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Genomic Diversity of Helicobacter pylori

  • Lee, Woo-Kon;Choi, Sang-Haeng;Park, Seong-Gyu;Choi, Yeo-Jeong;Choe, Mi-Young;Park, Jeong-Won;Jung, Sun-Ae;Byun, Eun-Young;Song, Jae-Young;Jung, Tae-Sung;Lee, Byung-Sang;Baik, Seung-Chul;Cho, Myung-Je
    • 대한미생물학회지
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    • 제34권6호
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    • pp.519-532
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    • 1999
  • Helicobacter pylori is a causative agent of type B gastritis and plays a central role in the pathogenesis of gastroduodenal ulcer and gastric cancer. To elucidate the host-parasite relationship of the H. pylori infection on the basis of molecular biology, we tried to evaluate the genomic diversity of H. pylori. An ordered overlapping bacterial artificial chromosome (BAC) library of a Korean isolate, H. pylori 51 was constructed to set up a genomic map. A circular physical map was constructed by aligning ApaI, NotI and SfiI-digested chromosomal DNA. When the physical map of H. pylori 51 was compared to that of unrelated strain, H. pylori 26695, completely different restriction patterns were shown. Fifteen known genes were mapped on the chromosome of H. pylori 51 and the genetic map was compared with those of strain 26695 and J99, of which the entire genomic sequences were reported. There were some variability in the gene location as well as gene order among three strains. For further analysis on the genomic diversity of H. pylori, when comparing the genomic structure of 150 H. pylori Korean isolates with one another, genomic macrodiversity of H. pylori was characterized by several features: whether or not susceptible to restriction digestion of the chromsome, variation in chromosomal restriction fingerprint and/or high frequency of gene rearrangement. We also examined the extent of allelic variation in nucleotide or deduced amino acid sequences at the individual gene level. fucT, cagA and vacA were confirmed to carry regions of high variation in nucleotide sequence among strains. The plasticity zone and strain-specific genes of H. pylori 51 were analyzed and compared with the former two genomic sequences. It should be noted that the H. pylori 51-specific sequences were dispersed on the chromosome, not congregated in the plasticity zone unlike J99- or 26695-specific genes, suggesting the high frequency of gene rearrangement in H. pylori genome. The genome of H. pylori 51 shows differences in the overall genomic organization, gene order, and even in the nucleotide sequences among the H. pylori strains, which are far greater than the differences reported on the genomic diversity of H. pylori.

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The Line n-sigraph of a Symmetric n-sigraph-V

  • Reddy, P. Siva Kota;Nagaraja, K.M.;Geetha, M.C.
    • Kyungpook Mathematical Journal
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    • 제54권1호
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    • pp.95-101
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    • 2014
  • An n-tuple ($a_1,a_2,{\ldots},a_n$) is symmetric, if $a_k$ = $a_{n-k+1}$, $1{\leq}k{\leq}n$. Let $H_n$ = {$(a_1,a_2,{\ldots},a_n)$ ; $a_k$ ${\in}$ {+,-}, $a_k$ = $a_{n-k+1}$, $1{\leq}k{\leq}n$} be the set of all symmetric n-tuples. A symmetric n-sigraph (symmetric n-marked graph) is an ordered pair $S_n$ = (G,${\sigma}$) ($S_n$ = (G,${\mu}$)), where G = (V,E) is a graph called the underlying graph of $S_n$ and ${\sigma}$:E ${\rightarrow}H_n({\mu}:V{\rightarrow}H_n)$ is a function. The restricted super line graph of index r of a graph G, denoted by $\mathcal{R}\mathcal{L}_r$(G). The vertices of $\mathcal{R}\mathcal{L}_r$(G) are the r-subsets of E(G) and two vertices P = ${p_1,p_2,{\ldots},p_r}$ and Q = ${q_1,q_2,{\ldots},q_r}$ are adjacent if there exists exactly one pair of edges, say $p_i$ and $q_j$, where $1{\leq}i$, $j{\leq}r$, that are adjacent edges in G. Analogously, one can define the restricted super line symmetric n-sigraph of index r of a symmetric n-sigraph $S_n$ = (G,${\sigma}$) as a symmetric n-sigraph $\mathcal{R}\mathcal{L}_r$($S_n$) = ($\mathcal{R}\mathcal{L}_r(G)$, ${\sigma}$'), where $\mathcal{R}\mathcal{L}_r(G)$ is the underlying graph of $\mathcal{R}\mathcal{L}_r(S_n)$, where for any edge PQ in $\mathcal{R}\mathcal{L}_r(S_n)$, ${\sigma}^{\prime}(PQ)$=${\sigma}(P){\sigma}(Q)$. It is shown that for any symmetric n-sigraph $S_n$, its $\mathcal{R}\mathcal{L}_r(S_n)$ is i-balanced and we offer a structural characterization of super line symmetric n-sigraphs of index r. Further, we characterize symmetric n-sigraphs $S_n$ for which $\mathcal{R}\mathcal{L}_r(S_n)$~$\mathcal{L}_r(S_n)$ and $$\mathcal{R}\mathcal{L}_r(S_n){\sim_=}\mathcal{L}_r(S_n)$$, where ~ and $$\sim_=$$ denotes switching equivalence and isomorphism and $\mathcal{R}\mathcal{L}_r(S_n)$ and $\mathcal{L}_r(S_n)$ are denotes the restricted super line symmetric n-sigraph of index r and super line symmetric n-sigraph of index r of $S_n$ respectively.

영역기반 주성분 분석 방법과 보조정보를 이용한 얼굴정보의 비트열 변환 방법 (A Study on A Biometric Bits Extraction Method Using Subpattern-based PCA and A Helper Data)

  • 이형구;정호기
    • 대한전자공학회논문지SP
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    • 제47권5호
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    • pp.183-191
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    • 2010
  • 생체인식은 개인의 유일하면서 변화하지 않는 생체의 특징을 이용하여 개인의 본인 여부를 판별하는 방법으로써 널리 사용되어 왔다. 생체정보의 고유 불변한 특징을 저장하는 것은 개인정보의 노출에 따른 보안상의 문제점을 갖고 있으며 이를 해결하기 위해 제안된 방법이 가변생체인식 (cancelable biometrics)이다. 가변생체인식은 생체정보의 도난이나 도용으로부터 강인하며 재생성 가능한 생체템플릿을 제공하는 생체 인식방법이다. 본 논문에서는 변환 생체인식의 한 가지 방법으로써 얼굴 생체정보의 새로운 이진화 방법을 제안한다. 얼굴 생체정보의 이진화를 위한 특징추출은 얼굴정보의 부분적 변화에 강인한 영역기반 주성분 분석(Subpattern-based PCA)을 이용하였으며 이로부터 얻어진 특징을 보조정보에 기반한 방법으로 이진화 하였다. 획득된 이진비트열은 영역기반 주성분 분석의 사용으로 여러 얼굴 영역의 고려와 함께, 선택된 주성분 개수만큼의 계수들에 대한 이진화 값들을 포함하고 있다. 이러한 서로 다른 얼굴영역의 여러 주성분들에서 추출된 이진비트열중 구분력이 좋은 비트 값들을 선택하였으며, 선택된 비트 값들은 이진화를 위한 보조 정보가 노출된 경우에서도 원 얼굴특징벡터보다 향상된 인식성능을 보여준다.

도로 네트워크 데이타베이스에서 근사 색인을 이용한 k-최근접 질의 처리 (k-Nearest Neighbor Querv Processing using Approximate Indexing in Road Network Databases)

  • 이상철;김상욱
    • 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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    • 제35권5호
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    • pp.447-458
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    • 2008
  • 본 논문에서는 도로 네트워크 데이타베이스에서 정적 객체의 k-최근접 이웃 질의를 효율적으로 처리하기 위한 방안을 논의한다. 기존의 여러 기법들은 인덱스를 사용하지 못했는데, 이는 네트워크 거리가 순서화 된 거리함수가 아니며 삼각 부등식(triangular inequality) 성질 또한 만족하지 못하기 때문이다. 이러한 기존 기법들은 질의 처리 시 심각한 성능 저하의 문제를 가진다. 선계산된 네트워크 거리를 이용하는 또 다른 기법은 저장 공간의 오버헤드가 크다는 문제를 갖는다. 본 논문에서는 이러한 두 가지 문제점들을 동시에 해결하기 위하여 객체들 간의 네트워크 거리를 근사하여 객체들에 대한 인덱스를 구축하고, 이를 이용하여 k-최근접 이웃 질의를 처리하는 새로운 기법을 제안한다. 이를 위하여 본 논문에서는 먼저 네트워크 공간상의 객체를 유클리드 공간상으로 사상하기 위한 체계적인 방법을 제시한다. 특히, 삼각 부등식 성질을 만족시키기 위하여 평균 네트워크 거리라는 새로운 거리 개념을 제시하고, 유클리드 공간으로의 사상을 위하여 FastMap 기법을 사용한다. 다음으로, 평균 네트워크 거리와 FastMap을 사용하여 네트워크 공간상의 객체들로 인덱스를 구축하는 근사 색인 알고리즘을 제시한다. 또한, 구축한 인덱스를 사용하여 k-최근접 이웃 질의를 효과적으로 수행하는 알고리즘을 제안한다. 마지막으로, 실제 도로 네트워크를 이용한 다양한 실험을 통하여 제안된 기법의 우수성을 규명한다.

지자체 공무원 특성에 따른 폐업지원제도 인식 차이 연구 (A Study on the Perception Difference of the Farm-Closure Assistance Program by Local Government Officials' Characteristics)

  • 이현근;채상현;최미라
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제21권10호
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    • pp.406-414
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    • 2020
  • 폐업지원제도는 경쟁력이 낮은 한계농가의 소득보전 및 경영안정과 해당 품목의 전반적인 경쟁력을 제고하기 위해 운용되고 있다. 이러한 폐업지원제도는 풍선효과와 부정수급 등 여러 가지 문제를 가지고 있다. 본 연구의 목적은 폐업지원제도의 실제 업무를 최일선에서 담당하는 지자체 담당 공무원의 시각을 반영하여 폐업지원제도에서 나타나는 전반적인 문제점과 개선 방향을 분석하는 것이다. 특히, 공무원 특성별로 폐업지원제도 상한액 설정과 연장 여부에 관해 차이가 있는지, 이러한 차이에는 공무원의 어떤 특성이 영향을 미치는지를 분석하였다. 폐업지원제 상한액 설정 필요성에 영향을 미치는 요인은 농업부문 업무경력, 농축산업의 중요성에 관한 인식, FTA가 우리나라 농축산업에 미친 영향에 관한 인식, 성별과 지역 변수인 것으로 나타났다. 한편, 폐업지원제 연장 여부에 영향을 미치는 요인은 소속기관 단위, FTA 직접피해보전제도에 관한 업무 지식 수준, FTA 피해보전직불제 및 폐업지원제도의 효과에 관한 인식, 농축산업보조금 지원 방향에 관한 인식인 것으로 나타났다. 이러한 분석 결과는 정부가 폐업지원제도를 개선하고자 할 때, 제도개선 방향을 설정할 수 있는 기초자료로 활용될 수 있을 것이다.

구한말 민간 빈민구제시설 진민소[賑民所]에 관한 연구 (Study on Jinminso as an Indoor Relief Institution)

  • 양옥경
    • 한국사회복지학
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    • 제66권4호
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    • pp.257-280
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    • 2014
  • 본 연구는 구한말 민간 빈민구제시설로 보이는 진민소에 관한 연구이다. 연구의 목적은 진민소 관련 사료의 발굴과 발굴된 사료의 객관적인 분석 및 해석이다. 연구를 위해 진민소로 인터넷 검색이 가능한 사료들을 검색했으며, 관찬사료 11개와 민간사료 40개를 찾았다. 분석결과 진민소는 민간에서 민간의 자본으로 조선사람들이 스스로 설립한 민간 구빈 시설이었다. 전 승지였던 고운정과 교원 윤태진 등 16명이 1898년 6월 25일 서소문 전 선혜청 자리에 설립하였다. 설립비용은 16명이 추렴한 각 2만냥과 시골부인들의 의조금 10만냥으로 총 42만냥의 민간자금이었다. 설립취지는 곤궁한 사람을 불쌍히 여기시는 황제의 구휼부담의 분담이었으며, 백성들이 유망하는 것을 좌시할 수 없는 동포의 의리로 볼 때 빈부가 비록 다르더라도 사랑하고 보호해야겠다는 마음이었다고 밝히고 있다. 약 300명에게 밥과 옷을 지급하고, 치료 및 장례를 진행하였다. 그러다 같은 해 10월 27일 고종황제로부터 혁파의 명을 받아 폐쇄되었다. 이후 1899년 3월 20일경 재설치되었는데, 고운정에 의해 추진되었으며, 운영은 정부에서 하였다. 장소는 종로 전 감옥의 자리였다. 진민소는 비록 짧은 기간동안 존재했었지만, 빈민구제가 주로 정부의 역할이었던 때 정부 진휼기관인 진휼청이 폐지된 상태에서 민간이 설립, 운영한 시설이다. 갑오개혁으로 진휼청이 폐쇄되면서 정부가 해야 할 진휼이 체계적으로 이루어지지 않아 기민구휼이 문제였던 시점에 세워진 진민소는 그 존재 자체만으로도 사회복지역사에 있어 큰 의의를 갖는다.

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시공간 데이타웨어하우스를 위한 힐버트큐브 (Hilbert Cube for Spatio-Temporal Data Warehouses)

  • 최원익;이석호
    • 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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    • 제30권5호
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    • pp.451-463
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    • 2003
  • 최근 시공간 데이타에 대한 OLAP연산 효율을 증가시키기 위한 여러 가지 연구들이 행하여지고 있다. 이들 연구의 대부분은 다중트리구조에 기반하고 있다. 다중트리구조는 공간차원을 색인하기 위한 하나의 R-tree와 시간차원을 색인하기 위한 다수의 B-tree로 이루어져 있다. 하지만, 이러한 다중트리구조는 높은 유지비용과 불충분한 질의 처리 효율로 인해 현실적으로 시공간 OLAP연산에 적용하기에는 어려운 점이 있다. 본 논문에서는 이러한 문제를 근본적으로 개선하기 위한 접근 방법으로서 힐버트큐브(Hilbert Cube, H-Cube)를 제안하고 있다. H-Cube는 집계질의(aggregation query) 처리 효율을 높이기 위해 힐버트 곡선을 이용하여 셀들에게 완전순서(total-order)를 부여하고 있으며, 아울러 전통적인 누적합(prefix-sum) 기법을 함께 적용하고 있다. H-Cube는 대상공간을 일정한 크기의 셀로 나누고 그 셀들을 힐버트 값 순서로 저장한다. 이러한 셀들이 시간순서로 모여 규브형태를 이루게 된다. 또한 H-Cube는 시간의 흐름에 따라 변화되는 지역적인 데이타 편중에 대처하기 위해 적응적으로 셀을 정제한다. H-Cube는 정적인 공간 차원에서 움직이는 짐 객체에 초점을 두고 있는 적웅적이며, 완전순서화되어 있으며, 또한 누적합을 이용한 셀 기반의 색인구조이다. 본 논문에서는 H-Cube의 성능 평가를 위해서 다양한 실험을 하였으며, 그 결과로서 유지비용과 질의 처리 효율성면 모두에서 다중트리구조보다 높은 성능 향상이 있음을 보인다.

제올라이트 메소라이트의 수압 하 탄성특성 (Elastic Behavior of Zeolite Mesolite under Hydrostatic Pressure)

  • 이용재;이용문;성동훈;장영남
    • 자원환경지질
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    • 제42권5호
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    • pp.509-512
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    • 2009
  • 제올라이트 메소라이트($Na_{5.33}Ca_{5.33}Al_{16}Si_{24}O_{80}{\cdot}21.33H_2O$)에 대한 고압에서의 회절자료가 200 마이크론 크기로 단색화 된 방사광가속기 X-선원과 다이아몬드 앤빌셀을 사용하여 5 GPa까지 측정되었다. 물과 알코올을 사용한 수압 하에서 메소라이트의 초기 탄성 특성은 0.5 GPa에서 1.5 GPa 사이에서 일어나는 ab-평면의 연속적인 팽창과 c-축 상의 수축에 기인한 전체적인 격자부피의 팽창으로 관찰된다. 이후의 압력에서는 회절패턴의 변화로부터 질서-무질서 전이의 증거가 보여진다. 메소라이트의 c-축에 평행한 채널에는 양이온으로서 소디움과 칼슘이 b-축 방향으로 1:2 비율의 질서 있는 배열을 보이고 있는데 이로 인해 1.5 GPa까지 에서는 이러한 배열의 증거인 $3b_{natrolite}$ 격자패턴이 관찰된다. 격자부피의 확장 이후 1.5 GPa 이상에서 2.5 GPa 까지 에서는 격자부피 변화의 정도가 약해지며, 양이온의 무질서적인 배열에 의한 $b_{natrolite}$ 격자패턴이 관찰된다. 이후 압력의 계속된 증가는 점진적인 격자부피의 감소를 유발시키며 새로운 형태의 질서 있는 배열상을 지시하는 $3c_{natrolite}$ 격자패턴으로의 변화를 보여준다. 이로부터 압력에 의한 초수화 상태의 메소라이트는 질서-무질서-질서 형태의 채널 내부 혹은 채널간의 양이온 배열패턴 변화를 겪는 것으로 추정할 수 있다.

신기술 도입의향에 관한 영향요인 분석 - '콩 노린재 포획트랩'시범사업을 중심으로 - (Analysis of Factors Influencing the Intention of New Technology Adoption -Focusing on the Pilot Project on 'Bean Stinkbug Trap'-)

  • 윤진우;채용우
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제21권1호
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    • pp.448-456
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    • 2020
  • 본 연구는 신기술의 보급을 확산시키기 위해서는 농가가 신기술을 수용하고자 하는 도입의향의 제고가 중요하다고 판단하였다. 따라서 도입의향에 영향을 미치는 요인을 분석하고 영향 요인에 대한 한계효과를 분석하였다. 자료는 농촌진흥청에서 개발한 신기술을 보급하기 위하여 시행된 시범사업에 참여하지 않은 농가 99명을 대상으로 수집하였다. 측정도구는 교육지원, 기술지원, 자금지원, 적합성, 시험가능성, 관찰가능성, 반감으로 7개의 잠재변수를 측정하기 위하여 총 19개의 관측변수를 설정하였으며, 종속변수는 신기술 도입의향으로 설정하였다. 분석결과 순서형 로짓 분석에서는 신기술 도입의향에 유의한 변수의 Odds Ratio 크기는 교육지원(6.938), 관찰가능성(2.716), 반감(0.501) 순으로 나타났다. 그리고 유의한 영향을 미치는 변수에 대한 한계효과의 크기를 살펴보았을 때 '그렇다'의 한계효과는 교육지원(20.2%), 관찰가능성(10.4%), 반감(-7.2%)순으로 도출되었다. 따라서 신기술의 보급 확산을 위해서는 첫째, 효과적인 교육으로 양질의 지원 서비스 제공이 필요하다. 둘째, 관찰이 가능하도록 신기술에 대한 가시성을 높일 필요가 있다. 셋째, 농가의 반감요인을 줄이기 위하여 농가와의 지속적인 관계 구축을 통해 농업기관의 신뢰를 제고가 필요가 있다.

주파수대역 직접확산 통신시스템에서 다중경로 페이딩 보상을 위한 최적 레이크 신호처리에 관한 연구 (Optimum Rake Processing for Multipath Fading in Direct-Sequence Spread-Spectrum Communication Systems)

  • 장원석;이재천
    • 한국통신학회논문지
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    • 제28권10C호
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    • pp.995-1006
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    • 2003
  • 무선 통신 시스템은 전자파 신호의 전파 특성과 주위 환경/장애물에 의해 다중 경로 페이딩을 겪게 되어 수신 신호의 급격한 전력 감쇄가 생길 수 있음은 잘 알려져 있는 사실이다. 한편으로 송신기에서 생성된 하나의 동일한 송신 신호가 여러 경로를 통해서 해당 수신기에 도달하므로 이점을 적극적으로 활용하면 데이터 수신 성능을 향상 시킬 수 있는데 이것의 한가지 방법이 레이크 신호처리 기법이다. 본 연구는 PN (pseudo noise) 수열을 사용하여 주파수대역 확산을 구현하는 무선통신 수신기에서 레이크 신호처리 기법에 대해서 연구하였다. 기존의 고정 PN 레이크 복조기는 다중 경로 페이딩 채널의 임펄스 응답 계수의 공액 복소수 값을 계수로 하는 유한 길이 디지털 필터에 의해 수신 신호론 처리한 후, PN 복조 과정을 거쳐 데이터 신호를 재생하게 된다. 본 연구에서는 기존의 PN 복조 과정을 대체하는 최적 복조기의 개념 및 적응 설계 기법을 제안하였다. 제안된 최적 레이크 복조기에 대해 이론적인 성능 분석을 수행하였으며, 컴퓨터 모의 실험을 통해 유도된 결과들의 타당성을 검증하였다. 결과로 새로운 최적 레이크 신호처리기법을 통해 기존의 고정 PN 레이크 복조기에 비해 심볼평균제곱오차가 10dB 이상의 월등한 성능 향상이 가능함을 보였다. 또한 다중 경로 신호의 결합과 PN 복조를 동시에 한 복조 심볼 구간 안에서 수행하는 통합 복조기에 비해서도 약 10 dB 정도의 성능 향상이 있었다. 그리고 최적 레이크 복조기의 심볼평균제곱오차가 이론적인 한계치인 백색잡음 채널에서 QPSK 복조기의 심볼평균제곱오차에 매우 근접함을 보였다.