• Genomics & Informatics
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• 제18권3호
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• pp.32.1-32.7
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• 2020

The mitochondrial genome of a species is an essential resource for its effective conservation and phylogenetic studies. In this article, we present sequencing and characterization of the complete mitochondrial genome of a threatened labeonine fish, Cirrhinus reba collected from Khulna region of Bangladesh. The complete mitochondrial genome was 16,597 bp in size, which formed a circular double-stranded DNA molecule containing a total of 37 mitochondrial genes (13 protein-coding genes, 2 ribosomal RNA genes, and 22 transfer RNA genes) with two non-coding regions, an origin of light strand replication (OL) and a displacement loop (D-loop), similar structure with other fishes of Teleostei. The phylogenetic tree demonstrated its close relationship with labeonine fishes. The complete mitogenome of Cirrhinus reba (GenBank no. MN862482) showed 99.96% identity to another haplotype of Cirrhinus reba (AP013325), followed by 90.18% identity with Labeo bata (AP011198).

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제40권2호
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• pp.147-149
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• 2024

We report the complete mitochondrial genome sequence of endangered yellow-throated marten, Martes flavigula. The complete mitochondrial genome of M. flavigula is 16,555 bp in length. We identified 13 protein coding genes, 22 transfer RNA, two ribosomal RNA, and one control region. The mitogenome is A+T rich, with a composition of 31.3% A, 28.7% C, 13.0% G, and 27.0% T. According to phylogenetic analysis based on mitochondrial complete genomes, Martes flavigula in the subgenus Charronia was clearly distinct from the subgenus Martes. This phylogeny of the genus Martes supports the conventional systematic treatment. The genetic and taxonomic analysis in this study provides necessary information for the future studies of yellow-throated marten and the Mustelidae family.

• 한국미생물생명공학회:학술대회논문집
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• 한국미생물생명공학회 2000년도 Proceedings of 2000 KSAM International Symposium and Spring Meeting
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• pp.135-141
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• 2000

Global Biodiversity is common interest of humans for better health and sustainable development of the society. To provide access and analysis on microbial diversity information, Bacteriology Insight Orienting System (BIOS) has been developed. BIOS contains 6402 species and subspecies names of bacteria and archaea, 2606 names of cyanobacteria by March 2000. BIOS of which web based analytical tool provides windows to compare the results of phylogenetic analysis based on 16S rDNA sequence and the results of cluster analysis on proteome profiling. The sequence data and 2 dimensional gel electrophoresis analysis data were accumulated in BIOS database content for cyanobacteria reclassification and taxonomy. (BIOS URL: http.://www-sp2000ao.nies.go.jp/bios/index.html).

• Journal of Plant Biology
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• 제5권3호
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• pp.25-29
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• 1962

Succeeding the previous papers, nineteen species of marine green algae and threee species of fresh water green algae are analyzed to the free amino acid patterns by paper chromatogram, and it has been described as containing significant qualities of the pattern in relation to phylogenetic studies. Those seem to have a tendency of recognizable pattern on inter-Orders and inter-Phyla of marine algae. And the patterns of fresh water and marine green algae are also carried out referring to these studies.

• 한국패류학회지
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• 제32권1호
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• pp.55-62
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• 2016

In this study, an attempt has been made to analyze the morphology of Cephalopods distributed in Korea and collected samples from South-East Asian countries including Thailand, Indonesia, Vietnam, and China. A phylogenetic analysis was performed using the mitochondrial gene, Cytochrome c oxidase subunit I (COI) to understand the genetic divergences of the species and validate their origins. For achieving the objectives, samples were collected directly from Thailand Hat Yai, Songkhla, Indonesia Medan, Vietnam Ho Chi Minh, and Vung Tau in August 2015 and from China in September 2015. A total of 23 species of Cephalopods were identified falling under three orders, four familyies and nine genus. The species were distributed under Order: Octopoda (1 family, 3 genus, and 9 species), Order: Sepiolioda (1 family, 2 genus, and 8 species), and Order Teuthoidea (2 family, 4 genus, and 6 species). 23 species which is 1 family 3 genus 9 species in Octopoda, 1 family 2 genus 8 species in Sepiolioda, 2 family 4 genus 6 species in Teuthoidea. Phylogenetic analysis using COI gene was conducted for 18 species. For the remaining 5 species sequencing results showed severe variation and hence were not considered further. The COI phylogenetic analysis for the 18 species of Cephalopods were found consistent with the morphological identification. The excluded species will be subjected for a further detailed analysis.

• 식물분류학회지
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• 제41권2호
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• pp.119-129
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• 2011

한국산 초롱꽃과 8속 25분류군과 군외군 2분류군 등 총 27분류군에 대한 계통유연관계를 알아보기 위하여 PCR-RFLP와 ITS 지역의 염기서열 분석을 실시하였다. 엽록체 DNA의 11개 지역을 이용한 PCR-RFLP 분석에서는 증폭된 DNA 각각에 대하여 15가지 제한효소를 처리한 결과 총 244개의 제한효소 절편을 얻었으며, 그 중 59개는 분류군간 차이가 있어 24%의 다형화를 보였다. ITS 지역의 길이는 588-707 bp이었으며, 염기변이는 0-39.36%로 나타났다. 계통 분석 결과, PCR-RFLP와 ITS 지역의 염기서열을 이용한 계통수 모두에서 초롱꽃과는 단계통을 형성하였다. 도라지속과 더덕속은 독립적인 분계조로 유집되었고, 홍노도라지속과 영아자속은 잔대속-금강초롱꽃속을 위한 자매군을 형성하였다. 초롱꽃속도 단계통으로 나타났고, 애기도라 지속은 ITS분석에서는 가장 기부에 분계조를 형성하였지만 PCR-RFLP결과에서는 초롱꽃속과 더덕속-도라지속분계조 사이에 위치하여 차이를 보였다. 금강초롱꽃속은 잔대속과 함께 유집되었으며, 잔대속은 병계원으로 분계조를 형성하여 형태형질에 의한 속내 분류체계와 일치하지 않았다. 본 연구에서 다룬 2가지 자료에 기초한 한국산 초롱꽃과의 계통분석 결과, 속 수준에서는 대부분 일치하는 경향을 보였지만 애기도라지속과 금강초롱꽃속의 계통학적 위치와 잔대속의 속내 분류계급의 유집에서는 차이를 보였다.

• 식물분류학회지
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• 제36권2호
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• pp.91-108
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• 2006

한국산 Geranium(쥐손이풀속) 16분류군과 3개의 군외군을 대상으로 진화와 유연관계를 평가하기 위하여 nuclear ribosomal DNA 중 internal transcribed spacer (ITS) 구간에 대한 계통 분류학적 분석을 수행하였다. 계통 분류학적 연구들은 bootstrapping, jackknifing을 포함한 parsimony 방법과 neighbor-joining 방법을 사용하였다. 그 결과 한국산 쥐손이풀속은 단계통군을 형성하였다. Parsimony tree에서 한라이질풀은 가장 기부에 위치하였으며 Erianthum group은 높은 지지도에 의해 하나의 분계조를 형성하였다(100% bootstrap과 jackknife values). Krameri group인 산쥐손이는 Palustre group인 섬쥐손이와 가까이 위치하였으나 그 지지도는 매우 낮았고(37% bootstrap과 44% jackknife values) strict tree에서는 clade가 붕괴되었다. Wilfordii group에 분류되었던 큰세잎쥐손이는 Koreanum group과 가까이 위치하였고, Sibiricum group인 쥐손이풀은 Krameri group인 삼쥐손이와 가까이 위치하였으며 또한 이 두 종은 역시 Krameri group인 선이질풀과 자매군을 이루었다. Wilfordii group인 좀쥐손이와 세잎쥐손이는 Sibiricum group인 삼이질풀, 이질풀과 가까이 위치하였다. 이와 같은 결과는 많은 학자들에 의해 논란이 된 분류군들의 문제를 해결하는데 유용한 접근방법이라 생각되며, 전체 쥐손이풀속 수준에서의 계통분석에 유용한 도구로 이용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국자원식물학회지
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• 제25권1호
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• pp.96-104
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• 2012

한국산 담배풀속(Carpesium L.) 7분류군과 3개의 외군(Inula britannica L., Inula germanica L., Rhanteriopsis lannginosa(DC.) Rauschert)을 대상으로 유연관계를 파악하기 위하여 nuclear ribosomal DNA(nrDNA) 중 ITS(internal transcribed spacer) 지역의 계통분류학적 분석을 수행하였다. 계통분류학적 연구방법은 maximum parsimony, neighbor-joining와 maximum likelihood 방법을 사용하였다. 정렬된 계통분의 총 길이는 731 bp이며, ITS1, ITS2와 5.8S 부위의 길이는 각각 284~297 bp, 264~266 bp와 164 bp로 나타났다. 계통분류학 변이를 보이는 site는 111개로 확인 되었으며, 그 중 64개의 site가 계통학적으로 유효한 것으로 나타났고, ITS1 지역이 ITS2 지역보다 염기 변이가 다양하게 나타나는 것으로 확인되었다. 그 결과, 한국산 담배풀속은 단계통을 형성하였으며, 담배풀(C. abrotanoides L.)이 가장 기저부에 위치하였다. 여우오줌(C. macrocephalum Franch. & Sav.)와 두메담배풀(C. triste Maxim.)은 가까운 유연관계를 나타냈으며, 애기담배풀(C. rosulatum Miq.)와 천일담배풀(C. glossophyllum Maxim.) 그리고 좀담배풀(C. cernuum L.)와 긴담배풀(C. divaricatum Siebold & Zucc.)도 유연관계가 가깝게 나타났다. 이와 같은 결과로 담배풀속 nrDNA의 ITS 지역 염기서열에 기초한 분자 계통학적 연구는 계통분류를 이해하는데 유용한 방법으로 판단된다.

• 미생물학회지
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• 제44권4호
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• pp.352-357
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• 2008

난배양성 세균의 배양효율을 증진시킬 수 있다고 보고된 배지 첨가물들이 포함된 다양한 종류의 빈영양 배지들을 대상으로 배양효율을 비교평가하고 최적의 배양조건을 모색하였으며, 평가된 배지를 사용하여 토양시료로부터 순수 분리된 난배양성 세균들의 계통분류학적 위치를 분석하였다. 배지 첨가물로는 토양의 화학적 조성을 반영하기 위한 토양추출액(soil extract), 부식질산의 유사체(humic acid analogue)인 anthraquinone disulfonate, 정족수인식 신호물질(quorum-signaling compounds)인 acyl homoserine lactones, 과산화물(exogenous peroxide)로부터 세균을 보호하기 위한 catalase가 사용되었다. $CO_2$ 과분압(5%, v/v) 조건에서 60일간 배양하였을 때, catalase가 첨가된 배지가 가장 높은 세균집락수(CFU)를 보였다. 이 배지로부터 147개의 균주를 무작위적으로 선택하여 순수분리하고 16S rRNA 유전자의 염기서열을 이용한 계통학적 분석을 실시한 결과, 순수분리된 균주의 약30%가 이전에 배양 또는 발견된 적이 없는 새로운 종(species)에 속하며, 이 중 약 25%는 새로운 과(family)에 속하는 세균일 가능성이 있는 것으로 나타났다. 또한 난배양성 토양세균으로 알려진 phylum Acidobacteria에 속하는 세균들이 성공적으로 배양되었다는 결과를 고려하면, 본 연구에서 사용된 배지 및 배양조건은 난배양성 토양세균의 배양은 물론 신 분류군의 발굴에도 큰 기여를 할 것으로 기대된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제54권2호
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• pp.173-179
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• 2016

Echinostoma hortense (Digenea: Echinostomatidae) is one of the intestinal flukes with medical importance in humans. However, the mitochondrial (mt) genome of this fluke has not been known yet. The present study has determined the complete mt genome sequences of E. hortense and assessed the phylogenetic relationships with other digenean species for which the complete mt genome sequences are available in GenBank using concatenated amino acid sequences inferred from 12 protein-coding genes. The mt genome of E. hortense contained 12 protein-coding genes, 22 transfer RNA genes, 2 ribosomal RNA genes, and 1 non-coding region. The length of the mt genome of E. hortense was 14,994 bp, which was somewhat smaller than those of other trematode species. Phylogenetic analyses based on concatenated nucleotide sequence datasets for all 12 protein-coding genes using maximum parsimony (MP) method showed that E. hortense and Hypoderaeum conoideum gathered together, and they were closer to each other than to Fasciolidae and other echinostomatid trematodes. The availability of the complete mt genome sequences of E. hortense provides important genetic markers for diagnostics, population genetics, and evolutionary studies of digeneans.