• 한국식품위생안전성학회지
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• 제33권4호
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• pp.280-288
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• 2018

본 연구는 국내에서 생산되거나 해외에서 수입되어 국내에서 유통되는 수산물 중에서 두족류를 문어류, 낙지류, 오징어류, 주꾸미류, 꼴뚜기류의 5개 그룹으로 구분하여 분석하였다. 두족류 5개 그룹을 판별을 하기 위해 미토콘드리아에 존재하는 유전자를 분석하였고, 그 중에서 COI (mitochondrial cytochrome C oxidase subunit I), 16s rRNA (16s ribosomal RNA), 12s rRNA (12s ribosomal RNA) 내에서 상당히 유사한 DNA 서열 부분과 일부 서열 변화 부분이 확인되었다. 명확하게 두족류 5개 그룹 판별을 하기 위해 COI, 16s rRNA, 12s rRNA 유전자의 일부 서열 변화 부분에서 그룹 특이적 프라이머 세트를 디자인하였다. 국내 외에서 확보한 두족류 시료(참문어, 낙지, 살오징어, 아메리카 대왕오징어, 갑오징어, 주꾸미, 모래주꾸미, 하이야주꾸미, 참꼴뚜기, 창꼴뚜기, 한치꼴뚜기)의 genomic DNA을 추출하여 각 그룹의 특이적 프라이머를 이용하여 SYBR 기반의 real-time PCR 시스템에 의해 분석되었고, threshold cycle (Ct) value와 같은 real-time PCR 결과 분석에 의해 두족류 내 그룹 판별이 가능하였다(Table 3).

• 한국양식학회지
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• 제10권4호
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• pp.403-407
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• 1997

Intraspecific sequence variation was detected by polymerase chain reaction (PCR) and direct sequencing of a 350-nucleotide region of the mitochondrial 12S rRNA gene of two natural populations (Han River and Nakdong River) and one hatchery stock (Jinhae Inland Fisheries Institute) of local strain common carp, one Israeli strain of common carp stock from Pukyong National University (PKU), and one hybrid between Israeli strain of common carp female and local strain common carp male from PKU stock. There is little variation in 350 bases of the mitochondrial 12S rRNA gene sequences among 2 natural and 1 hatchery local strain common carp populatins, representing abut 7 to 20 nucleotide differences (less than 6%). The sequence of specimens from Han River was more similar to that from Nakdong River (identity=98.0%) than to that from Jinhae Inland Fisheries Institute (identity=96.3%). Sequence variation between Israeli strain and wild local strain common carp was higher than the variation within natural stocks. The level of variation was ranged from 15.7 to 17.7%. The hybrid showed very similar nucleotide4 sequence of 12S rRNA gene to the sequence of Israeli strain with the identity of 98.9%.

• Animal cells and systems
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• 제3권3호
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• pp.295-301
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• 1999

The nucleotide sequence of a 447 base pair fragment in the mitochondrial cytochrome b gene and the complete sequence of the mitochondrial 12S ribosomal RNA gene, 938 bp, were analyzed to infer inter- and intraspecific genetic relationships of Hyla japonica and H. suweonensis from Korea and H, japonica from Japan. In the mitochondrial cytochrome b gene, genetic differentiation among H. japonica populations were 9.62% and 15.66% between H. japonica and H. suweonensis. Based on the Tamura-Nei distance, the level of sequence divergence ranged from 0.45% to 2.75% within Korean H. japonica, while 8.31%-8.87% between Korean and Japanese H. japonica and 11.51%-12.46% between H. japonica and H. suweonensis. In the neigh-bor-joining tree, Korean populations of H. japonica were clustered first at 2.22% and followed by Japanese H. japonica and H. suweonensis at 8.51% and 12.29%, respectively. In mitochondrial 12S rRNA gene, genetic differentiation between H. japonica and H. suweonensis nras 7.17% (68 bp) including 7 gaps. Based on Tamura-Nei distance, the level of sequence divergence ranged 3.53% between Korean and Japanese H. japonica and from 4.93% to 5.41% between H. japonica and H. suweonensis. Phenogram pattern of the 12S rRNA gene sequence corresponded with that of the mitochondrial cytochrome b gene.

• Animal cells and systems
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• 제2권4호
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• pp.529-538
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• 1998

In order to analyze the intracellu1ar localization of specific RNA components of ribonucleoproteins (RNP) in Xenopus oocytes, a modified protocol of whole-mount in situ Hybridization is presented in this paper, Mitochondria specific 12S rRNA probe was used to detect the amplification and distribution of mitochondria in various stages of the oocyte life cycle, and the results were found to be consistent with previously known distribution of mitochondria. The results with other specific probes (U1 and U3 small nuclear RNAs, and 5S RNA) also indicate that this procedure is generally effective in localizing RNAs in RNP complexes even inside organelles. In addition, the RNA component of RNase MRP, the RNP with endoribo-nuclease activity, localize to the nucleus in various stages of the oocyte life cycle. Some of MRP RNA, however, were found to be localized to the special population of mitochondria near the nucleus, especially in the active stage of mitochondrial amplification. It suggests dual localization of RNase MRP in the nucleus and mitochondria, which is consistent with the proposed roles of RNase MRP in mitochondrial DNA replication and in rRNA processing in the nucleolus.

• 한국양식학회지
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• 제6권3호
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• pp.221-233
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• 1993

범가자미, Verasper variegatus에 대한 유전학적 동정을 위하여 세포 크기, DNA함량, 염색체수 및 핵형분석 등의 세포유전학적 조사와 PCR 기법을 이용한 mtDNA 125 ribosomal RNA gene의 분석을 실시하였다. 본 종의 적혈구와 핵의 평균 부피는 각각 $211.10{\mu}m^3$와 $23.03{\mu}m^3$였으며, haploid DNA content는 0.79 pg/cell로서 잉어의 $46.5\%$, 포유류의 $22.6\%$로 나타났다. 염색체 수는 46개로 모두 acrocentric 염색체로 구성되어 있었으며, heteromorphic한 성 염색체는 관찰되지 않았다. PCR 기법을 이용하여 증폭된 범가자미 mtDNA의 12S rRNA gene segment는 대략 390bp로 나타났고, 12S rRNA gene의 PCR product를 제한 효소로 처리 결과, Ava I, Mae II, Sma I, Xba I는 1개의 restriction site가, Mae I는 2개의 restriction site가 관찰되었다. 범가자미 mtDNA의 12S rRNA gene segment의 염기 서열을 인간과 차넬메기와 비교한 결과, identity가 차넬메기 와는 $81.8\%$, 인간과는 $67.7\%$였다.

• 한국어류학회지
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• 제25권3호
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• pp.149-156
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• 2013

우리나라 망둑어과 어류 중 말뚝망둥어아과에 속하며 형태학적으로 흡사한 짱뚱어 (B. pectinirostris)와 남방짱뚱어(S. gigas)를 대상으로 12S rRNA, 16S rRNA 및 mitochondria cytochrome b 유전자의 염기서열 분석을 통해, 종내 및 종간의 분자유전학적 특성을 파악하고자 하였다. 짱뚱어 종내 개체간 유전적 차이를 밝히기 위해 mitochondria내에 3가지 유전자를 분석한 결과, 순천지역과 군산지역간의 염기서열은 12S rRNA는 총 434 bp (base pair)의 염기서열을 얻었으며 이를 비교 분석한 결과, 순천지역과 군산지역의 집단 간에는 100% 동일한 염기서열을 보였고, 16S rRNA 유전자는 총 484 bp의 염기서열 중 99.6%의 차이로 단지 2 bp가 치환된 것으로 나타났고, mitochondria cytochrome b 유전자의 경우, 444 bp의 염기서열을 얻었으며 두 지역 간 염기서열은 100%의 일치도를 보였다. 한국산 짱뚱어를 대상으로 한 동일한 종내에서 서식지 (서해, 남해)에 따른 유전적 차이나 지리적 거리의 차이가 있을 것으로 예상하였으나 이상의 3가지 유전자를 비교해 본 결과를 종합해 보면, 종내 개체 변이와 지역별 변이는 일어나지 않은 것으로 밝혀졌다. 또한 짱뚱어와 남방짱뚱어 2종간 비교 (inter-species)에서는 순천지역 짱뚱어와 해남지역 남방짱뚱어를 12S rRNA 유전자와 16S rRNA 유전자 및 mitochondria cytochrome b 유전자 염기서열을 비교 분석한 결과, 각각 96.1% (17 bp), 94.0 (29 bp), 그리고 82.9% (76 bp)로 나타나 두 종의 유전학적 차이는 크게 나타났다. 따라서 본 연구에서 나타난 짱뚱어와 남방짱뚱어 두 종간에 3.9~17.1%를 보여 서로 다른 종으로 볼 수 있을 것으로 사료되었다.

• 한국어류학회지
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• 제32권4호
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• pp.239-244
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• 2020

마이크로네시아의 축 주변해에서 채집한 치어(체장 7.8 mm)의 형태적 특징은 체장과 지느러미의 발달단계를 제외하면 Omosudis sp.와 매우 유사하였다. 이 표본을 12S rRNA 마커를 이용하여 홍메치목의 Omosudis lowii로 동정하였다. 분자마커로 동정된 Omosudis lowii 치어의 형태적 특징은 이 종의 자치어 동정에 매우 유용할 것이다.

• 한국동물위생학회지
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• 제34권4호
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• pp.417-428
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• 2011

Species-specific PCR assay was developed for detection of cattle, sheep, goat, horse, dog, pig, chicken, duck, goose, and turkey using mitochondrial 12S rRNA and 16S rRNA as target genes. Also, an internal positive control was used to detect possible false negatives by using 18S rRNA gene. We designed species-specific primers with amplicon length of 190, 219, 350, 467, 241, 119, 171, 229, 111 and 268 bp for cattle, sheep, goat, horse, dog, pig, chicken, duck, goose, and turkey respectively. The specificity of the primers was tested against the other 10 non-target animal species and a cross-reaction was not observed. We developed two multiplex PCR assays for the simultaneous identification of Korea's major livestock species (cattle, pig, chicken and duck) and poultry species (chicken, duck, goose and turkey) from analogous samples, retaining the same specificity. The limit of detection of the multiplex PCR assay (cattle, pig, chicken and duck) ranged between 1 pg and 0.1 pg of template DNA extracts from raw meat. Applying multiplex PCR assays to DNA extracts from experimental pork/beef and pork/chicken tested raw and heat-treated ($120^{\circ}C$ for 30 min) mixtures respectively, detection limit was 0.1% level beef in pork, pork in beef and chicken in pork and 1.0% level pork in chicken. In conclusion, this assay using gel-based capillary electrophoresis would be very useful in highly sensitive and rapid identification of animal species or ingredients in minced meat and other meat products.

• 한국응용곤충학회지
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• 제37권1호
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• pp.23-30
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• 1998

DNA의 제한요소단편 다형현상(RFLP)이 유전변이 연구에 널리 이용되고 있다. 본 연구는 파밤나방(Spodoptera exigua(H bner)) 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 RFLP방법을 개발하기 위해 게놈 크기 측정 및 PCR primer들을 선발하였다. 파밤나방의 mtDNA 전체크기는 약 16kb였다. 대부분 곤충 mtDNA에 적합하게 구성된 (Simon et al., 1994)29개 promer들중 21개가 파밤나방의 mtDNA증폭에 적합했다. 이들 primer들을 이용하여 여러 유전자 영역(CO-I, CO-II, Cyt-B, ND-1, 12S rRNA, 16S rRNA 및 일부 tRNA)의 일분 또는 전체를 포함하는 유전자 절편을 증폭시켰다. 일반적으로 다형을 보이는 primer조합을 중심으로 4염기 제한부위를 인식하는 8종의 제한 효소를 통해 분석된 PCR-RFLP는 서로 다은 지역(안동, 경산, 순천) 집단들간에 제한부위에 있어서 차이가 없었으나 일부 영역에서는 길이 차이를 보여 유용한 유전지표로서의 가능성을 제시했다.

• 한국수산과학회지
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• 제33권2호
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• pp.103-109
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• 2000

열목어를 비롯한 산천어, 시마연어, 연어, 무지개송어 등 우리나라 연어아과 어류의 집단구조분석을 위한 기초자료를 얻기 위하여, 미토콘드리아 ribosomal RMA 유전자 영역의 염기서열변이를 비교${\cdot}$분석하였다. 미토콘드리아 DNA의 125 rRNA(945 bases, 열목어 의 경우 946 bases), Valine transfer RNA (72 bases), 및 16S rRNA(1513 bases) 등 3개의 유전자 영역에 걸쳐, 최대 2531 bases의 염기서열을 PCR/direct sequencing하여 얻었는데, 모든 염기변이중 전이가 월등히 우세하게 나타났으며, 종내${\cdot}$종간변이율은 모두 $0.5{\%}$이하로 낮게 나타나, 다른 영역에 비해 rRNA 유전자 영역에서의 염기서열이 매우 보존적임을 보여주었다. 또한, 미토콘드리아 rRNA 유전자 염기서열은 연어류의 속 (genus)단계 이상에서 집단분류표지인자로 유용하게 쓰일 수 있으리라 사료되어진다. 미토콘드리아 rRNA 염기서열자료를 기초로 구성된 phylogenetic tree를 통해 이들 종간의 진화적인 유연관계를 살펴본 결과, 시마연어가 무지개송어보다는 연어와 더 근연인 것으로 나타났으며, 열목어는 가장 유연이 먼 종임을 확인할 수 있었다.