• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제21권3호
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• pp.249-257
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• 2017

In a 12-week experiment, the rock bream, Oplegnathus fasciatus, and olive flounder, Paralichthys olivaceus, were investigated to determine the effects of starvation on their physiological parameters. The protein and DNA contents of the starved fish were significantly higher than the initial values and those of the fed fish. The RNA contents and RNA/DNA ratios of the fed fish were significantly higher than those of the other groups (P<0.05). The hematocrit, hemoglobin, red blood cells (RBC), and mean corpuscular volume (MCV) of the fed rock bream were significantly higher than at baseline (P<0.05), whereas the mean corpuscular hemoglobin concentration (MCHC) of the fed fish was lower than at baseline (P<0.05). The hematocrit, hemoglobin, RBC, and MCHC of the starved group were significantly lower than the baseline values, whereas the MCV of the starved group was significantly higher than the baseline value (P<0.05). No significant difference in alanine aminotransferase was observed between the fed fish and baseline, whereas the starved fish value was significantly higher than the baseline value (P>0.05). There were no significant differences in cortisol levels. However, the glucose level in the fed group was significantly higher than the baseline level and that in the starved group was significantly lower than the baseline level (P<0.05).

• 문화기술의 융합
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• 제8권4호
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• pp.415-422
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• 2022

이기종인 온주감귤 유전자(A=20.57, C=32.71, G=30.01, U=16.71%)와 커피 유전자(A=20.66, C=31.76, G=30.187, U=16.71%)는 95%이상이 유전자비가 동일하다. 이기종이면 일반적으로 유전자 결합이 안 되는 것으로 알려졌다. 그러나 유전자 기능적-유사성이 95%이상에서 Chargaff 룰과 Shannon Entropy 조건을 만족하면 접목이 가능하며, 새품종인 Coffrange가 된다. 우리는 DNA-RNA를 세계최초 BCJM 행렬로 풀어 미국특허 및 국제저널에 발표했다. 모든 동식물과 바이러스도 사람이 유전자와 비슷하다. 이점에 착안, 코로나-19와 인체의 유전자 특성을 풀어 영국 행렬교재에 6월 발표했다. 식물에서는 유전자 위치를 쉽게 바꾸는 기법인 BCJM-Transposon으로 처리한다. 시뮬레션에서는 행렬이 Cut & Paste와 Transpose로 성공할 수 있음을 예측했다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권5호
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• pp.734-740
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• 2005

The blood samples were collected from dairy cows at the same milking stage. The single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) method was used to analyze for polymorphism at the 5'flanking region of the hsp70 gene. The mRNA expression levels of HSP70, HSF1, Bcl-2 and Bax-$\alpha$ at different daily-mean-temperature were analyzed by relative quantitative RTPCR. The DNA content, cell phase and the ratio of apoptosis of lymphocytes in peripheral blood of dairy cattle at different daily-meantemperature were determined by FCM. The PCR-SSCP products of primer pair 1 showed polymorphisms and could be divided into four genotypes: aa, ab, ac, cc, with the cis-acting element (CCAAT box) included. Mutations in the hsp70 5'flanking region (468-752 bp) had different effects on mRNA expression of HSP70, HSF1, Bcl-2 and Bax-$\alpha$. The ac genotypic cows showed higher expressions of HSP70mRNA, HSF1mRNA and Bcl-2mRNA/Bax-$\alpha$mRNA and lower ratio of apoptosis. These mutation sites can be used as molecular genetic markers to assist selection for anti-heat stress cows.

• 한국양식학회지
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• 제21권3호
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• pp.190-195
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• 2008

본 연구는 Paracyclopina nana의 먹이생물로써의 우수성을 핵산과 소화효소 활성을 기준으로 넙치 Paralichthys olivaceus 자어를 대상으로 밝히기 위한 것이었다. 실험은 P. nana 단독구(C 실험구), Artemia nauplii 단독구(A 실험구) 그리고 혼합구(M 실험구)로 나누어서 실시하였다. 넙치 자어의 체장은 부화 28일째, P. nana 단독 공급구에서 높게 나타났다. 건조중량당 핵산 함량은 C, M 실험구에서 A 실험구보다 함량이 빠르게 증가하였으며, RNA/DNA ratio는 C 실험구가 M, A 실험구보다 감소 경향이 빨랐다. 이들 자어의 생존률은 실험구에 따른 차이는 없었지만, 비색소침착률은 C, M 실험구에서 낮게 나타났으며, 실험 종료 시 변태율은 C 실험구에서 가장 높게 나타났고, A 실험구에서 유의적으로 가장 낮게 나타났다. $\alpha$-amylase 활성은 모든 실험구에서 증가하는 활성의 경향을 보였다. TAP 활성은 A 실험구에서 26일째 이후 9 mU/larva의 활성으로 높게 나타났으나, 다른 실험구에서는 $5{\sim}6$ mU/larva로 증가하지 않았다. $TAP/{\alpha}-amylase$ 활성의 비에서 A 실험구는 실험기간 동안 유의적으로 변화가 없었으나, C, M 실험구는 유의적으로 낮아지는 경향을 보였다. 결과적으로 실험구들의 성장, 핵산 함량의 변태와 관련된 시기적 증감 현상, 그리고 C, M 실험구에서 지속적으로 낮아지는 $TAP/{\alpha}-amylase$ 활성비를 보았을 때, 넙치 자어의 가장 높은 성장률을 볼 수 있었던 요각류인 P. nana를 공급하는 것이 이 시기의 효과적인 사육 방법인 것으로 판단된다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제13권2호
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• pp.140-149
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• 2010

We determined the seasonal gonad maturation in Strongylocentrotus nudus sea urchins inhabiting an artificially enhanced seaweed forest along the Samchuk Coast of Korea from April 2006 to March 2007. A total of 30 sea urchins per month were collected from the study area, and gonadosomatic index (GSI), gonad index (GI), egg diameter, and RNA/DNA variation were measured for each specimen. GSI values of female and male urchins achieved maximums of 17.6 and 17.0, respectively, in June. Based on histological studies, maximum GI values occurred in July (4.6 for females and 4.8 for males). A mean ovarian egg diameter of $73.7\;\pm\;14.2\;{\mu}m$ was measured in August; during the main spawning period in September, mean egg diameter reached a maximum of $74.2\;\pm\;17.8\;{\mu}m$. The RNA/DNA ratio and RNA content for both males and females showed a distinct peak during the ripe stage in July, but another peak occurred in the spring season from March to April, when urchins deposit protein into the nutritive phagocytes of immature gonads prior to gametogenesis. The reproductive cycle of S. nudus is divided into five stages: early active (December-May), late active (March-July), ripe (July-September), spent and degenerative (August-November), and inactive (October-February). Our continuous removal of sea urchins from the study area did not influence the reproductive cycle, as populations quickly recovered, and achieved normal gonad development cycle in the site.

• 인터넷정보학회논문지
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• 제18권5호
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• pp.47-53
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• 2017

고처리 시퀀싱과 빅데이터 및 크라우드 컴퓨팅에 혁신이 일어나면서, RNA 시퀀싱도 획기적인 변화가 일어, RNAseq가 기존의 DNA 마이크로어레이를 대체하여, 빅-데이터를 형성하고 있다. 현재, RANseq 이용한 유전자 조절망(GRN) 까지 연구가 활성화 되고 있는데, 그 중 한 분야가 GRN의 기본 요소인 특징 유전자를 빅-데이터에서도 구별하고 기존에 알려진 것 외에 새로운 역할을 찾는 것이다. 그러나, 이러한 연구 방향에 부합하는 빅-데이터를 처리할 수 있는 컴퓨테이션 방법이 아직까지 매우 부족하다. 따라서 본 논문에서는 RNAseq 빅-데이터를 처리할 수 있도록 기존의 SVM-RFE알고리즘을 밀집도-의존 정규화에 병합하여, NCBI-GEO와 같은 빅-데이터에서 공개된 일부의 데이터에 개선된 알고리즘을 적용하고 해당 알고리즘에 의해 나온 결과의 성능을 평가한다.

• 한국수산과학회지
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• 제42권1호
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• pp.48-55
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• 2009

The gonad maturation and spawning of blue crab, Portunus trituberculatus (Miers, 1876) using samples caught by trammer net in the western coast of Korea from January to December. The gonadosomatic index (GSI) showed the highest value of 15.0 in June and lowest value of 1.29 in August. Hepatosomatic index (HSI) showed the lowest in the spawning season from June to July. Thereafter, from August the value started to increase to 5.77 in December, showing an adverse trend against GSI. In the histological studies of the female reproductive organ, the gonad filled with primary oocytes from January to February and secondary oocytes in May. The female gonads mature from June, and mature and immature groups could be distinguished from December to February or March. In August, female developed another cycle of gonad development, showing new primary oocytes in the gonads again. Some of female crabs had receptaculum filled with already active sperm cells in it from March to May. In the time of August to September, almost all the females had the sperm sacs in the receptaculum. From the result, the coupling period estimated from August to September. Total RNA and DNA values of the crabs were highest in May (2.51, $0.57{\mu}g/mg$). The DNA value remained unchanged except for the value in May ($0.09-0.13{\mu}g/mg$). while RNA value was lowest in January ($1.08{\mu}g/mg$). The RAN/DNA ratio was the lowest (6.23%) in May and highest (18.05%) in July. The value of correlations coefficient between body weight and fecundity of the crabs was higher that of between carapace width and fecundity.

• 한국패류학회지
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• 제30권3호
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• pp.169-175
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• 2014

PAHs (Polycyclic Aromatic Hydrocarbons: PAHs) is the hydrophobic inorganic material composed of carbon and hydrogen that is easily adsorbed biological organisms in the ocean. Bivalves is the indicator of environment monitoring because of reflect growth, physiological response of bivalve followed their habitat environment. The aim of research is understand the change of oysters (Crassostrea gigas) physiological response under exposed PAHs concentration for control, 1, 10 and $100{\mu}g/L$. We investigated induced immune change response for oyster hemocyte and effect of tissue RNA/DNA ratio for mantle, gill and adductor muscle individually. As a result of experiment change of immune response the oyster hemocyte when exposed PAHs showed that viability and adhesion is no significant difference (ANOVA test, p < 0.05). However phagocytosis decreased under the over $10{\mu}g/L$ of PAHs concentration and ROS increased with the increase of PAHs concentration. The change of RNA/DNA ratio is R/D ratio decreased with the increase of PAH concentration in adductor muscle. However gill and mantle showed no change of R/D ratio with PAHs concentration. The oysters when exposed inorganic pollutant that decreased of physiological condition and damaged protein synthesis of adductor muscle.

• 한국작물학회지
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• 제35권1호
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• pp.65-72
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• 1990

본 연구는 Japonica형 품종인 섬진벼와 통일형품종인 서광벼의 세포주기를 측정하고 온도의 하항에 따른 세포주기의 지연을 측정하여 품종간의 차이가 있는지를 조사하였다. 또한 세포주기를 phase별로 기간을 측정하고 온도의 변화에 따른 각 phase 기간변화로 조사하였다. 아울러 DNA, RNA 및 protein 합성량도 측정하여 세포주기와 어떠한 관련성이 있는지를 조사하였는데 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 섬진벼와 서광벼의 세포주기는 3$0^{\circ}C$에서 6시간, 2$0^{\circ}C$에서 12시간으로 동일하였으나 15$^{\circ}C$에서는 섬진벼 18시간, 서광벼 20시간으로 나타난 것으로 보아 Japonica형 품종인 섬진벼가 통일형 품종인 서광벼에 비하여 냉해에 강한 것으로 나타났다. 2. 세포주기로부터 측정된 각 phase별 기간은 섬진벼가 2$0^{\circ}C$에서 $T_{G_1}$=2.0, $T_{s}$ =4.4, $T_{G_2}$=3.2 그리고 $T_{M}$=2.4 시간이었고, 3$0^{\circ}C$에서 $T_{G_1}$=1.8, $T_{s}$ =2.6, $T_{G_2}$=0.6 그리고 $T_{M}$=0.8 시간이었다. 서광벼에서는 2$0^{\circ}C$에서 $T_{G_1}$=3.0, $T_{s}$ =3.0, $T_{G_2}$=3.5 그리고 $T_{M}$=2.5시간이었고 3$0^{\circ}C$에서 $T_{G_1}$=1.5, $T_{s}$ =1.5, $T_{G_2}$=2.0 그리고 $T_{M}$=1.0시간이었다. 2$0^{\circ}C$에서 3$0^{\circ}C$로 배양온도가 상승함에 따라 섬진벼에서는 2$0^{\circ}C$에 비하여 3$0^{\circ}C$에서 $G_1$기는 길어졌고 $G_2$기와 M기는 짧아졌다. 그러나 서광벼에서는 각 phase의 상대적 기간이 거의 일정한 비율이었다. 3. DNA, RNA 및 protein 합성은 온도가 하항함에 따라 증가하는 경향이었다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XII)
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• pp.686-689
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• 2003

염기서열 분석이 완료된 9종의 고세균 (Archaea)과 15종의 단백세균 (Proteobacteria)에 대하여 유전자보유 유무와 16S rRNA에 의한 계통수를 neighbor joining method와 통계적 의미를 갖는 bootstrap method (n=1000)를 이용하여 분석하였다. 보존적 COG와 각 미생물 보유 ortholog수에 대한 비율은 4.60% (Mezorhizobium loti)와 56.57% (Mycoplasma genitalium) 사이로 종에 따라서 공통 유전자의 보유정도가 차이를 보이는 것으로 독특한 유전자를 탐색할 수 있는 가능성을 제시하는 결과로 사료되었다. Archaeabacteria와 Proteobacteria 그리고 Firmicutes모두 유전자보유 계통수와 16S rRNA 계통수가 일치하는 부분과 일치하지 않는 부분으로 나뉘어진다는 것을 알 수 있었다.