• 한국자원식물학회지
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• 제13권2호
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• pp.104-110
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• 2000

가시오갈피 및 오갈피의 수집종 간의 유연관계를 구명하기 위하여 RAPD 분석을 한 결과 10개의 primer를 선발하였으며 G+C의 수가 모두 60%이상이었다. 10개의 primer를 사용하여 얻을 수 있는 총 밴드 수는 106개 였으며 이중 monomorphic한 밴드는 17.9%에 해당하는 19개였으며 나머지 87개는 polymorphic한 것으로 나타났다. 10개의 primer를 사용하여 얻은 106개의 밴드를 각각 하나의 형질(character)로 보아 이를 유연관계를 분석한 결과 영월 수집종과 일본종 및 지리산 오갈피와 서울오갈피를 포함하는 군(Group I )과 국내종과 러시아종, 중국종을 포함하는 군(Group II)으로 나뉘어졌으며 genetic distance값의 평균은 0.61이었다. Group I으로 분류된 북해도 가시오갈피는 국내의 각 수집지역의 가시오갈피나 러시아 가시오갈피와 원연의 관계인 것으로 나타났으며 2군에 포함된 수집 지역종 간의 원연 관계 중 춘천 수집종은 국내의 다른 지역인 잠곡이나 태기산 오대산 등과 비교하여 러시아 산이나 중국산에 대하여 더 근연의 관계를 나타내었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제48권4호
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• pp.303-307
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• 2010

Stellantchasmus falcatus is a minute intestinal fluke in the family Heterophyidae. Metacercariae, the infective stage, were reported in a marine fish, mullet Liza subviridis, and a fresh water fish, Dermopgenus pusillus, in Thailand. Adults were found in chicks, rats, cats, and humans. Morphological studies were done for comparing Stellantchasmus sp. worms found in 2 different fish hosts; their shapes and organ arrangements were very similar except for the prepharynx length. Therefore, the present study aimed to compare their DNA fingerprints using the HAT-RAPD method for both types of Stellantchasmus and several other related species. Ten arbitrarily selected primers (OPA-04, OPA-09, OPN-02, OPN-03, OPN-09, OPN-12, OPP-11, OPR-15, OPX-13, and OPAD-01) were used. It was found that OPA-09, OPN-03, and OPAD-01 were able to generate S. falcatus specific fragments in mullets which consisted of 200, 760, and 280 bp, respectively. In addition, the results of morphologic, DNA fingerprinting, and phylogenetic analyses strongly suggest that the fresh water and marine specimens of Stellantchamus may be different species.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제13권2호
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• pp.182-190
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• 2003

A new phaC gene cluster encoding polyhydroxyalkanoate (PHA) synthase I PHA depolymerase, and PHA synthase II was cloned using the touchdown PCR method, from medium-chain length (mcl-) PHA-producing strain Pseudomonas putida KT2440. The molecular structure of the cloned phaCl gene was analyzed, and the phylogenic relationship was compared with other phaCl genes cloned from Pseudomonas species. The cloned phaCl gene was expressed in a recombinant E. coli to the similar level of PHA synthase in the parent strain P. putida KT2440, but no significant amount of mcl-PHA was accumulated. The isolated phaCl gene was re-introduced into the parent strain P. putida KT2440 to amplify the PHA synthase I activity, and the recombinant P. purida accumulated mcl-PHA more effectively, increasing from 26.6 to $43.5\%$. The monomer compositions of 3-hydroxylalkanoates in mcl-PHA were also modified significantly in the recombinant P. putida enforcing the cloned phaCl gene.

• 생명과학회지
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• 제20권7호
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• pp.983-990
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• 2010

조팝나무속 식물은 주로 아시아에 많이 분포하는 목본으로 생태 및 약용으로 중요하다. 이 속내 16종, 29집단에 대해 RAPD (random amplified polymorphic DNA) 마커로 이들 집단에 대한 유전적 변이와 집단구조를 조사 하였다. 이들 집단은 작고 격리되어 있어 낮은 유전적 다형성을 나타내었다. 전체 유전적 다양도는 종 수준에서 0.117이였다. 국지적 분포를 보이는 종(S. chartacea)은 광범위하게 분포하는 종에 비해 유전자 좌위당 대립유전자의 수는 적었고(평균 1.240:1.297), 다형성을 나타내는 유전자 좌위 %(24.0:29.7), 낮은 다형성(0.092 vs. 0.121)을 나타내었다. 종내 다양성의 비율($H_{POP}/H_{SP}$)은 전체 변이중 87.8%가 종간에 있었고 전체 변이의 12.2%는 종내에 있었다. 계통도에서 세 그룹으로 나타났다. 한 분지군은 조팝나무, 가는잎조팝나무, 인가목조팝나무, 긴조팝나무, 공조팝나무이었다. 또한 분지군은 산조팝나무, 아구장나무, 떡잎조팝나무, 당조팝나무였다. 나머지 분지군은 7종을 포함하고 있었다.

• Journal of Crop Science and Biotechnology
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• 제11권1호
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• pp.39-44
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• 2008

Korean cultivated bramble, which is known as Bokbunja-ddal-gi is regarded to be originated from Korea native Rubus coreanus. However, little scientific evidence and significant morphological differences between Korean cultivated bramble(KCB) and R. coreanus throw doubt on the ancestry of KCB. This study was carried out to obtain phylogenetic information on KCB by comparing its nuclear genomic background with those of R. coreanus, black(R. occidentalis) and red(R. idaeus) raspberry, blackberry(R. lanciniatus) and R. crataegifolius. A total of 99 random amplified polymorphic DNA(RAPD) markers were generated and used for phylogenetic analysis of 76 Rubus accessions. Accessions of each species were grouped into each distinct subclade by the RAPD markers at a similarity coefficient of about 0.59. The KCB subclade formed a clade with R. occidentalis and R. crataegifolius subclades at a similarity coefficient of 0.47. The R. coreanus subclade formed a clade with R. idaeus, R. lanciniatus and R. crataegifolius subclades at a similar similarity coefficient. Only one KCB accession from Hoengsung was included in R. coreanus subclade. The accession shows leaf and flower characteristics different from the rest of the KCB accessions. The phylogenetic relationship inferred from the RAPD markers suggests that the nuclear genomic background of KCB accessions which show morphological similarity to black raspberry is more closely related to black raspberry than to R. coreanus. This brings about the need for close scientific evaluations on the ancestry of KCB at both morphological and molecular levels.

• 한국양식학회지
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• 제17권3호
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• pp.197-208
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• 2004

백합과에 속하는 유용이매패류인 살조개, Protothaca jedoensis, 바지락, Rudirapes philippinam, 개조개, Saxidomus punuratus, 가무락조개, Cyciina sinensis, 백합, Meretrix lusoria 등 5종간의 패각 외부와 내부의 형태형질을 비교 조사하여 계통유연관계를 밝히고자 하였다. 계측형질중에서 주치의 길이만 패각의 크기와 일치할 뿐, 모든 계측형질의 크기가 패각의 크기순으로 나열되지 않는 점으로 보아, 계측형질은 고유의 종 형태적 특징을 나타낸다고 할 수 있겠다. 교판의 길이는 각장, 각고, 각폭 어느 것으로 비교하든지 종간 지수가 일정하게 나타났으나 다른 계측형질 지수는 일정하게 종간순으로 나타나지 않았다. 살조개와 바지락간의 형태적 유사도는 가장 높게 나타났으며, 살조개와 백합의 형태적 유사도는 낮은 값을 나타내었다. 이는 서식장의 환경적인 영향이 가장 크다고 생각되며, 형태형질의 비교에서 백합이 다소 유사도가 낮게 되는 것은 유전적인 형질에 의해서 영향을 받는다고 사료된다. 살조개를 자원증식을 위한 인공종묘생산을 시도하고자 한다면, 형태적 계통유연관계에서도 가장 근연종으로 보이는 바지락을 중심으로 활용방안을 모색해 보아야 할 것으로 사료된다

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제56권5호
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• pp.515-519
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• 2018

Triatoma rubrofasciata is a wide-spread vector of Chagas disease in Americas. In this study, we completed the mitochondrial genome sequencing of T. rubrofasciata. The total length of T. rubrofasciata mitochondrial genome was 17,150 bp with the base composition of 40.4% A, 11.6% G, 29.4% T and 18.6% C. It included 13 protein-coding genes, 22 tRNA genes, 2 rRNA genes and one control region. We constructed a phylogenetic tree on the 13 protein-coding genes of T. rubrofasciata and other 13 closely related species to show their phylogenic relationship. The determination of T. rubrofasciata mitogenome would play an important role in understanding the genetic diversity and evolution of triatomine bugs.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제43권2호
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• pp.181-188
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• 2016

In this study, we developed 15 novel polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers by SSR-enriched genomic library construction from Codonopsis lanceolata. We obtained a total of 226 non-redundant contig sequences from the assembly process and designed primer sets. These markers were applied to 53 accessions representing the cultivated C. lanceolata in South Korea. Fifteen markers were sufficiently polymorphic, and were used to analyze the genetic relationships between the cultivated C. lanceolata. One hundred three alleles of the 15 SSR markers ranged from 3 to 19 alleles at each locus, with an average of 6.87. By cluster analysis, we detected clear genetic differences in most of the accessions, with genetic distance varying from 0.73 to 0.93. Phylogenic analysis indicated that the accessions that were collected from the same area were distributed evenly in the phylogenetic tree. These results indicate that there is no correlative genetic relationship between geographic areas. These markers will be useful in differentiating C. lanceolata genetic resources and in selecting suitable lines for a systemic breeding program.

• 생명과학회지
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• 제21권7호
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• pp.939-946
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• 2011

미토콘드리아 산화효소(COI) 유전자의 서열을 이용하여 한국 내 육지플라나리아의 분류와 계통관계를 규명하였다. 유전자은행에서 Bipaliidae과의 종에 관한 기 발표된 서열을 계통분석을 위해 포함시켰다. 육지 플라나리아의 서열 배당은 387 bp에서 444 bp로 나타났으며 이런 차이는 염기 삽입에 기인하였다. COI 분석에 근거한 계통학적 분지도는 형태적 형질에 의한 결과와 일치하지 않았다. Bipalium nobile가 나머지 분류군(Bipalium adventitium, Bipalium venosum, Bipalium kewense, Bipalium multilineatum)을 포함하는 관계로 나타났다. 내부 가지의 분지군은 강하게 지지되었다(>91%). The phylogenic tree on COI 분석에 의한 계통도는 잘 분리되었다. 이들은 단계원을 형성하였다. 미토콘드리아 산화효소 유전자는 한국 내 육지 플라나리아 분류군을 동정하는데 유력한 도구가 될 수 있다.

• Genomics & Informatics
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• 제9권4호
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• pp.181-188
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• 2011

In planning a model-based phylogenic study for highly related ethnic data, the SNP marker number is an important factor to determine for relationship inferences. Genotype frequency data, utilizing a sub sampling method, from 63 Pan Asian ethnic groups was used for determining the minimum SNP number required to establish such relationships. Bootstrap random sub-samplings were done from 5.6K PASNPi SNP data. DA distance was calculated and neighbour-joining trees were drawn with every re-sampling data set. Consensus trees were made with the same 100 sub-samples and bootstrap proportions were calculated. The tree consistency to the one obtained from the whole marker set, improved with increasing marker numbers. The bootstrap proportions became reliable when more than 7,000 SNPs were used at a time. Within highly related ethnic groups, the minimum SNPs number for a robust neighbor-joining tree inference was about 7,000 for a 95% bootstrap support.