• 제목/요약/키워드: NJ

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미토콘드리아 16S rDNA부분 염기서열을 이용한 한국산 개구리 속(Amphibia: Ranidae)의 종간, 종내 변이에 대한 연구 (Intra-, Inter-specific Variation of Korean Rana (Amphibia: Ranidae) Based on the Partial Sequence of Mitochondrial 16S rDNA)

  • 송재영;신정아;장민호;윤병수;정규회
    • 환경생물
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    • 제22권1호
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    • pp.66-74
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    • 2004
  • 한국에 분포하고 있는 개구리 속에 대한 염기서열을 결정하고 상호 비교하여 종간 유전적 변이 정도를 밝히고자 한국산 개구리 속 6종과 일본산 개구리 속 1종에 대한 미토콘드리아 165 rDNA를 분석하였으며, Gene-bank에 수록된 일본산 산개구리류 3종도 함께 비교 분석하여 총 437 bp의 염기서열을 결정하였다. 산개구리류 7종에 대한 similarity는 91.3∼97.3%이며, 참개구리류는 96.1∼97.3%로 나타났다. 또한, 참개구리류와 옴개구리류의 genetic distance가 참개구리류와 산개구리류보다 더 가깝게 나타났다. Neighbor-joining분석에서 참개구리류와 산개구리류로 2개의 cluster를 형성하였는데, 이 중산개구리류는 총 3개의 subcluster를 형성하였다. 또한, 참개구리는 내륙지방과 도서지방에 분포하는 집단이 각각 나눠지는 것은 지리적 격리에 의한 결과라고 사료된다. Maximum-likelihood분석도 NJ 분석 결과와 매우 유사하게 나타났으나 옴개구리(R. rugosa)는 NJ와 ML분석에서 서로 상반된 결과를 나타냈다. 이는 한국산 옴 개구리가 남부지역과 기타 지역에서 유전적 차이가 크게 나타나며, 일본 집단과 외부 특징에서 차이를 보이는 등 문제점을 가지고 있기 때문에 보다 다양한 연구가 이루어져야 올바른 해석 이 가능하리라 판단된다.

외측 반월상 연골 경골 후방 부착부 파열의 관절경적 All-Inside 봉합술 - 수술술기 - (Arthroscopic All Inside Repair of Lateral Meniscus Root Tear -Technical note-)

  • 안진환;이동훈;장문종
    • 대한관절경학회지
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    • 제11권1호
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    • pp.63-68
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    • 2007
  • 목적: 전방 십자 인대 손상과 동반된 외측 반월상 연골 경골 후방 부착부 완전 방사상 파열 환자에서 전외측 및 전내측 도달법을 통한 all-inside 봉합 술기를 시술하여 온 바, 이를 소개하고자 한다. 수술 술기: 관절경을 전내측 도달법으로, 봉합용 갈고리(suture hook, $Linvatec^{TM}$, Largo, Florida, USA)를 전외측 도달법으로 관절에 삽입한 상태에서 봉합용 갈고리를 틀어서 외측으로 전위된 외측 반월상 연골 후각부 파열단의 대퇴골측 면에서 경골측 면으로 수직으로 통과시킨다. 갈고리 내로 PDS No. 1 ($Ethicon^{TM}$, Somerville, NJ, USA)를 통과시킨 후 봉합용 갈고리를 빼내고 전외측 도달법 입구로 봉합사의 양끝을 뽑아낸다. MAXON 2-0 ($Syneture^{TM}$, Norwalk, Connecticut, USA)를 봉합용 갈고리를 이용하여 경골 부착부 파열단 경골측 면에서 대퇴골측 면으로 봉합사를 수직으로 통과시켜 양끝을 전외측 도달법 입구로 빼내어 두 봉합사의 경골 측 끝 중 PDS를 MAXON에 결찰하여 MAXON의 대퇴골측 끝을 전외측 도달법으로 당겨 이를 PDS로 교체한 뒤 SMC(Samsung Medical Center) knot를 이용하여 결찰한다. 결론: 본 술기를 시행하여 외측 반월상 연골 후방 부착부 파열을 해부학적으로 봉합할 수 있으며 또한 반월상 연골의 연골 장력(hoop tension)을 효과적으로 회복시켜 줄 수 있을 것으로 생각된다.

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Ribosomal DNA ITS 유전자를 이용한 왕지렁이(빈모강: 지렁이과) 그룹의 계통분류 (Molecular Phylogeny of the Amynthas-complex (Oligochaeta: Megascolecidae) Inferred from ITS Nucleotide Sequences)

  • 홍용;;황의욱;이보은;박순철;김태흥
    • 환경생물
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    • 제25권4호
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    • pp.349-355
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    • 2007
  • 지렁이과 (family Megascolecidae) 왕지렁이속 (genus Amynthas) 그룹을 rDNA ITS 유전자를 이용하여 계통 유연관계를 알아보고자 하였다. 2과 10속에서 26종의 DNA 염기서열을 이용하여 종간 계통적 유연관계를 MP (Maximum Parsimony), NJ (Neighbor Joining), QP (Quartet Puzzling)로 계통도를 작성하였다. 염기서열이 확보된 Megascolecidae (지렁이과)의 국내외 26종에 대한 계통 분석은 위 3개의 알고리즘 모두 동일한 5개의 그룹으로 나뉘는 것을 확인하였다. 또한 Amynthas 속은 크게 한국산 그룹과 필리핀산 그룹으로 구분되었다. 첫 번째 그룹, Amynthas jirensis, A. agrestis, A. gucheonensis, A. sopaikensis, A. bubonis, A. multimaculatus, A. koreanus, A. dageletensis, A. heteropodus, A. odaesanensis, Pontoscolex sp., Pheretima sp. 1와 다른 그룹, Dendropheretima banahawensis. Amynthas halconensis, A. isarogensis, A. mindrooensis, Pithemera sp. 2, Pithmera sp. 1, and Pleionogaster sp.이다. 이는 ITS 유전자가 속간의 차이를 보여주는 것보다 동일한 속이라 하더라도 지리적 차이에 따른 환경의 영향을 받았음을 알 수 있다. 즉 형태적 분화가 이루어졌다고 하더라도 유전적으로는 동질성을 나타내고 있음을 알 수 있다. 형태적 특징에 의한 명백한 차이는 구분되지 않았다.

trnL-trnT 부위에 의한 한국 족도리풀속 식물종의 계통분류학적 연구 (Phylogenic Study of Genus Asarum (Aristolochiaceae) in Korea by trnL-trnT Region)

  • 이병룡;김선환;허만규
    • 생명과학회지
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    • 제20권11호
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    • pp.1697-1703
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    • 2010
  • 족도리풀속은 쥐방울덩굴과에 속하는 키 작은 초본이며 아시아의 온대지역에서 많은 종이 주로 분포한다. 이속에 속하는 우리나라 자생 식물 아홉 분류 간 계통 관계를 평가하기 위해 엽록체 게놈의 trnL - trnT 부위로 평가하였다. DNA 서열 배당은 많은 갭(gaps)을 가지고 있었다. 이 속 내 서열 변이는 일부 삽입과 결실이 발견되었지만 주로 핵산의 삽입/결실에 기인하였다. 서열 분화의 또 다른 원천은 이 속의 trnL - trnT 부위에서 발생한 짧은 반복 서열에 의한 길이 변화이다. 이 속의 9개 분류군에 대한 trnL - trnT 부위에서 A+T 함량은 74.7~78.3%로 피자식물의 평균(64.5~67.1%)보다 높았다. 이 속의 금오족도리풀은 세 계통도(MP, ML, and NJ)에서 모두 현저하게 차이가 났다. 그런데 일부 내부 분지마디는 낮은 지지도를 보였으며 네 종은 분리되지 않았다. 기존의 형태학적 특성과 trnL - trnT의 계통도 간 불일치에 대해 논의하였다.

RAPD마크를 이용한 한국 내 괭이밥속 식물의 유전적 다양성과 표현형 관계 (Genetic Diversity and Phenetic Relationships of Genus Oxalis in Korea Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers)

  • 허만규;최병기
    • 생명과학회지
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    • 제24권7호
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    • pp.707-712
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    • 2014
  • RAPD마크를 이용한 한국 내 괭이밥속(Oxalis L.) 식물의 유전적 다양성과 표현형 관계를 평가하였다. 10개의 시발체로 125개의 밴드를 얻었으며 시발체당 12.5개였다. 이들 밴드 중 121개(96.8%)는 다형성을 나타내었으며 단지 4개만 단형성을 나타내었다. 6개 분류군에서 RAPD 표현형의 평균은 3.6개(선괭이밥, 괭이밥)에서 4.8개(붉은괭이밥)였다. 종간 변이에서 선괭이밥과 자주괭이밥이 가장 낮은 변이를 나타내었으며(28.8%), 붉은괭이밥이 가장 높은 변이를 나타내었다(38.4%). 분류군 내 대립유전자좌위는 평균 32.7%였다. 종 간 전체 유전적 다양도와 종내 유전적 다양도는 각각 0.362와 0.122였다. 종간 분화에 근거한 전체 변이의 몫($G_{ST}$)은 0.663이였다. 이는 전체 변이의 66.3%는 종간에 있음을 나타낸다. NJ tree에서 선괭이밥과 붉은괭이밥의 분지군은 높은 지지도를 가지며 괭이밥과 자매군을 형성하였다. 염색체의 수와 RAPD의 표현형적 관계와 일치하지 않았다.

mtDNA cytochrome b에 기초한 한국흑우의 계통유전학적 분석 (Phylogenetic Analysis of Korean Black Cattle Based on the Mitochondrial Cytochrome b Gene)

  • 김재환;변미정;김명직;서상원;김영신;고응규;김성우;정경섭;김동훈;최성복
    • 생명과학회지
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    • 제23권1호
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    • pp.24-30
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    • 2013
  • 본 연구는 mtDNA cytochrome b (Cyt b) 유전자 서열을 토대로 한국흑우의 유전적 다양성 및 계통유전학적 위치를 파악하기 위하여 실시하였다. 한국흑우 38두로부터 결정된 mtDNA Cyt b 유전자 전체서열 내에서 염기삽입 및 결실 없이 1개의 silent mutation이 동정되었다. 또한 2개의 haplotype으로 분류되었고, 염기변이율 및 haplotype 다양성지수에 기초한 한국흑우의 유전적 다양성은 기존에 보고된 중국 품종에 비해 낮게 나타났다. 한국, 일본, 중국에 분포하고 있는 12품종 101개 서열을 수집하여 한국흑우와의 유연관계를 확인하였다. 한국흑우에서 분류된 2개의 haplotype은 모두 B. taurus 계열에 포함되었으며, 한우, 일본흑우, Yanbian, Zaosheng 등 4개 품종과 하나의 그룹을 형성하였다. 또한 품종별 Dxy 유전거리 산출 결과, 한국흑우는 한우 및 일본흑우에 비해서 중국의 Yanbian, Zaosheng 품종과 더 가까운 유연관계를 보였다. 본 연구의 결과는 가축유전자원으로서 한국흑우의 보존 및 유전적 특성 구명을 위한 중요한 자료로 활용이 가능할 것으로 사료된다.

ITS 염기서열에 의한 한국산 괭이눈속(Chrysosplenium)의 계통학적 연구 (Phylogenetic Study of Korean Chrysosplenium Based on nrDNA ITS Sequences)

  • 한종원;양선규;김현준;장창기;박정미;강신호
    • 한국자원식물학회지
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    • 제24권4호
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    • pp.358-369
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    • 2011
  • 괭이눈속 식물에 대한 계통 유연관계를 알아보기 위하여 핵 rDNA의 internal transcribed spacer(ITS) 지역에 대한 염기서열을 분석하였다. 5.8s를 포함한 ITS 염기서열은 647-653 bp로 그중 219개의 염기에서 유전적 다양성을 나타내었다. 정렬된 염기서열은 bootstrap을 포함한 parsimony 방법과 neighbor-joining 방법을 통하여 계통수를 평가하였다. 그 결과 C. pseudofauriei(선괭이눈)이 군내군의 가장 기부에 분계조를 형성하였고, Ser. Pilosa and Ser. Oppositifolia와 Ser. Alternifolia and Ser. Flagellifera가 높은 bootstrap 값으로 두 개의 분계조를 각각 형성하였다. Neighbor-joining 분석의 결과도 일치하였다. 본 연구결과 핵 rDNA의 ITS 염기서열 분석은 괭이눈속의 계통학적 연구에 유용한 마커로 확인되었으며, 최종적으로 ITS 염기서열과 종자 형태형질을 바탕으로 C. sphaerospermum Maxim. and C. valdepilosum (Ohwi) S.H. Kang & J.W. Han에 대한 분류학적 검토를 하였다.

제주도 큰발윗수염박쥐(Myotis macrodactylus)의 유전적 집단 구조와 계통 유연관계 (Genetic Population Structure and Phylogenetic Relationship of the Large-footed Bat (Myotis macrodactylus) on Jeju Island)

  • 김유경;박수곤;한상훈;한상현;오홍식
    • 생명과학회지
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    • 제26권7호
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    • pp.749-757
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    • 2016
  • 본 연구는 미토콘드리아 DNA (mtDNA) cytochrome B (CYTB)와 NADH dehydrogenase subunit 1 (ND1) 유전자 서열의 다형성을 근거로 제주도 큰발윗수염박쥐 집단의 유전적 집단 구조와 계통 유연관계를 조사하는 데 목적이 있다. 동아시아 박쥐에서 CYTB 유전자 haplotype은 14개의 haplotype들이 발견되었고, ND1은 9개의 haplotype 들이 발견되었다. 집단별 haplotype의 분포는 지역-특이적인 양상을 보였다. ND1 haplotype 분석결과에서 제주도 집단은 4개의 haplotype을 나타내고, 한라산 소집단과 서부지역 소집단은 3개 haplotype을 나타내었으나, 동부지역 소집단에서는 제주도 전체에서 공통으로 발견되는 1개(Nd03)의 haplotype만 출현하였다. NJ tree에서 제주도 집단은 강원도 집단보다 일본 집단과 더 근연으로 확인되었다. 중국과 일본의 모계선조 계보 사이의 분화 시점은 0.789±0.063 MYBP으로 추정되었고, 제주도와 일본의 모계선조는 약 17만 년(0.168±0.013 MYBP) 전에 분리된 것 으로 판단된다. 제주도 집단은 적어도 5만 년 이전에 이주한 것으로 보인다. 또한 ND1 haplotype 분석결과는 제주도 집단이 이주 후에도 지역 내에서의 적어도 2회 이상의 유전적 분화를 겪었다는 것을 보여주고 있다. 본 연구 결과는 동아시아 큰발윗수염박쥐의 계통 유연관계를 이해하는 데 중요한 기초자료가 될 것이며, 향후 한반도의 남부와 중국, 러시아 등에서 시료 확보를 통해 집단 간 진화적 상관관계를 이해하는 데 필요한 설득력 있는 자료가 마련되어야 할 것이다.

방사선과 촬영실 장비의 세균오염도 측정 (A Study Regarding Measurements of Bacterial Contamination Levels in Radiology Room Equipment)

  • 최은진;송현제;동경래;김창복;류재광;곽종길
    • 방사선산업학회지
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    • 제11권1호
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    • pp.1-6
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    • 2017
  • Reported some level of bacteria in areas that are well made contact in Radiology imaging room evaluate the importance of cleanliness in the hospital management of equipment to check for the presence of pathogenic bacteria. Gwang-ju and Jeol-la city and medium-sized hospitals in the material with a cotton swab and rub evenly Radiology selection cassette, a handle, Apron of the imaging apparatus having the most contact with patients from July 2016 to August 2016 as a target in place and special studios 6, and saline solution will placed in a test tube containing. The swab sample was diluted 1,000 times, you can see the bacteria and the intestinal bacterial selective medium Trypticase Soy Agar (TSA), Muller-Hinton Agar (MHA), Eosin-Methylene Blue (EMB), ENDO(BD, NJ, USA) then incubated smear to. In the incubator (incubator, SANYO, Japan) was observed after incubation of bacteria and counting the total number of bacteria also Colonies (colony) suspected intestinal bacteria were isolated and cultured on KIA medium (BD, NJ, USA). As a result, it was found that this came Gram positive Coccus A hospital handle the F hospital, from the C Gram positive Coccus cassette and handle the F hospital. The striking yellow coloring Staphylococcus aureus 110 agar (STA 110) in the medium sample, but it is suspected staphylococcal Coccus to the final identification in the laboratory is not a single specimen of the two samples from Gram positive Coccus biochemical identification Identification Kit is an API could not, it was thought to be non-Staphylococcus aureus was cultured on blood agar suggesting that (BAP) blood of dance. Dynamic tests were conducted biochemical API kit of the two samples were identified from Gram positive Coccus bacteria Escherichia coli (E. coli) is F hospital cassette was confirmed Eenterobacter cloaca in A hospital possession. Did not aggregate O-26, O-111, O-157 and the serum test was conducted in the laboratory from the E. coli F cassette hospital.

유역모델을 이용한 농업용수 신속회귀수량 산정 연구 (A study on estimating the quick return flow from irrigation canal of agricultural water using watershed model)

  • 이지완;정충길;김다예;맹승진;정현식;조영식;김성준
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제55권5호
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    • pp.321-331
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    • 2022
  • 본 연구에서는 유역단위의 물수지 분석과 농업용수의 수문학적 매커니즘을 모의 할 수 있는 유역 모델링 방법을 이용하여 회귀수량 산정기법을 제시하고자 하였다. SWAT 모델을 이용하여 영산강수계 대표적인 농업지역인 만봉천 표준유역 (97.34 km2)에 대해 담수 논 모의가 고려된 유역물수지 분석을 실시하였다. 회귀수량 산정에 앞서, 나주 유량관측소의 일 유량 자료를 이용하여 SWAT을 검·보정하였다. R2, Nash-Sutcliffe Efficiency (NSE), Root-Mean-Square Error (RMSE)는 각각 0.73, 0.70, 0.64 mm/day으로 분석되었다. 3년 동안(2015~2017) 모의 결과를 토대로 관개기간(4/1~9/30)에 대한 신속 회귀수량과 공급량 대비 회귀율을 산정하였고, 평균 53.4%로 분석되었다. 본 연구에서 제시한 유역 회귀수량 모델링 기법은 향후 합리적인 유역물관리를 위한 최적 농업용수 공급방안에 대한 기초자료 구축에 활용될 수 있다.