We have developed SH (shear horizontal) surface acoustic wave (SAW) sensors for detection of the immobilization and hybridization of DNA (deoxyribonucleic acid) on the gold coated delay line of transverse SAW devices. The experiments of DNA immobilization and hybridization were performed with 15-mer oligonucleotides (probe and complementary target DNA). The sensor consists of twin SAW delay line oscillators operating at 100 MHz fabricated on $36^{\circ}$ rotated Y-cut $LiTaO_3$ piezoelectric single crystals. The relative change in the frequency of the two oscillators was monitored to detect the hybridization between target DNA and immobilized probe DNA in pH 7.4 PBS (phosphate buffered saline) solution. The measurement results showed a good response of the sensor to the mass loading effects of the DNA immobilization and hybridization with the sensitivity up to $1.55{\cal}ng/{\cal}ml/Hz$.
We have cloned and analyzed cDNA coding for non-virion (NV) protein of the m V - P R T The NV gene contained 336 bp open readmg frame and encoded a protein of 11 1 amino acids with a molecular weight of 13.2 kDa. The deduced amino acid sequence of NV of IHNVPRT was found to be 90-95% identical to those of foreign isolates of IHNV. These results indicate that NV gene of the MNV is highly conserved among &ifferent strains of THNV Northern blot analyses revealed that the levels of NV gene expression were strongly elevated after 20 h post-infection. In order to identify the role of NV in the replication of MNV in fish cells, IHNVinfected cells were treated with antisense oligonucleotides. While IHNV-PRT exposed to glycoprotein (G) antisense oligonucleotide showed severely reduced growth, the growth of virus exposed to NV antisense oligonucleotide was not affected by NV antisense oligonucleotide, which suggests that NV is not essential for replication of IHNV in fish cells.
To examine the effects of sequence variations near the transcriptional start site on the rate of formation of the open complexes at bacteriophage $\lambda P_{R}$ promoter, two mutant promoters were created by site-specific mutagenesis using synthetic oligonucleotides. Mutant I coatains changes at positions -3 and -4 from TT to CC, thus having a 6-bp long G/C stretch between -10 region and transciptional start site (+1). Mutant II has changes at positions -5 and -6 from GG to AA, thereby having a 9-bp long A/T stretch between positions -11 and -3. Selective filter binding assays were performed to measure the rate of formation of the open complexes between the wild-type or two mutant $P_{R}$ promoters on 664 bp fragments and E. coli RNA polymerase at two temperatures. At 37.deg.C, the wild-type and two mutants showed similar rates for the formation of open complex. The second order rate constant $k_{a}$ and $\tau _{int}$, as determined from the .tau.-plot analysis, were $(6.0\pm0.4)\times10^{6}M^{-1}sec^{-1}$ and $11\pm5$sec, respectively. At 18.deg.C, however, the wild-type and two mutant promoters showed differences in the kinetic parameters. k for the wild-type promoter was (2.2$\pm$0.1)\times 10^{6}M^{-1}sec^{-1}$ and $\tau _{int}$ was 76$\pm$sec. Mutant I and II exhibited differences mainly in the rate of isomerization ($\tau_{int,I}=91\pm$10 sec, int,II=34$\pm$ sec), whereas the second order rate constant $k_{a}$ was similar to the wild type value. This result implies that at $18^{\circ}C$, the isomerization rate is determined by both protein conformational change and DNA melting, which are separable kinetically according to the 3-step mechanism of Roe et al.(1984,1985), and that the base changes affected mainly the rate of DNA melting as predicted.lting as predicted.
Elbasi, Mehmet Onur;Tulunay, Aysin;Karagozoglu, Hale;Kahraman, Semra;Eksioglu-Demiralp, Emel
Clinical and Experimental Reproductive Medicine
/
v.47
no.2
/
pp.122-129
/
2020
Objective: The survival of a semi-allogeneic fetus depends on several immunological mechanisms, and it has been suggested that recurrent pregnancy loss (RPL) could develop as a result of one or more immunological abnormalities. Methods: Compatibility between partners for human leukocyte antigen (HLA) genotypes and the relationships between maternal killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) and paternal HLA-Bw4/Bw6 and HLA-C1/C2 supra-groups were investigated in 25 couples with RPL in comparison to healthy couples with children. HLA and KIR genotyping was performed using polymerase chain reaction with sequence-specific primers and/or sequence-specific oligonucleotides. Results: HLA class I incompatibility between partners, especially in HLA-B alleles, was more common in the RPL group (p= 0.01). HLA-C2 homozygosity was more frequent in the male partners of RPL couples than in other groups (p= 0.03). The KIR2DL5 gene frequency was significantly higher in both the female and male partners of RPL couples, whereas the KIR2DS3 gene frequency in male partners of RPL couples was significantly reduced (p= 0.03). The presence of KIR2DL3 in women with RPL was correlated with the presence of HLA-C2 alleles in their spouses (p= 0.03). Conclusion: Our data from a Turkish population suggest that male HLA-C2 homozygosity may play an important role in RPL. Additionally, an incidental match between male HLA-C2 and female HLA-C1 ligand KIR receptors might perturb the balance between activatory and inhibitory KIR-ligand interactions during pregnancy in couples affected by RPL. The roles of orphan KIR2DL5 and orphan KIR2DS3 in RPL remain obscure.
Lee, Jinjoo;Byeon, Se Eun;Jung, Ju Yeol;Kang, Myeong-Ho;Park, Yu-Jin;Jung, Kyeong-Eun;Bae, Yong-Soo
Molecules and Cells
/
v.38
no.2
/
pp.122-129
/
2015
DBM-2198, a six-membered azasugar nucleotide (6-AZN)-containing phosphorothioate (P = S) oligonucleotide (AZPSON), was described in our previous publication [Lee et al. (2005)] with regard to its antiviral activity against a broad spectrum of HIV-1 variants. This report describes the mechanisms underlying the anti-HIV-1 properties of DBM-2198. The LTR-mediated reporter assay indicated that the anti-HIV-1 activity of DBM-2198 is attributed to an extracellular mode of action rather than intracellular sequence-specific antisense activity. Nevertheless, the antiviral properties of DBM-2198 and other AZPSONs were highly restricted to HIV-1. Unlike other P = S oligonucleotides, DBM-2198 caused no host cell activation upon administration to cultures. HIV-1 that was pre-incubated with DBM-2198 did not show any infectivity towards host cells whereas host cells pre-incubated with DBM-2198 remained susceptible to HIV-1 infection, suggesting that DBM-2198 acts on the virus particle rather than cell surface molecules in the inhibition of HIV-1 infection. Competition assays for binding to HIV-1 envelope protein with anti-gp120 and anti-V3 antibodies revealed that DBM-2198 acts on the viral attachment site of HIV-1 gp120, but not on the V3 region. This report provides a better understanding of the antiviral mechanism of DBM-2198 and may contribute to the development of a potential therapeutic drug against a broad spectrum of HIV-1 variants.
Here we have investigated how lactosylceramide (LacCer) modulates gene expression of adhesion molecules in TNF-${\alpha}$ and IFN ${\gamma}$ (CM)-stimulated astrocytes. We have observed that stimulation of astrocytes with CM increased the gene expression of ICAM-1 and VCAM-1. D-Threo-1-phenyl-2-decanoylamino-3-morpholino-1-propanol (PDMP) and N-butyldeoxynojirimycin (NBDNJ), inhibitors of glucosylceramide synthase (GLS) and LacCer synthase (galactosyltransferase, GalT-2), inhibited the gene expression of ICAM-1 and VCAM-1 and activation of their gene promoter induced by CM, which were reversed by exogenously supplied LacCer. Silencing of GalT-2 gene using its antisense oligonucleotides also attenuated CM-induced ICAM-1 and VCAM-1 expression, which were reversed by LacCer. PDMP treatment and silencing of GalT-2 gene significantly reduced CM-induced luciferase activities in NF-${\kappa}B$, AP-1, GAS, and STAT-3 luciferase vectors-transfected cells. In addition, LacCer reversed the inhibition of NF-${\kappa}B$ and STAT-1 luciferase activities by PDMP. Taken together, our results suggest that LacCer may play a crucial role in the expression of ICAM-1 and VCAM-1 via modulating transcription factors, such as NF-${\kappa}B$, AP-1, STAT-1, and STAT-3 in CM-stimulated astrocytes.
Kim, Ju-Kon;Sohn, Seong-Han;Lee, Sug-Soon;Hwang, Young-Soo;Park, Jong-Sug
Applied Biological Chemistry
/
v.38
no.6
/
pp.522-527
/
1995
To develop an antiviral agent for the rice black-streaked dwarf virus (RBSDV), a hammerhead type ribozyme, which has a potential target site on the genome segment 3, was designed. Oligonucleotides for the ribozyme and its substrate were synthesized, annealed, and cloned into a plasmid pBluescript II KS(+). Ribozyme and substrate RNAs were then synthesized by in vitro transcription with $T_3$ RNA polymerase, obtaining RNAs in expected size, 193 and 182 nucleotides, respectively. The substrate RNA was efficiently cleaved into two fragments when incubated with the ribozyme at $55^{\circ}C$, while the cleavage was not detected at $37^{\circ}C$. In addition, the segment 3 RNA of RBSDV was also cleaved into two fragments by the same ribozyme at $55^{\circ}C$. Taken together, our results demonstrated that the hammerhead ribozyme has an in vitro endonucleolytic activity and may be used as an antiviral agent in transgenic plants.
Oxytocin (Oxt) and vasopressin (Avp) are mainly synthesized in neuronal cells of the hypothalamus and are released from the posterior pituitary. The structure and sequences of Oxt and Avp genes imply that they are closely related and that they are the result of a duplication event during evolution. A previous study suggested that a small regulatory microRNA (miRNA), miR-24, regulated Oxt after binding. However, it is not clear whether this miRNA can modulate Avp simultaneously. The aim of the present study was to investigate putative targeting miRNAs of Avp, including miR-24. Targeted candidate miRNA oligonucleotides were transfected into COS-7 cells to elucidate the binding activity of miRNAs and Avp using dual-luciferase assays. The luciferase assay showed that only miR-24 displayed elevated binding activity with Avp as compared to a control and other candidate miRNAs. Transfection with seed mutants of Avp and miR-24 inhibitors clearly showed that miR-24 can directly bind to the Avp gene. These results provide new insight into the regulatory mechanism of neurohypophysial hormones by a single miRNA.
Neurons make long-distance connections via their axons, and the accuracy and stability of these connections are crucial for brain function. Research using various animal models showed that the molecular and cellular mechanisms underlying the assembly and maintenance of neuronal circuitry are highly conserved in vertebrates. Therefore, to gain a deeper understanding of brain development and maintenance, an efficient vertebrate model is required, where the axons of a defined neuronal cell type can be genetically manipulated and selectively visualized in vivo. Placental mammals pose an experimental challenge, as time-consuming breeding of genetically modified animals is required due to their in utero development. Xenopus laevis, the most commonly used amphibian model, offers comparative advantages, since their embryos ex utero during which embryological manipulations can be performed. However, the tetraploidy of the X. laevis genome makes them not ideal for genetic studies. Here, we use Xenopus tropicalis, a diploid amphibian species, to visualize axonal pathfinding and degeneration of a single central nervous system neuronal cell type, the retinal ganglion cell (RGC). First, we show that RGC axons follow the developmental trajectory previously described in X. laevis with a slightly different timeline. Second, we demonstrate that co-electroporation of DNA and/or oligonucleotides enables the visualization of gene function-altered RGC axons in an intact brain. Finally, using this method, we show that the axon-autonomous, Sarm1-dependent axon destruction program operates in X. tropicalis. Taken together, the present study demonstrates that the visual system of X. tropicalis is a highly efficient model to identify new molecular mechanisms underlying axon guidance and survival.
Aptamers are short, chemically synthesized, single-stranded DNA or RNA oligonucleotides that fold into unique three-dimensional structures. In this study, we aim to determine the antibiofilm activity and binding specificity of the six polyclonal DNA aptamers (S15K3, S15K4, S15K6, S15K13, S15K15, and S15K20) on Staphylococcus aureus BPA-12 and Escherichia coli EPEC 4. Aptamer S15K6 showed the highest percentage of antibiofilm activity against S. aureus BPA-12 (37.4%) as shown by the lowest OD570 value of 0.313. Aptamer S15K20 showed the highest percentage of antibiofilm activity against E. coli EPEC 4 (15.4%) as shown by the lowest OD570 value of 0.515. Aptamers S15K13 and S15K20 showed antibiofilm activities against both S. aureus BPA-12 and E. coli EPEC4, and thus potentially have broad reactivity. Furthermore, based on the binding capacity and Kd values from our previous study, the binding specificity assay of selected polyclonal DNA aptamers (S15K3 and S15K15) against S. aureus BPA-12, E. coli EPEC 4, S. aureus BPA-6, S. agalactiae, E. coli MHA-6, and Listeria monocytogenes were performed using qPCR. Aptamers S15K3 and S15K15 showed specific binding to S. aureus BPA-12, E. coli EPEC 4, S. aureus BPA-6, and S. agalactiae, but could not bind to E. coli MHA-6 and L. monocytogenes. Therefore, this study showed that the polyclonal DNA aptamers have antibiofilm activity and were able to bind to S. aureus BPA-12 and E. coli EPEC 4 bacteria.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.