• 제목/요약/키워드: MurA

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A Docking Study of UDP-N-Acetylglucosamine Enolpyruvyl Transferase from Haemophilus influenzae in Complex with Inhibitors

  • Yoon, Hye-Jin;Mikami, Bunzo;Park, Hyun-Ju;Yoo, Ja-Kyung;Suh, Se-Won
    • 한국결정학회지
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    • 제18권1_2호
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    • pp.10-15
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    • 2007
  • UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase (MurA; EC 2.5.1.7) catalyzes the first committed step of peptidoglycan biosynthesis in bacteria, i.e., transfer of enolpyruvate from phosphoenolpyruvate to UDP-N-acetyl-glucosamine. Because the crystallization condition contained a high concentration of ammonium sulfate, our inhibitor binding studies were not successful. Therefore, we employed a docking approach to investigate the inhibitor binding. Our results will be useful in structure-based design of specific inhibitors of MurA for antibacterial discovery.

FDTD법을 이용한 구형도파관의 Slot 안테나 설계 (Design for Rectangular Waveguide Slot Antenna using FDTD Method)

  • 고지원;김광욱;김동철;임학규;민경식
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2000년도 춘계종합학술대회
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    • pp.147-151
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    • 2000
  • 본 논문은 3차원 유한차분시간영역법(FDTD)을 이용하여 구형도파관 슬랏 안테나를 해석하였다. 해석영역의 반사손실을 최소로 하기위해서 Mur의 2차 흡수경계조건을 사용하였다. 최적 설계를 위해 Time Step, 여진면 크기, 해석영역의 크기, 여진면의 위치 등의 변화에 따른 영향을 살펴보았다 구형도파관 슬랏 안테나 단일 소자에 대한 설계 결과를 기존의 실험결과와 비교하였다.

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FDTD법을 이용한 마이크로스트립 안테나의 전자파 특성에 관한 연구 (A Study on the Electromagnetic wave properties of microstrip antenna using finite difference time domain method)

  • 홍용인;정명덕;홍성일;이흥기
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제2권4호
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    • pp.653-660
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    • 1998
  • 본 연구는 시간영역 유한 차분법(finite difference-time domain method:FDTD)을 이용하여 마이크로스트립 배열 안테나의 전자계 특성들을 해석한다. 직각좌표계에서 맥스웰 방정식의 유한차분 방정식을 정의하였으며, 자유공간과 같은 무한영역해석을 위해서 Mur의 흡수경계조건을 이용하였다 마이크로스트립 배열 안테나를 단위격자 구조로 모델링한 후 시간영역에서 필드분포를 도시하였다.

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실내 전파 차분의 시간영역 유한차분법에 의한 계산 (Radio wave propagation simulations of indoor by finite difference time domain method)

  • 허문만;백낙준;박항구;윤현보
    • 전자공학회논문지D
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    • 제34D권10호
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    • pp.60-67
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    • 1997
  • This paper presents a 3-D finite difference time domain (FDTD) method used for indoor propagation simulations where the electromagnetic wav eis uniformly excited on th eone of the wall in a building and affected by an indoor obstacles. In cases of simulation and measurement, the frequency of 851 MHz is used. The conductivities of walls, floor, ceiling and indoor obstacles are measured and used for simulations. These simulations are carried out using different boundary condition such as mur's absorbing boundary condition (ABC) and perfectly matched layer (PML) technique. The PML technique is found to be well-suited to this analysis because of it's smaller computational domain than mur's ABC. The measured signal strengths are compared to simulated values with good agreement.

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유한차분 시간영역 알고리듬을 이용한 누설 동축 케이블의 전자파 특성에 관한 연구 (A study on the electromagnetic wave properties of the leaky coaxial cable with the finite difference time domain (FDTD) algorithm)

  • 홍용인;김정기
    • 한국통신학회논문지
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    • 제21권11호
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    • pp.2954-2965
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    • 1996
  • In this paper, the electromagnetic field characteristics of leaky caxial cable are anlyzed by using the finite difference-time domain(FDTD) technique. Finite difference equations of Maxwell's equations are definedin cylindrical coordinate systems. To simulate the open boundary problem like a free space, the Mur's Absorbing Boundary condition(Mur-ABC) is also used. After modeling the leaky coaxial cable with the three dimensional grid structure, the transient response of the field distribution and the current distribution, the field pattern, the coupling effect are depicted in the time domain.

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유한차분시간영역 알고리듬을 이용한 마이크로스트립 패치 배열 안테나 특성해석 (Analysis of microstrip patch array antenna characteristics using finite difference time domain algorithm)

  • 홍용인
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제2권2호
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    • pp.197-205
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    • 1998
  • 본 연구는 유한 차분법 시간 영역 알고리듬을 이용하여 배열 안테나의 전자계 특성들을 해석한다. 원통좌표 계에서 맥스웰 방정식의 유한차분 방정식을 정의하였으며, 자유공간과 같은 무한영역해석을 위해서 Mur의 흡수경계조건을 이용하였다. 배열 안테나를 단위격자 구조로 모델링한 후 시간영역에서 필드분포를 도시하였다.

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유한차분시간영역(FDTD)법에 있어 Mesh Truncation을 위한 비등방성 완전정합층에 관한 연구 (An Anisotropic Perfectly Matched Layer(APML) for Mesh Truncation in The Finite Difference Time Domain Method)

  • 박동희;김정기
    • 한국전자파학회논문지
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    • 제9권5호
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    • pp.678-686
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    • 1998
  • 본 논문은 유한차분시간영역법의 mesh truncation을 위한 비둥방성 완전갱합충(APML)에 관하여 연구하였다. APML 방법은 크게 분리형과 비분리형으로 분류할 수 있으며, 분리형의 경우는 평면에 대하여 127M 또는 8 개의 방정식으로 구성되고 비분리형의 경우는 6개의 방정식으로만 구성된다. 따라서 후자의 방법이 전자의 방법 에 비하여 훨씬 간단하다. 본 논문에서 제시된 APML 방정식은 후자의 방법으로서 Chen에 의해 제시된 방법을 3차원적으로 확장하여 Maxwell의 시간도함수 방정식으로부터 직접 유도하였다. 특히 평면을 제외한 모서리와 모퉁이 부분에서 APML 방정식은 Gedney에 의해서 제시된 방법과 Chen의 방법올 조합하여 새롭게 효과적으 로 다루었다. 수치해석의 결과는 여러 파장을 갖는 선형안테나들에 대하여 복사때턴 및 전자장의 시간응답을 나타내며, 그 결과의 비교는 Mur의 1차 흡수경계조건을 사용한 결과 그리고 Kraus의 해석적 결과와 비교하였다. 결과적으로 Mur의 l차 흡수경계조건올 사용하는 경우는 주파수가 높아짐에 따라서 모서리와 모퉁이 부분에서 많은 오차가 있음을 확인하였다. 반면에 Kraus의 해석적 결과와의 비교는 좋은 일치를 보이므로 본 논문의 합당함을 입중할 수있었다.

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유한 차분 시간법을 이용한 마이크로스트립 패치 안테나에 관한 연구 (A Study on the Microstrip Patch Antenna Using FDTD Method)

  • 장용웅;박상규;신철재
    • 방송공학회논문지
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    • 제2권1호
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    • pp.1-7
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    • 1997
  • 본 논문에서는 FDTD법을 이용하여 마이크로스트립 패치 안테나를 해석하였다. 먼저 Yee 알고리즘으로 맥스웰 방정식을 유한 차분식으로 근사화시켜 안테나 패치면에서의 전계를 구하였다. 이때 흡수 경계 조건은 Mur의 1차식과 분산경계 조건을 적용시켰다. FDTD 법을 이용하여 단일 마이크로스트립 패치 안테나의 반사 손실파의 전파과정을 각각 계산하였다. 또한 2-배열 안테나에 FDTD를 적용한 결과, 측정한 값들은 FDTD 법을 이용하여 계산한 값들과 비교적 잘 일치하였다. 계산된 임피던스, 반사손실, 정재파비 등은 양호한 값들을 나타냈고, 이러한 계산 결과들은 본 실험의 측정치와 비교적 잘 일치하였다.

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Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of UDP-N-Acetylglucosamine Enolpyruvyl Transferase from Haemophilus influenzae in Complex with UDP-N-Acetylglucosamine and Fosfomycin

  • Yoon, Hye-Jin;Ku, Min-Je;Ahn, Hyung Jun;Lee, Byung Il;Mikami, Bunzo;Suh, Se Won
    • Molecules and Cells
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    • 제19권3호
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    • pp.398-401
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    • 2005
  • The bacterial enzyme UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase catalyzes the first committed step of peptidoglycan biosynthesis, i.e., transfer of enolpyruvate from phosphoenolpyruvate to UDP-N-acetyl-glucosamine. We have overexpressed the enzyme from Haemophilus influenzae in Escherichia coli and crystallized it in the apo-form, as well as in a complex with UDP-N-acetylglucosamine and fosfomycin using ammonium sulfate as the precipitant. X-ray diffraction data from a crystal of the apo-form were collected to $2.8{\AA}$ resolution at 293 K. The crystal quality was improved by co-crystallization with UDP-N-acetylglucosamine and fosfomycin. X-ray data to $2.2{\AA}$ have been collected at 100 K from a flash-frozen crystal of the complex. The complex crystals belong to the orthorhombic space group I222 (or $I2_12_12_1$) with unit-cell parameters of a = 63.7, b = 124.5, and $c=126.3{\AA}$. Assuming a monomer of the recombinant enzyme in the crystallographic asymmetric unit, the calculated Matthews parameter ($V_M$) is $2.71{\AA}^3Da^{-1}$ and solvent content is 54.6%.