새로운 유전체 주석달기와 유전체 진화에 대한 연구를 위해서 올소로그(Ortholog)를 탐지하는 일은 매우 유용하다. 이전에 제안한 연구에서, 우리는 여러 종의 유전체로부터 올소로그 클러스터를 자동적으로 구축하는 방법을 제안하였다. 이 방법은 단지 두 종의 결과를 생성하는 InParanoid를 여러 종으로 확장하고 이와 동일한 질을 가진 결과를 산출한다. 한편, 새롭게 서열이 밝혀진 유전자의 기능을 보다 정확히 예측하기 위해, 패럴로그(Paralog)가 가급적 적게 포함되는 올소로그 클러스터를 구축하는 것이 중요한 문제가 될 수 있다. 이 논문에서, 우리는 임계값을 사용하여 보다 순수한 올소로그 클러스터를 구축하는 방법에 대하여 조사하였다 우리는 20개의 원핵생물의 데이타셋으로부터 올소로그 클러스터를 구축하였다. 우리의 올소로그 클러스터를 COG(Clusters of Orthologous Group) 및 KO(Kegg Orthology)와 비교하였을 매, 약 90%의 유사도를 가지며 임계간의 증가와 더불어 증가하는 경향이 있다.
본 논문에서는 의료영상의 특성을 반영하여 픽셀 그래디언트의 방향 값을 특징으로 하는 OCS-LBP (Oriented Center Symmetric Local Binary Patterns) 특징을 개발하고 BoF(Bag-of-Feature)와 Random Forest 분류기를 이용한 영상 검색 방법을 제안한다. 학습영상에서 추출된 특징 값은 code book 으로 군집화 되고, 각 영상들은 code book을 통해 의미 있는 새로운 차원인 BoF특징으로 변환된다. 이렇게 추출된 BoF특징은 Random Forest 분류기에 적용되고 학습된 분류기에 의해 유사한 특성을 갖는 N개의 클래스별로 분류되게 된다. 질의 영상이 입력되면 동일한 OCS-LBP특징이 추출되고 code book을 통해 BoF특징이 추출된다. 전통적인 내용기반 영상검색과는 다르게, 본 논문에서는 질의 영상에서 추출된 BoF특징이 학습된 Random Forest에 적용되어 가장 유사한 K-근접 이웃 (K-nearest neighbor) 클래스들을 선택하고 선택된 클래스들에 포함된 영상들에 대해서만 질의 영상과의 BoF 유사도 측정을 통해 최종 유사한 영상을 검색하게 된다. 실험결과에서 본 논문에서 제안하는 방법은 빠르고 우수한 검색 성능을 보여 주었다.
We have studied an optically compensated splay (OCS) mode driven by fringe electric field. The OCS configuration obtained by applying voltage to vertically aligned LCs shows a dark state when an optic axis of the OCS cell coincides with one of crossed polarizer axis. When the fringe electric field is applied, the LC director rotates in plane above whole electrode surface, giving rise to the high transmittance, the low operating voltage and wide viewing angle simultaneously.
We hypothesized that inflammation affects number and activity of osteoclasts (OCs) via enhancing autophagy. Lipopolysaccharide (LPS) induced autophagy, osteoclastogenesis, and cytoplasmic reactive oxygen species (ROS) in bone marrow-derived macrophages that were pre-stimulated with receptor activator of nuclear $factor-{\kappa}B$ ligand. An autophagy inhibitor, 3-methyladenine (3-MA) decreased LPS-induced OC formation and bone resorption, indicating that autophagy is responsible for increasing number and activity of OCs upon LPS stimulus. Knockdown of autophagy-related protein 7 attenuated the effect of LPS on OC-specific genes, supporting a role of LPS as an autophagy inducer in OC. Removal of ROS decreased LPS-induced OC formation as well as autophagy. However, 3-MA did not affect LPS-induced ROS levels, suggesting that ROS act upstream of phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase in LPS-induced autophagy. Our results suggest the possible use of autophagy inhibitors targeting OCs to reduce inflammatory bone loss.
A novel nematic liquid crystal (LC) cell with splay structure exhibiting wide viewing angle, fast response time and high transmittance at the same time has been developed. With rubbed homeotropic alignment in parallel directions, the device shows bend alignment in the absence of vertical electric field. However, with applied high voltage in a pulse form, the LC shows a optically compensated splay (OCS) orientation such that the mid-director is parallel to a substrate and at both surfaces the LCs are aligned vertically in parallel direction. In the device, the birefringence of the cell becomes tunable with applying voltage, i.e., the amount of light passed through the cell can be controlled by controlling the orientation of the LC. Since the OCS cell has a self-compensation structure such that the LC has a mirror symmetry along the mid-director, the device shows a wide viewing angle with only a single domain and a fast response time.
Information concerning a patient visit is to be sent from the OCS(Order Communication System) to the PACS(Picture archiving and Communication System) and when the image acquisition is completed, information regarding the procedures also actually preformed
Uplift of contact wire and dynamic characteristics between pantograph and contact wire are key interaction performance of OCS (Overhead Catenary System). These two evaluation items are the approval criteria for the performance between OCS and pantograph. A telemetry system or DAQ (Data Acquisition) System based on wireless communication make it monitor a dynamic behavior which is measured directly in a 25 kv like parts. While permissible working time is too short time to install is too long. In this paper, it is described that optimization the telemetry measurement system for OCS and increasing accuracy, easy adaptation, and faster handling can be also achieved through the study.
We have studied phase transition time and response time of optically compensated splay(OCS) cell as a function of surface pretilt angle. With decreasing surface pretilt angle, phase transition time decreases and response time becomes faster in the OCS cell. Besides, the more surface pretilt angle decreases, the easier OCS structure is obtained.
목적 : 건진센터 종양 검사가 정상범위 내에서 재검기준이 명확히 설정되어 있지 않아 검사자마다 각자의 재검기준에 따라 재검을 시행함에 따라 재검상의 편차가 크고 일괄적이지 못했다. 이를 개선하기 위해 정상치이하값에서의 재검기준을 마련하고 정상치이하인 값에서 trend 결과를 관리할 수 있는 본원 OCS QC (order communication system quality control)프로그램을 이용하여 건진 센터 종양 검사의 결과보고오류에 개선을 하고자 한다. 대상 및 방법 : 2009년 2월부터 3월까지 본원 건진 센터에서 종양 검사(AFP, CEA, CA19-9, CA125, PSA)를 실시한 환자들을 대상으로 하였다. 우선 각 검사의 정상범위에서 Inter assay CV%를 구하여 screening 기준 값을 설정하였다. OCS QC program에 진료과, 대상 검사종목, screening 기준 값을 입력하여 기준 값에 벗어난 결과는 색깔에 반전을 주었다. 1차로 5가지종양 검사를 전 결과대비 ${\pm}$ 30% 기준을 벗어난 screening 건수를 구하였고 2차로 각각의 종양 검사에 대해 전 결과 대비 AFP는 ${\pm}$ 60%, CEA와 CA19-9는 ${\pm}$50%, CA125와 PSA는 ${\pm}$40%로 기준 값을 상향조정하여 screening 건수를 구하였으며 정상치 이하에서의 재검기준도 설정하여 비교하였다. 결과 : 1차 screening 건수 백분율은 30~40%의 결과를 얻었고, 2차 screening 건수 백분율은 AFP 26.1%, CEA 18.9%, CA19-9 17.3%, CA-125 18.7%, PSA 21.0%로 평균 20%의 screening 백분율을 얻었다. 정상치 이하에서의 재검기준은 AFP 5.0이하$\leftrightarrow$10.0이상, CEA 1.0이하$\leftrightarrow$3.0이상, 2.0이하$\leftrightarrow$4.0이상, CA19-9와 CA-125 10.0이하$\leftrightarrow$30.0이상, PSA 1.0이하$\leftrightarrow$2.0이상으로 정하였으며 평균 20.4%의 screening 백분율에 재검기준을 적용시켜 실제 재검사 건수를 얻었다. 2달 동안 재검사 건수는 AFP 0건, CEA 15건, CA19-9 3건, CA-125 2건, PSA 5건이었다. 결론 : OCS QC 프로그램을 이용하여 시스템적인 재검기준을 마련함으로 검사자간 재검 실시 편차의 감소가 있었고 정상치 이하 값에서 결과보고오류에 대해 개선이 있을 것으로 사료된다.
본 연구는 체내, 체외수정란 및 배양체계가 세포막투과력 및 GMP vitrification후 생존성에 미치는 영향을 조사하고자 실시하였다. 체내수정란은 6마리 한우를 FSH와 PG $F_{2{\alpha}}$ 에 의한 과배란처리하여 생산하였다. 체외수정란은 난관상피세포 공배양 (OCS) 및 HECM-6 (DCS) 방법으로 생산하였다. 생산된 배반포기 배는 세포력투과력과 GMP vitrification 후 생존성의 조사를 위하여 사용되었다. 세포력투과력은 35$^{\circ}C$ 가온판과 0.5 M sucrose 용액에서 0, 2, 5 및 7분간의 노출시간에 세포질의 “가로 $\times$ 세로”의 직경을 조사하였다. 세포질의 용적은 조사한 직경을 4/3.$\pi$$r^3$ 공식으로 계산하였다. 배반포의 동결보존은 GMP vitrification 방법으로 실시하였으며, 융해 후 0.25와 0.15 M sucrose 용액 및 TCM199에 각각 5분간 세척한 후 TCM199에 24 또는 48시간동안 배양하였다. 체내수정란의 0, 2, 5 및 7분 때의 용적변화(100, 37.1, 34.3 및 31.6%)는 OCS(100, 59.8, 48.9 및 47.9%)와 DCS(100, 57.2, 47.3 및 46.9%) 보다 유의적으로 높게 수축되었다(P<0.05). 또한 체내수정란(93.6%)의 동결융해 후 생존성은 OCS 및 DCS (81.9 및 83.6%) 보다 유의적으로 높았다(P<0.05). 현 배양체계에서 체외수정란의 형태는 체내수정란과 유사하였지만, 세포막투과력 및 응해 후 생존성 등의 질적인 면에서는 큰 차이를 보였다. 결론적으로 세포력 투과력 및 동결융해 후 생존성 등의 질적인 면에서 체내수정란은 OCS 또는 DCS 배양체계에서 생산된 체외수정란보다 우수하였다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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