• 한국식품위생안전성학회지
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• 제13권4호
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• pp.388-393
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• 1998

시장개방화로 수입쇠고기의 물량은 급증하여 최종 유통과정에서 수입쇠고기가 한우로 판매되어 소비자가 피해를 보는 등 사회적 물의를 일으키는 경우가 종종있다. 따라서 본 연구에서는 한우와 수입쇠고기의 과학적 판별을 위하여 시중에 유통 중인 한우와 수입쇠고기를 최근 유전자 기법인 PCR-RAPD를 이용하여 연구하였으며 아울러 위생에 대한 안전성 문제를 점검하기 위하여 장관출혈성 대장균과 식중독 세균에 대한 미생물 시험을 실시하였다. PCR 분석에 사용된 DNA 증폭조건은 $1{\times}Taq$ polymerase buffer, 1.5 mM $MgCl_2,\;50\;\mu\textrm{M}$ dNTP, 100ng primer, 2.5 unit Taq polymerase(perkin Elmer AmpliTaq), 5~20 ng template DNA이며 최종 반응용액은 $50\;\mu\textrm{\ell}$이다. 증폭산물의 크기는 대개 0.5 kbp~2.0kbp 사이의 범위에서 검출되었다. 수입 쇠고기에서만 DNA 크기가 약 1.2kbp인 유전자 표지인자가 확인되었으며 이 유전자 표지인자의 확인으로 한우와 수입쇠고기가 90%이상 구별되었으며 이는 한우 육간의 품종판별에 유용하리라 생각된다. 위생 시험 결과 최근 사회적으로 문제가 있었던 장관출혈성 대장균 O157:H7, O26, 등을 비롯하여 주요 식중독균인 Salmonella spp. 과 Listeria monocytogenes은 전혀 검출되지 않았다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권11호
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• pp.1971-1982
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• 2017

Piliated Lactobacillus rhamnosus (pLR) strains possess higher adherent capacity than non-piliated strains. The objective of this study was to isolate and characterize probiotic pLR strains in human fecal samples. To this end, mouse polyclonal antiserum (anti-SpaA) against the recombinant pilus protein (SpaA) of L. rhamnosus strain GG (LGG) was prepared and tested for its reactivity and specificity. With the anti-SpaA, a method combining the de Man, Rogosa, and Sharpe (MRS) agar plating separation and colony immunoblotting (CIB) was developed to isolate pLR from 124 human fecal samples. The genetic and phenotypic characteristics of the resultant pLR isolates were compared by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting, and examination of adhesion to Caco-2 cells, hydrophobicity, autoaggregation, and in vitro gastrointestinal tolerance. Anti-SpaA specifically reacted with three pLR strains of 25 test strains, as assessed by western blotting, immunofluorescence flow cytometry, and immunoelectron microscopy (IEM) assays. The optimized MRS agar separation plus anti-SpaA-based CIB procedure could quantitatively detect $2.5{\times}10^3CFU/ml$ of pLR colonies spiked in $10^6CFU/ml$ of background bacteria. Eight pLR strains were identified in 124 human fecal samples, and were confirmed by 16S RNA gene sequencing and IEM identification. RAPD fingerprinting of the pLR strains revealed seven different patterns, of which only two isolates from infants showed the same RAPD profiles with LGG. Strain PLR06 was obtained with high adhesion and autoaggregation activities, hydrophobicity, and gastrointestinal tolerance. Anti-SpaA-based CIB is a rapid and inexpensive method for the preliminary screening of novel adherent L. rhamnosus strains for commercial purposes.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XII)
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• pp.409-411
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• 2003

한국의 서해안과 남해안 47개소의 해수와 mud 시료로부터 광합성세균으로 유추되는 13개의 균주를 분리하였고, agar-shake tube method와 RAPD-PCR을 이용하여 4종의 서로 다른 균주를 순수분리 하였다. 이들 4종의 균주 중 폐수분해능이 우수한 균주를 선정하여, 형태학적, 배양적, 생화학적 특성 및 16S rRNA sequencing에 의한 동정을 실시하였고, 그 결과 purple, non-sulfur bacteria의 Rhodobacter 속에 가장 근접하여, Rhodobacter sp. EGH-24로 명명하였다. Rhodobacter sp. EGH-24가 생산하는 carotenoid 색소는 spheroidene(group 2)이였고, bacteriochlorophyll a를 가지고 있었으며, PHB를 생산하는 것으로 확인되었다.

• 한국균학회지
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• 제29권1호
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• pp.9-14
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• 2001

Colletotrichum spp.는 광범위한 기주 범위를 갖는 다범성 균으로 각종 작물에 피해를 야기시키는 중요한 식물병원 진균이다. 최근 국내에서 널리 재배되고 있는 단감, 사과, 복숭아, 포도 등에 탄저병이 발생하여 많은 경제적 손실을 초래하고 있다. 탄저병 병원균의 경우 기존에는 주로 형태적 특성이나 배지상에서의 특성, 기주에 대한 병원성의 차이에 의존하여 분류를 해 왔다. 그러나 최근에는 병원균의 분류에 있어 문제점을 해결하기 위하여 분자생물학적 방법을 이용하고 있다. 최근에는 RAPD(ramdomly amplified polymorphic DNAs)와 RFLP(restriction fragment length polymorphism)의 장점만을 살린 AFLP(amplified fragment length polymorphism)기법이 유연관계 분석에 있어서 각광을 받고 있고 rDNA부위를 증폭하여 제한효소를 이용하여 다양성을 보는 방법이 많이 이용되고 있다. 이에 본 실험에서는 AFLP 기법 이용하여 단감나무에 탄저병을 일으키는 균들간에 유연관계를 밝혔다. AFLP결과에서 variation이 심하여 각각의 특징적인 band를 검출할 수 있었다. 특히 단감나무에 병해를 일으키는 탄저병 병원균 2개의 종이 복합적으로 관여하는 사실을 알 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권5호
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• pp.806-811
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• 2007

Bacillus anthracis is a soil pathogen capable of causing anthrax that is closely related to several environmental species, including B. cereus, B. mycoides, and B. thuringiensis. DNA homology studies showed that B. anthracis, B. cereus, B. mycoides, and B. thuringiensis are closely related, with a high sequence homology. To establish a method to specifically detect B. anthracis in situations such as environmental contamination, we initially performed RAPD-PCR with a 10-mer random primer and confirmed the presence of specific PCR bands only in B. anthracis species. One region specific for B. anthracis was cloned and sequenced, and an internal primer set was designed to amplify a 241-bp DNA fragment within the sequenced region. The PCR system involving these specific primer sets has practical applications. Using lyses methods to prepare the samples for PCR, it was possible to quickly amplify the 241-bp DNA segment from samples containing only a few bacteria. Thus, the PCR detection method developed in this study is expected to facilitate the monitoring of environmental B. anthracis contamination.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권3호
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• pp.558-562
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• 2010

SDS-PAGE of extracted surface-associated proteins of Lactobacillus rhamnosus strains E/N, Oxy, and Pen, was performed. The obtained protein patterns allowed differentiation of the examined strains, which was not accomplished by the commonly used RAPD genotypic method. The differentiation by the SDS-PAGE method proved to be a useful tool for strain-specific identification, which was further confirmed by 2DE analysis. Therefore, it can be used as an alternative or complementary method for both conventional and genotypic identification procedures, especially when closely related lactobacilli isolates are identified.

• 한국균학회지
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• 제27권4호통권91호
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• pp.256-273
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• 1999

ATCC(American Type Culture Collection)에서 분양 받은 2균주를 포함하여 1989년부터 1995년 사이에 국내 11개 장소에서 채집된 번데기동충하초(Cordyceps militaris) 72균주를 대상으로 기주적 지리적 근연관계에 따른 균주간 변이도를 관찰하고자 균사체의 배양적 특징 및 불완전세대 관찰과 DNA 분석에 의해 분류동정을 행하였다. 균사의 배양특성을 조사한 결과 균사의 자라는 모양, 속도, 색택 등에 있어서 균주간에 차이가 나타남이 관찰되었다. 번데기동충하초의 불완전 세대를 관찰한 결과 분생자경이 분지하며 윤생으로 형성되는 Verticillium속으로 동정되었으며 포자의 모양은 구형을 띠는 것으로 나타나 형태적으로는 각 균주간의 별 다른 차이를 발견할 수 없었다. 공시균주 중 인공자실체 형성이 우수하였던 두 균주(C18, C738)를 선택하여 단포자분리를 행하였으며 여기서 분리된 단포자균주 56균주와 공시균주 72균주를 대상으로 RAPD를 행하였다. RAPD에서 나타난 균주간 변이도를 NTSYS program을 사용하여 UPGMA 분석방법으로 phonogram을 작성한 결과 단포자 균주내의 평균 유전적 거리는 0.207로 나타났으며 단포자 분리를 행하였던 두 균주에 따라 각각 A그룹(C18)과 B그룹(C738)으로 나누어짐이 확인되었다. 두 그룹의 평균 유전적 거리는 각각 0.150(A group)과 0.163(B group)으로 나타났으며 그룹간 평균 유전적 거리는 0.221로 나타났다. 공시균주간에는 크게 그룹으로 나누어지는 경향이 관찰되지 않았으며 이들의 평균 유전적 거리는 0.330으로 나타나 본 실험에서 사용된 번데기동충하초(C. militaris)의 균주 간에는 33%의 유전적 변이가 있음이 확인되었다.고, SF4와 LF4는 처리군 중에 유의적으로 가장 낮은 값을 나타내었다. 총균수와 젖산균수의 변화는 용존 $CO_{2}$함량 변화와 유사한 경향을 나타내었다. SF4, LF4, SF15는 관능검사 결과 발효가 지연되어 풋내와 짠맛이 높게 평가되었고 탄산미는 낮게 평가되었다. LF25는 관능검사 결과 다른 처리군에 비해 신맛과 이취가 유의적으로 높게 평가되었다. $15^{\circ}C$에서 24시간 발효시킨 나박김치 (LF15)와 $25^{\circ}C$에서 12시간 발효시킨 나박김치(SF25)는 탄산미와 관계가 있는 용존 $CO_{2}$함량이 저장 12일까지 지속적으로 증가하였으며, 관능검사 결과 저장 기간 동안 다른 처리군에 비해 풋내와 이취가 적으면서 탄산미가 높게 평가되어 $15^{\circ}C$에서 24시간 발효(LF15)와 $25^{\circ}C$에서 12시간 발효(SF25)가 적합한 초기 발효 조건으로 생각된다. 이러한 연구 결과를 통해 물김치류인 동치미나 열무 물김치도 초기 발효 조건에 따라 이화학적, 미생물학적 및 관능적 특성에 많은 차이가 있을 것이므로 이에 대한 연구가 필요하다고 사료된다.화점에서 시판되고 있는 계란 총 446개에 대해서도 동일한 절차와 방법으로 조사하였던바, 재래시장에서 구입했던 계란의 난각부분(Egg-shell)에서만 가금티푸스(fowl Typhoid)의 병원체인 S. gallinarum이 1주$(0.2\%)$만이 분리되었고, 기타 세균으로서는 대장균군이 역시 난각에서 가장 높은 빈도로 분리되었고, 난황(Yolk)에서는 극히 낮은 수준의 세균오염도를 보였다. 다양한 동물종유래 S. aureus

• 한국균학회지
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• 제26권4호통권87호
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• pp.466-477
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• 1998

진흙버섯류 22개 균주를 균총의 형태와 PCR 기법을 사용하여 종간의 구분 방법을 찾고자 하였다. PDA등 4가지 배지에서 균사생장 및 배지의 변색여부 등을 기준으로 특성을 구분할 때 목질진흙버섯의 균총 색깔은 진한 황색으로 균사생장이 늦고 배지를 푸르게 변색시켰다. rDNA 분석 결과 $ITSI{\sim}II$ 부위는 목질진흙버섯이 약 800 bp, 말똥진흙버섯은 약 700 bp였고, IGRI 부위는 목질진흙버섯은 약 700 bp, 말똥진흙버섯은 균주에 따라 약 500, 600, 700, 800 bp에서 4가지 각기 다른 밴드를 보였다. $ITSI{\sim}II$와 IGRI부위의 증폭된 DNA를 6개의 제한효소로 절단하여 다형성을 비교해 본 결과 $ITSI{\sim}II$의 HaeIII 절단으로 목질진흙버섯과 말똥진흙버섯을 구분할 수 있었으며 이들 밴드를 이용하여 유연관계를 조사한 결과 목질진흙버섯은 95%의 유사도를 보였으며, 말똥진흙버섯은 89%의 유사도로 complex를 형성하였다. 목질 진흙버섯은 RAPD 분석과 AP-PCR에 의한 밴드양상으로도 확실한 구분이 가능하였으며, $ITSI{\sim}II$ 부위의 HaeIII 제한효소 처리로 나타난 벤드는 이종의 특이적인 marker로 사용할 수 있을 것으로 본다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제29권4호
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• pp.213-221
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• 2005

We used nine decamer primers to generate DNA fragment sizes ranging from 100 bp to 1,600 bp from two bullhead (Pseudobagrus fulvidraco) populations of Dangjin in Korea. 376 fragments were identified in the cultured bullhead population, and 454 in the population of wild bullhead from Dangjin: 287 specific fragments $(76.3\%)$ in the cultured bullhead population and 207 $(45.6\%)$ in the wild bullhead population. On average, a decamer primer was used to generate 34.2 amplified products in a cultured bullhead. A RAPD primer was used to generate an average of 3.1 amplified bands per sample, ranging between 2.5 and 6.0 fragments in this population. Nine primers also generated 24 polymorphic fragments (24/376 fragment, $6.4\%$) in the cultured bullhead population, and 24 (24/454 fragments, $5.2\%$) in the wild bullhead population. The OPA-16 primer, notably, produced which 11 out of 11 bands $(100\%)$ were monomorphic in the wild bullhead population. 110 intra-population-specific fragments, with an average of 12.2 per primer, were observed in the cultured bullhead population. 99 fragments, with an average of 11.0 per primer, were identified in the wild bullhead. Especially, 55 inter-population-common fragments, with an average of 6.1 per primer, were observed in the two bullhead populations. The bandsharing value (BS value) of individuals within the wild bullhead population was substantially higher than was determined in the cultured bullhead population. The average bandsharing value was $0.596\pm0.010$ within the cultured bullhead population,. and $0.657\pm0.010$ within the wild bullhead population. The dendrogram obtained with the nine primers indicates two genetic clusters, designated cluster $1\;(CULTURED\;01\~CULTURED\;11)$, and cluster $2\;(WILD\;12\~WILD\;22)$. Ultimately, the longest genetic distance displaying significant molecular differences was determined to exist between individuals in the two bullhead populations, namely between individuals WILD no. 19 of the wild bullhead population and CULTURED no. 03 of the cultured bullhead population (genetic distance = 0.714). RAPD-PCR allowed us to detect the existence of population discrimination and genetic variation in Korean population of bullhead. This finding indicates that this method constitutes a suitable tool for DNA comparison, both within and between individuals, populations, species, and genera.

• The Plant Pathology Journal
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• 제31권1호
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• pp.50-60
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• 2015

The use of novel isolates of Trichoderma with efficient antagonistic capacity against Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (FOL) is a promising alternative strategy to pesticides for tomato wilt management. We evaluated the antagonistic activity of 30 isolates of T. asperellum against 4 different isolates of FOL. The production of extracellular cell wall degrading enzymes of the antagonistic isolates was also measured. The random amplified polymorphic DNA (RAPD) method was applied to assess the genetic variability among the T. asperellum isolates. All of the T. asperellum isolates significantly reduced the mycelial growth of FOL isolates but the amount of growth reduction varied significantly as well. There was a correlation between the antagonistic capacity of T. asperellum isolates towards FOL and their lytic enzyme production. Isolates showing high levels of chitinase and ${\beta}$-1,3-glucanase activities strongly inhibited the growth of FOL isolates. RAPD analysis showed a high level of genetic variation among T. asperellum isolates. The UPGMA dendrogram revealed that T. asperellum isolates could not be grouped by their antagonistic behavior or lytic enzymes production. Six isolates of T. asperellum were highly antagonistic towards FOL and potentially could be used in commercial agriculture to control tomato wilt. Our results are consistent with the conclusion that understanding the genetic variation within Trichoderma isolates and their biochemical capabilities are required for the selection of effective indigenous fungal strains for the use as biocontrol agents.