• 한국식품영양과학회지
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• 제29권4호
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• pp.606-614
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• 2000

Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) 기술을 이용하여 국내 식품으 로부터 분리한 Listeria sp. 분리균주에 대한 DNA polymorphism을 분석하고 유연환계를 비 교하며, 유용 marker를 개발할 목적으로 10가지 10-mer primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과 5개의 primer(OPA-01, OP-26-01, OP-26-02, OPB-01, OP-26-10)가 선별되었고, 76개 의 DNA 단편이 증폭되었다. 이 중 OPA-01과 OP-26-10 promer에 의한 약 1.5 kb와 0.7 kb의 증폭 band는 모든 Listeria 분리균에서 관찰할수 있었으나, 이 증폭된 DNA 단편은 Listeria sp.에만 특이적인 것은 아니었다. NTSYS 프로그램을 이용해서 Listeria sp. 분리구 간의 유전적 유연관계를 알아본 결과 7개의 cluster로 나누어졌고 유사도는 대체로 0.54~ 0.93사이였으며, 특히, No.3과 No.20은 93%로 가장 높은 유사도를 나타내었고, No.7과 No.24 또는 No.7과 No.45는 54%로 가장 낮은 유사도를 나타내었다. 이러한 결과는 RAPS 기술을 이용하여 쉽게 Listeria sp.를 subspecies로 분류할 수 있음을 시사하였다.

• 한국약용작물학회지
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• 제13권6호
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• pp.278-286
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• 2005

쑥 수집종 80개를 대상으로 형태적 형질과 RAPD 분석을 하였고, 유전적 다양성을 이용하여 유연관계를 분석하고 이를 기초로 품종군을 분류하였다. 주요 형태적 형질을 이용하여 쑥 수집종에 대한 군집분석 결과, 군집간의 치대거리 0.82를 기준으로 하여 분류하였을 때 5개 군으로 분류하였는데, I군에 10개 (15%), II군에 30개 (37.5%), III군에 20개 (25%), IV군에 3개 (4%), V군에 4개 (5%)를 나타내었다. RAPD분석에 이용한 10-mer primer 에 대하여 98개의 밴드를 얻었고, 그 중 다형성을 보인 밴드는 68개로 69%였는데, 선발된 Primer에서 증폭된 밴드 수는 $8{\sim}11$개로 다양하였으며, 평균 9.8개였다. RAPD에 의한 군집 분석에서 유연계수 0.63을 기준으로 하여 구분한 결과 6개의 군으로 분류되었다. I, II군이 각각 전체의 34%, 36%를 차지하여 가장 큰 군으로 분류되었고, 나머지 $III{\sim}V$군은 모두 소군으로 15%가 속하였다. 특히 I군에는 약쑥이 많았고, II군에는 뺑쑥이 많이 분포하였다.

• 생명과학회지
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• 제16권2호
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• pp.345-351
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• 2006

2004년부터 2005년까지 제주도에서 전형적인 연쇄구균증상을 나타내는 양식넙치로부터 Streptococcus sp.를 분리하였다. 생화학적 성상 조사와 multiplex PCR assay법을 통해 S. iniae 94 균주를 동정하였다. RAPD fingerprint profile을 조사해 본 결과 A, B, C-type 총 3가지의 genotype을 확인하였으며, 동일종에 대해 외국에서 보고된 선행 연구결과와 비교하였을 경우, 지리적으로 다른 유전적 다형현상을 나타내는 것으로 추정되었다. 근래에 제주도에 우점하는 genotype은 A-type이었고, RAPD fingerprint profile은 약 2,000 bp, 1,300 bp, 1,000 bp, 850 bp, 550 bp의 밴드 양상을 나타내었다. S. iniae의 serotype 동정에 유효한 것으로 보고되어진 P14 random primer는 유전적 다형현상에 의해 제주도에서 분리된 S. iniae의 serotype 동정에 적합하지 않은 것으로 판단되었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제27권3호
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• pp.236-241
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• 2014

A sex-linked random amplified polymorphic DNA (RAPD) marker was identified from Asparagus officinalis L. and was converted into a sequence-characterized amplified regions (SCAR) marker for the large-scale screening of male and female plants. A total of 100 arbitrary decamer oligonucleotide primers were used for the RAPD analysis. Among them, the primer UBC347 amplified one female-specific 400 base pair DNA. Subsequently, the amplified RAPD fragment was cloned and sequenced. The fragment was abundant in AT and shared sequence homology with retrotransposon elements. On the basis of the sequence obtained, a pair of SCAR primer was designed. The amplification product, named F400, was the same size as the respective RAPD fragment from which it was derived. The F400 SCAR marker resulted to be female-specific in the three asparagus varieties tested in this study. This SCAR marker can be used for an early and rapid identification of female and male plants during breeding programs of asparagus.

• Plant Biotechnology Reports
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• 제4권1호
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• pp.95-99
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• 2010

Decamer RAPD primers were tested on dioeceious and hermaphrodite plants of Commiphora wightii to identify sex-specific molecular markers. Sixty different random decamer primers were screened out of which only three primers were found to be associated with sex expression. A ~1,280-bp fragment from the primer OPN06 was found to be present in all the female individuals. Another primer OPN 16 produced a unique ~400-bp amplification product in only hermaphrodite individuals. The third marker, OPA20 amplified a ~1,140-bp fragment from female and hermaphrodite DNAs, but failed to do so from the male plant DNAs.

• 원예과학기술지
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• 제16권4호
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• pp.503-507
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• 1998

본 연구는 RAPD표지를 이용하여 국내외에서 수집된 고추 유전자원들간의 유전적관계를 평가하고자 수행되었다. Random primer를 이용한 고추의 PCR반응은 $MgCl_2$ 3mM, Taq. DNA polymerase 1.5U, 주형 DNA 10ng, dNTPs $200{\mu}M$, random primer 200nM 그리고 $42^{\circ}C$의 annealing 온도조건으로 최적화하였다. 80개의 random primer로부터 높은 밴드선명도와 재현성을 보이는 16개가 선발되었으며 70%의 GC함량을 갖는 primer들이 GC함량이 60%인 것보다 DNA증폭에 있어 효과적이었다. 31개의 고추품종및 계통들에 대해 71개의 polymorphic밴드와 22개의 monomorphic밴드를 포함하는 총 93개의 DNA밴드가 선발된 16개의 random primer들로부터 형성되었다. Primer당 약 4.4개의 polymorphic밴드가 형성되었다. 이들 71개의 polymorphic밴드를 이용하여 유사도지수가 구해졌으며 이를 근거로 31고추 계통 또는 품종들을 뚜렷이 구분하는 dendrogram이 작성되었다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제25권2호
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• pp.93-100
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• 2009

In Malaysia, Labisia pumila Benth & Hook f, popularly known as 'Kacip Fatimah' has been used traditionally to treat various elements of the woman's health in Malay community. The objective of this study was to develop randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) based DNA markers for the identification of L. pumila and to distinguish its three varieties from each other. Total DNA from nine accessions of L. pumila was extracted by CTAB method and polymerase chain reactions (PCR) were carried out to amplify the segments of DNA using different primers to develop DNA barcode using RAPD technique. To find out variety-specific DNA marker/s, twenty different 10-mer primer sequences with annealing temperature from 36-$40^{\circ}C$ were evaluated in triplicate. Out of 20 random primers, two primers (OPA-1 and OPA-2/A10) were selected which produced reliable RAPD band patterns. To have DNA based handle, two RAPD amplification products were cloned and sequenced to determine the identity of the DNA. RAPD analysis using two random primers generated 72 discrete bands ranging in size 200 bp-3,000 bp. Fifty nine of these were polymorphic loci (82%) and thirteen were non-polymorphic loci (18%). A total of 32 bands polymorphic loci (72%) were amplified with primer OPA-1 and analyzed by cluster analysis and UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic) to present a dendogram depicting the degree of genetic relationship among nine accessions of L. pumila. Our results shows the reasonable genetic diversity among the L. pumila varieties and within varieties; and two RAPD marker sequences obtained could be used to identify L. pumila at species level.

• 환경생물
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• 제22권2호
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• pp.295-299
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• 2004

한반도 전지역에 줄장지뱀이 서식하고 있지만, 이 종에 대한 연구는 거의 전무한 상태이다. 한반도의 5지역(경기도, 충청북도, 제주도, 전라남도, 경상남도)의 한국산 줄장지뱀에 대해 RAPD method를 통한 종내 유전적 차이를 비교하였다. 총 28개의 primer를 사용하였고, 그 중 유의성이 있는 17개의 primer에 대한 결과를 Nei's(1972) genetic distance를 통해 유전적 거리와 UPGMA 방법을 통한 phenogram을 구하였다. 그 결과 총 68개의 밴드를 확인했고,이 중 87％인 59개의 polymorphism이 확인되었다. 이를 통한 phenogram에서는 GG1, GG2, CB1, CB2, JN이 Group 1을 이루었으며,JJ1, JJ2, GN이 Croup 2를 이루었다. 줄장지뱀의 경우 지리적 격리를 통한 집단간의 종내 변이가 발생한 것으로 추정된다. 특히, 경상남도 지방의 유전적 독립성이 두드러지는데, 이는 다른 분류군인 어류나 양서류에서도 나타나고 있다. 따라서 이들 집단에 대한 형태적, 생태적 그리고 다른 유전적 분석 등을 통한 추가적인 연구가 필요할 것이라고 판단된다.

• 한국균학회지
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• 제30권2호
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• pp.78-85
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• 2002

저장배에서 분리한 15그룹 3종을 KCTC, KCCM, 충남대에서 분양받은 16균주를 대상으로 상호 유연관계를 분석하고자 배양적 특성을 관찰하고 RAPD 검정에 의한 진단 가능성을 검토하였다. 병원균의 배양특성을 조사한 결과 배지상 생육형태, 색, 속도 등에 있어서 균주간 차이를 보였으며 배양적 특성과 RAPD에 의한 유연관계 분석 결과를 비교 분석하기 위하여 배에서 분리한 15개 균주와 16개 표준 균주의 종간 다형성을 관찰하였다. RAPD을 이용하여 유전적 다양성을 분석하기 위하여 5개의 URP primer를 이용하여 genomic DNA를 증폭시킨 결과 $0.1{\sim}2.0kb$ 크기의 총 744개 band들이 증폭되었다. cluster 분석결과 전체 유사도는 47.7%로 31 균주들은 4개의 genomic DNA RAPD 집단으로 분류되었다. 배에서 분리한 P. expansum 균주간에는 87.4% 이상의 상동성을 보였고, P. solitum 균주간에는 97.5%, P. crustosum 균주 간에는 95.1% 이상의 상동성을 보였다. 배에서 분리된 동일한 종내에서는 배양적 특성에 의한 동정결과와 RAPD에 의한 분석결과와 일치하였다.

• 한국자원식물학회지
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• 제13권1호
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• pp.1-10
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• 2000

재배되고 있는 22 페칸종간의 RAPD분석을 한 결과, Agarose gel상에서 primer당 평균 6개의 DNA단편이 증폭되었다. 증폭된 DNA 단편의 크기 는 100bp에서 1500bp의 범위에 위치하였다. 페칸종간의 유연 관계를 분석하기에 적합한 primer를 선발한 결과 OPA-02, OPA-10, OPA-12, OPB-01이 최적이었다. 4종의 primer를 이용하여 증폭한 PCR산물을 1.5% Agarose gel상에 분획하여 단편의 종류를 분석한 결과 22의 페칸종은 5개의 그룹으로 구분 할 수 있었다. 40종 primer로부터 증폭된 466 DNA단편을 기초로하여 유전적 근연계수를 계산하였던 결과 유사도 값이 가장큰 것은 C. flacra와 Black walnut로 0.90를 나타났으며, Kiowa와 Red hickory, C. tomentosa, C. flacra, Black walnut간에는 유사도 값이 0.31로 가장 작았다. 선발된 4종의 primer를 이용하여 증폭시킨 PCR산물을 Polyacrylamide gel상에 분획한 후 검출된 DNA단편을 분석하였다. 유사도 값이 가장 큰 것은 그룹 V의 Red hickory, C. tomentosa, C. flacra, Black walnut간으로 1.0이었고, Farley와 Pawnee간과 Sturya와 Clarke간은 공히 0.98를 나타내었다. Polyacrylamide gel분획 후 은염색하여 단편을 검출하는 것은 Agarose gel에 비하여 시간, 기술, 경비가 요구되지만 보다 정확한 유전적 배경을 설명할 수 있다고 생각되었다. 또한 Agarose gel 분석, Polyacrylamide gel 분석 및 주성분 분석법에서 Farley, C. tomentosa, C. flacra, Black walnut, C. corpiformis만이 동일 그룹에서 이탈되지 않았다.