• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국정보통신학회 2021년도 추계학술대회
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• pp.138-139
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• 2021

본 논문에서 뉴럴 네트워크를 활용하여 포아즌 볼츠만 방정식을 푸는 방법을 소개하려 한다. 기존의 유한요소방법을 사용하여 샘플을 생성하고, 생성된 샘플을 이용하여 뉴럴 네트워크를 훈련시킨다. 결과적으로 얻어진 뉴럴 네트워크의 성능을 소개한다.

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국정보통신학회 2022년도 춘계학술대회
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• pp.216-217
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• 2022

Poisson-Boltzmann은 세포안의 전하의 영향을 기술하는 방정식이며, 생물 등의 분야에서 중요한 역할을 한다. 본 발표에서는 ResNet을 기반으로 한 PBE의 솔루션 예측 방법을 소개 한다. 먼저 FEM을 기반으로 한 방법으로 sample들을 생성한다. 그리고, 세포의 모양과 전하의 위치를 input으로 하고, 전위를 output으로 하는 network를 훈련시킨다.

• 대한전자공학회논문지SD
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• 제39권2호
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• pp.27-38
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• 2002

양자 우물 반도체 소자 모델링에 있어서 양자 우물의 다중 에너지 부준위 각각에 대한 Boltzmann 방정식의 해를 직접적으로 구하는 self-consistent한 방법을 개발하였다 양자 우물의 특성을 고려하여 Schrodinger 방정식과 Poisson 방정식 및 Boltzmann 방정식으로 구성된 양자 우물 소자 모델을 설정하였으며 이들의 직접적인 해를 유한 차분법과 Gummel-type iteration scheme에 의해 구하였다. Si MOSFET의 inversion 영역에 형성되는 양자 우물에 적용하여 그 시뮬레이션 결과로부터 본 방법의 타당성 및 효율성을 보여 주었다.

• 대한전자공학회논문지SD
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• 제39권2호
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• pp.14-26
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• 2002

Pauli 배타 원리를 적용한 축퇴 상태의 양자 우물 소자 모델링을 제안하였다. 양자 우물에서의 다중 에너지 부준위 각각에 대한 Boltzmann 방정식의 collision 항들을 Pauli 배타 원리를 적용하여 전개하고 이들을 Schrodinger 방정식과 Poisson 방정식과 결합하여 비선형적인 시스템의 모델을 설정하였다. 시스템의 해를 직접적으로 구하기 위하여 유한 차분법과 Newton-Raphson method를 적용하여 양자 우물의 다중 에너지 부준위 각각에 대한 캐리어 분포 함수를 구하였다. Si MOSFET의 inversion 영역에 본 모델을 적용하여 전자 밀도의 증가에 따라 양자 우물의 에너지 분포 함수가 Boltzmann 분포 함수의 형태로부터 Fermi-Dirac 분포 함수의 형태로 변화함을 제시하고, 소자 크기가 감소할수록 소자 모델링에 있어서의 Pauli 배타 원리의 중요성과 함께 본 모델의 정당함과 그 해석 방법의 효율성을 보여주었다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제26권2호
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• pp.181-186
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• 2022

포아즌 볼츠만 방정식 (Poisson-Boltzmann equation, PBE)은 생물물리, 콜로이드 화학 등에서 등장하는 문제들을 모델링하는데 사용되는 방정식이다. 따라서 PBE의 수치해를 효율적으로 예측하는 것은 중요한 이슈이다. 저자들은 기존의 연구에서 PBE를 풀기위한 딥러닝 방법을 제안하였으나, 딥러닝을 훈련하기 위한 샘플을 생성하는 시간이 컸다는 어려움이 있었다. 본 논문에서는 FEM 수치해를 생성하는데 걸리는 시간을 줄이는 두가지 방안을 마련하였다. 첫째로 대수 방정식을 만들 때 bilinar form에 포함되는 penalty 파라메터를 실험적으로 조정하였다. 두 번째로, 대수적멀티그리드 기법을 활용하여 대수 방정식의 컨디션 넘버를 meshsize와 무관하게 만들었다. 따라서 PBE 방정식의 대수 방정식을 풀 때 계산 시간을 효과적으로 줄였다. 이러한 대수적 멀티그리드를 사용한 방법은 다양한 분야에서 딥러닝의 샘플을 생성하는데 효과적으로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제26권4호
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• pp.585-588
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• 2005

Bipyridine and its derivatives have been widely used as the ligands in transition metal complexes. The proton affinities of pyridine derivatives were calculated using an ab initio quantum mechanical method (B3LYP with various double zeta and triple zeta basis sets) in combination with the Poisson-Boltzmann continuum solvation model. Van der Waals radii of the atoms in the heterocyclic rings for the solvation energy calculation were set to values determined to reproduce the $pK_a$ values of guanine and oxoguanine derivatives and that of chlorine was optimized to reproduce the experimental values of relating compounds. The $pK_a$ values for the heterocyclic ring compounds were in agreement with the experimental values with a mean unsigned error of 0.45 $pK_a$ units.

• Interaction and multiscale mechanics
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• 제3권2호
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• pp.157-171
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• 2010

In this paper, a theoretical method has been developed for the electric double layer interaction under condition of the variable dielectric permittivity of water. Using Poisson-Boltzmann equation (PBE), for one plate and two plates having similar or dissimilar constant charge or constant potential, we have investigated the electric double layer potential, its gradient and the disjoining pressure as well as the effect of variation of dielectric permittivity on these parameters. It has been assumed that plates are separated by a specific distance and contain a liquid solution in between. It is shown that reduction of the dielectric permittivity near the interfaces results in compression of electric double layers and affects the potential and its gradient which leads to a decreased electrostatic repulsion. In addition, it is shown that variation of dielectric permittivity in the case of higher electrolyte concentration, leads to a greater change in potential distribution between two plates.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제23권1호
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• pp.27-28
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• 2002

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제31권1호
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• pp.168-170
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• 2010

• 통합자연과학논문집
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• 제5권4호
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• pp.216-219
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• 2012

Structure-based drug design possibly benefit from in silico methods that precisely predict the binding affinity of small molecules to target macromolecules. There are many limitations arise from the difficulty of predicting the binding affinity of a small molecule to a biological target with the current scoring functions. There is thus a strong interest in novel methodologies based on MD simulations that claim predictions of greater accuracy than current scoring functions, helpful for a regular use designed for drug discovery in the pharmaceutical industry. Herein, we report a short review on free energy calculations using MMPBSA method a useful method in structure based drug discovery.