• 식물병연구
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• 제18권2호
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• pp.133-138
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• 2012

2009년 11월에 서귀포에서 꽃댕강나무 흰가루병을 발견하였다. 이어 제주, 부산, 통영 등 남부지방에서도 추가적으로 발견되었다. 흰색의 균체가 잎, 어린 줄기, 꽃을 감염하여 관상가치를 떨어뜨렸으며, 발병이 지속되면 잎 앞면의 병환부는 적자색으로 변하였다. 이 흰가루병균의 형태적 특징과 분자적 분석을 통하여 이 곰팡이는 Erysiphe abeliicola U. Braun & S. Takam.로 동정되었다. 무성세대의 분류학적 특징은 이 연구를 통하여 처음으로 기재되는데, 균사의 굴곡형 부착기와 분생포자경의 짧은 기부세포가 특징적이었다. 성숙한 자낭구의 분류학적 특징은 앞선 일본의 기재와 거의 일치하였다. 우리나라 시료에서 rDNA ITS 영역의 염기서열을 처음으로 분석하여 이 종이 Erysiphe속의 Microsphaera절에 속함을 밝혔으며, 이는 형태적 특징과 상응하는 결과였다. 이로써 우리나라에서 E. abeliicola에 의한 꽃댕강나무 흰가루병을 처음으로 보고하고, 꽃댕강나무가 이 흰가루병균의 기주로 확인된 것은 세계적으로 처음이다.

• 한국습지학회지
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• 제17권2호
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• pp.139-145
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• 2015

본 연구는 국내에 자생하는 두릅나무과(Araliaceae) 식물 8속 12종을 대상으로 종자의 외부형태적 특성을 조사하고 측정된 형질을 이용하여 다변량분석을 통해 종들간의 유연관계를 밝히기 위해 수행하였다. 종자의 형태적 특성 조사는 각 종의 종자를 20립씩 무작위 선별하여 광학현미경으로 관찰하고 이미지분석시스템을 사용하여 크기를 측정하였다. 측정형질은 종자 크기, 표면 무늬, 광택 유무 등 총 11개 항목이며 이를 이용해 수리분석을 실시하였다. 주성분 분석결과, 전체 변수들 중 제 1주성분과 제 2주성분의 누적기여도는 65.47%이었으며, 제1주성분과 제2주성분에 의해 크게 두릅나무속(Aralia), 오갈피나무속(Eleutherococcus), 인삼속(Panax), 그리고 나머지 기타 속 총 4그룹으로 구분되었다. 군집분석 결과 역시 4그룹으로 구분되어 주성분분석과 동일한 결과를 보였다. 가시오갈피나무(Eleutherococcus senticosus)는 섬오갈피나무(E. gracilistylus)와 유연관계가 가까운 것으로 나타났으며 황칠나무속(Dendropanax)은 오갈피나무속(Eleutherococcus)과 근연관계로 나타났다.

• 한국약용작물학회지
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• 제25권6호
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• pp.361-366
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• 2017

Background: In the herbal medicinal industry, Angelica gigas Nakai, Angelica sinensis (Oliv.) Diels. and Angelica acutiloba (Siebold & Zucc.) Kitag. are often confused, because the roots of the three species can not be distinguished by their appearance. This confusion can cause serious side effects. In this study, we determined the origins of Angelica roots distributed in the Korean market using the simple sequence repeat (SSR) markers developed based on the A. gigas chloroplast DNA sequence. Methods and Results: We collected twenty seven A. gigas and three A. acutiloba samples from the Seoul, Daegu, and Cheongju herbal medicinal markets. Fifty sections of one collection were mixed and ground to make a powder, which was used for DNA extraction using the cetyl trimethylammonium bromide (CTAB) method. Chloroplast based SSR markers were applied to the DNA for the determination of the species. In addition, polymorphism was found in eight samples. The phylogenetic analysis showed that the A. gigas roots collected from herbal medicinal markets were clearly discriminated from A. sinensis and A. acutiloba even though they were grouped into four clusters. Conclusions: This study showed that chloroplast based SSR markers would help the discrimination of Angelica roots in the Korean herbal medicinal industry and the markers are useful to prevent confusion between Angelica roots.

• Journal of Microbiology
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• 제43권4호
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• pp.345-353
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• 2005

The complex ecosystem of intestinal micro flora is estimated to harbor approximately 400 different microbial species, mostly bacteria. However, studies on bacterial colonization have mostly been based on culturing methods, which only detect a small fraction of the whole microbiotic ecosystem of the gut. To clarify the initial acquisition and subsequent colonization of bacteria in an infant within the few days after birth, phylogenetic analysis was performed using 16S rDNA sequences from the DNA iso-lated from feces on the 1st, 3rd, and 6th day. 16S rDNA libraries were constructed with the amplicons of PCR conditions at 30 cycles and $50^{\circ}C$ annealing temperature. Nine independent libraries were produced by the application of three sets of primers (set A, set B, and set C) combined with three fecal samples for day 1, day 3, and day 6 of life. Approximately 220 clones ($76.7\%$) of all 325 isolated clones were characterized as known species, while other 105 clones ($32.3\%$) were characterized as unknown species. The library clone with set A universal primers amplifying 350 bp displayed increased diversity by days. Thus, set A primers were better suited for this type of molecular ecological analysis. On the first day of the life of the infant, Enterobacter, Lactococcus lactis, Leuconostoc citreum, and Streptococcus mitis were present. The largest taxonomic group was L. lactis. On the third day of the life of the infant, Enterobacter, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, S. mitis, and Streptococcus salivarius were present. On the sixth day of the life of the infant, Citrobacter, Clostridium difficile, Enterobacter sp., Enterobacter cloacae, and E. coli were present. The largest taxonomic group was E. coli. These results showed that microbiotic diversity changes very rapidly in the few days after birth, and the acquisition of unculturable bacteria expanded rapidly after the third day.

• 미생물학회지
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• 제41권4호
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• pp.293-299
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• 2005

인삼근권토양으로부터 분리된 총640 저영양세균 중 유일한 탄소원으로 colloidal chitin을 첨가한 배지에서 투명환을 나타낸 8균주를 선발하였다. 대부분의 균주가 chitin의 형광성 유사체인 4-methylumbelliferyl D-N,N'-diacetylchitobioside (MUF-diNAG)을 분해하였고, CR-42균주의 경우 4-methylumbelliferyl-D-glucosaminide (MUF-NAG)를 분해하였다. 이들 chitinase 생산균주의 16S rDNA 염기서열을 결정하여 계통학적 위치를 확인한 결과 5개의 주요한 계통군: proteobacteria $\gamma-subdivision$ (3균주), proteobacteria $\beta-subdivision$ (1 균주), Actinobacteriaceae (1 균주), Bacillaceae (1 균주) 그리고 Bacteriodetes (2 균주)로 분류되었다. 이들 분리균주 중 WR164와 CR18 균주는 16S rDNA염기서열의 유사도가 미배양 및 미동정 등록균주와 $97\%$ 미만으로 나타나 신규미생물로 제안할 수 있는 균주로 예상되었다. 한편 CR2와 CR75 chitinase 생산균주는 인삼 탄저 병원균인 Colletotrichum gloeosporioides의 생장을 저해하는 것으로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제47권4호
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• pp.308-315
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• 2011

본 연구는 가임기 여성의 질로부터 젖산균인 Lactobacillus plantarum UK-3를 분리하여 다양한 생리화학적 특성조사와 여러 가지 병원균들에 대한 항균활성을 확인하고자 실시하였다. 균주 UK-3는 MRS 배지에서 배양되었으며, 형태학적 관찰 및 생화학적 특성을 조사하였으며, 16S rRNA 염기서열 분석을 통해 균주를 동정하여, Lactobacillus plantarum UK-3로 명명하였으며, GenBank에 [JK266589]로 등록하였다. 배양기간 동안에 L. plantarum UK-3의 생장과 유기산의 생성, pH 변화를 조사하였으며, HPLC를 사용하여 대사산물로서 생성된 젖산(lactic acid)과 아세트산(acetic acid)을 정량 및 정성분석 하였다. 이들 유기산의 생성은 L. plantarum UK-3의 생장과 비례하였고, 배양 48시간 경과 후에 젖산과 아세트산의 농도는 각각 약 684.11 mM과 174.26 mM이었으며, 초기 pH 7.0은 배양기간 동안 3.7로 감소하였다. 여성의 질에서 감염의 가능성이 있는 10가지의 그람양성 세균, 그람음성 세균, 그리고 효모에 대하여 25배로 농축된 배양상등액을 처리하여 plate diffusion assay 방법으로 항균활성을 측정하였다. 그 결과 본 연구에 사용된 10가지 미생물에 대해서 광범위하게 항균효과가 있는 것이 관찰되었으며, 정상균총으로서 다른 젖산세균인 Lactobacillus acidophilus에 대해서는 항균활성을 나타내지 않았다.

• 미생물학회지
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• 제54권3호
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• pp.254-265
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• 2018

최근 양계업에 막대한 피해를 끼치는 조류독감은 한국에서 수천억원의 거대한 경제적 손실을 초래하였다. 병원균의 전염경로를 파악할 수 있다면 막대한 손해를 끼치는 생물학적 피해의 확산을 막고 일부 지역으로 제한하는데 큰 도움이 될 것이다. 병원균 DNA 서열의 계통학적인 분석을 통하여 감염된 숙주들을 방향성이 있는 연결선으로 연관짓는 전염 계통수를 얻을 수 있다. 지난 10여년간 유전적 데이터뿐만 아니라 역학 데이터를 이용한 전염 계통수 추론의 방법론적 발전이 이루어졌다. 이에, 본 연구에서는 전염 계통수 추론 방법을 이용하여 지난 2014년 한국에 발병한 고병원성 조류독감 H5N8에서 유래한 DNA 서열을 재분석하였다. 당시, H5N8 바이러스는 전라북도에서 시작하여 지역적으로 접해있는 4개의 지역으로 확산되어 나갔던 것으로 알려져 있다. 전염 계통수를 추론하는 베이지언 통계 방법인 Markov chain Monte Carlo를 반복적으로 시행하고 이를 종합하여 철새 외래종과 국내종 조류 숙주들의 전염 계통수를 추정하였다. 비록 연결선의 불확실성은 높았으나 추정된 전염 계통수를 통하여 당시 H5N8 바이러스는 전라북도에서 시작하고 충청남도를 거쳐 경기도로 퍼져나간 것을 확인할 수 있었다. 사육하는 오리와 같은 국내종 조류는 전염 계통수의 말단 노드에 위치하는 것으로 추정되었다. 이러한 결과를 통하여 야생 철새종이 2014년 한국의 H5N8 조류독감의 감염 매개자로 주된 역할을 하였다는 것을 재확인하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제41권1호
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• pp.19-25
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• 2014

도라지는 초롱꽃과에 속하는 채소용 또는 약용으로 그 생산량이 해마다 증가하는 추세에 있다. 특히 국내의 경남지역에서는 토종도라지의 보존과 육성을 위한 정책을 추진하고 있고 도라지의 단가도 급등함에 따라 그 재배면적이 크게 증가하였다. 본 연구에서는 토종 도라지의 순계를 보존하기 위한 조직배양 기술의 확립과 함께 분자생물학적 기술을 이용한 토종 도라지의 판별 기술을 개발하기 위한 기초연구를 수행하였다. 먼저 경남지역과 충남아산시 등의 야산에서 채종하여 수 십년간 자가 채종하여 재배하여온 농가에서 수집한 종자를 중심으로 5종의 primer를 이용하여 RAPD분석을 수행한 결과 총 48개의 밴드를 생산하였으며, 이중 21개 밴드는 다형성을 보이는 밴드로 40.3%의 다형성을 나타내었다. 특히 primer HD3는 총 13개의 밴드 중 10개가 계통간 다형성을 보여서 76.9%의 높은 다형성빈도를 보였다. 향후 핵 DNA 보다는 핵외 DNA를 이용한 SNP 마커의 확보 등 보다 진보된 기술을 이용한 보완연구가 수행되어야 할 것으로 사료되었다.

• 생명과학회지
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• 제17권3호통권83호
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• pp.318-327
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• 2007

본 연구는 여수연안해역에서 채 집 한 보름달 둥근 물해파리를 대상으로 ITS 부위와 미토콘드리아 유전자 염기서열을 이용하여 계통유연관계를 보왔다. ITS 부위를 증폭시키 기 위하여 F5와 R5 primer, 미토콘드리아 COI 유전자 증폭을 위하여 LCO1490과 HCO2198 primer를 사용했다. 증폭은 ITS에서 267 bp, COI에서 643 bp로 나타났다. 한국산 물해파리와 미국 캘리포니아에서 채집한 Aurelia sp.가 유전적 거리가 가장 짧은 0.023을 보인 반면에, 한국산과 미국산, 스웨덴산 물해파리는 동일한 종이지만 유전적 거리가 0.393에서 0.395로 매우 먼 것으로 나타났다. COI유전자의 경우 한국산과 영국산, 터어키산, 스웨덴산, 미국산 물해파리의 유전적 거리 범위는 0.201에서 0.205로 나타났다. 그러나 한국산과 미국산의 bootstrap은 100% 자매군으로 보였다. COI 유전자에 대한 한국산과 미국산 2차 RNA folding 구조를 볼 때 동일한 에너지 하에서도 상이한 2차 folding을 보였다. 따라서 ITS1과 COI 유전자는 보름달 둥근 물해파리 개체군의 생물지리학적 분포 조사를 위하여 유용한 도구로 활용될 것으로 추측된다.

• 생명과학회지
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• 제21권2호
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• pp.235-241
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• 2011

본 연구의 목적은 두유 curd를 형성하는 미생물을 분리하는 것이다. 두유 curd를 형성하는 미생물은 채소를 젖산균으로 발효시킨 전통적인 한국의 음식, 김치로부터 분리하였다. 분리 균주 196개 중 10개의 균주(strain No. 2-2-2, 2-15-2, 2-18-1, 2-19-2, 3-4-1, 3-4-2, 3-8-1, 3-8-3, 3-17-1, 4-39-5)가 단단한 두유 curd를 형성하였고 분자생물학적 생화학적 분석법에 의해 동정되었다. 분리균주로부터 추출한 genomic DNA는 16S rDNA 지역의 PCR 증폭을 위한 주형으로 사용하였다. GenBank 데이터로 16S rDNA 염기서열을 비교한 결과, 분리 균주들은 Leuconostoc mesenteroides group과 Lactobacillus sakei group으로 동정되었다. 두유 curd를 형성하는 균주들의 계통 발생학적 위치와 분류군은 neighbor-joining 방법을 이용하여 확인하였다. 또한, L. mesenteroides group은 생화학적 특성에 의해 L. mesenteroides subsp. dextranicum으로 동정되었다. 하지만 L. sakei group은 생화학적 특성 비교시 다양성을 보여 Lactobacillus sp.로 명명하였다.