• Mycobiology
• /
• 제37권4호
• /
• pp.247-250
• /
• 2009

Twenty-five isolates of Fusarium fujikuroi acquired from rice seeds and rice plants evidencing symptoms of Bakanae disease were evaluated to determine their mating types and characterize the formation of their sexual state. The mating types of the isolates were evaluated via multiplex PCR with the diagnostic primers of the mating-type (MAT) region: GFmat1a, GFmat1b, GFmat2c, and GFmat2d. Among the 25 isolates, 11 were identified as MAT-1 (male), and 14 as MAT-2 (female). Four MAT-1 isolates and three MAT-2 isolates were mated and cultured to evaluate the optimal culture conditions for the production of their sexual states. Among four tested media, 10% V8 juice agar proved optimal for the perithecial production of the isolates. The isolates also generated the largest numbers of perithecia when incubated at 23oC in alternating cycles of 12 hr fluorescent light and NUV fluorescent light and 12 hr darkness.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
• /
• 한국자원식물학회 2019년도 추계학술대회
• /
• pp.41-41
• /
• 2019

The genus Ficus L., containing approximately 850 species, is by far the largest genus in the Moraceae. They are mainly distributed worldwide, mainly in tropical countries. In South Korea, there are three native Ficus (including F. erecta Thunb, F. sarmentosa var. nipponica (Franch. & Sav.) Corner, and F. thunbergii Maxim.). Among them, F. erecta is effectively natural resources for the improvement of senile cognitive impairment. However, the chloroplast (cp) genome sequences and information of F. erecta have not been addressed. Therefore, in this study, we provide the complete cp genome of F. erecta and its allied species using next-generation sequencing technology. The chloroplast of Ficus species has typical structure which includes large and small single copy regions and a pair of inverted repeats (IRs). The sizes of cp genomes range from 160,276 bp to 160,603 bp. To determine the phylogenetic positions of these species, we conducted a maximum likelihood analysis using common protein-coding genes in chloroplast sequences. Also, we describe a newly developed single nucleotide polymorphism (SNP) markers using multiplex PCR to identify F. erecta based on amplification-refractory mutation system (ARMS) technique. We analyzed matK, atpB of the chloroplast genes and ITS from F. erecta and three related taxa, F. carica, F. sarmentosa var. nipponica and F. thunbergii. It provides useful information for molecular identification between F. erecta and related Korean native species.

• 대한의생명과학회지
• /
• 제29권3호
• /
• pp.109-120
• /
• 2023

Recently, the explosive increase of carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) in the worldwide poses a serious threat. The purpose of this study is to investigate epidemiology, detection, and treatment of CPE. Three main carbapenemase are reported worldwide, which were KPC, NDM, and OXA-48-like. KPC type are mostly found in USA, China, Europe, and Latin America. NDM type are mostly found in South Asia. OXA-48-like are often seen in the Mediterranean and Northern Africa. In Korea, CPE have increased explosively since 2015. In 2021, 18,099 CPE were isolated, which were Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, and Enterobacter cloacae in order. The CPE genotype was distributed with KPC, NDM, OXA type in order. Phenotypic detection methods include carbapenemase production tests (CPT) and differential tests of CPE. CPTs include modified Hodge test, modified carbapenem inactivation method (mCIM), Carba NP test, among which mCIM is the most widely used due to easy accessibility and accuracy. A lot of genotypic methods are being done for quick results, and commercialized kits using multiplex real-time PCR and microarray are widely used. Colistin and tigecycline are used as the first line of CPE treatment and are used in combination with second line drugs such as meropenem and fosfomycin.

• Annals of Clinical Microbiology
• /
• 제21권4호
• /
• pp.86-91
• /
• 2018

배경: PANA RealTyper HPV kit (PANAGENE, Korea; PANA RealTyper)는 multiplex real-time PCR과 melting curve analysis를 이용하여 human papillomavirus (HPV)의 유전자형을 검출한다. 본 연구에서는 PANA Real Typer와 AdvanSure HPV GenoBlot assay (LG Life Sciences, Korea; AdvanSure assay)를 비교하였다. 방법: 자궁경부암 검진을 받은 환자에서 채취한 검체를 60개 수집하였다. AdvanSure assay와 PANA RealTyper는 고위험군 HPV 20종을 검출할 수 있다. 저위험군 HPV의 경우 AdvanSure assay는 15종을, PANA RealTyper는 2종의 유전자형을 구별할 수 있고 18종의 유전자형을 검출할 수 있다. 결과: 총 60개 중 40개 검체에서 54개의 고위험군 유전자형이 검출되었으며 18개 검체에서 20개의 저위험군 유전자형이 검출되었다. 고위험군에서 두 방법 간 일치율은 94.4-100%였다. PANA Real Typer에서만 양성으로 검출된 9개 유전자형 중 7개(HPV 16 (n=1), 39 (n=1), 52 (n=1), 58 (n=2), 68 (n=2))은 진양성으로 판별되었다. AdvanSure assay에서만 양성으로 나온 4개 유전자형 중 3개는 HPV 59였다. 저위험군에서 AdvanSure assay에서 검출된 19개 유전자형 중 HPV 6 2개, HPV 11 1개였다. HPV 6 중 한 개는 PANA RealTyper에서만 양성이었다. 결론: PANA RealTyper는 AdvanSure assay와 동등한 검출력을 보였으며, 임상 검사실에서 HPV 유전자형 검사에 유용하게 쓰일 수 있을 것으로 생각한다.

• Pediatric Infection and Vaccine
• /
• 제26권2호
• /
• pp.99-111
• /
• 2019

목적: 호흡기세포융합바이러스(RSV)와 라이노바이러스(hRV)는 소아의 호흡기 바이러스감염의 가장 흔한 원인이다. 본 연구는 RSV 혹은 hRV 감염으로 입원하는 소아의 역학, 임상적 특성, 혈액 검사 결과를 분석하고, 각 바이러스 단독 감염과 동시 감염 간의 임상적 특성 및 혈액 검사 결과를 비교하고자 하였다. 방법: 2014년 10월부터 2017년 4월까지 매년 10월부터 4월 사이에 원주세브란스기독병원 소아청소년과에 호흡기 증상으로 입원한 만 5세 미만의 환아 중, 비강인두도말 검체로 다중 역전사 실시간 중합효소연쇄반응 검사를 시행하여 RSV 혹은 hRV가 검출된 사례를 대상으로 의무기록을 후향적으로 분석하였다. 결과: 강원 지역 소아 호흡기 환자의 multiplex RT-PCR 바이러스 검출 패턴 상, RSV는 늦가을부터 초봄 사이, hRV는 연중 고르게 분포하였다. RSV 혹은 hRV가 검출된 총 384례 중 RSV는 258례(R group), hRV는 99례(H group)에서 단독으로 검출되었고, RSV와 hRV의 동시 검출은 27례에서 있었다(RH group). R군의 연령 중앙값은 6개월이었으며, 248례(96.1%)가 하기도 감염이었다. 산소치료는 14례(5.4%)에서 있었다. 12개월 미만의 영아가 반수 이상을 차지하였고(63.2%) 호흡곤란, 산소치료가 많았다. H군의 연령 중앙값은 16개월이었으며, 56례(56.6%)가 하기도 감염이었다. 산소치료는 4례(4.0%), 기계 호흡은 1례(1.0%)에서 시행하였다. 영아(40.4%)는 12개월 이상 환자보다 재원기간이 길었다(5 vs. 4 days, P<0.05). RH군의 경우 24례(88.9%)가 하기도 감염이었고, 산소치료는 2례(7.4%)에서 있었다. RH군은 R군 및 H군과 비교하여 재원기간, 산소치료 및 기계 호흡의 비율에 차이가 없어, 동시 감염과 단독 감염의 유의한 중증도 차이는 없는 것으로 나타났다. 결론: RSV는 hRV보다 더 어린 연령에서 잘 이환되고 하기도 감염의 비율이 높았다. 동시 감염된 환자의 임상증상은 RSV 감염의 특성이 보다 반영되었고, 단독 감염에 비해 중증도에 차이는 없었다.

• Pediatric Infection and Vaccine
• /
• 제26권1호
• /
• pp.22-31
• /
• 2019

목적: 캄필로박터 장염은 박테리아 장염의 흔한 원인 중 하나로 알려져 있다. 그러나 국내에서 소아에서의 캄필로박터 장염의 빈도와 임상 양상에 대한 연구는 드물다. 본 연구는 단일 병원 소아청소년과 환자에서 경험한 캄필로박터 장염의 빈도와 임상적 특징을 파악하고자 시행하였다. 방법: 2012년 1월부터 2017년 12월까지 을지대학교 을지병원 소아청소년과에 급성 위장관염으로 방문한 18세 이하 소아환자로부터 대변 검체를 확보하였다. 그 중에서 배양 혹은 polymerase chain reaction을 통해 캄필로박터 장염으로 진단된 환자들의 의무기록을 후향적으로 검토하였다. 결과: 총 123명의 환자가 캄필로박터 장염을 진단받았으며 환자의 나이 중앙값은 12 세(사분위수, 8-16세)이었다. 캄필로박터 장염은 일년 내내 발생했지만 주로 6월과 9월 사이에 86명(69.9%)으로 집중적으로 발생하였다. 증상은 설사(97.6%), 발열(96.7%), 복통(94.3%), 구토(37.4%)와두통(34.1%) 순으로발생하였다. 복부컴퓨터단층촬영은 25.2%의사례에서시행되었다. 다른 치료군과 비교했을 때, azithromycin 3일 요법으로 치료하는 것이 더 짧은 입원 기간과 관련이 있었다 (P<0.05). 결론: 캄필로박터 장염은 청소년기와 여름철에 흔하다. 설사 증상을 보이기 전에 심한 복통과 열이 발생하여 병원에 내원하게 된다. 캄필로박터 장염에 대한 올바른 이해를 수반한다면 적절한 진단과 항생제 사용을 통해 장염의 이환시간을 줄일 수 있을 것으로 보인다.

• 분석과학
• /
• 제21권4호
• /
• pp.338-343
• /
• 2008

발굴된 유골에서 DNA 추출은 DNA신원확인과정에서 매우 중요한 단계이지만 유골에 오염된 미생물 DNA와 사람 DNA가 동시에 추출되는 문제점이 있다. 이를 극복하기 위해 발굴된 10명의 유골 시료를 페놀-ultrafiltration 후 $QIAquick^{(R)}$ PCR Purification Kit (ultrafiltration법)와 $QIAamp^{(R)}$ DNA Mini kit(Column-affinity법)를 적용하여 전체(미생물+사람) DNA정량 및 사람 DNA정량 후 각각 STR마커를 분석하므로서 DNA 분리 효율성을 확인하였다. 회수된 전체 DNA양은 Column-affinity법($19.6ng/{\mu}L$)이 ultrafiltration법($16.0ng/{\mu}L$) 보다 1.2배 더 나은 결과를 보였으나 사람 DNA 정량 결과로는 Column-affinity 법($0.034ng/{\mu}L$) 보다 ultrafiltration법($0.498ng/{\mu}L$)이 14.6배 더 많은 회수율을 나타냈다. 유골에 있던 다량의 미생물 DNA가 사람 DNA와 섞여있을 경우, 사람 DNA가 실리카 친화성 컬럼에 부착되는 것이 미생물 DNA의 영향을 받으나, 필터의 경우는 미생물 DNA의 영향을 받지 않아서 ultrafiltration법이 높은 회수율을 보였다.

• 한국식품영양과학회지
• /
• 제37권10호
• /
• pp.1343-1356
• /
• 2008

18개교 일반 중 고등학교와 1개교 특수학교에서 수거한 식재료 및 조리식품은 비전처리 채소가 38종, 전처리 채소가 13종, 육류 9종, 어패류(냉동 혹은 조미 포함) 3종, 건어물 7종, 반가공 혹은 가공 식재료 20종이었다. 수거한 식재료 중 전처리 야채(8종)에서 대장균군이 $3.4{\sim}4.3\;log\;CFU/g$ 수준으로 검출되었으며, 육류(4종)에서는 대장균군이 $2.2{\sim}4.3\;log\;CFU/g$ 수준으로 검출되었다. 조리식품인 생채와 샐러드에서 "학교급식 위생관리 지침"에서 제시한 대장균 검출 기준치(g당 1,000 CFU이하)를 넘어선 수준의 $2.3{\sim}55\;log\;CFU/g$ 수준의 대장균군이 검출되었고, 가열처리를 거친 조리식품에서도 $1.0{\sim}3.5\;log\;CFU/g$수준으로 대장균군이 검출되었다. 수거한 식재료와 조리식품 중 16종의 식품에서 대장균이 검출되어 식품의약품안전청(8)에서 고시한 "신선편이식품 및 즉석식품의 미생물적 품질기준(대장균, 음성)"에 부적합하였다. 병원성 식중독 세균 중에서 B. cereus는 16종의 비전처리 채소, 2종의 전처리 채소, 3종의 가공식재료, 3종의 비가열조리 식품, 8종의 가열조리식품에서 검출되었으며, 정량검사를 실시한 결과, 당근 $3.6\;log\;CFU/g$, 무우 $2.9\;log\;CFU/g$, 부추 $2.5\;log\;CFU/g$, 건새우 쥐어채볶음 2.3 log CFU/g 수준으로 검출되었다. 용혈성 대장균인 E. coli O157:H7은 가공식품인 탕수육용 냉동돼지고기(k교)에서 검출되었고, API kit를 이용하여 생화학적 방법으로 확인 동정되었다. C. jejuni 는 i교에 공급된 비전처리 채소인 무와 r교의 전처리 채소인 채썬 양배추, f교의 오이채, 당근채에서 검출되었다. V. parahaemolyticus는 g교의 비전처리 채소류인 당근, 피망, 양배추, 깻잎과 전처리 채소인 깐 적양배추, 오이채, 깐 양상추에서 검출되었으며 조리된 식품인 비빔채 소국수에서 검출되었고, e교와 f교에 공급된 전처리 채소인 오이채와 e교에 공급된 가공식품인 냉동 미트볼에서 검출되었다. 이는 식품의약품안전청에서 제시한 '즉석섭취식품', '즉석조리식품', '신선편이식품'에서의 V. parahaemolyticus는 '음성' 검출기준에 적합치 않은 것으로 나타났다. Salmonella spp.는 r교에 공급된 냉동 닭고기에서 1건이 검출되었고 API kit 및 Salmonella 항혈청에 대한 응집반응을 통해 확인 동정하였다.

• Genomics & Informatics
• /
• 제10권2호
• /
• pp.110-116
• /
• 2012

Recent several studies have shown that the genetic variation of SCN5A is related with atrioventricular conduction block (AVB); no study has yet been published in Koreans. Therefore, to determine the AVB-associated genetic variation in Korean patients, we investigated the genetic variation of SCN5A in Korean patients with AVB and compared with normal control subjects. We enrolled 113 patients with AVB and 80 normal controls with no cardiac symptoms. DNA was isolated from the peripheral blood, and all exons (exon 2-exon 28) except the untranslated region and exon-intron boundaries of the SCN5A gene were amplified by multiplex PCR and directly sequenced using an ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer. When a variation was discovered in genomic DNA from AVB patients, we confirmed whether the same variation existed in the control genomic DNA. In the present study, a total of 7 genetic variations were detected in 113 AVB patients. Of the 7 variations, 5 (G87A-A29A, intervening sequence 9-3C>A, A1673G-H558R, G3578A-R1193Q, and T5457C-D1819D) have been reported in previous studies, and 2 (C48G-F16L and G3048A-T1016T) were novel variations that have not been reported. The 2 newly discovered variations were not found in the 80 normal controls. In addition, G298S, G514C, P1008S, G1406R, and D1595N, identified in other ethnic populations, were not detected in this study. We found 2 novel genetic variations in the SCN5A gene in Korean patients with AVB. However, further functional study might be needed.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제14권4호
• /
• pp.2221-2224
• /
• 2013

The glutathione S-transferases (GSTs) are a family of enzymes involved in the detoxification of a wide range of chemicals, including important environmental carcinogens, as well as chemotherapeutic agents. In the present study 294 acute leukemia cases, comprising 152 of acute lymphocytic leukemia (ALL) and 142 of acute myeloid leukemia, and 251 control samples were analyzed for GSTM1 and GSTT1 polymorphisms through multiplex PCR methods. Significantly increased frequencies of GSTM1 null genotype (M0), GSTT1 null genotype (T0) and GST double null genotype (T0M0) were observed in the both ALL and AML cases as compared to controls. When data were analyzed with respect to clinical variables, increased mean levels of WBC, Blast %, LDH and significant reduction in DFS were observed in both ALL and AML cases with T0 genotype. In conclusion, absence of both GST M & GST T might confer increased risk of developing ALL or AML. The absence of GST enzyme might lead to oxidative stress and subsequent DNA damage resulting in genomic instability, a hallmark of acute leukemia. The GST enzyme deficiency might also exert impact on clinical prognosis leading to poorer DFS. Hence GST genotyping can be made mandatory in management of acute leukemia so that more aggressive therapy such as allogenic stem cell transplantation may be planned in the case of patients with a null genotype.