We present an updated version of the multilayer spectral inversion (MLSI) recently proposed as a technique to infer the physical parameters of plasmas in the solar chromosphere from a strong absorption line. In the original MLSI, the absorption profile was constant over each layer of the chromosphere, whereas the source function was allowed to vary with optical depth. In our updated MLSI, the absorption profile is allowed to vary with optical depth in each layer and kept continuous at the interface of two adjacent layers. We also propose a new set of physical requirements for the parameters useful in the constrained model fitting. We apply this updated MLSI to two sets of Hα and Ca II line spectral data taken by the Fast Imaging Solar Spectrograph (FISS) from a quiet region and an active region, respectively. We find that the new version of the MLSI satisfactorily fits most of the observed line profiles of various features, including a network feature, an internetwork feature, a mottle feature in a quiet region, and a plage feature, a superpenumbral fibril, an umbral feature, and a fast downflow feature in an active region. The MLSI can also yield physically reasonable estimates of hydrogen temperature and nonthermal speed as well as Doppler velocities at different atmospheric levels. We conclude that the MLSI is a very useful tool to analyze the Hα line and the Ca II 8542 line spectral daya, and will promote the investigation of physical processes occurring in the solar photosphere and chromosphere.
Thunberg fritillary (Fritillaria thunbergii), a perennial used in traditional Chinese herbal medicine, is a members of the family Liliaceae. The degeneration of germplasm is a severe problem in the production of Fritillaria thunbergii var. chekiangensis. However, no information about viral infections of F. thunbergii var. chekiangensis has been reported. In this study, we sequenced the small RNAs of F. thunbergii var. chekiangensis from leaves and bulbs, and viruses were identified using a phylogenetic analysis and BLAST search for sequence. In addition, multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to rapidly detect viruses in this variety. Our study first reported that five viruses infected F. thunbergii var. chekiangensis. Among them, fritillary virus Y (FVY), lily mottle virus (LMoV), Thunberg fritillary mosaic virus (TFMV), and hop yellow virus (HYV) had been reported in F. thunbergii, while apple stem grooving virus was first reported in the genus Fritillaria. A multiplex RT-PCR method was developed to rapidly test the four viruses FVY, LMoV, TFMV, and HYV in F. thunbergii var. chekiangensis. Our results provide a better understanding of the infection of F. thunbergii var. chekiangensis by viruses and a basic reference for the better design of suitable control measures.
Acinetobacter sp. KTB3의 배양여과액으로 제조한 분말 제제 KNF2022의 바이러스 감염억제 효과를 PMMoV 와 N. glutinosa 또는 N. tabacum cv. Xanthi nc를 이용하여 검정한 결과, 증류수 1/100 배양액의 실질 농도 10,000 ppm) 희석농도에서 $94.3{\sim}95.6%$의 높은 감염억제 효과를 나타냈다. 이 1/100 희석농도를 이용하여 PepMoV-C amaranticolor에서 검정한 억제효과는 97.1%, CMV-C amaranticolor 에서는 92.5%의 감염억제를 나타냈다. KNF2022 희석액을 N. glutinosa의 반엽에 도말하고 일정 시간 경과 후 PMMoV를 접종하여 조사한 억제효과의 지속성은 처리 2 일 후까지 약 80% 선에서 억제효과를 나타냈으나, 처리 4 일 후부터는 50% 수준으로 저하되었다. 고추에 KNF2022를 처리한 후 3 종의 바이러스를 접종하고 발현되는 병징을 조사한 결과, 각 바이러스를 단독으로 접종하였을 경우는 바이러스의 종류에 관계없이 접종 후 10 일까지 병징발현이 지연되는 효과를 보였다. 특히 PepMoV를 접종한 경우는 접종 후 30 일까지 병징발현이 억제되어 제제의 처리효과가 뚜렷하게 나타났다. 한편 이들 3 종 바이러스의 복합감염에 대한 KNF2022의 효과는 모든 바이러스 조합에서 단독감염 보다 강하게 발현되어 병징억제의 효과는 뚜렷하게 나타나지 않았다. 제제를 처리한 고추에서 증식된 바이러스의 농도를 PCR 및 ELISA로 검출한 결과, PepMoV를 단독으로 접종한 경우, 접종 후 30 일까지 cDNA가 검출되지 않았다. RT-PCR 검정에서 억제효과가 인정된 PepMoV와 그 복합감염 의 조합에 대해서 ELISA 검정을 실시한 결과, PCR 검정에서 얻어진 결과와 유사한 패턴을 보여 PepMoV에 대한 감염억제효과가 뚜렷하게 인정되었다. KNF2022를 처리하여 전자현미경으로 관찰한 PMMoV와 PepMoV는 처리 5 분 후에 각각 200-250 nm 및 400-600 nm의 길이로 절단된 입자가 많이 관찰되었고, 처리 30 분 후에는 대부분 100-150nm와 300-500 nm의 절편입자로 관찰되었다. 이와 같이 절단된 입자가 증가할수록 N. tabacum cv. Xanthi nc 와 C. amaranticolor에서 나타난 병반수는 급격하게 감소되었다. 한편 KNF2022를 처리한 후 전자현미경을 관찰한 CMV의 바이러스 입자는 처리시간에 비례하여 파괴된 입자의 수가 증가하였으며, 파괴된 바이러스입자가 증가할수록 C. amaranticolor에서의 병반수도 감소되었다.
본 연구는 콩 바이러스병 관리대책 수립을 위하여 생육 초기에 발생하는 바이러스병의 감염실태를 조사하였다. 국립식량과학원 육종포장에서 파종 후 약 3-4주 된 콩 이상증상 시료 83점을 채집하였다. 채집한 시료의 감염 바이러스 진단은 12종 바이러스의 RT-PCR 진단과 전체 시료에 대한 메타전사체 분석을 통하여 수행하였다. 1. 포장에서 바이러스병 발병율은 전체적으로 1% 미만으로 조사되었으며 일부 품종 및 라인에서는 최대 50%까지 나타내었다. 2. RT-PCR 진단과 메타전사체 분석 결과 SYMMV, SMV, SYCMV, PSV, SGVA가 검출되었다. 3. 검출된 바이러스 중에서 SYMMV와 SMV는 각각 검출율이 53.7%, 42.6%로 나타내어 콩 생육초기에 발생하는 주요 바이러스로 확인되었다. 4. SYMMV에 감염된 콩은 전형적인 모자이크 증상을 나타내었으며, SMV에 감염된 콩은 모자이크, 얼룩, 위축, 퇴록반점과 같이 다양한 증상을 나타내었다. 5. 바이러스 전염 특성을 고려할 때 SMV는 주로 종자전염을 통하여 발생한 것으로 판단되며, SYMMV는 종자전염과 함께 충매전염 및 토양전염의 가능성이 복합적으로 고려되어야 할 것으로 판단된다. 6. SGVA는 본 연구를 통하여 콩 생육초기 포장에서 검출되었으며, 생육초기 이후 발생실태 및 콩에 미치는 영향에 관한 연구가 신속히 수행되어야 할 것이다.
본 연구는 국내 대추나무 바이러스 감염실태를 구명하기 위하여 시험포장 및 농가포장에서 다양한 이상증상을 나타내는 시료 61점을 채집하였다. 이후 채집한 시료는 메타전사체 분석, reverse transcription polymerase chain reac tion 진단, 염기서열 분석에 사용하였다. 그 결과 국내 대추나무에서는 2종의 DNA 바이러스, jujube associated badnavirus (JuBV), jujube mosaic-associated virus (JuMaV)와 1종의 RNA 바이러스, jujube yellow mottle-associated virus (JYMaV)를 동정하였다. 채집된 모든 시료는 3종 바이러스에 단독 또는 복합감염되어 있음을 확인하였다. 바이러스별 검출은 JuBV 100%, JYMaV 90.2%, JuMaV 8.2%로 나타났다. 3종 바이러스의 감염조합은 JuBV 단독감염 9.8%, JuBV+JYMaV 2종 복합감염 82.0%, JuBV+JYMaV+JuMaV 3종 복합감염 8.2%로 나타났다. 국내 대추나무에서 검출된 3종 바이러스의 염기서열 분석결과 중국에서 보고된 각각의 바이러스 분리주와 매우 높은 상동성을 나타내었다. 본 논문은 대추나무 바이러스 무병묘 생산을 위한 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 기대되며, 국내 대추나무에서 바이러스 감염실태와 JuBV와 JuMaV에 대한 첫 보고이다.
In this study, ${\beta}$-carotene concentrations was determined in soybean cultivar according to seed size, usage, seed coat color and cotyledon color as well as the process of seed germination. The total average concentration of ${\beta}$-carotene was $6.6{\mu}g/g$ in soybean seed, $33.3{\mu}g/g$ in soybean sprout. According to seed size, the total ${\beta}$-carotene concentration of soybean was $6.9{\mu}g/g$ in large soybean seed, $6.7{\mu}g/g$ in medium soybean seed, and $6.31{\mu}g/g$ in small soybean seed. In soybean sprout, the total ${\beta}$-carotene concentration was $21.4{\mu}g/g$ in large soybean sprout, $30.5{\mu}g/g$ in medium soybean sprout, and $43.5{\mu}g/g$ in small soybean sprout. According to the utilization of seed, the total ${\beta}$-carotene concentration of soybean seed was $7.2{\mu}g/g$ in cooked with rice soybean seed, $6.1{\mu}g/g$ in paste and curd soybean seed, and $6.3{\mu}g/g$ in sprout soybean seed. In soybean sprout, the total ${\beta}$-carotene concentration was $25.9{\mu}g/g$ in cooked with rice soybean sprout, $32.4{\mu}g/g$ in paste and curd soybean sprout, and $41.9{\mu}g/g$ in sprout soybean sprout. When comparison with seed coat color, the total ${\beta}$-carotene concentration of soybean with brown seed coat ($8.8{\mu}g/g$) was slightly higher than those of soybean with yellow ($6.1{\mu}g/g$). In soybean sprout, the total ${\beta}$-carotene concentration was $21.8{\mu}g/g$ in black seed coat sprout, $38.7{\mu}g/g$ in brown seed coat sprout, $34.1{\mu}g/g$ in green seed coat sprout, $39.5{\mu}g/g$ in yellow seed coat sprout, and $30.5{\mu}g/g$ in mottle seed coat sprout. The results of this study suggested the functional characteristics of soybean through quantitative analysis of ${\beta}$-carotene.
Kim, Jaedeok;Yang, Jung wook;Kwak, Hae-Ryun;Kim, Mi-Kyeong;Seo, Jang-Kyun;Chung, Mi-Nam;Lee, Hyeong-un;Lee, Kyeong-Bo;Nam, Sang Sik;Kim, Chang-Seok;Lee, Gwan-Seok;Kim, Jeong-Soo;Lee, Sukchan;Choi, Hong-Soo
The Plant Pathology Journal
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제33권5호
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pp.467-477
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2017
A nationwide survey was performed to investigate the current incidence of viral diseases in Korean sweet potatoes for germplasm and growing fields from 2011 to 2014. A total of 83.8% of the germplasm in Korea was infected with viruses in 2011. Commercial cultivars that were used to supply growing fields were infected at a rate of 62.1% in 2012. Among surveyed viruses, the incidence of five Potyvirus species that infect sweet potato decreased between 2012 and 2013, and then increased again in 2014. Representatively, the incidence of Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV) was 87.0% in 2012, 20.7% in 2013 and then increased to 35.3% in 2014. Unlike RNA viruses, DNA viruses were shown to decrease continuously. The incidence of Sweet potato leaf curl virus (SPLCV) was 5.5% in 2003, 59.5% in 2011, and 47.4% in 2012. It then decreased continuously year by year to 33.2% in 2013, and then 25.6% in 2014. While the infection rate of each virus species showed a tendency to decline, the virus infection status was more variable in 2013 and 2014. Nevertheless, the high rate of single infections and mixed infection combinations were more variable than the survey results from 2012. As shown in the results from 2013, the most prevalent virus infection was a single infection at 27.6%, with the highest rate of infection belonging to sweet potato symptomless virus-1 (SPSMV-1) (12.9%). Compared to 2013, infection combinations were more varied in 2014, with a total of 122 kinds of mixed infection.
The Upo wetland, the largest natural wetland in Korea, is located in Changnyeong-gun, Gyeongsannam Province ($35^{\circ}33'$ N, $128^{\circ}25'$ E), and 70 km upstream from the Nakdong River estuary. Unlike most other Korean wetlands that have been destroyed under the name of economic development, the Upo wetland has been able to preserve its precious ecosystem throughout the years. Thanks to increased public awareness about natural wetlands and environmental conservation, the Korean Ministry of Environment designated the Upo wetland an 'Ecological Conservation Area' on July 26th, 1997. On March 2nd of the following year, the Upo wetland (8.54 $\textrm{km}^2$) was designated a 'Protected Wetland' in accordance with the international Ramsar Treaty. A 4.49m long (from 9.73 to 5.24 m in altitude) UP-1 core ($35^{\circ}33'05"N$, $128^{\circ}25'17"E$), recovered in the marginal part of the Upo wetland, is divided into eight buried paleosol units of different ages on the basis of the abundance of color mottles and vertical color variations (Aslan et al., 1998). Radiocarbon datings suggested that the paleosol profile represent the last 5700 years. The entire section of the core was more or less subjected to pedogenetic processes, and shows very weak to moderate soil profile development. These Holocene paleosols are therefore regarded as synsedimentary soils of deluvium (deposits formed by floods) origin (Sycheva et al., 2003). Unit 1 to 5 paleosols are generally silt-rich and exhibit moderate profile development. The boundaries between the units are somewhat distinguishable, but not so clear cut. This is due to variable repeated combination of accumulation, denudation and soil forming processes within various periods. Mottle textures gradually decrease in abundance with increasing clay content in Unit 6, which results in weak profile development. The lower boundary of Unit 6 lies around about 2000 yrBP, the beginning of Subatlantic in Korea (Kim et al., 2001). Abrupt sediment textural change is detected in Unit 7, which is interpreted to indicate the human activities on the Upo wetland. Unit 8 represents the recent soil forming processes. The preliminary results of this ongoing study imply the primary factor for pedogenetic processes is the water table fluctuations related to the sedimentary textures like grain size distributions, and the geomorphological stability of the Upo wetland.o wetland.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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