Phylogenetic relationships of genera Polyporus on the basis of ITS region sequences

rDNA의 ITS 부위 염기서열 분석에 의한 겨울우산버섯(Polyporus)속 균주의 유전적인 유연관계 분석

This study was carried to identify a correct species and asses genetic diversity within the same species of Polyporus spp. preserved in Division of applied Microbiology. Contaminated isolates showed different growth rates, morphology and color of hyphae. We have reconstructed the phylogenetic tree of a select group of Polyporus spp. using nucleotide sequences of the internal transcribed spacer region(ITS) region. The phylogenetic tree was constructed by using the neighbor-joining method. PELF primers of 20-mer were used to assess genetic diversity of preserved isolates. Sequence analysis showed that three strains were different species and four strains were identified completely different nomenclature. According to the analysis of ITS sequences, the genus Polyporus clustered into five distinct group, most of which correlated with species-groups identified by RAPD method. Four isolates included strain PM02 showed high similarity with P. arcularius, four isolates included strain PM03 high similarity with P. alveolaris, three isolates included strain PM01 high similarity with P. tuberaster, and PM 06 and PM04 high similarity with P. brumalis and P. squamossus. Isolates were collected in the United States(PM10, PM11) was identified as P. alveolarius and P. arcularius. RAPD analysis of genetic polymorphisms of genus Polyporus showed a very different band patterns. As the result of RAPD and ITS region sequences analysis for preserved isolates, it seems likely that 6 isolates of Polyporus spp. may be need to reclassify or eliminate from preserved catalogue.

보존중인 Polyporus속 균주를 선발하여 배양 및 형태적 특성을 조사하여 비슷한 균주별로 그룹화하여 rDNA의 ITS 영역을 증폭하여 염기서열을 결정한 결과 보존시 균주의 학명과 많은 차이를 보였으며, 균사의 모양 및 색깔에도 많은 차이를 보였다. 보존 당시 동정한 결과와 rDNA의 ITS 영역의 염기서열 분석을 통한 결과를 비교한 결과 종이 다른 균주가 3균주와 학명이 다른 균주가 4균주로 전체의 53.8%를 차지하였다. 국내에서 수집한 Polyporus속은 경우 P. alveolarius, P. brumalis, P. squamosus, P. tuberaster, P. arcularius 등 5개 종으로 동정되었고, 미국에서 수집한 균주는 P. alveolarius와 P. arcularius로 동정되었다. 그리고 일본에서 수집한 균주는 P. arcularius로 동정되었다. RAPD 분석을 통한 유전적인 다형성 조사에서 Polyporus속간에는 완전히 다른 밴드 패턴을 보였지만 같은 종내에서는 비슷한 밴드 패턴을 보였다. 유전적인 유연관계 분석에서는 P. alveolarius 등 5개의 분류군으로 나누어졌으며, ITS부위 유전자수준의 상동성 분석에서도 비슷한 경향을 보였다. 따라서 기존 목록과 완전히 다른 속으로 동정된 균주들에 대해서는 계통분류학적인 유연관계 분석과 보존중인 자실체 유전자와의 상동성을 비교하여 기존 목록의 학명을 재분류해야 할 것으로 판단된다.