 (Isolation and Characterization of Defense Genes Mediated by a Pathogen-Responsive MAPK Cascade in Tobacco)

  • 장은경;강은영;김영철;조백호;양광열
    • 생명과학회지
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    • 제18권8호
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    • pp.1023-1030
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    • 2008
  • SIPK와 WIPK의 상위 단계 인산화 효소로 알려진 NtMEK2가 DEX 유도성 시스템에 의해 밝혀졌다. 이 NtMEK2 유전자가 지속적으로 활성화된 돌연변이체인 $NtMEK2^{DD}$의 발현은 SIPK와 WIPK를 활성화 시켜 주므로 과민감 반응과 같은 세포 괴사를 야기하는 것으로 나타나 NtMEK2-SIPK/WIPK 체계가 담배에서 방어 반응을 조절하고 있음을 알 수 있었다. 그러나 NtMEK2-SIPK/WIPK 체계에 의해서 조절 되는 하위 기질이나 방어관련 유전자들에 대한 연구는 아직 미비한 상태이다. 그래서 본 연구는 NtMEK2-SIPK/WIPK 체계에 매개되는 하위 유전자들을 분리하기 위하여 $NtMEK2^{DD}$ 형질전환 식물체를 이용해 ACP에 기초한 DDRT-PCR을 수행하였다. 그 결과 본 연구를 통해 처음으로 pI2-4, MTS2, SINA, CDM1, HRGP 및 DEG45를 포함해 여섯 개의 DEG들을 선발하였다. 이 유전자들의 발현은 $NtMEK2^{DD}$ 형질전환에서 다시 확인하였으며 특히 pI2-4, CDM1, HRGP의 유전자 발현은 다른 유전자들과 비교해 볼 때 살리실산과 담배모자이크바이러스에 강하게 반응하여 증폭됨을 알 수 있었다. 이러한 결과를 볼 때 NtMEK2-SIPK/WIPK 체계에 의해 조절되는 세 개의 유전자는 병저항성에 관여하고 있음을 제시한다 하겠다.

다양한 암세포 주와 MSCs에 대한 Saccharin의 항증식성 평가 (Estimation of Anti-proliferative Activity of Saccharin against Various Cancer Cell Lines and MSCs)

  • 최정수;박상용;양만길;이동범;이태복;허지혜;이민우;김성욱
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제48권3호
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    • pp.169-175
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    • 2016
  • Saccharin (o-benzoic sulfimide)은 1879년에 최초로 합성된 열량이 없는 인공감미료이다. 본 연구에서, 우리는 다양한 인간 암세포주와 인간 골수에서 유래한 중간엽 줄기세포에 대한 saccharin의 생물학적 활성을 실험해보고자 한다. 4가지 인간 암세포주(H460, H157, A549, SKOV3)와 쥐암세포(Raw264.7) 그리고 인간 골수 유래 중간엽 줄기세포에 대한 세포 viability assay는 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT)의 변환을 기초하여 세포독성을 실험하였다. Saccharin을 처리하지 않은 세포와 대조적으로 saccharin을 처리한 세포에서 발현 양상이 달라지는 gene을 찾기 위해, 우리는 ACP를 기초로 한 DDRT-PCR을 시행하였다. 모든 실험에 사용된 세포들은 각기 다양한 saccharin 농도로(0.0, 4.8, 7.2, 9.6, 12.0, 14.4 mg/mL) 48시간 동안 처리되었다. 그 결과, 48시간 동안 다양한 saccharin 농도로 처리되면서 saccharin 처리를 하지 않은 암세포보다 saccharin 처리를 한 암세포에서 대사활성을 지닌 세포의 수가 감소하는 것을 확인할 수 있었고, 이런 세포 증식의 감소는 농도가 증가함에 따라 더욱 두드러졌다. 그리고 saccharin에 대한 반응으로 MSCs에 다른 양상으로 발현이 되는 주목할만한 gene 후보군이 2% agarose gel 상에 16개 밴드로 나타났고, 7개는 발현이 증가, 9개는 발현이 감소한 gene으로 보였다. 이 후보군중 하나는 FK506 binding protein gene이다. 이 단백질이 줄기세포의 생장활성에 어떠한 역할을 하고 있는지는 명확하지 않고 saccharin의 줄기세포 증식 활성 증가에 대한 FK506 binding protein의 자세한 기능은 추후 더 연구가 필요하다.