We describe newly developed software named KPACK for relativistic electronic structure computation of molecules containing heavy elements that enables the two-component ab initio calculations in Kramers restricted and unrestricted formalisms in the framework of the relativistic effective core potential (RECP). The spin-orbit coupling as relativistic effect enters into the calculation at the Hartree-Fock (HF) stage and hence, is treated in a variational manner to generate two-component molecular spinors as one-electron wavefunctions for use in the correlated methods. As correlated methods, KPACK currently provides the two-component second-order M${\o}$ller-Plesset perturbation theory (MP2), configuration interaction (CI) and complete-active-space self-consistent field (CASSCF) methods. Test calculations were performed for the ground states of group-14 elements, for which the spin-orbit coupling greatly influences the determination of term symbols. A categorization of three procedures is suggested for the two-component methods on the basis of spin-orbit coupling manifested in the HF level.
Quantum mechanical calculation is performed for the $O(^1D)$ + HCl ${\rightarrow}$OH + Cl reaction using Reactive Infinite Order Sudden Approximation. Shifting approximation is also employed for the l ${\neq}$ 0 partial wave contributions. Various dynamical quantities are calculated and compared with available experimental results and quasiclassical trajectory results. Vibrational distributions agree well with experimental results i.e. product states mostly populated at $v_f$ = 3, 4. Our results also show small peak at $v_f$ = 0, which indicates bimodal vibrational distribution. The results show two significant broad peaks in ${\gamma}_i$ dependence of the cross section, one is at ${\gamma}_i$ = $15^{\circ}-35^{\circ}$ and the another is at ${\gamma}_i$= $55^{\circ}-75^{\circ}$ which can be explained as steric effects. At smaller gi, the distribution is peaked only at higher state ($v_f$ = 3, 4) while at the larger gi, both lower state ($v_f$ = 0) and higher state ($v_f$ = 3, 4) are significantly populated. Such two competing contributions (smaller and larger ${\gamma}_i$) result in the bimodal distribution. From these points we suggest two mechanisms underlying in current reaction system: one is that reaction occurs in a direct way, while the another is that reaction occurs in a indirect way.
The development of a variety of methods like AM1, PM3, PM5 and DFT now allows the calculation of atomic and molecular properties with high precision as well as the treatment of large molecules with predictive power. In this paper, these methods have been used to calculate a number of quantum chemical descriptors (like Klopman atomic softness in terms of $E_n^{\ddag}\;and\;E_m^{\ddag}$, chemical hardness, global softness, electronegativity, chemical potential, electrophilicity index, heat of formation, total energy etc.) for 75 alkanes to predict their boiling point values. The 3D modeling, geometry optimization and semiempirical & DFT calculations of all the alkanes have been made with the help of CAChe software. The calculated quantum chemical descriptors have been correlated with observed boiling point by using multiple linear regression (MLR) analysis. The predicted values of boiling point are very close to the observed values. The values of correlation coefficient ($r^2$) and cross validation coefficient ($r_{cv}^2$) also indicates the generated QSPR models are valuable and the comparison of all the methods indicate that the DFT method is most reliable while the addition of Klopman atomic softness $E_n^{\ddag}$ in DFT method improves the result and provides best correlation.
Ji, Ning-Ning;Shi, Zhi-Qiang;Zhao, Ren-Gao;Zheng, Ze-Bao;Li, Zhi-Feng
Bulletin of the Korean Chemical Society
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v.31
no.4
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pp.881-886
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2010
A novel Schiff base N-(2,4-dinitro-phenyl)-N'-(1-phenyl-ethylidene)-hydrazine has been synthesized and structurally characterized by X-ray single crystal diffraction, elemental analysis, IR spectra and UV-vis spectrum. The crystal belongs to monoclinic with space group P21/n. The molecules are connected via intermolecular O-$H{\cdots}O$ hydrogen bonds into 1D infinite chains. The crystal structure is consolidated by the intramolecular N-$H{\cdots}O$ hydrogen bonds. weak intermolecular C-$H{\cdots}O$ hydrogen bonds link the molecules into intriguing 3D framework. Furthermore, Density functional theory (DFT) calculations of the structure, stabilities, orbital energies, composition characteristics of some frontier molecular orbitals and Mulliken charge distributions of the title compound were performed by means of Gaussian 03W package and taking B3LYP/6-31G(d) basis set. The time-dependent DFT calculations have been employed to calculate the electronic spectrum of the title compound, and the UV-vis spectra has been discussed on this basis. The results show that DFT method at B3LYP/6-31G(d) level can well reproduce the structure of the title compound.
Kim, Taek-Soo;Choi, Kyo-Won;Kim, Sang-Kyu;Choi, Young-S.;Park, Sung-Woo;Ahn, Doo-Sik;Lee, Sung-Yul;Yoshihara, Keitaro
Bulletin of the Korean Chemical Society
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v.23
no.2
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pp.195-200
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2002
Fluorescence excitation spectrum of the trans.trans-1,3,5,7-octatetraene(OT)-Xe van der Waals clusters formed in supersonic jet expansions has been obtained. The transition lines corresponding to the van der Waals cluters of OT with Xe are observed in the lower frequency side of the OT band origin. Based on the spectral shifts, fluorescence lifetimes, and concentration dependence of the peak intensities, most of the transition lines are assigned to the $OT-Xe_n$ (n = 1, 2, 3, 4) clusters. Long progressions of a van der Waals vibrational mode are observed for n = 1, 2, 3 and 4 clusters and assigned to rocking of the OT moiety with respect to the Xe atom with the help of ab initio quantum mechanical calculation.
We both theoretically and experimentally investigated the luminescence wavelength control of the $Eu^{2+}$-doped $CaAlSiN_3$ (CASN:$Eu^{2+}$). To modify emission wavelength, Na-doped and Mg-doped CASN:$Eu^{2+}$ (NCASN:$Eu^{2+}$ and MCASN:$Eu^{2+}$) have been studied. According to quantum chemistry calculation result, we synthesized NCASN:$Eu^{2+}$ and MCASN:$Eu^{2+}$. NCASN:$Eu^{2+}$ and MCASN:$Eu^{2+}$ showed shorter emission wavelength than that of CASN:$Eu^{2+}$.
The potential energy surfaces (PESs) for the primary and secondary dissociations of the phenylarsane molecular ion (1a) were determined from the quantum chemical calculations using the G3(MP2)//B3LYP method. Several pathways for the loss of $H{\cdot}$ were determined and occurred though rearrangements as well as through direct bond cleavages. The kinetic analysis based on the PES for the primary dissociation showed that the loss of $H_2$ was more favored than the loss of $H{\cdot}$, but the $H{\cdot}$. loss competed with the $H_2$ loss at high energies. The bicyclic isomer, 7-arsa-norcaradiene radical cation, was formed through the 1,2 shift of an $\alpha$-H of 1a and played an important role as an intermediate for the further rearrangements in the loss of $H{\cdot}$ and the losses of $As{\cdot}$ and AsH. The reaction pathways for the formation of the major products in the secondary dissociations of $[M-H]^+$ and $[M-H_2]^{+\cdot}$. were examined. The theoretical prediction explained the previous experimental results for the dissociation at high energies but not the dissociation at low energies.
For the excited states of a hydrogen molecule up to n = 3 active spaces, potential energy curves (PECs) are obtained for values of the internuclear distance R in the interval [0.5, 10] a.u. within an accuracy of $1{\times}10^{-4}$ a.u. (Hartree) compared to the accurate PECs of Kolos, Wolniewicz, and their collaborators by using the multi-reference configuration-interaction method and Kaufmann's Rydberg basis functions. It is found that the accuracy of the PECs can be further improved beyond $1{\times}10^{-4}$ a.u. for that R interval by including the Rydberg basis functions with angular momentum quantum numbers higher than l = 4.
Bipyridine and its derivatives have been widely used as the ligands in transition metal complexes. The proton affinities of pyridine derivatives were calculated using an ab initio quantum mechanical method (B3LYP with various double zeta and triple zeta basis sets) in combination with the Poisson-Boltzmann continuum solvation model. Van der Waals radii of the atoms in the heterocyclic rings for the solvation energy calculation were set to values determined to reproduce the $pK_a$ values of guanine and oxoguanine derivatives and that of chlorine was optimized to reproduce the experimental values of relating compounds. The $pK_a$ values for the heterocyclic ring compounds were in agreement with the experimental values with a mean unsigned error of 0.45 $pK_a$ units.
The adsorption of cyanide ion on the gold electrode has been investigated by the subtractively normalized interfacial Fourier transform infrared spectroscopy (SNIFTIRS). The observations made by SNIFTIRS were consistent with those obtained by the polarization modulated Fourier transform infrared spectroscopy. According to the surface selection rule, cyanide ion appeared to adsorb on gold via either carbon or nitrogen lone pair electrons assuming a perpendicular orientation with respect to the metal surface. The possibility of presence of bridge-bound species seemed very infeasible. From the ab initio quantum mechanical calculation, adsorbate-to-metal bonding appeared to occur mainly via the $5{\sigma}$ donation from carbon to Au.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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