• Genomics & Informatics
• /
• 제9권1호
• /
• pp.39-43
• /
• 2011

MicroRNAs (miRNAs) are recently discovered small RNA molecules usually resulting in translational repression and gene silencing. Despite the fact that specific cloning of small RNA's is a method in practice, computational identification of miRNA's has been a major focus recent days, since is a rapid process following AB initio and sequence alignment methods. Here we developed new software called MiRPI that aims to identify the highly conserved miRNAs without any mismatches from given fasta formatted gene sequences by using non-repeated miRNA dataset of the user's interest. The new window embedded with the software is used to identify the targets for inputted mature miRNAs in the mRNA sequences. Also MiRPI is designed to measure the precursor miRNA statistics, majorly focusing the Adjusted Minimum Folding free Energy (AMFE) and Minimum Folding free Energy Index (MFEI), the most important parameters in miRNA confirmation. MiRPI is developed by PERL (Practical Extraction and Report Language) and Tk (Tool kit widgets) scripting languages. It is user friendly, portable offline software that works in all windows OS, sized to 3 MB.

• Journal of Information Processing Systems
• /
• 제6권4호
• /
• pp.609-620
• /
• 2010

In order to provide a tailored education for learners within the ubiquitous environment, it is critical to undertake an analysis of the learning activities of learners. For this purpose, SCORM (Sharable Contents Object Reference Model), IMS LD (Instructional Management System Learning Design) and other standards provide learning design support functions, such as, progress checks. However, in order to apply these types of standards, contents packaging is required, and due to the complicated standard dimensions, the facilitation level is lower than the work volume when developing the contents and this requires additional work when revision becomes necessary. In addition, since the learning results are managed by the server there is the problem of the OS being unable to save data when the network is cut off. In this study, a system is realized to manage the actions of learners through the event interception of a web-browser by using event hooking. Through this technique, all HTMLbased contents can be facilitated again without additional work and saving and analysis of learning results are available to improve the problems following the application of standards. Furthermore, the ubiquitous learning environment can be supported by tracking down learning results when the network is cut off.

• 동의생리병리학회지
• /
• 제19권2호
• /
• pp.426-428
• /
• 2005

This study was conducted to investigate the effects of black raspberry wine which was administered per os on estrogen levels in Splague-Dawley(SD) rats. Black raspberry wine containing 13% alcohol(v/v) was prepared from ripe fruits of Rubus coreanus fermented with Saccharomyces cervisiae. The rats were divided into 2 groups(A and B): The group A received black raspberry wine and the group B received saline for 7 weeks. All animals were bi weekly monitored for estrogen levels by radioimmunoassay using $125^I$ labeled anti-estrogen monospecific antibody. There was a significant(2.02 fold) increase in estrogen levels in the group A with a peak at the 7th week post administration of black raspberry wine. There was no significant change in estrogen levels of the rats in the group B. These data point to uncharacterized phytoestrogenic bioactivity of black raspberry wine that appears to be a useful phytoestrogenic herbal remedy for human health.

• Genomics & Informatics
• /
• 제16권4호
• /
• pp.36.1-36.3
• /
• 2018

Next generation sequencing (NGS), a high-throughput DNA sequencing technology, is widely used for molecular biological studies. In NGS, RNA-sequencing (RNA-Seq), which is a short-read massively parallel sequencing, is a major quantitative transcriptome tool for different transcriptome studies. To utilize the RNA-Seq data, various quantification and analysis methods have been developed to solve specific research goals, including identification of differentially expressed genes and detection of novel transcripts. Because of the accumulation of RNA-Seq data in the public databases, there is a demand for integrative analysis. However, the available RNA-Seq data are stored in different formats such as read count, transcripts per million, and fragments per kilobase million. This hinders the integrative analysis of the RNA-Seq data. To solve this problem, we have developed a web-based application using Shiny, COEX-seq (Convert a Variety of Measurements of Gene Expression in RNA-Seq) that easily converts data in a variety of measurement formats of gene expression used in most bioinformatic tools for RNA-Seq. It provides a workflow that includes loading data set, selecting measurement formats of gene expression, and identifying gene names. COEX-seq is freely available for academic purposes and can be run on Windows, Mac OS, and Linux operating systems. Source code, sample data sets, and supplementary documentation are available as well.

• 한국초지조사료학회지
• /
• 제40권4호
• /
• pp.285-290
• /
• 2020

To understand the role of small heat shock protein (sHSPs) in rice plant response to various stresses such as the heat and oxidative stresses, a cDNA encoding a 24.1 kDa mitochondrial small HSP (Oshsp24.1) was isolated from rice by rapid amplification of cDNA ends (RACE) PCR. The deduced amino acid sequence shows very high similarity with other plant small HSPs. DNA gel blot analysis suggests that the rice genome contains more than one copy of Oshsp24.1. High level of expression of Oshsp24.1 transcript was observed in rice seedlings in response to heat, methyl viologen, hydrogen peroxide, ozone, salt and heavy metal stresses. Recombinant OsHSP24.1 protein was produced in E. coli cells for biochemical assay. The protein formed oligomeric complex when incubated with Sulfo-EGS (ethylene glycol bis (succinimidyl succinate)). Our results shows that Oshsp24.1 has an important role in abiotic stress response and have potential for developing stress-tolerant plants.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
• /
• 한국정보처리학회 2013년도 춘계학술발표대회
• /
• pp.148-150
• /
• 2013

최근 TCP/IP에서 세션을 통하여 노드들 간의 통신을 연결하는 방식에서 현재는 하나의 채널을 통해 고속의 I/O가 가능하도록 하는 인피니밴드 같은 기술이 많이 연구되고 있다. 인피니밴드는 프로세싱 노드와 입출력 장치 사이의 통신, 프로세스간 통신에 대한 산업 표준이 되고 있고 프로세싱 노드와 입출력 장치를 연결하기 위해 스위치 기반의 상호 연결은 전통적인 버스 입출력을 대체하는 새로운 입출력 방식이다. 또한 인피니밴드에서는 현재 이슈가 되고 있는 RDMA 방식을 이용해 원격지 서버들간에 직접 메모리 접근 방식을 통해 CPU와 OS의 로드를 최소화하고 있다. 본 논문에서는 인피니밴드 네트워크를 이용하는 저장장치 접근 프로토콜인 iSER(iSCSI Extension RDMA Protocol)와 기존 이더넷망에서 사용되는 iSCSI(Internet SCSI) 프로토콜을 이용하여 서버와 저장장치 간의 IOPS 와 초당 데이터 전송량에 대한 성능을 평가한다. 우리는 성능평가를 위해 Intel에서 제공하는 저장장치 I/O 성능평가 도구인 IO meter를 이용했다.

• Radiation Oncology Journal
• /
• 제28권4호
• /
• pp.193-204
• /
• 2010

목적: 방사선치료 단독요법 또는 동시항암화학방사선치료(concurrent chemoradiation therapy, CCRT)를 시행한 코인두암 환자들의 장기 추적결과를 바탕으로 생존율 재발양상 부작용 및 예후인자를 분석하였다. 대상 및 방법: 1981년 12월부터 2006년 12월까지 코인두암으로 진단받고 고려대학교의료원 방사선종양학과에서 방사선치료를 시행한 190명의 환자를 대상으로 분석하였다. 연령은 8세부터 78세(중앙값 49세) 이었으며, 성별은 남자가 141명, 여자가 49명이었다. 조직학적 분류는 각질화암이 10명 비각질화암이 166명, 기저양평편상피암이 1명이었다. American Joint Committee on Cancer 병기 I이 7명(3.6%), IIA 8명 (4.2%), IIB 33명(17.4%), III 82명(43.2%), IVA 31명(16.3%), IVB 29명 (15.3%)이었으며, 방사선치료 단독요법으로 치료한 환자는 103명이었고, CCRT를 시행한 환자는 87명이었다. 원발병소에 조사된 방사선량은 일일 선량 1.8~2.0 Gy, 총선량 66.6~87 Gy, 중앙값 72 Gi 였다. 생존율, 예후인자 및 부작용에 대하여 후향적으로 분석하였고 급, 만성 부작용 평가는 Radiation Therapy Oncology Group 분류법을 이용하였다. 결과: 190명 중 184명(96.8%)이 계획된 치료를 마쳤으며 방사선치료 기간은 19~88일(중앙값 63일)이었다. 전체 환자의 추적관찰기간은 2~2787개월로 평균 73개월 중앙값 52개월 이었다. 93명(48.9%)의 환자에서 재발이 발생하였는데 국소재발이 44명(23.2%), 림프절재발 13명(6.8%), 원격전이가 49명(25.8%)이었고 원격전이 부위는 뼈, 폐, 간 전이가 각각 23, 18, 12명이었다. 5년 및 10년 전체 생존율(overall survival rate, OS)은 각각 55.6%, 44.5%이었고, 중앙값 52개월이었다. 무병생존율 (disease-free survival rate, DFS)은 5년, 10년이 각각 54.8%, 51.3%이었고, 질병특이생존율(disease-specific survival rate, DSS)은 5년, 10년이 각각 65.3%, 57.4%이었다. 단변량분석에서 CCRT를 받은 환자, 젊은 연령, 여성이 OS, DFS 및 DSS가 유의하게 높았고, CCRT를 시행한 환자와 기간이 짧았던 환자에서 유의하게 원격전이가 적었다. 다변량분석에서는 CCRT를 받은 환자, 여성에서 OS, DFS 및 DSS가 통계적으로 유의하게 높았고, 국소재발에는 성별, 원격전이에는 CCRT시행여부가 영향을 미친 요인으로 나타났다. 방사선치료 도중 발생한 부작용으로 3등급 이상의 점막염 혈액학적 부작용은 각각 42명(22.1%), 18명(9.5%)이었고, 치료기간이 연장된 환자가 59명이었다. 항암화학치료를 병용한 환자에서 통계적으로 의미 있게 부작용 발생빈도가 높았으나 치료기간의 연장에는 통계적으로 유의한 차이를 보이지 않았다. 추적관찰 기간 동안 3등급 이상의 청력장애, 턱관절장애가 각각 9, 6예가 있었다. 결론: 본 연구의 결과, CCRT를 시행한 환자, 여성, T-병기, N-병기 및 연령이 낮은 환자에서 생존율의 향상이 있음을 확인하였다. CCRT를 했을 때 생존율 향상과 원격전이율 감소를 보여 항암화학치료의 역할을 확인할 수 있었으나 항암화학치료의 동시병용이 반드시 국소 및 영역제어율의 향상을 가져오는 것은 아니었다. 따라서 CCRT의 부작용을 감안할 때 세기조절방사선치료(intensity modulated radiation therapy)와 같은 치료에서 각 치료 방법의 역할과 기여도에 대한 비교 연구가 향후 시행되어야 할 것이다.차이를 보이지 않았다. 추적관찰 기간 동안 3등급 이상의 청력장애, 턱관절장애가 각각 9, 6예가 있었다. 결론: 본 연구의 결과, CCRT를 시행한 환자, 여성, T-병기, N-병기 및 연령이 낮은 환자에서 생존율의 향상이 있음을 확인하였다. CCRT를 했을 때 생존율 향상과 원격전이율 감소를 보여 항암화학치료의 역할을 확인할 수 있었으나 항암화학치료의 동시병용이 반드시 국소 및 영역제어율의 향상을 가져오는 것은 아니었다. 따라서 CCRT의 부작용을 감안할 때 세기조절방사선치료(intensity modulated radiation therapy)와 같은 치료에서 각 치료 방법의 역할과 기여도에 대한 비교 연구가 향후 시행되어야 할 것이다

• Radiation Oncology Journal
• /
• 제31권3호
• /
• pp.155-161
• /
• 2013

Purpose: To evaluate the treatment outcomes of preoperative versus postoperative concurrent chemoradiotherapy (CRT) on locally advanced rectal cancer. Materials and Methods: Medical data of 114 patients with locally advanced rectal cancer treated with CRT preoperatively (54 patients) or postoperatively (60 patients) from June 2003 to April 2011 was analyzed retrospectively. 5-Fluorouracil (5-FU) or a precursor of 5-FU-based concurrent CRT (median, 50.4 Gy) and total mesorectal excision were conducted for all patients. The median follow-up duration was 43 months (range, 16 to 118 months). The primary end point was disease-free survival (DFS). The secondary end points were overall survival (OS), locoregional control, toxicity, and sphincter preservation rate. Results: The 5-year DFS rate was 72.1% and 48.6% for the preoperative and postoperative CRT group, respectively (p = 0.05, the univariate analysis; p = 0.10, the multivariate analysis). The 5-year OS rate was not significantly different between the groups (76.2% vs. 69.0%, p = 0.23). The 5-year locoregional control rate was 85.2% and 84.7% for the preoperative and postoperative CRT groups (p = 0.98). The sphincter preservation rate of low-lying tumor showed significant difference between both groups (58.1% vs. 25.0%, p = 0.02). Pathologic tumor and nodal down-classification occurred after the preoperative CRT (53.7% and 77.8%, both p < 0.001). Acute and chronic toxicities were not significantly different between both groups (p=0.10 and p = 0.62, respectively). Conclusion: The results confirm that preoperative CRT can be advantageous for improving down-classification rate and the sphincter preservation rate of low-lying tumor in rectal cancer.

• Restorative Dentistry and Endodontics
• /
• 제32권4호
• /
• pp.365-376
• /
• 2007

본 연구의 목적은 3종의 전체산부식 상아질 접착 시스템에서 적절한 산부식 시간과 접착제의 침투 능력에 대해 규명하고자 하였다. 우식이 없는 54개의 제3대구치의 상아질 표면을 5, 15, 25초 동안 산부식하고 산부식형 접착제 3종 (Scotchbond multipurpose, Single Bond, One Step) 을 도포한 후 복합레진을 충전하였다. 각 시편은 0회 (대조군) 또는 2000회 열순환 ($5^{\circ}C\;-\;55^{\circ}C$) (실험군) 후 미세인장강도를 측정하고 파단면을 관찰하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. 실험군은 대조군에 비하여 결합강도가 감소하였으며, 특히 25초 산부식한 SM 및 SB군에서는 통계학적 유의차를 나타내었다. 2. 열순환 처리한 SM군과 SB군의 경우, 25초 간 산부식한 군이 5초 간 산부식한 군과 15초 간 산부식한 군에 비해 유의성 있게 낮은 결합강도를 나타냈다 (p < 0.05). 3. OS군의 경우, 산부식 시간 및 열순환 여부에 따른 유의성 있는 차이가 나타나지 않았다 (p > 0.05). 상아질 접착의 내구성은 접착제의 용매와 산부식 시간에 의해 영향을 받으며 특히, ethanol-based adhesive를 사용할 때 과도한 산부식은 유의해야 한다.

• 한국버섯학회지
• /
• 제11권1호
• /
• pp.15-20
• /
• 2013

목이의 균사생육에 일반적인 특성을 조사한 결과 최적온도는 $25^{\circ}C$, pH는 6~7범위에서 균사생육이 양호하였다. 배지원 선발로 무기염류종류와 농도는 $MgSO_4{\cdot}7H_2Os$ 0.05%, $KH_2PO_4$ 0.1%에서 균사생육이 양호하였고, 탄소원은 흑설탕 2%첨가에서 균사생육이 양호하였으며, 질소원은 콩가루를 0.3~0.5%로 첨가하였을 때 목이버섯의 균사생육이 제일 양호하였다.