• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제27권10호
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• pp.1411-1416
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• 2014

Gender selection is important in livestock industries; for example, female calves are required in the dairy industry. Sex-sorted semen is commonly used for the production of calves of the desired gender. However, assessment of the sex ratio of the sorted semen is tedious and expensive. In this study, a rapid, cost effective and reliable method for determining the sex ratio was developed using a multiplex real-time polymerase chain reaction (PCR) assay. In this assay, the X and Y chromosome-specific markers, i.e., bovine proteolipid protein (PLP) gene and sex-determining region Y (SRY) were simultaneously quantified in a single tube. The multiplex real-time PCR assay was shown to have high amplification efficiencies (97% to 99%) comparable to the separated-tube simplex real-time PCR assay. The results obtained from both assays were not significantly different (p>0.05). The multiplex assay was validated using reference DNA of known X ratio (10%, 50%, and 90%) as templates. The measured %X in semen samples were the same within 95% confidence intervals as the expected values, i.e., >90% in X-sorted semen, <10% in Y-sorted semen and close to 50% in the unsorted semen. The multiplex real-time PCR assay as shown in this study can thus be used to assess purity of sex-sorted semen.

• 미생물학회지
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• 제49권3호
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• pp.292-296
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• 2013

본 연구는 multiplex real-time PCR을 이용하여 Actinobacillus actinomycetemcomitans, Campylobacter rectus, Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythus, Treponema denticola, Prevotella intermedia 등과 같은 6종의 주요 치주 질환 원인 미생물들을 동시에 검출할 수 있는 분석 방법에 관한 것이다. 4개의 형광 염료를 사용하여 internal control과 함께 3개의 균종씩 나누어 분석하였으며, 분석 대상 균종 간 그리고 다른 종류의 구강 미생물 균종과의 간섭과 교차 반응이 없음을 확인하였다. 본 연구의 multiplex real-time PCR은 타액과 플라그 등의 다양한 샘플에 포함되어 있는 각 미생물들을 정성, 정량적으로 분석할 수 있었으며, 치주염 환자와 건강한 사람들에 대한 비교 분석 결과 분명한 차이를 발견 할 수 있었다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제27권2호
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• pp.95-103
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• 2024

Purpose: Diarrhea is one of the leading causes of mortality in children living in developing countries. The etiology of acute diarrhea in each healthcare center varies depending on place, time, and population. This study aimed to identify pathogen patterns in human immunodeficiency virus (HIV)-infected and non-HIV children suffering from acute diarrhea, using multiplex real time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), in an Indonesian tertiary hospital. Methods: This cross-sectional study was conducted at Dr. Cipto Mangunkusumo National Hospital from March 2019 to April 2020. Results: The study showed that multiplex RT-PCR results were positive in 58.9% of the specimens, with more positive results in HIV-infected children than in non-HIV-infected children (70% vs. 54.7%). Altogether 72 enteropathogens were detected from all specimens. Enteropathogens in non-HIV children with acute diarrhea consisted of bacteria (70.6%) and viruses (29.4%) with a predominance of enteroaggregative Escherichia coli (25.4%), followed by Campylobacter spp. (11.8%), enteropathogenic E. coli (9.8%), Norovirus GII (7.8%), and Clostridium difficile (7.8%). Enteropathogens in HIV-infected children consisted of viruses (57.1%), bacteria (28.6%), and parasites (14.3%) comprising Norovirus GII (24%), Cryptosporidium spp. (14.3%), Campylobacter spp. (14.3%), Norovirus GI (14.3%), and Astrovirus (14.3%). Cryptosporidium spp. was the only parasite found in this study and was found only in HIV-infected children. In non-HIV children with acute diarrhea, most pathogens were invasive bacteria, while in HIV-infected children, more viral and parasite infections occurred, primarily caused by opportunistic pathogens. Conclusion: The pattern of enteropathogens can help clinicians determine further examinations and appropriate empirical antimicrobial therapy for the patient.

• 한국임상수의학회지
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• 제32권2호
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• pp.154-157
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• 2015

개에서 설사를 일으키는 주요 원인이 되는 장내 병원균으로 Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Clostridium spp.가 있다. 이들 세균은 배양으로 검출이 어렵다. 본 실험에서는 Salmonella spp., C. coli, C. jejuni, 그리고 Cl. perfringens를 신속하고 민감하게 검출할 수 있는 방법을 고안하였다. 정상견 71마리와 설사증상이 있는 66마리에서 수집한 분변 시료에서 장내 병원균의 유병률을 알아보고자 하였다. 장내 병원균은 실시간 중합효소 연쇄 반응 분석을 이용하여 검출하였다. 설사변에서 Salmonella spp., C. coli, C. jejuni, Cl. Perfringens는 정상변보다 검출률이 높았다. 개발한 다중실시간 중합효소연쇄반응은 분변시료의 병원균 존재 및 양 또는 기타 고유 서열을 확인하는데 유용하였다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제39권4호
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• pp.595-601
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• 2010

본 연구는 국내 주요 식중독 원인균인 Staphylococcus aureus, Salmonella enterica subsp., Vibrio parahaemolyticus를 동시에 검출 및 동정할 수 있는 simultaneous multiplex PCR방법을 개발하고자 하였다. S. aureus의 23s rRNA 유전자(482 bp), V. Parahaemolyticus의 toxR 유전자(368 bp), S. enterica subsp.의 invA 유전자(284 bp)를 특이적으로 검출 및 동정할 수 있는 3개 primer set 즉, STA-5F/STA-5R, ToxR-F/ToxR-R, 139/141을 구축하였으며, 그 결과 정제되어진 각 식중독 원인균의 genomic DNA를 template로 하여 세 균주 모두 10 pg까지 다중동시검출이 가능하였다. 생균수(CFU)와 상응되는 검출한계 결과로써 $10^1\sim10^2$ CFU/reaction의 검출한계를 보였으며 이는 즉, S. aureus $6.0\times10^4$ CFU/mL, S. enterica subsp. $9.5\times10^4$ CFU/mL, V. parahaemolyticus $6.1\times10^5$ CFU/mL의 검출한계를 나타내었다. 균체회수부터 agarose gel 상에서 검출 및 동정까지 3~4 hr의 시간 소요로 single tube 반응으로 세 식중독 원인균의 다중동시검출이 가능하였다. 또한 추가적인 연구를 통하여 세 식중독 원인균주의 검출을 위한 향상된 민감도를 가지는 multiplex PCR법 및 real time PCR을 이용한 다중동시검출법 개발을 위한 기초자료로서 활용 가능할 것이라 사료된다.

• 한국치위생학회지
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• 제17권1호
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• pp.13-25
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• 2017

Objectives: The purpose of this study was to compare colony forming unit (CFU) method and multiplex real-time polymerase chain reaction (MRT-PCR) method for accurate quantitative analysis of bacteria. Methods: We compared the CFU method and the MRT-PCR method, which are still used in Korea, for Prevotella intermedius (P. intermedius), a periodontal disease pathogen selected by MRT-PCR, and Streptococcus mutans (S. mutans), a dental caries causative organism. The subjects of this study were 30 patients who visited the C dental hospital. Results: Total microorganisms in MRT-PCR method were significantly higher in both types of bacteria (p<0.05), since DNA of dead bacteria was also analyzed. This was because the periodontal dise(-) anaerobes, and even dead bacteria contain large amounts of toxic substances called LPS in the extracellular membrane, and fimbriae and pili, which are motility structures, still remain as a strong toxic substance in periodontal tissue. Conclusions: Therefore, in terms of the total amount of bacteria found, the MRT-PCR method will be a useful technique for searching all the bacteria in the oral cavity including live bacteria, as well as sterilization.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제25권2호
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• pp.91-100
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• 2018

목적: 본 연구는 30일 이상 90일 미만의 발열이 있는 영아에서 경험적 항생제 사용에 미치는 요소를 조사하였다. 방법: 2010년 1월부터 2016년 12월까지 부산대학교 어린이병원에 발열이 있는 이전에 건강했던 영아를 대상으로 임상양상, 검사소견, 항생제 사용에 대해 의무기록을 후향적으로 분석하였다. 호흡기 바이러스는 다중 역전사 중합 연쇄반응검사로 검출하여 1-3일 후 보고되었고, enterovirus는 중합 연쇄반응검사로 검출하여 수시간 만에 보고되었다. 결과: 366명의 대상자 중 129명은 경험적 항생제를 사용하였고 237명은 경험적 항생제를 사용하지 않았다. 입원 전 발열기간이 긴 경우와 호흡기 증상이 있을 때, 아파보일 때, CRP 상승 시 경험적 항생제 사용이 많았다. 경험적 항생제를 사용하지 않은 환자의 재입원율이 낮았다. Enterovirus polymerase chain reaction (PCR)이 검출된 대부분의 환자는 경험적 항생제를 사용하지 않았다. Respiratory virus multiplex reverse transcriptase (RT)-PCR 결과는 경험적 항생제 사용에 차이를 보이지 않았다. 결론: 본 연구에서 respiratory virus multiplex RT-PCR은 항생제 처방에 영향을 주지 않았고 enterovirus PCR은 항생제 처방에 영향을 주었다. Respiratory virus multiplex RT-PCR 결과가 신속하게 보고된다면 항생제 사용에 영향을 줄 것이다.

• 한국임상수의학회지
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• 제32권3호
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• pp.219-223
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• 2015

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP)는 가축 및 야생동물에서 장 내 육아종성 감염증을 유발한다. 이 연구의 목적은 MAP 특이유전자 3개(IS900, F57 및 ISMAP02)의 빠른 검사를 위한 다중 실시간 중합효소연쇄반응기법을 개발하고 평가하는데 있다. 평가 결과 분석 민감도는 IS900이 150 cells/ml, F57이 1500 cells/ml, ISMAP02가 50 cells/ml로 확인되었다. 152개 소 분변시료를 대상으로 실시한 검사 결과 개발한 기법이 기존 검사방법보다 빠르고 적은 비용으로 동시검사가 가능한 것으로 확인되었다. 검사결과의 일치도는 94%로 나타났다. 불일치 결과는 개발한 기법이 양성으로 확인하였으나, 기존 검사에서는 음성으로 나타난 것 때문으로 확인되어, 개발한 기법이 더 높은 민감도를 갖는 것으로 나타났다. 개발한 다중 실시간 중합효소연쇄반응기법은 가축 및 야생동물에서 파라결핵 또는 요네병의 조사를 위한 빠르고 정확한 검사기법이 될 것이다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권10호
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• pp.4153-4158
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• 2014

Background: This study was aimed to establish a novel method to simultaneously detect expression of four genes, ribonucleotide reductase subunit M1(RRM1), X-ray repair cross-complementing gene 1 (XRCC1), thymidylate synthase (TS) and class III ${\beta}$-tubulin (TUBB3), and to assess their application in the clinic for prediction of response of non-small cell lung cancer (NSCLC) to chemoradiotherapy. Materials and Methods: We have designed four gene molecular beacon (MB) probes for multiplex quantitative real-time polymerase chain reactions to examine RRM1, XRCC1, TUBB3 and TS mRNA expression in paraffin-embedded specimens from 50 patients with advanced or metastatic carcinomas. Twenty one NSCLC patients receiving cisplatin-based first-line treatment were analyzed. Results: These molecular beacon probes could specially bind to their target genes in homogeneous solutions. Patients with low RRM1 and XRCC1 mRNA levels were found to have apparently higher response rates to chemoradiotherapy compared with those with high levels of RRM1 and XRCC1 expression (p<0.05). The TS gene expression level was not significantly associated with chemotherapy response (p>0.05). Conclusions: A method of simultaneously detecting four molecular markers was successfully established and applied for evaluation of chemoradiotherapy response. It may be a useful tool in personalized cancer therapy.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권1호
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• pp.123-126
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• 2023

The prevalence of candidiasis, a contagious disease with high morbidity and mortality, has sharply increased globally over the last two decades. Candida albicans can cause serious infections in patients with weak immunity and in recipients of prolonged antibiotic treatment. Consequently, rapid and accurate identification of species can play an important role in the treatment of candidiasis. Here, we investigated the positive rate and infection trend of C. albicans according to age, specimen type, and sex using multiplex real-time polymerase chain reaction-based testing of samples collected for the diagnosis of sexually transmitted diseases in Korea between 2018 and 2020. When the type of specimen collected was a swab, the positive rate of C. albicans was higher among younger women, and tended to decrease with age. Analysis of swab samples revealed higher positive rates than urinalysis. The reduction trend in positive rates by age was comparable between the overall samples and urine specimens. Among male patients, the positive rate did not differ substantially across the various types of specimens collected. Previous studies have shown a higher prevalence of non-albicans Candida species than C. albicans in clinical specimens, and exclusion of the former from our analysis may be a limitation of this study. However, our findings contribute significantly to the literature because globally, there is a paucity of epidemiological studies using molecular techniques to detect C. albicans in sexually transmitted disease test samples.