• Mycobiology
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• 제31권3호
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• pp.151-156
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• 2003

Two fungal isolates obtained from roots of Cymbidium goeriingii in Jeju island were confirmed to be symbiotic with orchid plantlets, and were compared with other orchid mycorrhizal(OM) fungi previously isolated. The two isolates differed in their peloton structures formed in the roots of Cymbidium kanran hybrid 'Chungsu' and in responses of orchid plant. These two isolates differed from the additionally tested OM fungi in some features, and from root damaging species of Rhizoctonia and Fusarium as based on cluster analysis after PCR-RAPD with the primers, Bioneer-28 and OPO-2. With this simple and fast technique, it was possible to distinguish OM fungi from the plant root pathogenic fungi based on calculation of their polymorphic bands. This technique can therefore be helpful to distinguish the OM fungi from the root pathogens. Particularly, the new isolates are considered as new resource of symbiotic fungi for horticultural industries.

• 한국약용작물학회:학술대회논문집
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• 한국약용작물학회 2011년도 춘계학술발표회
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• pp.130-131
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• 2011

• 한국수산과학회지
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• 제29권6호
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• pp.761-769
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• 1996

The random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique was used to characterize 18 reference strains of microalgae, mostly Chlorella species, collected from various localities around Korea peninsular. Eighteen strains consist of four genera of the family marine Chlorella from 12 samples, two genera of fresh water Chlorella from three samples, and three genera on Nannochloris. Twenty 10-mer anonymous primers were screened for amplification of genomic DNA extracted from samples using the CTAB extraction method. Nineteen of these oligonucleotide primers were positive or band producing. Three of 20 random primers (OPA 10, OPA 12, and OPA 18) resulted in both clear band and a high degree of reproducibility and showed some potential to be used to discriminate individual samples of both genetically hetero-and homogeneous populations, in determining phylogenetic relationships between species within a genus and developing individual fingerprints for each samples.

• 한국약용작물학회지
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• 제10권3호
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• pp.194-199
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• 2002

한국과 중국 동북부 지역에서 수집한 16종의 더덕으로부터 genomic DNA를 추출한 후, Bioneer사로부터 구입한 random primer(10-mer)를 이용하여 PCR을 수행하였다. 총 49종의 primer를 스크린 한 결과 재현성이 있으면서 polymorphism을 보이는 20개의 primer를 선발하였다. 선발한 primer로부터 PCR에 의해 증폭된 DNA의 크기는 125 bp에서 2.0 kb 내외였으며, 총 148개의 band가 관찰되어 평균 band 수는 7.4개였다. 이들 중에서 polymorphism을 보이는 band의 수는 73개이었으며 (49.3%), polymorphism은 각 primer별로 $1{\sim}9$개로써 다양하였다. 16개 수집종의 유사계수 범위는 0.682에서 0.959로써 유전적 유연정도는 크지 않았다. UPGMA 분석에 의한 수집종들의 유연관계를 dendrogram으로 나타낸 바, 수집종들간의 유전적 거리는 $0.133{\sim}0.400$이었으며, 국내 수집종과 중국 수집종간에는 확실하게 두 그룹으로 분류되었고, 유전적 거리는 약 0.281이었으며, 이들은 모두 지역적인 차이를 보였다. 한편, 중국의 '통화현(通化縣)'과 '류하현(柳河縣)' 수집종이 다른 지역의 수집종보다 유전적 거리가 가장 크게 나타났다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제31권1호
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• pp.1-6
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• 2004

한약재로 사용되는 방풍류는 절단되어 유통되므로 외부 형태적인 특징만으로 구분하기가 어려워 방풍류로 사용되는 방풍, 식방풍, 석방풍, 갯방풍 등 4종에 대해 PCR에 기초한 RAPD 마커를 이용하여 SCAR 마커를 개발하고자 하였다. RAPD 분석결과 밴드의 패턴은 다양하게 나타났으며 다형성의 밴드 수는 총 215개로 전체 밴드수의 98%였다. RAPD 분석에서 각 방풍류를 구별 할 수 있는 특이적인 밴드를 나타내는 primer는 방풍에서 4개의 primer, 식방풍은 6개의 primer, 석방풍은 4개의 primer, 갯방풍은 6개의 primer를 선발하였고, 그 중 특히 primer 425는 4종의 방풍류의 감별에 유용하였고, 이를 이용하여 SCAR마커로 전환하는데 이용하였다. 특이적인 단편을 클로닝하여 염기서열 분석으로 특이 primer를 제작하고 제작된 primer로 방풍류 시료 16개에 적용하였을 때, 국내의 야생에서 주로 자생하는 석방풍은 215 bp, 그리고 국내에서 가장 많이 재배 또는 생산되는 갯방풍은 177 bp와 300 bp에서 뚜렷하게 나타났다. 따라서 갯방풍과 석방풍의 감별 가능성을 제시할 수 있으며 개발된 SCAR 마커를 이용하여 시중에 유통되고 있는 방풍류 건조약재의 감별에 유용한 마커로 활용될 수 있을 것이다.

• 생명과학회지
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• 제20권10호
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• pp.1538-1543
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• 2010

본 연구는 우리나라 겨자 17집단에 대한 유전적 다양도와 집단구조를 조사하였다. 60개의 다형성 좌위와 18개 단형성 좌위가 발견되었다. 다형성 밴드의 비율은 전남 진도 집단이 가장 높았으며 재배종이 가장 낮았다. 대립유전자좌위의 수는 1.221이였으며 유효한 대립유전자좌위의 수는 1.167이였다. 이 종의 전형적인 집단은 작고 격리되어 낮은 유전적 다양도를 가지고 있었다. 전체 다양도는 0.347이였으며 집단 내 다양도는 0.141이였다. 집단간분화를 나타내는 척도는 0.589였다. 아는 58.9%의 다양도가 집단간에 있음을 시사한다. 세대 간 이주하는 개체수는 0.617로 낮았다. RAPD는 겨자 집단을 구분하는데 유익하였다.

• 한국수산과학회지
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• 제30권3호
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• pp.388-392
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• 1997

해조류중 우리나라 전연안에 가장 흔히 분포하는 갈파래목 녹조류인 참홑파래와 구멍갈파래, 참갈파래, 잎파래, 실파래, 가시파래등을 대상으로 RAPD방법을 이용한 각 지역 개체간의 유전적 유사도를 조사하였다. Total DNA는 엽체로부터 LiCl를 사용한 DNA추출방법으로 분리하였으며, 추출된 DNA는 $3ng/{\mu}\ell$되게 희석한후 in vitro에서 arbitrary primer와 함께 45회 PCR amplification시켰다. 그 결과 34종류 primer들로부터 240bp에서 1.5kb의 다양한 크기로 증폭된 1227개의 전기영동상의 band를 볼 수 있었으며, Jaccard공식에 따라 그 유사도를 구하였다. 파래목의 유전적 유사도는 $7\%$에서 $36\%$범위의 유사도를 보였다. 그중 참흩파래가 다른 갈파래과들로부터 가장 낮은 유사도값을 보여주었으며, 또한 primer OPB-01 (CATCCCCCTG)을 사용하였을때 갈파래과에서 공통적인 630bp크기의 생성물을 생산하지않는 특징을 나타내었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제41권1호
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• pp.19-25
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• 2014

도라지는 초롱꽃과에 속하는 채소용 또는 약용으로 그 생산량이 해마다 증가하는 추세에 있다. 특히 국내의 경남지역에서는 토종도라지의 보존과 육성을 위한 정책을 추진하고 있고 도라지의 단가도 급등함에 따라 그 재배면적이 크게 증가하였다. 본 연구에서는 토종 도라지의 순계를 보존하기 위한 조직배양 기술의 확립과 함께 분자생물학적 기술을 이용한 토종 도라지의 판별 기술을 개발하기 위한 기초연구를 수행하였다. 먼저 경남지역과 충남아산시 등의 야산에서 채종하여 수 십년간 자가 채종하여 재배하여온 농가에서 수집한 종자를 중심으로 5종의 primer를 이용하여 RAPD분석을 수행한 결과 총 48개의 밴드를 생산하였으며, 이중 21개 밴드는 다형성을 보이는 밴드로 40.3%의 다형성을 나타내었다. 특히 primer HD3는 총 13개의 밴드 중 10개가 계통간 다형성을 보여서 76.9%의 높은 다형성빈도를 보였다. 향후 핵 DNA 보다는 핵외 DNA를 이용한 SNP 마커의 확보 등 보다 진보된 기술을 이용한 보완연구가 수행되어야 할 것으로 사료되었다.

• 화훼연구
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• 제16권1호
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• pp.28-35
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• 2008

Hedera helix 11계통, Hedera rhombea 3계통, Fatshedera lizei 1계통, 그리고 Fatsia japonica 1계통을 수집하였다. RAPD primer 10개를 이용하여 수집된 3속의 재료들의 유전적 다양성을 측정하였다. 3속을 재료로 사용하여 밴드간 96.9%의 높은 다형성을 보였다. 총 97개의 RAPD 밴드를 이진화하여 UPGMA 방법을 이용하여 계통도를 작성하였다. Hedera helix 계통들은 모두 1개의 그룹에 속하였으며 8계통의 유전적 거리는 극도로 적었으며 나머지 3계통 역시 유전적으로 가까웠다. 하지만 형태적으로는 높은 다형성을 보였다. 따라서 수집된 유전자원을 이용한 돌연변이체 개발이 가능성이 있는 방법으로 제시되었다. Fatsia japonica는 유전적으로 관계성이 적어 다른 종들과 평균 0.63의 유전적 거리를 보였다. Hedera helix와 Fatsia japonica 속간 교배를 통하여 개발된 Fatshedera lizei는 Hedera rhombea 계통들과 함께 계통도에서 위치하였다.

• 한국육종학회지
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• 제41권4호
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• pp.437-443
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• 2009

본 실험은 29개 포도 품종(Vitis spp.)의 효율적 유전학적 유연관계를 분석함으로써 포도품종 육성을 위한 기초자료로 이용하고자 RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA) 방법을 이용하여 분석하였다. 총 60개의 프라이머를 이용하여 558개의 다형성 밴드를 얻었다. 획득된 다형성 밴드를 사용하여 UPGMA(unweighted pair-group method arithmetic average) clustering 분석 결과, 포도 품종은 유사도 0.588을 기준으로 나누었을 때 6개 그룹으로 분류되었다. 가장 높은 유사도 값(0.980)을 나타낸 것은 국내 육성 품종인 "흑보석"과 "수옥" 품종이었고, 가장 낮은 유사도 값(0.404) 을 나타낸 것은 프랑스 품종인 "S. 9110"과 일본 품종인 "Super Hamburg"로 나타났다. "Super Hamburg"는 첫 번째 그룹(I)에 구성되었다. 두 번째 그룹(II)은 "원교 라-23"과 "Muscat Hamburg" "Tano Red" 그리고 "탄금추"가 포함되어 있었다. 세 번째 그룹(III)은 "Alden" "원교 라-21", "원교 라-30" 그리고 "Dutchess" 품종이 속해있었다. 네 번째 그룹(IV)은 14개 포도 품종이 포함되었으며("흑구슬", "흑보석", "수옥", "원교라-29", "원교 라 -22", "거봉", "Pione", "홍이두", "Golden Muscat", "진옥", "두누리", "캠벨얼리", "Delaware", "Schuyler"), 거봉 계열의 5 품종과 캠벨얼리 계열의 4 품종 그리고 이들의 교배조합에 사용된 품종이 포함되어 있었다. 다섯 번째 그룹(V) 3개 품종으로 구성되었다(홍단', "탐나라", "홍이슬", "Himrod seedless"). 여섯 번째 그룹(VI)은 "청수"와 모본인 "S. 9110"이 포함되었다. 본 실험의 결과는 DNA 수준에서 포도의 교배육종에 이용할 양친의 선정이나 육종연구에 기초 자료가 될 수 있을 것으로 기대된다.