• 제목/요약/키워드: Phage

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Expression and DNA Sequence of the Gene Coding for the lux-specific Fatty Acyl-CoA Reductase from photobacterium phosphoreum

  • Lee, Chan-Yong;Edward A. Meighen
    • Journal of Microbiology
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    • 제38권2호
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    • pp.80-87
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    • 2000
  • The nucleotide sequence of the luxC gene coding for lux-specific fatty acyl-CoA reductase and the upstream DNA (325bp)of the structural gene from bioluminescent bacterium, Photobacterium phosphoreum, has been deternubed. An open reading frame extending for more than 20 codons in 325 bp DNA upstream of luxC was not present in both directions. The lux gene can be translated into a polypeptide of 54 kDa and the amino acid sequences of lux specific reductases of P. phosphoreum shares 80, 65, 58, and 62% identity with those of the Photobacterium leiognathi, Vibrio fischeri, Vibrio harveyi, and Xehnorhabdus luminescenens reductases, respectively. Analyses of codon usage, showing that a high frequency (2.3%) of the isoleucine codon, AUA, in the luxC gene compared to that found in Escherichia coli genes (0.2%) and its absence in the luxA and B genes, suggested that the AUA codon may play a modulator role in the expression of lux gene in E. coli. The structural genes (luxC, D, A, B, E) of the P. phosphoreum coding for luciferase (${\alpha}$,${\beta}$) and fatty acid reductase (r, s, t) polypeptides can be expressed exclusively in E. coli under the T7 phage RNA polymerase/promoter system and identificationof the [35S]methionine labelled polypeptide products. The degree of expression of lux genes in analyses of codon usage. High expression of the luxC gene could only be accomplished in a mutant E. coli 43R. Even in crude extracts, the acylated acyl-CoA reductase intermediate as well as acyl-CoA reductrase activities could be readily detected.

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혐기성 병원균 Clostridium perfringens를 감염시키는 용균 박테리오파지 CP3의 유전체 염기서열 초안 (Draft genome sequence of lytic bacteriophage CP3 infecting anaerobic bacterial pathogen Clostridium perfringens)

  • 김영주;고세영;연영은;;한범구;김현일;오창식;김동혁
    • 미생물학회지
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    • 제54권2호
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    • pp.149-151
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    • 2018
  • Clostridium perfringens는 그람 양성, 막대 모양, 혐기성, 포자 형성을 하는 병원균으로서 Clostridiaceae과에 속한다. C. perfringens는 인간의 장관과 척추동물 내에서 식중독을 포함하는 질병을 유발한다. 높은 특이성으로 목표 세균을 죽이는 박테리오파지는 병원세균을 제어하는 방법들 중 하나로 여겨져 왔다. 본 연구에서는 C. perfringens를 감염시킬 수 있는 박테리오 파지 CP3의 유전체 염기서열 초안을 보고한다. 본 박테리오파지의 G + C 비율은 34.0%이며, 52,068 bp로 구성된 유전체 DNA를 지니고 있었다. 이 유전체는 74개의 단백질 유전자를 포함하고 있었으며, RNA는 확인되지 않았다.

병원균 Klebsiella pneumoniae를 감염시키는 용균 박테리오파지 KP1의 유전체 염기서열 초안 (Draft genome sequence of lytic bacteriophage KP1 infecting bacterial pathogen Klebsiella pneumoniae)

  • 김영주;방인아;연영은;박준영;한범구;김현일;김동혁
    • 미생물학회지
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    • 제54권2호
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    • pp.152-154
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    • 2018
  • Klebsiella pneumoniae는 그람 음성균에 속하고 막대 형태를 가지며 인간이나 동물의 폐에 감염하여 병을 일으키는 균이다. K. pneumoniae는 흔히 항생제 내성을 나타내는데 이로 인해 항생제를 통한 치료가 어려워지게 된다. 이런 상황에서 숙주 균에 특이적이고 민감하게 반응하는 박테리오파지는 항생제 내성균의 치료에 대한 대체적인 접근법으로 제안될 수 있다. 박테리오파지 KP1은 하수처리장에서 분리되었으며 K. pneumoniae에 대해 특정적인 감염성이 있다. 본 연구에서는 Klebsiella pneumoniae 박테리오파지 KP1의 유전체 초안 분석을 수행하였다. KP1의 유전체 초안은 167,989 bp의 길이, 39.6%의 G + C 비율로 구성되어있다. 295개의 예측된 ORF들과 14개의 tRNA 유전자를 가지고 있다. 또한 이들은 lysozyme, 그리고 holin과 같은 다양한 세포 용해 관련 효소들을 포함하고 있다.

감태(Ecklonia cava)에서 분리한 Flavivirga eckloniae ECD14T의 유전체 서열 분석 (Complete genome sequence of Flavivirga eckloniae ECD14T isolated from a seaweed Ecklonia cava)

  • 이지희;강주원;김은미;성치남
    • 미생물학회지
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    • 제54권2호
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    • pp.161-163
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    • 2018
  • 대한민국 남해에서 채집한 해조류 감태(Ecklonia cava)로부터 분리한 Flavivirga eckloniae $ECD14^T$ 균주의 유전체서열을 분석하였다. 균주 $ECD14^T$의 유전체는 G + C 비율이 33.9%이며, 4,647개의 유전자와 4,595개의 단백질 코딩 유전자, 44개의 위유전자, 52개의 RNA 유전자를 포함한 단일 원형 염색체로 구성되었으며 그 크기는 2,371,912 bp였다. 파아지와 트랜스포존 유전자가 존재하며, CISPR array 관련 유전자 및 서열은 발견되지 않았다. 균주 $ECD14^T$는 해조 다당의 분해에 관여하는 alginate lyase와 ${\beta}$-glucosidase 유전자를 가지고 있었다.

박테리오파아지의 세포용해작용을 이용한 재조합 대장균으로부터의 Poly(3-hydroxybutyrate) 회수 (Recovery of Poly(3-hydroxybutyrate) from Recombinant Escherichia coli by Autolysis with Bacteriophage Lambda)

  • 정옥희;한세광장용근이상엽
    • KSBB Journal
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    • 제10권5호
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    • pp.533-539
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    • 1995
  • 재조합 대장균에 의해 생합성된 PHB를 분리정제하기 위하여 박테리오파아지의 세포파괴작용을 이용하는 방법의 가능성에 대해 알아 보았다. 먼저, $cI_{857}$ 유전자를 지난 박테리오파아지 A를 대장균에 감염시킨 후 lysogen, XLl-Blue($\lambda$HL1)를 선별하고, 이 균주에 PHA 생합성 플라스미드를 도입시켜 원하는 균주인 XLI-Blue($\lambda$HL1, pSYLl05)를 만들였다. 숙주인 XLl-Blue, 열적유도에 의해 세포파괴가 가능한 XLl-Blue($\lambda$HL1), 그리고 세포파괴와 PHB 생합성이 모두 가능한 XLl-Blue(AHL1, pSYL105) 에 대하여 여러 가지 조건에서의 실험결과를 비교.검토하였다. XLI-Blue($\lambda$IL1, pSYLl05)의 경우 대수기에서는 열적유도만으로 세포파괴를 효과적으로 야기할 수 있었으나 PHB가 축적되는 정지기에서는 열척유도만으로 세포파괴를 일으킬 수 없었다. 세포 파괴를 보다 용이하게 하기 위하여 열적유도 빛 2% (v/v)의 chloroform을 사용하는 화학적용균을 병행 하였는데, 이 경우 세포파괴가 효과적으로 일어남을 관찰할 수 있었다.

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영향변수에 따른 수량변화 분석을 이용한 기본설계단계의 개산견적 모델 개발 (Development of Cost Estimating Model Using Quantity Variation Analysis by Influence Variables for the Schematic Design Phase)

  • 손보식;이현수;김성태
    • 한국건설관리학회논문집
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    • 제8권4호
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    • pp.155-166
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    • 2007
  • 본 연구는 건축공사 프로젝트의 기본 설계 단계에서의 개산견적 개념모델을 제안하고, 제안된 개산견적 개념을 적용하여 실제 주상복합 건물 프로젝트의 실적자료의 분석을 바탕으로 한 프로토타입 개발을 목적으로 한다. 국내의 건설산업은 급격한 시장 변화와 경쟁 심화의 과정을 겪고 있다. 특히 프로젝트의 조달 방식의 변화와 함께 입찰과 관련한 정보가 부족한 사업초기, 기본설계 단계에서 중요한 의사 결정이 이루어지며, 이러한 의사 결정의 기준이 되는 개산 견적의 중요성이 더욱 증가 되고 있다. 따라서 본 연구에서는 기존의 개산견적 방법을 분석하고 그것을 보완할 수 있는 공사 수량 변화 분석에 기반 한 개산견적 방법을 제안하고 프로토타입을 구축하였다. 또한, 이 연구에서는 기존의 공종별 공사비 분류체계에 빌딩구성요소(BE)별 및 층별 수량 분류를 추가하고 있다. 이러한 개념을 바탕으로 제안 모델을 Q-BASE (Quantity Based Active Schematic Estimating) 모델로 정의하였다.

한의 변증 설문지 개발 표준프로세스 제안 (Suggestion of Standard Process in Developing Questionnaire of Pattern Identification)

  • 장은수;이은정;윤용기;박양춘;정인철
    • 동의생리병리학회지
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    • 제30권3호
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    • pp.190-200
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    • 2016
  • The aim of this study was to suggest the standard process in developing Questionnaire of Pattern Identification (QPI). The process in developing QPI was researched from validated and developed questionnaire and the standard process in developing QPI was suggested through review of the experts in research, statistics and clinics. Check list was also provided. The number of QPI reviewed in this research was 17(4 in disease in Korea Medicine, 5 in Pathological symptoms, 6 in Sasang constitutional Diagnosis, and 2 in etc), The standard process in developing QPI consisted of 11 phage and 33 check lists. 1) Composition of Research Member(3check lists), 2)Set up of the Aim(5), 3) Review for advanced research(3), 4) Finding an Important Index(3), 5) Review of item selection(4), 6) Developing the questions using items(5), 7) Developing Draft of Questionnaire(2), 8) 1st Survey of Reliability and Validity(2), 9) Revision and Correction of Item(1), 10) 2st Survey of Reliability and Validity(2), 11) Completion and Application(3). This study suggests the standard process in developing QPI for the first time in Korea. This following step may help A new QPI development.

Use of the Cellulase Gene as a Selection Marker of Food-grade Integration System in Lactic Acid Bacteria

  • Lee, Jung-Min;Jeong, Do-Won;Lee, Jong-Hoon;Chung, Dae-Kyun;Lee, Hyong-Joo
    • Food Science and Biotechnology
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    • 제17권6호
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    • pp.1221-1227
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    • 2008
  • The application of the cellulase gene (celA) as a selection marker of food-grade integration system was investigated in Lactobacillus (Lb.) casei, Lactococcus lactis, and Leuconostoc (Leu.) mesenteroides. The 6.0-kb vector pOC13 containing celA from Clostridium thermocellum with an integrase gene and a phage attachment site originating from bacteriophage A2 was used for site-specific recombination into chromosomal DNA of lactic acid bacteria (LAB). pOC13 was also equipped with a broad host range plus replication origin from the lactococcal plasmid pWV01, and a controllable promoter of nisA ($P_{nisA}$) for the production of foreign proteins. pOC13 was integrated successfully into Lb. casei EM116, and pOC13 integrants were easily detectable by the formation of halo zone on plates containing cellulose. Recombinant Lb. casei EM 116::pOC13 maintained these traits in the absence of selection pressure during 100 generations. pOC13 was integrated into the chromosome of L. lactis and Leu. mesenteroides, and celA acted as an efficient selection marker. These results show that celA can be used as a food-grade selection marker, and that the new integrative vector could be used for the production of foreign proteins in LAB.

음향가진된 횡단류 유동장 내 액체제트의 분무특성 (Spray Characteristics of Liquid Jets in Acoustically-Forced Crossflows)

  • 송윤호;황동현;안규복
    • 한국추진공학회지
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    • 제22권2호
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    • pp.1-10
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    • 2018
  • 본 연구에서는 횡단류 공기유동에 수직으로 분사되는 액체제트의 분열거리와 액주궤적에 대한 음향가진의 영향을 살펴보았다. 이를 위해 단공 원형노즐 분사기를 이용하여 동일한 횡단류 공기속도에서 분사압력과 음향가진의 크기를 변화시켜가며 수류실험을 수행하였다. 또한 음향가진 주파수 기준 12개의 위상각에서 분무 이미지를 얻어 위상각 변화에 따른 영향을 확인하였다. 실험결과 분열길이는 비가진 상태에 비해 음향가진 상태에서 전반적으로 감소하였지만 위상각에 따른 변화는 발견되지 않았다. 본 실험 범위 내에서 음향가진은 수직분사 액체제트의 액주궤적에 거의 영향을 주지 못하였다.

생물막 분산기작을 이용한 만성창상의 치료전략 (Therapeutic strategies to manage chronic wounds by using biofilm dispersal mechanisms)

  • 김재수;김민호
    • 미생물학회지
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    • 제55권2호
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    • pp.87-102
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    • 2019
  • 대부분의 만성창상(chronic wounds)은 생물막으로 인해 상처 치유시 염증단계를 지속시킨다. 생물막은 항생제(antibiotics)에 대한 저항성을 가지며 침투력을 저하시키고 살균제(biocides)에 대한 내성을 지니며 국소면역반응을 약화시킨다. 또한 생물막은 주변의 조직에 단단히 붙어 있어 제거하는 작업이 매우 어렵다. 그러므로 주변 조직을 손상시키지 않으면서 단단한 생물막을 제거하는 전략은 매우 중요하다. 그 중에 하나가 분산기작을 이용한 생물막의 해체이며 지금까지 많은 연구가 수행되어 왔다. 본 고찰논문에서는 특별히 화학주성, 파지요법, 다당류, 다양한 효소(당분해효소, 단백질분해효소, DNA 분해효소), 계면활성제, 분산신호, 자기유도인자, 조절인자, 억제제 등이 소개되었으며 더 나아가 항생제 치료 및 다른 치료와의 병행을 통한 병합요법도 소개되었다. 앞으로 본 논문에서 제시된 생물막의 분산기작의 지식을 이용하여 만성 창상 감염치료의 가능성이 더 높아지길 기대한다.