김치 젖산균인 WL6는 API kit 또는 Biolog system방법에 의하여 동정한 결과, Leuconostoc mesenteroides ssp. cremoris, Leu. mesenteroides ssp. dextranicum 또는 Lactobacillus bifermentans로 나타나 동정되지 않았다. 그러나, pepN gene과 16S rRNA gene으로부터 2개의 specific-sequence primer set을 제조하여 PCR 방법으로 증폭한 후에 표준균주들과 비교한 결과, WL6는 Lactobacillus bifermentans로 추정되었다.
A strain of Pepper mottle virus (PepMov) was isolated from chili pepper plants in Korea. In host range study, this virus, designated PepMoV-SNU1, shared most characteristics with PepMoV isolates reported previously. Thermal inactivation point ($45^{\circ}C\;to\;75^{\circ}C$) and dilution end point ($10^{-1}\;to\;10^{-4}$) of PepMoV-SNU1 showed differences depending on the propagation hosts. Cylindrical and pinwheel-shaped inclusions were always observed in pepper leaf tissues infected with the virus alone. Unexpectedly, a special structure of pinwheel shaped inclusion surrounded with unknown small spots was also observed in the leaf section when co-infected with a strain of pepper mild mottle virus. The partial sequence of coat protein gene and 3' untranslated region of PepMoV-SNU1 showed 98% identity with those of other PepMoV isolates. A primer pair derived from 3' end of the coat protein gene and poly A tail regions were designed. Optimal detection condition of PepMoV-SNU1 by RT-PCR was tested to determine appropriate annealing temperature and additional volumes of oligo-dT (18-mer), dNTP, and Taq polymerase. Under the optimized condition, an expected 500 Up PCR-product was detected in pepper leaves infected with PepMoV-SNU1 but not in healthy plants.
Recently, through the development of the primer extension preamplification(PEP) method which amplifies the whole genome, simultaneous multiple DNA analysis has become possible. Whole genome from each single cell can be amplified using 15 base oligonucleotide random primer. The greatest advantage of PEP-PCR is the ability to investigate several loci simultaneously and confirm results by analysing multiple aliquots for each locus. This technique led to the development of preimplantation genetic disease diagnosis using blastomere from early embryo, sperm, polar body and oocyte. In this study, we applied PEP-PCR in 20 cases of single amniocyte and 20 cases of single chorionic villus cell for the clinical application of the prenatal and preimplantational genetic diagnosis. We analysed 7 gene loci simultaneously which are 46, 47 exons related to dystrophin gene, two VNTR (variable number tandem repeat) markers using 5'dysIII, 3'CA related to dystrophin gene and DYZ1, DYZ3, DYS14 regions on chromosome Y. In all the tests, 97.5% of PEP-PCR amplifications with single cells were successful. We obtained 38/40 (95%) accuracy in gender determination through chromosome analysis comparison. Therefore, these results have significant implications for a sperm or oocyte analysis and prenatal or preimplantational genetic diagnosis.
General PCR technique alone has a limitation for preimplantation genetic diagnosis(PGD) using single blastomere. Recntly developed primer extension preamplification(PEP) technology amplifies the whole genome and thus, simultaneous multiple locus analysis became possible. In this study, we report the efficacy of PEP-PCR for PGD in three muscular dystrophy carriers undergoing IVF-ET. A total of 37 blastomeres were obtained from 40 embryos at six to eight cell stage in three IVF cycles in two DMD and one BMD carriers. Whole genome from single blastomeres were amplified using I5-base oligonucleotide random primers. PCR amplified products of exon 45 in the dystrophin gene and alphoid X/Y loci for gender determination were analysed by 2% metaphor gel electrophoresis. A total of 37 PEP-PCR replicates from 37 single blastomeres from 40 embryos and 37 blanks were performed. We obtained the reliable results for exon 45 and alphoid X/Y. Transfer of female embryos and unaffected male embryo was attempted in three couples. Unfortunately, pregnancy was not achieved in these cases. PEP-PCR is a reliable and efficient PGD method in multiple locus analysis using single blastomere.
Ki, Mi Ran;Lee, Ji Hyun;Yun, Soon Kyu;Choi, Kyung Min;Hwang, Se Young
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
제25권10호
/
pp.1629-1633
/
2015
Peptide assimilation in Helicobacter pylori necessitates a coordinated working of the peptide transport systems (PepTs) and aminopeptidase (PepA). We found that H. pylori hydrolyzes two detector peptides, L-phenylalanyl- L-3-thiaphenylalanine (PSP) and L-phenylalanyl- L-2-sulfanilylglycine (PSG), primarily before intake and excludes their antibacterial effects, whereas Escherichia coli readily transports them with resultant growth inhibition. PSP assimilation by H. pylori was inhibited by aminopeptidase inhibitor bestatin, but not by dialanine or cyanide-m-chlorophenylhydrazone, contrary to that of E. coli. RT- and qRT-PCR analyses showed that H. pylori may express first the PepTs (e.g., DppA and DppB) and then PepA. In addition, western blot analysis of PepA suggested that the bacterium secretes PepA in response to specific inducers.
국내의 토마토에서 발생하는 주요 바이러스는 Tomato chlorosis virus (ToCV), Tomato spotted wilt virus (TSWV), Cucumber mosaic virus (CMV), Pepper mottle virus (PepMoV), Tomato mosaic virus (ToMV)이다. 이들 바이러스를 진단하기 위해 프라이머 세트와 반응액을 포함하는 역전사중합반응(RT-PCR)법의 조건을 조사하였다. 공시한 바이러스에 특이적인 염기서열로부터 모두 46개 프라이머 세트를 설계하고, 이를 이용해 주형을 넣지 않은 RT-PCR에서 비특이 반응을 조사하였다. 이들 가운데 16개 조합을 건전한 토마토 RNA에 적용한 결과 프라이머 세트와 RT-PCR 반응액 간의 친화성이 비특이 반응 감소에 영향을 주었다. cDNA 합성과 관련된 인자와 RT-PCR 반응액 사이의 조합을 근거로 ToCV 진단을 위한 두 종류의 반응액을 선발하였다. ToCV 진단 시 수립된 조건을 나머지 바이러스 진단에 적용했을 때, 특이성이 높은 프라이머 세트 C029 (ToCV), C072 (TSWV), C070 (CMV), C048 (PepMoV), C065 (ToMV)를 선발할 수 있었다. 이들 프라이머 세트는 공시한 바이러스를 특이적으로 진단하는 데 유용할 것으로 판단된다.
H.I. Yoon;J, Y. Yoon;Park, G.S.;Park, J.K.;K.H. Ryu
한국식물병리학회:학술대회논문집
/
한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
/
pp.147.2-148
/
2003
Complete nucleotide sequence of genome RNA of a Korean isolate of Pepper mottle virus (PepMoV-Vb) from field-collected diseased paprika (Capsicum annuum var grossum) was determined in this study. Symptoms of isolates of PepMoV were divided largely into two groups, vein banding (Vb) and vein clearing (Vc) patterns. PepMoV-Vb RNA consists of 9,640 nucleotides excluding the poly(A) tail. A single open reading frame was identified beginning at nucleotide position 169 encoding a polyprotein of 3024 amino acids which is typical of the Potyvirus genus. The complete nucleotide sequence and coding regions of PepMoV-Vb were compared to that of 11 potyviruses within the genus Potyvirus. The overall nucleotide sequence identity was 94.7 and 94.1% identical to PepMoV-C and PepMoV-FL, respectively. Full-length cDNAs of PepMoV-Vbl were synthesized from purified viral RNAs by RT-PCR and their genome structure was analysed by RFLP analysis. This is the first report on complete nucleotide sequence of PepMoV isolated from paprika in Korea.
Acinetobacter sp. KTB3의 배양여과액으로 제조한 분말 제제 KNF2022의 바이러스 감염억제 효과를 PMMoV 와 N. glutinosa 또는 N. tabacum cv. Xanthi nc를 이용하여 검정한 결과, 증류수 1/100 배양액의 실질 농도 10,000 ppm) 희석농도에서 $94.3{\sim}95.6%$의 높은 감염억제 효과를 나타냈다. 이 1/100 희석농도를 이용하여 PepMoV-C amaranticolor에서 검정한 억제효과는 97.1%, CMV-C amaranticolor 에서는 92.5%의 감염억제를 나타냈다. KNF2022 희석액을 N. glutinosa의 반엽에 도말하고 일정 시간 경과 후 PMMoV를 접종하여 조사한 억제효과의 지속성은 처리 2 일 후까지 약 80% 선에서 억제효과를 나타냈으나, 처리 4 일 후부터는 50% 수준으로 저하되었다. 고추에 KNF2022를 처리한 후 3 종의 바이러스를 접종하고 발현되는 병징을 조사한 결과, 각 바이러스를 단독으로 접종하였을 경우는 바이러스의 종류에 관계없이 접종 후 10 일까지 병징발현이 지연되는 효과를 보였다. 특히 PepMoV를 접종한 경우는 접종 후 30 일까지 병징발현이 억제되어 제제의 처리효과가 뚜렷하게 나타났다. 한편 이들 3 종 바이러스의 복합감염에 대한 KNF2022의 효과는 모든 바이러스 조합에서 단독감염 보다 강하게 발현되어 병징억제의 효과는 뚜렷하게 나타나지 않았다. 제제를 처리한 고추에서 증식된 바이러스의 농도를 PCR 및 ELISA로 검출한 결과, PepMoV를 단독으로 접종한 경우, 접종 후 30 일까지 cDNA가 검출되지 않았다. RT-PCR 검정에서 억제효과가 인정된 PepMoV와 그 복합감염 의 조합에 대해서 ELISA 검정을 실시한 결과, PCR 검정에서 얻어진 결과와 유사한 패턴을 보여 PepMoV에 대한 감염억제효과가 뚜렷하게 인정되었다. KNF2022를 처리하여 전자현미경으로 관찰한 PMMoV와 PepMoV는 처리 5 분 후에 각각 200-250 nm 및 400-600 nm의 길이로 절단된 입자가 많이 관찰되었고, 처리 30 분 후에는 대부분 100-150nm와 300-500 nm의 절편입자로 관찰되었다. 이와 같이 절단된 입자가 증가할수록 N. tabacum cv. Xanthi nc 와 C. amaranticolor에서 나타난 병반수는 급격하게 감소되었다. 한편 KNF2022를 처리한 후 전자현미경을 관찰한 CMV의 바이러스 입자는 처리시간에 비례하여 파괴된 입자의 수가 증가하였으며, 파괴된 바이러스입자가 증가할수록 C. amaranticolor에서의 병반수도 감소되었다.
The envelope glycoprotein E2 of hepatitis C virus (HCV) binds to various cell surface receptors for viral infection. We performed biopanning against this protein and selected peptides from phage display peptide libraries. Two short peptides, pep7-1 and pep12-1, were selected and their ability to inhibit the infection process was investigated. When pep7-1 was present, the infectivity of HCV particles in cell culture was notably decreased. This decrease was demonstrated by Western blot analysis, immunofluorescence assay, and reverse transcription PCR assay. However, pep12-1 showed little inhibitory effect on HCV infection.
Duchenne/Becker muscular dystrophy are the major neuromuscular disorders with X-linked recessive inheritance. Preimplantation diagnosis of sex determination has been generally used to avoid male pregnancies with these diseases. However, in order to determine if the embryo is normal, carrier or affected regardless of the sex, there is a need for a combined analysis of specific exon on dystrophin gene as well as sex determination of embryo using the same biopsied blastomere. If the exon deletion is not determinable, further diagnosis of carrier or patient can be performed by haplotype analysis. In this study, we applied the primer extension preamplification (PEP) method, which amplifies the whole genome, in 40 cases of single amniocyte and 40 cases of chorionic villus cell. We analysed haplotypes using two (CA)n dinucleotide polymorphic markers located at the end of 5' and 3' region of the dystrophin gene. Exon 46 of dystrophin gene and DYZ3 on chromosome Y were chosen as a target sequence for coamplification PCR. Upon optimizing the conditions, the amplification rates were 91.25% (73/80) for haplotypes (92.5% in amniocyte, 90% in chorionic villus cell) and 88.75% (71/80) for coamplification (85% in amniocyte, 92.5% in chorionic villus cell). The result of the study indicates that haplotypes analysis and coamplification of dystrophin and Y-specific gene using PEP can be applied to prenatal and preimplantation diagnosis in Duchenne/Becker muscular dystrophy making it possible to determine if the fetus is a carrier or an affected one.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.