• 한국식물병리학회지
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• 제10권3호
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• pp.157-162
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• 1994

Erwinia rhapontici causes soft-rot disease in a number of plants such as onion, garlic and hyacinth. There has been no report that E. rhapontici produces pectate lyase. Pel gene was cloned from genomic DNA of the parasitic soft-rot E. rhapontici polymerase chain reaction by using synthetic oligonulceotide primers designed from the pel 1 to E. carotovora. The recombinant plasmid pJE101 containing pectate lyase gene, when introduced into E. coli DH5$\alpha$, produced pectate lyase an macerated hyacinth tissue.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제19권3호
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• pp.222-227
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• 1991

Rhizobium fredii USDA193은 대두(Peking)의 근모 세포벽에 침투하여 근류를 형성한다. 본 실험에서는 전보 (1)에서 분리 보고한 R.fredii의 pectate lyase 유전자 clone(SY1)으로부터 $\Omega$변이를 시켰다. 이것을 R.fredii USDA193에 다시 marker-exchange시켜 얻은 변이주(R.fredii USDA193$\Omega$와 R.fredii USDA193omega1)의 pectate lyase 활성이 완전히 block되지 못하였다. R.fredii 내에서는 다른 종류의 pel 유전자가 존재하 것으로 생각되며 pelB 및 pelE의 Rhizobium mutants들은 근류형성 초기단계에서 직접적으로 영향을 미치지 못하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제20권6호
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• pp.655-662
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• 1992

알칼리내성 Bacillus sp. Ya-14 유래의 pectate lyase 유전자를 함유한 재조합균주로부터 affinity method, CM-cellose column chromatography와 gel filtration을 통해 효소를 정제하였으며 정제효소의 수율은 10.2, 정제도는 258배였다. 효소의 최적활성 pH는 10.0이었고 pH4.0-10.0까지의 범위에서 안정성이 있었으며, 최적활성온도는 $60^{\circ}C$이고 $50^{\circ}C$까지 열안정성이 있으며, SDS-PASGE에 의해 추정된 분자량은 43KDa 이었다. 아미노산 조정 분석 결과 polar, basic 아미노산의 함량이 높고 특히 Ser, Gly, Tyr의 함량이 높았으며, 정제효소의 N-terminal은 Ala-Asp-Leu-Gly-His-Gln-Thr의 아미노산 서열이었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제16권4호
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• pp.316-319
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• 1988

토양으로부터 분리한 알카리내성 Bacillus sp. YA-14의 Pectate lyase(PL) 유전자를 E. coli에 cloning하여 제조한 재조합 plasmid pYPC29는 삽입 된 1.6kb 단편내에 PL 유전자를 함유하고 있었으며, 이 외래 DNA가 Bacillus sp. YA-14의 chromosomal DNA에서 유래된 것임을 Southern hybridization을 통하여 확인하였다. 재조합 plasmid pYPC29는 E. coli내에서 안정하게 존재하였으며 이를 함유한 재조합체의 전체 PL 활성 중 약 70%가 periplasmic space에 존재하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제25권6호
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• pp.571-579
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• 1997

For the overproduction of pectate lyase (PL), the recombinant plasmid pl2BS fl which has strong promoter from alkali-tolerent Bacillus sp. YA-14 was used. In order to overexpress the pectate lyase by the action of overlapping strong promoter in pl2BS$\Delta$fl, 1.6 kb of PL gene was inserted into pl2BS$\Delta$fl to form pl2BS$\delta$f1-PL and the enzyme was expressed. But decreased expression efficiency of the PL gene was observed and it was due to the presence of the transcription terminator region on the upstream of the PL gene. The transcription terminator of the PL gene in pl2BS$\delta$f1-PL was removed and the resulting plasmid p12BS$\Delta$fl$\Delta$PL was formed. Bacillus subtilis 207-25 harboring the recombinant plasmid, p12BS$\Delta$fl$\Delta$PL, revealed increased expression efficiency with chloramphenicol induction when cat-86 was used as a reporter gene.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권4호
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• pp.670-677
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• 2010

An alkaline pectate lyase, Bsp165PelA, was purified to homogeneity from the culture broth of alkaliphilic Bacillus sp. N16-5. The enzyme showed a specific activity as high as 1,000 U/mg and had optimum activity at pH 11.5 and $50^{\circ}C$. It was composed of a single polypeptide chain with a molecular mass of 42 kDa deduced from SDS-PAGE, and its isoelectric point was around pH 6.0. It could efficiently depolymerize polygalacturonate and pectin. Characterization of product formation revealed unsaturated digalacturonate and trigalacturonate as the main products. The pectate lyase gene (pelA) contained an open reading frame (ORF) of 1,089 bp, encoding a 36-amino acids signal peptide and a mature protein of 326 amino acids with a calculated molecular mass of 35.943 Da. The deduced amino acid sequence from the pelA ORF exhibited significant homology to those of known pectate lyases in polysaccharide lyase family 1. Some conserved active-site amino acids were found in the deduced amino acid sequence of Bsp165PelA. $Ca^{2+}$ was not required for activity on pectic substrates.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권5호
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• pp.1047-1051
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• 2004

The phytopathogenic bacterium Pectobacterium chrysanthemi secretes multiple isozymes of plant cell wall disrupting enzyme such as pectate lyase and cellulase. The cel gene, existing in tandem with the pel gene, was isolated previously [10]. The role of Cel5Z and PelL1 in P. chrysanthemi PY35 pathogenicity on potato tissues was assessed by mutagenizing cloned cel gene and pel gene in tandem and recombining them with the chromosomal alleles. Strains with the Km cassette interposon in pelL1 or a double mutant showed a delay in the appearance of symptoms, suggesting that P. chrysanthemi PY35 pectate lyase PelL1 may playa minor role in soft-rot pathogenesis.

• 한국환경농학회지
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• 제40권3호
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• pp.179-185
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• 2021

BACKGROUND: Tomato genome editing using CRISPR-Cas9 is being actively conducted in recent days, and lots of plant researches have been aiming to develop high valued crops by editing target genes without inserting foreign genes. Many researchers have been involved in the manipulation of the crop ripening process because fruit ripening is an important fruit phenotype for increasing fruit shelf life, taste, and texture of crops. This paper intends to evaluate target sgRNA to edit the two ripening-related genes encoding pectate lyase (PL) and phytoene synthase (Psy) with the CRISPR-Cas9 system. METHODS AND RESULTS: The CRISPR-Cas9 expression vector was cloned to target the PL (Solyc03g111690), Psy1 (Solyc03g031860), and Psy2 (Solyc02g081330) genes, which are the ripening genes of tomatoes. Tomatoes injected with Agrobacterium containing the CRISPR-Cas9 expression vector were further cultured for 5 days and used to check gene editing efficiency. As a result of the target gene sequence analysis by the next generation sequencing method, gene editing efficiency was calculated, and the efficient target location was selected for the PL and Psy genes. CONCLUSION: Therefore, this study was aimed to establish target sgRNA data that could have higher efficiency of the CRISPR-Cas9 system to obtain the delayed ripening phenotype of tomato. The developed method and sgRNA information is expected to be utilized in the development of various crops to manage its ripening processes.

• Applied Biological Chemistry
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• 제40권5호
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• pp.380-387
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• 1997

Pectate lyase isoenzymes을 분비하는 Erwinia carotovorn subsp. carotovora LY34는 식물조직을 연화시키는 연부균이다. 이 균주로부터 게놈 DNA를 분리하여 Sau3Al 제한효소로 부분 절단한 다음 pBluescript $SK^+$ 벡터에 클로닝하여 pectate Iyase를 분비하는 클론을 분리하였다 분리 결과 4.2 kb크기의 DNA 단편을 가지고 있었으며 이를 다시 재클로닝하여 3.1 kb크기의 pelCI유전자를 함유하는 pLYPA100을 구하였다. 이 유전자의 DNA 염기서열을 분석한 결과 374 개의 아미노산을 구성하는 1,122 bp의 ORF를 확인하였다. 시작코돈과 종결코돈은 ATG와 TAA였으며 초기 서열 22개의 아미노산으로 구성된 전형적인 원핵세포의 signal peptide가 존재하였다. PeICI의 단백질 염기서열을 다른 단백질과 유사성을 분석한 결과 Erwinia carotovera subsp. carotovora Er 균주의 PelIII, Erwinia carotevora subsp. carotovora SCR193 균주의 PeIC 및 Erwinia caretovora subsp. atroseptica C18 균주의 Pel3과 유사하였으며 PLbc family에 속하였다. PeICI의 분자량은 40,507, pI는 7.60으로 계산되었다.

• 환경생물
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• 제40권4호
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• pp.398-404
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• 2022

본 연구는 플라스틱 가소제인 DEHP가 식물 병원균 중 하나인 P. carotovorum SCC1 균주에 미치는 영향을 조사하였다. DEHP가 균주 생장과 대사에 미치는 영향을 조사한 결과, 개체군 변화에 유의한 영향을 주지 않았으며, 세포막 투과성, ATPase 활성에 유의한 변화가 없었지만 TCA cycle 에서 DEHP 첨가에 따라 Succinyl-CoA synthase 활성이 유의적으로 감소하였다. 병원성 관련 유전자 발현량을 관찰한 결과 pectate lyase 유전자 발현량이 상대적으로 증가한 반면, pectinase 유전자는 상대적으로 발현량이 감소하였다. 따라서 DEHP는 P. carotovorum SCC1의 개체군 변화나 대사에는 유의미한 영향을 미치지 않지만 병원성 관련 유전자 발현에 영향을 미치므로 본 연구 결과는 향후 실제 식물 재배 조건에서 DEHP가 존재할 때 P. carotovorum의 특성에 관한 기초연구 자료로 활용할 수 있을 것이라 사료된다.