• 한국버섯학회지
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• 제10권1호
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• pp.37-43
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• 2012

보존중인 Polyporus속 균주를 선발하여 배양 및 형태적 특성을 조사하여 비슷한 균주별로 그룹화하여 rDNA의 ITS 영역을 증폭하여 염기서열을 결정한 결과 보존시 균주의 학명과 많은 차이를 보였으며, 균사의 모양 및 색깔에도 많은 차이를 보였다. 보존 당시 동정한 결과와 rDNA의 ITS 영역의 염기서열 분석을 통한 결과를 비교한 결과 종이 다른 균주가 3균주와 학명이 다른 균주가 4균주로 전체의 53.8%를 차지하였다. 국내에서 수집한 Polyporus속은 경우 P. alveolarius, P. brumalis, P. squamosus, P. tuberaster, P. arcularius 등 5개 종으로 동정되었고, 미국에서 수집한 균주는 P. alveolarius와 P. arcularius로 동정되었다. 그리고 일본에서 수집한 균주는 P. arcularius로 동정되었다. RAPD 분석을 통한 유전적인 다형성 조사에서 Polyporus속간에는 완전히 다른 밴드 패턴을 보였지만 같은 종내에서는 비슷한 밴드 패턴을 보였다. 유전적인 유연관계 분석에서는 P. alveolarius 등 5개의 분류군으로 나누어졌으며, ITS부위 유전자수준의 상동성 분석에서도 비슷한 경향을 보였다. 따라서 기존 목록과 완전히 다른 속으로 동정된 균주들에 대해서는 계통분류학적인 유연관계 분석과 보존중인 자실체 유전자와의 상동성을 비교하여 기존 목록의 학명을 재분류해야 할 것으로 판단된다.

• 한국육종학회지
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• 제41권4호
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• pp.437-443
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• 2009

본 실험은 29개 포도 품종(Vitis spp.)의 효율적 유전학적 유연관계를 분석함으로써 포도품종 육성을 위한 기초자료로 이용하고자 RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA) 방법을 이용하여 분석하였다. 총 60개의 프라이머를 이용하여 558개의 다형성 밴드를 얻었다. 획득된 다형성 밴드를 사용하여 UPGMA(unweighted pair-group method arithmetic average) clustering 분석 결과, 포도 품종은 유사도 0.588을 기준으로 나누었을 때 6개 그룹으로 분류되었다. 가장 높은 유사도 값(0.980)을 나타낸 것은 국내 육성 품종인 "흑보석"과 "수옥" 품종이었고, 가장 낮은 유사도 값(0.404) 을 나타낸 것은 프랑스 품종인 "S. 9110"과 일본 품종인 "Super Hamburg"로 나타났다. "Super Hamburg"는 첫 번째 그룹(I)에 구성되었다. 두 번째 그룹(II)은 "원교 라-23"과 "Muscat Hamburg" "Tano Red" 그리고 "탄금추"가 포함되어 있었다. 세 번째 그룹(III)은 "Alden" "원교 라-21", "원교 라-30" 그리고 "Dutchess" 품종이 속해있었다. 네 번째 그룹(IV)은 14개 포도 품종이 포함되었으며("흑구슬", "흑보석", "수옥", "원교라-29", "원교 라 -22", "거봉", "Pione", "홍이두", "Golden Muscat", "진옥", "두누리", "캠벨얼리", "Delaware", "Schuyler"), 거봉 계열의 5 품종과 캠벨얼리 계열의 4 품종 그리고 이들의 교배조합에 사용된 품종이 포함되어 있었다. 다섯 번째 그룹(V) 3개 품종으로 구성되었다(홍단', "탐나라", "홍이슬", "Himrod seedless"). 여섯 번째 그룹(VI)은 "청수"와 모본인 "S. 9110"이 포함되었다. 본 실험의 결과는 DNA 수준에서 포도의 교배육종에 이용할 양친의 선정이나 육종연구에 기초 자료가 될 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국약용작물학회지
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• 제10권3호
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• pp.194-199
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• 2002

한국과 중국 동북부 지역에서 수집한 16종의 더덕으로부터 genomic DNA를 추출한 후, Bioneer사로부터 구입한 random primer(10-mer)를 이용하여 PCR을 수행하였다. 총 49종의 primer를 스크린 한 결과 재현성이 있으면서 polymorphism을 보이는 20개의 primer를 선발하였다. 선발한 primer로부터 PCR에 의해 증폭된 DNA의 크기는 125 bp에서 2.0 kb 내외였으며, 총 148개의 band가 관찰되어 평균 band 수는 7.4개였다. 이들 중에서 polymorphism을 보이는 band의 수는 73개이었으며 (49.3%), polymorphism은 각 primer별로 $1{\sim}9$개로써 다양하였다. 16개 수집종의 유사계수 범위는 0.682에서 0.959로써 유전적 유연정도는 크지 않았다. UPGMA 분석에 의한 수집종들의 유연관계를 dendrogram으로 나타낸 바, 수집종들간의 유전적 거리는 $0.133{\sim}0.400$이었으며, 국내 수집종과 중국 수집종간에는 확실하게 두 그룹으로 분류되었고, 유전적 거리는 약 0.281이었으며, 이들은 모두 지역적인 차이를 보였다. 한편, 중국의 '통화현(通化縣)'과 '류하현(柳河縣)' 수집종이 다른 지역의 수집종보다 유전적 거리가 가장 크게 나타났다.

• 한국산림과학회지
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• 제87권3호
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• pp.422-428
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• 1998

구상나무 개체목으로부터 채취한 48개의 배유조직을 이용해서 PCR 방법에 의해 생성된 inter-simple sequence repeats(I-SSR) 표지자를 분석했다. 예비실험에서 6개의 배유조직을 이용해서 35개의 primer를 검색했으며, 그들 중에서 PCR 반응이 가장 잘되는 19개 primer를 선정해서 48개 배유조직을 이용한 본 실험에 사용했다. 카이자승 검정 결과, 19개 primer에 의해 증폭된 51개의 증폭산물이 5% 유의 수준에서 멘델의 분리비(1:1)에 따라 차대에 유전됨을 확인할 수 있었다. 멘델 유전자좌로 확인된 51개 표지자들의 게놈내 분포양상을 확인하기 위해서 연관분석을 수행한 결과, 51개 유전자좌들이 상호간에 서로 연관되어있지 않은 것으로 확인되어 이들이 전체 게놈상에 고르게 분포하고 있음을 확인할 수 있었다. 본 연구에서 관찰된 51개 유전자좌들이 게놈상에 고르게 분포하고 있다는 특성 때문에 게놈상의 특정부위에 편중되지 않은 유전정보를 얻을 수 있다는 장점이 있다. 즉, 기존의 RAPD 표지자들 중 상당수가 독립적인 연관군을 형성하는 것으로 알려져 있기 때문에 이들 연관군이 위치한 특정 부위의 DNA를 증폭하여 분석하는 RAPD 표지자에 비해서 I-SSR 표지자들이 유전 다양성을 추정하는데 더 유용한 표지자로 활용될 수 있을 것으로 생각되며, 이들 표지자들이 독립적인 진화의 과정을 겪을 것으로 기대되기 때문에 cladistic 방법에 의해 진화적 유연관계를 추정하는데 더 적합한 표지자로 생각된다.

• 한국약용작물학회지
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• 제10권1호
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• pp.17-23
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• 2002

의이인과 염주는 동속 근연종으로 외부형태가 유사하고 종피를 깎아 유통하기 때문에 육안으로 식별하기에는 한계가 있다. 특히, 염주는 일부 수입품에서 의이인과 비슷한 크기로 염주 종피를 깎아 유통시키고 있어 진 위 판별에 논란이 되고 있다. 본 연구에서는 의이인의 유통품을 외부 형태적 특징으로만 식별하기 어려운 문제를 해결하고자 내부형태 특성조사와 정색반응, RAPD등을 이용하여 감별을 위한 기초자료로 이용하고자 한다. 1. 의이인의 과피는 석세포로 구성된 층과 대보강세포와 섬유상 보강세포로 이루어진 2층 구조로 구분되는 반면, 염주의 과피는 외과피와 내과피는 석세포로 이루어져 있고 중앙의 중과피는 대보강세포와 섬유상 보강세포로 구성되어 뚜렷한 3층의 구조로 이루어진다. 2. TLC를 이용한 확인시험에서 Hexane : EtoAc = 10 : 1의 조건으로 전개하였을때 중국산 염주에서는 Rf가 0.2에서만 밴드가 형성되었다. 3. 중국의 "상용중약감정대전(常用中藥鑑定大典)"에서 제시된 요오드반응법에 의한 의이인과 염주의 정색반응은 구별이 어려웠다. 4. RAPD 분석에서 8개 primer에서 품종간 다형성 밴드가 관찰되었고, UBC primer 355와 362에서 중국 염주와 의성 염주의 특이 밴드(500bp, 1300bp)가 관찰되었다.

• 한국약용작물학회지
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• 제15권1호
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• pp.1-5
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• 2007

청도라지와 백도라지를 DNA 수준에서 구분하기 위하여, RAPD 분석을 바탕으로 SCAR primer (SPgR1, SPgR2)를 제작하여 이를 적용한 실험 결과는 다음과 같다. 총 24개의 임의 프라이머를 적용하여 6개의 청도라지와 백도라지 특이적인 프라이머를 선발하였고, 이들 프라이머를 이용하여 PCR을 수행한 결과 총 18개의 다형성을 나타내는 DNA fragment를 확보하였다. 확보된 DNA fragment 중 2개에 대한 염기서열 분석을 수행한 결과, 청도라지 특이적인 DNA 밴드는 887 bp의 염기서열로 구성되어 있었고 백도라지는 863 bp의 염기서열로 구성되어 있었다. 이들 염기서열을 바탕으로 두개의 SCAR primer를 제작하였고, 이중 백도라지 특이적인 SPgR2를 이용하여 PCR 한 결과, 청도라지에서는 약 500 bp 크기에서 두 개의 특이적인 밴드가 형성되었으며, 백도라지의 경우 한 개의 특이적인 밴드만 관찰되어 청도라지와 백도라지를 구분할 수 있었다. 결론적으로 본 실험을 통하여 개발된 SCAR 마커는 청도라지와 백도라지를 구분하기에 유용함을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제18권4호
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• pp.435-440
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• 2008

RAPD 분석을 이용하여 지황 육성 계통과 지역 수집종 들을 구분할 수 있는 분자표지자를 선발하고, 집단 간, 집단 내 유전적 다양성을 평가하기 위하여 본 실험을 수행하였다. 총 20개의 임의 primer를 이용하여 PCR 한결과, 육성 계통과 수집종 들을 구별할 수 있는 OPA-1 등 10개의 재현성과 다형성이 좋은 프라이머 들을 선발하였다. 특히 OPA-10, OPA-11 및 OPA-19는 고려지황과 지황1호를 다른 계통 및 수집종 들과 구별할 수 있었으며, 이들 프라이머를 이용하여 0.9 kb, 1.2 kb, 1.3 kb 및 1.4 kb등의 육성계통 특이적인 DNA 밴드들을 확보할 수 있었다. 한편 이들의 결과를 토대로 통계처리에 의한 유전분석 결과, 고려지황, 지황1호 및 일본지황은 집단 내 유사도가 높아 다른 집단들과 구별되었다. 결론적으로, RAPD 분석을 통한 결과는 지황의 유전적 다양성 이해와 특정 계통을 다른 계통 및 수집종 들과 구분할 수 있는 방법으로 이용될 수 있다.

• 한국균학회지
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• 제25권2호통권81호
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• pp.121-129
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• 1997

송이는 동양권 문화에서는 중요하며, 값비싼 버섯으로 알려져 있다. 채집된 송이의 자실체에 분리된 송이균사에서 추출된 DNA를 RAPD 방법을 통하여 비교하였다. 비교된 송이균사들은 각각 분리된 송이자실체에서 분리되었으며, PDA에서 성장이나 균총의 형태가 다른 것들을 취하여 비교하였다. 그런데, 이 실험을 통하여, PCR 조건에서 만들어진 RAPD-밴드를 집괴분석한 것을 비교하였으며, 또 다른 방법으로는 Southern blotting 통하여 확인하였다. 그결과, 두 방법에서 송이균사로 추정되는 균사를 확인하여, 이들의 균사에 대한 실험실내의 성장과 균총을 확인하였다. 균사의 성장은 매우 느리며 (10 cm per month), 균총은 반투명한 것이며, 현미경관찰하에 어떤 후막포자와 갈고리모양의 균사가 발견되지 않았다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제22권1호
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• pp.36-45
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• 2006

Twenty isolates of Didymella bryoniae were isolated from infected cucurbit plants in various growing areas of southern Korea in 2001 and 2002. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) group [RG] I of D. bryoniae was more virulent than RG IV to watermelon. Virulence of the RG I isolate was strong to moderate to cucumber, whereas that of the RG IV varied from strong, moderate to weak. Two hundred seventy-three amplified fragments were produced with 40 primers, and were analyzed by a cluster analysis using UPGMA method with an arithmetic average program of NTSYSPC. At the distance level of 0.7, two major genomic DNA RAPD groups were differentiated among 20 isolates. The RG I included 7 isolates from watermelon and one isolate from melon, whereas the RG IV included 12 isolates from squash, cucumber, watermelon and melon. Amplification of internal transcribed spacer (ITS) region and small subunit rRNA region from the 20 isolates yielded respectively a single fragment. Restriction pattern with 12 restriction enzymes was identical for all isolates tested, suggesting that variation in the ITS and small subunit within the D. bryoniae were low. Amplification of the genomic DNAs of the tested isolates with the sequence characterized amplified regions (SCAR) primer RG IF-RG IR specific for RG I group resulted in a single band of 650bp fragment for 8 isolates out of the 20 isolates. Therefore, these 8 isolates could be assigned into RG I. The same experiments done with RG IIF-RG IIR resulted in no amplified PCR product for the 20 isolates tested. An about 1.4 kb-fragment amplified from the RG IV isolates was specifically hybridized with PCR fragments amplified from genomic DNAs of the RG IV isolates only, suggesting that this PCR product could be used for discriminating the RG IV isolates from the RG I isolates as well other fungal species.

• Journal of the Korean Wood Science and Technology
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• 제34권6호
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• pp.96-103
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• 2006

대량 배양된 송이 균사를 배양병 안에 있는 소나무에 접종한 접종묘를 실시하였는데, 접종묘 내 소나무 뿌리내로 송이 균사가 침투하여 감염이 되었는지를 판별하는 방법으로 ITS (Internal transcribed spacer) 영역에서 특이 primer set인 ITS1-ITS4 (TCCGTAGGTGAACCTGCGG/TCCTCCGCTTATGATATGC)를 선택하여 정하고, 그를 바탕으로 홍천 시험지(강원도 홍천군 동면 노천리)와 홍릉수목원(서울시 동대문구 청량리 2동) 내에서 수집한 다른 균근과 비교하고자 RAPD (Rapid Amplified Polymorphic DNA) 기법으로 각 6종, 10 종의 균근을 동정하였다.