• 제목/요약/키워드: PCR/RFLP analysis

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가계조사를 통한 한국인의 TAP 유전자의 다형성과 HLA-TAP 일배체형 분포에 관한 연구 (Family Study of TAP Gene Polymorphism and HLA-TAP Haplotypes in Koreans)

  • 황동희;박명희
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제2권4호
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    • pp.248-255
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    • 2002
  • Background: TAP1 and TAP2 are two ABC transporter genes located within the class II region of the human MHC. Their protein products form a heterodimer whose function is to transport peptides from the cytoplasm into the endoplasmic reticulum. This study was performed to examine the polymorphism of TAP genes and the distribution of HLA-TAP haplotypes in the Korean population through family analysis. Methods: The subjects used in this study were 50 healthy Korean families consisting of 233 individuals. TAP1 (codons 333 and 637) and TAP2 (codons 379, 565, 577, 651, 665, and 687) typings were carried out by the PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) method. HLA-DRB1 and DQB1 genotyping results from a previous study were used for HLA-TAP haplotype analysis. Results: The number (gene frequency) of TAP1 and TAP2 alleles detected were 3 for TAP1 (A 81.5%, B 17.0%, and C 1.5%) and 8 for TAP2 (A1 32.0%, A2 12.5%, B 34.0%, Bky2 6.5%, C 7.0%, D 3.0%, E 4.5%, and G 0.5%). Eleven TAP1-TAP2 haplotypes were observed with $frequency{\geq}1%$, among which 4 haplotypes (A-B, B-A1, A-Bky2, and C-E) showed weak but significant positive linkage disequilibrium (P<0.05). When DRB1-DQB1 haplotypes were extended to TAP1 and TAP2 loci, much diversification of haplotypes was observed: 19 different DRB1-DQB1 haplotypes formed 58 different haplotypes extended to TAP1 and TAP2 loci. These results add more evidence to the view that recombination hotspot is present within and around TAP gene region. Conclusion: The allele frequencies of TAP1 and TAP2 genes and the distribution of TAP1-TAP2 and HLA-TAP haplotypes were studied in Koreans based on a family study.

Lack of Association between CYP1A1 M2 and M4 Polymorphisms and Breast Carcinoma in Jordanian Women: a Case-Control Study

  • Amrani, Iman;Bulatova, Nailya;Awidi, Abdalla;Yousef, Al-Motassem;Melhem, Jamal Masad;Al-Masri, Mahmoud;Tahoun, Laila Abu
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제17권1호
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    • pp.387-393
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    • 2016
  • Background: CYP1A1 is a candidate gene for low-penetrance breast cancer susceptibility, as it plays an important role in the metabolism of carcinogens and estrogens. Purpose: The objective of this study was to assess the association between M2 (A2455G, Ile462Val) and M4 (C2453A, Thr461Asn) polymorphisms in CYP1A1 and breast cancer risk among Jordanian women and in subgroups stratified by menopausal status and smoking history. Materials and Methods: Blood samples were collected from 112 breast cancer female patients and 115 age-matched controls who underwent breast cancer screening with imaging and showed negative results (BI-RADS I or BI-RADS II). Genotyping was performed using the PCR-RFLP technique. Results: No statistically significant overall association was found between breast cancer risk and CYP1A1 M2 genotypes (p= 0.55; OR = 0.77; 95% CI= 0.32 - 1.83) nor with the M4 polymorphism (p= 0.95; OR= 0.95; 95% CI= 0.51 - 1.88). Analysis of subgroups defined by menopausal status or smoking history also revealed no association with these polymorphisms. Furthermore, the four identified haplotypes (AC; AA; GC and GA) were equally distributed among cases and controls, and haplotype analysis showed a strong linkage disequilibrium of both studied loci in either cases or controls (D'=1). Conclusions: Based on the study results, CYP1A1 M2 and M4 polymorphisms do not seem to play a major role in breast cancer risk among Jordanian females.

Growth Hormone 1 T1663A Polymorphism, Recreational Physical Activity and BMI, and Breast Cancer Risk in Chinese Women

  • Gao, Chang-Ming;Ding, Jian-Hua;Wu, Jian-Shong;Cao, Hai-Xia;Li, Su-Ping;Liu, Yan-Ting;Tang, Jin-Hai;Tajima, Kazuo
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권13호
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    • pp.5421-5425
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    • 2015
  • To evaluate the relationship between the growth hormone 1 (GH1) T1663A polymorphism, recreational physical activity and body mass index (BMI) with reference to breast cancer, we conducted a case-control study with 669 cases of breast cancer and 682 population-based controls in Jiangsu Province, China. A structured questionnaire was used to elicit detailed information. All subjects completed an in-person interview. GH1 genotypes were identified using PCR-RFLP methods. Odds ratios (ORs) were estimated with an unconditional logistic model. The distribution of GH1 genotypes was not significantly different between controls and cases ($x^2$=2.576, P=0.276). Results of stratified analysis by the participation status of the recreational physical activity showed that the persons with GH1 A allele were at a decreased risk of breast cancer (adjusted-OR=0.66; 95% CI, 0.50-0.87) only among inactive individuals. Stratified analysis by BMI showed that the genotype A/A was associated with a decreased risk of breast cancer only among individuals of the BMI <25 (adjusted-OR=0.80; 95% CI, 0.66-0.98). The findings of this study suggest that recreational physical activity and BMI may modify any association between the GH1 T1663A polymorphism and breast cancer risk.

Septobasidium sp.에 의한 구실잣밤나무 고약병의 분자학적 다양성 분석 (Analysis of Molecular Diversity in Castanopsis sieboldii with Felt Disease Caused by Septobasidium sp.)

  • 이건우;서상태;차병진;한상섭
    • 식물병연구
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    • 제29권4호
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    • pp.420-424
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    • 2023
  • 2020년 제주도 동백동산 내 구실잣밤나무 수피에 고약병과 관련된 Septobasidium sp.가 발견되었다. 분리한 균주는 습실 처리하여 새로 생성된 균사에 대한 genomic DNA를 추출한 뒤 internal transcribed spacer 및 small subunit rDNA 유전자에 대해 염기서열을 밝혔으며 polymerase chain reaction-based restriction fragment length polymorphism 분석을 통해 균주들간의 분자학적 특성이 조사되었다. 이 새로운 Septobasidium sp.은 기존에 알려진 고약병들과 형태학적 및 계통학적으로 다르게 나타나 새로운 종으로 보고한다. 또한 이 고약병은 관찰 당시 주변의 다른 수목들에서는 발생하지 않고 오직 구실잣밤 나무에서만 나타나는 특성으로 기주특이성이 매우 높다는 것이 확인되었다.

한국인 남성 불임 환자에서 5,10-Methylenetetrahydrofolate Reductase (MTHFR) 유전자의 1298번의 다형성과의 관련성에 관한 연구 (Genetic analysis for Polymorphism of 5,10-Methylenetetrahydrofolate Reductase (MTHFR) A1298C and Infertile Males in Korea)

  • 정유미;정태규;김현주;이숙환;박정훈;김남근;김세현;차광렬;이수만
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제30권4호
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    • pp.325-331
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    • 2003
  • Objective: To investigate the association of genetic background between MTHFR A1298C genotype and male infertility. Materials and Methods: We compared 377 infertile males with 396 healthy fertile males with one or more offspring. Infertile males were classified into four subtypes (281 azoospermia, 26 oligoasthenoteratozoospermia (OAT), 59 severe OAT and 11 remnants) by World Health Organization (WHO). Pyrosequencing analysis for MTHFR (methylenetetrahydrofolatereductase) A1298C variation was performed on polymerase chain reaction (PCR) product of study group. To validate pyrosequencing data of A1298C variation for randomly selected 50 samples, we compared the pyrosequencing result with the PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) result of MTHFR A1298C genotype. Results: We studied MTHFR A1298C variation by pyrosequencing. A1298C variation data (1298 AC; p=0.2166 and 1298 CC; p=0.5056) of MTHFR gene was no significant difference in between fertile and infertile males. Conclusion: The genetic analysis in MTHFR gene didn't appear genetic difference in Korean fertile and infertile males. We require further study for MTHFR gene in infertile males.

PCR 기법을 이용한 축우의 β-lactoglobulin 및 κ-casein 유전자형 분석에 관한 연구 (Study on the Analysis of β-lactoglobulin and κ-casein Genotypes of Cattle using Polymerase Chain Reaction)

  • 상병찬;류승희;이상훈;송치은;남명수;전병순
    • 농업과학연구
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    • 제25권2호
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    • pp.216-224
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    • 1998
  • 본 연구는 축협중앙회 한우개량부에서 사육 중인 한우 암소 253두와 축산기술연구소에서 사육 중인 Holstein 113두의 혈액으로 부터 genomic DNA를 추출하고, PCR-RFLP기법에 의해 ${\beta}$-lactoglobulin과 ${\kappa}$-casein 유전자좌위의 유전적 다형을 분석하여 한우와 유우 집단에 대한 이들 유전자의 유전적 구조를 분석함으로써 한우와 유우 개량을 위한 기초 및 응용자료를 제공하고자 실시하였던 바 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 한우와 Holstein종의 genomic DNA로 부터 PCR기법을 이용하여 ${\beta}$-lactoglobulin 과 ${\kappa}$-casem의 유전자좌를 증폭한 결과 각각 530bp와 262bp의 단편이 증폭되었음을 확인하였다. 2. ${\beta}$-lactoglobulin 증폭 산물에 대한 Hae III 제한효소의 처리결과, ${\beta}$-lactoglobulin AA형은 153bp와 109bp의 단편을, AB형은 153bp, 109bp, 79bp 및 74bp의 단편을, 그리고 BB형은 109bp, 79bp 및 74bp의 단편을 나타내었다. 3. ${\kappa}$-casein 유전자좌의 증폭산물에 대한 Taq I의 제한효소 처리결과, ${\kappa}$-casein AA형은 530bp의 단편을, AB형은 530bp, 344bp 및 186b의 단편을, 그리고 BB형은 344bp 및 186mp의 단편을 나타내었다. 4. ${\beta}$-lactoglobulin의 유전자형 및 유전자 빈도에 있어서, 한우의 ${\beta}$-lactoglobulin AA, AB 및 BB 유전자형 의 빈도는 각각 6.72, 26.09 및 67.19%이었으며, ${\beta}$-lactoglobulin A 및 B 유전자 빈도는 각각 0.197 및 0.803이었고, Holstein종의 ${\beta}$-lactoglobulin AA, AB 및 BB 유전자형 빈도는 각각 35.40, 56.64 및 7.96%이었으며, ${\beta}$-lactoglobulin A 및 B 유전자 빈도는 각각 0.637 및 0.363이었다. 5. ${\kappa}$-casein의 유전자형 및 유전자 빈도에 있어서, 한우의 ${\kappa}$-casein AA, AB 및 BB 유전자형의 빈도는 각각 46.25, 39.13 및 14.62%이었으며, K-casein A 및 B 유전자 빈도는 각각 0.658 및 0.342이었고, Holstein종의 ${\kappa}$-casein AA, AB 및 BB유전자형 빈도는 각각 60.18, 38.94 및 0.88%이었고, ${\kappa}$-casein A 및 B 유전자 빈도는 각각 0.796 및 0.204 이었다. 6. 이상의 결과로써 ${\beta}$-lactoglobulin과 ${\kappa}$-casein의 유전자 빈도는 한우에서 ${\beta}$-lactoglobulin A 및 B 대립 유전자 빈도는 각각 0.197 및 0.803이었고 ${\kappa}$-casein A 및 B 대립유전자 빈도는 각각 0.658 및 0.342이었다. 그러나 Holstein 종에서는 ${\beta}$-lactoglobulin A 및 B 대립 유전자 빈도는 0.637 및 0.363이었고, ${\kappa}$-casein A 및 B 대립유전자 빈도는 각각 0.796 및 0.204이었다.

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소수성 및 친수성 담체를 이용한 Trickling Bed Biofilter의 생물학적 수소생산 (The Fermentative Hydrogen Production in Trickling Bed Biofilter Filled with Hydrophilic-and Hydrophobic-Media)

  • 전병승;이선미;김용환;구만복;채희정;상병인
    • 한국수소및신에너지학회논문집
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    • 제17권4호
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    • pp.379-388
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    • 2006
  • Two mesophilic trickling bed bioreactors filled with two different types of media, hydrophilic- and hydrophobic-cubes, were designed and conducted for hydrogen production under the anaerobic fermentation of sucrose. Each bioreactor consisted of the column packed with polymeric cubes and inoculated with heat-treated sludge obtained from anaerobic digestion tank. A defined medium containing sucrose was fed by the different hydraulic retention time(HRT), and recycle rate. Hydrogen concentrations in gas-phase were constant, averaging 40% of biogas throughout the operation. Hydrogen production rate was increased till $10.5\;L{\cdot}h^{-1}{\cdot}L^{-1}$ of bioreactor when influent sucrose concentrations and recycle rates were varied. At the same time, the hydrogen production rate with hydrophobic media application was higher than its hydrophilic media application. No methane was detected when the reactor was under a normal operation. The major fermentation by-products in the liquid effluent of the both trickling biofilters were acetate, butyrate and lactate. In order to run in the long term operation of both reactor filled with hydrophilic and hydrophobic media, biofilm accumulation on hydrophilic media and biogas produced should be controlled through some process such as periodical backwashing or gas-purging. Four sample were collected from each reactor on the opposite hydrogen production rate, and their bacterial communities were compared by terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis of PCR products generated using bacterial 16s rRNA gene primers (8f and 926r). It was expressed a marked difference in bacterial communities of both reactors. The trickling bed bioreactor with hydrophobic media demonstrates the feasibility of the process to produce hydrogen gas. A likely application of this reactor technology can be hydrogen gas recovery from pre-treatment of high carbohydrate-containing wastewaters.

조류성장에 따른 하수 박테리아 군집 변화에 관한 분자생태학적 연구 (Molecular Ecological Characterization of Wastewater Bacterial Communities in Response to Algal Growth)

  • 이주연;이장호;박준홍
    • 대한환경공학회지
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    • 제33권11호
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    • pp.847-854
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    • 2011
  • 주요 신재생에너지인 바이오에너지의 일환으로 조류를 이용한 바이오에너지 및 자원화 기술에 대한 관심이 높아지고 있다. 조류는 영양염류 제거 능력을 활용해서 하수와 같은 오폐수 내 난분해성오염물질과 영양염류 제거의 고도처리도 가능하다. 조류와 박테리아 간의 생태적인 상호작용이 조류를 활용한 하수처리 및 하수자원화에 중요한 역할을 함에도 불구하고, 실지 하수 조건에서 조류와 박테리아간의 생태학적인 상호작용에 관한 과학적인 정보가 부족하다. 본 연구에서는 하수에서 배양이 잘 되고, 지질함량이 높다고 알려진 국내 조류 종인 Ankistrodesmus gracilis SAG 278-2의 하수오염물질 제거 특성과 조류 주입에 따른 하수 박테리아 군집의 반응을 실지 하수 조건에서 연구하였다. 하수 박테리아의 수가 증가는 조류의 성장 속도를 감소시켰으나, 반면 조류의 성장은 박테리아의 생존 및 내성호흡 생분해 속도에는 영향을 주지 않았다. 조류가 주입된 하수에서 난분해성 유기물질 및 총질소의 제거 향상이 관찰되었다. 박테리아 16S rRNA 유전자 T-RFLP 분석에 따르면 조류의 주입은 시간에 따라 박테리아 군집에 영향을 주었다. 박테리아 16S rRNA 유전자 PCR 증폭, clone 및 염기서열 분석 결과, 하수 내 조류의 성장은 박테리아 군집 구성을 변화시키며, 조류와 함께 공동 성장 가능한 박테리아는 Sediminibacterium, Sphingobacterium, Mucilaginibacter 속에 속하는 개체로 판명되었다.

한국 신생아의 폐 표면 활성제 단백-A2(Human Surfactant Protein-A2) 유전자 대립형질의 분포와 빈도 (Allele Distribution and Frequency of Human Surfactant Protein-A2 in Korean Neonates)

  • 김년천;윤희철;석정수;고정호;유욱준;이인규;오명호;배종우
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제46권4호
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    • pp.340-344
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    • 2003
  • 목 적 : RDS 발생과 BPD로의 이행을 예측 할 수 있고, 스테로이드 치료에 새로운 지표로서 사용 될 수 있는 SP-A2의 유전자 대립형질의 한국분포 및 빈도를 밝히고 새로운 종류의 유전자 대립형질을 발견하기 위하여 본 연구를 하였다. 방 법 : 2002년 4월부터 2002년 6월까지 순천향대학교 천안병원과 경희대학교병원 신생아실에 입원한 정상 신생아 71명을 대상으로 하였다. SP-A2 유전자의 대립 형질을 위하여 시발체(primer) 726/96, 727/21, 799/28A, 805/494를 이용하여 증폭시킨 후 9, 91, 140, 223위치의 뉴클레오티드(nucleotide)를 알아 보기 위하여 각 위치에 맞는 제한 효소(restriction enzyme)를 이용하여(PCR-cRFLP-based methodology) 자른 후 전기 영동하여 염기서열의 차이를 알아냈다. 결 과 : 아미노산 염기서열의 차이에 의하여, 1A, $1A^0$, $1A^1$, $1A^2$, $1A^3$, $1A^5$, $1A^6$, $1A^7$, $1A^8$, $1A^9$, $1A^{11}$, $1A^{12}$ 등의 12개의 대립형질이 발견되었으며, SP-A2 중 1A=11.3%, $1A^0=38%$, $1A^1=12.7%$, $1A^2=9.2%$, $1A^5=15.5%$, $1A^7=2.9%$, $1A^8=4.9%$, $1A^9=2.2%$, others=3.3%의 분포를 보였다. 결 론 : RDS에 대해 보호체(protector)로 작용하는 $1A^5$의 빈도가 많은 것으로 보아 실질적으로도 우리나라에서 RDS의 발생률이 적을 것으로 생각된다. 스테로이드를 사용 할 때 유전자 발현에 많은 억제를 보이는 1A도 우리나라에서 많은 빈도를 보이므로 스테로이드 치료에 있어서 치료에 신중을 기해야겠다.

한국 신생아의 폐 표면 활성제 단백-A1 (Human Surfactant Protein-A1) 유전자 대립형질의 분포와 빈도 (Allele Distribution and Frequency of Human Surfactant Protein-A1 in Korean Neonates)

  • 이경신;김영희;석정수;고정호;유욱준;이인규;오명호;배종우
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제45권12호
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    • pp.1497-1502
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    • 2002
  • 목 적 : RDS 발생과 BPD로의 이행을 예측 할 수 있고, 스테로이드 치료에 새로운 지표로서 사용 될 수 있는 SP-A1의 유전자 대립형질의 한국분포 및 빈도를 밝히고 새로운 종류의 유전자 대립형질을 발견하기 위하여 본 연구를 하였다. 방 법: 2002년 1월부터 2002년 4월까지 순천향대학교 천안병원, 경희대학교병원 신생아실에 입원한 정상 신생아 100명을 대상으로 하여, SP-A1 유전자의 대립 형질을 위해 시발체(primer) 765/787, 767/768, 788/21를 이용하여 증폭 시킨 후 19, 50, 62, 133, 219 위치의 nucleotide를 알아보기 위하여 각 위치에 맞는 제한 효소(restriction enzyme)를 이용하여 (PCR-cRFLP-based methodology) 자른 후 전기 영동 하여 염기서열의 차이를 알아냈다. 결 과 : 아미노산 염기 서열의 차이에 의하여, 6A, $6A^2$, $6A^3$, $6A^4$, $6A^8$, $6A^9$, $6A^{10}$, $6A^{11}$, $6A^{12}$, $6A^{13}$, $6A^{14}$, $6A^{15}$, $6A^{16}$, $6A^{17}$, $6A^{18}$, $6A^{20}$ 등의 16개의 대립형질이 발견되었으며, SP-A1 중 $6A^3$ 45%, $6A^2$ 21%의 분포를 보였고, $6A^4$, $6A^8$, $6A^{14}$도 1% 이상의 분포를 보였다. 이외에도 6A, $6A^9$, $6A^{10}$, $6A^{11}$, $6A^{12}$, $6A^{13}$, $6A^{15}$, $6A^{16}$, $6A^{17}$, $6A^{18}$, $6A^{20}$의 대립형질이 6%의 분포를 보였으며, SP-A1의 Genotype은 $6A^26A^3$, $6A^36A^4$, $6A^36A^3$, $6A^26A^4$ 등이 88% 이상의 빈도를 보였다. 결 론 : RDS에 대해 보호체(protector)로 작용하는 $6A^3$의 빈도가 많은 것으로 보아 실질적으로도 우리나라에서 RDS의 발생률이 적을 것으로 생각된다. 그러나 우리나라에 많은 빈도를 보이는 $6A^3$는 다른 대립형질에 비해 스테로이드를 사용 할 때 유전자 발현에 많은 억제를 보여 숙주 반응에 중요하게 작용하는 SP-A의 혈청 내 농도가 적을 것으로 추측되어, 감염에 노출 될 위험이 많으므로 우리나라에서는 스테로이드 치료에 있어서 많은 연구가 있어야겠다.