The death toll of Colorectal Carcinoma in Korea was 1,826 and 7,721 in the years 1992 and 2011, respectively. This rate of increase was shown to be more than 4.23 times higher than that of any other form of cancer. Therefore, Colorectal Carcinoma requires various diagnostic methods, and Microsatellite Instability (MSI) was applied as a new diagnostic tool. From this study with several microsatellite markers, only marker #13 was detected and observed D13S160 13% (4/30), D13S292 13% (4/30), D13S153 10% (3/30) in order. From the results of amplication with microsatellite marker, D13S292 37% (11/30), D13S153 33% (10/30), D13S160 33% (10/30) in order were shown. The appearance of a genetic mutation, which depends on the loci of Colorectal Carcinoma, was shown amplication from rectal cancer (3.77) which was higher than that of right Colorectal Carcinoma (2.08) (p<0.018). The genetic mutation with lymph node (4.13) appeared higher than normal (1.93) (p<0.001). There were no great differences in the genetic mutation dependent on disease, histological classification and increased group of serum CEA. Accordingly, it is suggested that the correct primers, which can evaluate MSI well from colorectal carcinoma, should be chosen and that MSI be considered a good prognosis and quality control tool.
Communications for Statistical Applications and Methods
/
제11권3호
/
pp.657-668
/
2004
Permutation test has been applied for the QTL(quantitative trait loci) analysis and we selected a major locus. K -means clustering analysis, for the major DNA Marker mining of ILSTS035 microsatellite loci in Hanwoo chromosome 6, has been described. Finally, bootstrap testing method has been adapted to calculate confidence intervals and for finding major DNA Markers.
꽃게(Portunus trituberculatus)는 세계적으로 넓게 분포하는 갑각류로 모래나 돌멩이가 있는 해저에 서식한다. 본 연구는 서해의 4개 지점(영광, 태안, 소래, 연평도)에서 채집된 P. trituberculatus 281 개체에 대해 10 종류 microsatellite 좌위의 유전적 다형성을 조사하였다. 좌위당 대립유전자 수는 50-129개로 평균 69.5개였으며, 관측 및 예상 이형접합도는 각각 0.111-1.000 및 0.609-0.979 범위에 있었다. 좌위별 근친계수((Fis)는 -0.0207에서 0.8175 범위였다. 유전적 분화도(Fst)는 0.05보다 낮게 나타났는데, 이것은 4 꽃게 간의 유전적 분화(genetic differentiation)가 매우 낮은 이루어진 것으로 추정하게 한다. UPGMA을 이용한 계통도 작성에서도 4 그룹 간의 유전적 거리는 매우 가깝다는 결과를 얻을 수 있었다. 매우 높은 다형성과 집단간의 낮은 유전적 분화는 서해안의 꽃게 집단은 활발한 유전적 흐름(gene flow)이 일어나며, 그룹간 지리적 경계가 없음을 제시한다
국내 육성된 보리 품종의 유전적 다양성을 조사하기 위하여 microsatellite marker의 이용 가능성에 대한 연구를 수행하여 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 보리 70품종을 20개의 microsatellite marker를 이용하여 분석하였을 때 대립유전자의 수는 2~9개로 비교적 다양한 분포를 나타내었으며 전체 124개의 대립유전자가 분석되었다. PIC 값은 0.498~0.882 범위에 속하였으며 평균값은 0.734로 나타났다. microsatellite marker를 이용하여 작성된 보리70품종의 품종간 유전적 거리는 0.10~0.91의 범위로 나타났고, 유사도 지수 0.15를 기준으로 할 때 70개 품종은 2조 보리 그룹과 6조 보리 그룹으로 나눌 수 있었으며, 공시 품종 모두 microsatellite marker의 genotype에 의해 뚜렷이 구분되었다. 이 연구결과는 보리의 유전적 다양성 및 품종식별을 위한 기초 자료로 유용하게 이용될 수 있는 것으로 사료된다.
We developed and characterized 36 polymorphic microsatellite markers for the oyster mushroom (Pleurotus ostreatus). In total, 169 alleles were identified with an average of 4.7 alleles per locus. Values for observed ($H_o$) and expected ($H_E$) heterozygosities ranged from 0.027 to 0.946 and from 0.027 to 0.810, respectively. Nineteen loci deviated from Hardy-Weinberg equilibrium. Significant (P<0.05) excess heterozygosity was observed at nine loci. Linkage disequilibrium (LD) was significant (P<0.05) between pairs of locus alleles. Cluster analysis revealed that five species of genus Pleurotus made a distinct group, and the individual cultivars were grouped into major five groups from G-1 to G-5. The diverse cultivars of P. ostreatus were discriminated and the other four species revealed a different section in the UPGMA tree. These microsatellite markers proved to be very useful tools for genetic studies, including assessment of the diversity and population structure of P. ostreatus.
Three buffalo populations viz. Bhadawari, Tarai and local buffaloes of Kerala were genotyped using 24 heterologous polymorphic microsatellite loci. A total of 140 alleles were observed with an average observed heterozygosity of 0.63. All the loci were neutral and 18 out of the 24 loci were in Hardy Weinberg Equilibrium. The $F_{IS}$ values (estimate of inbreeding) for 16 loci in all the three populations were negative. This indicated lack of population structure in the three populations. The effective number of immigrants was 5.88 per generation between the Tarai and Bhadawari populations which was quite high suggesting substantial gene flow. The genetic distances revealed closeness between the Tarai and Bhadawari populations which was expected from geographical contiguity. The FST values were not significantly different from zero showing no population differentiation. The Correspondence Analysis based on the allelic frequency data clustered the majority of the Tarai and Bhadawari individuals as an admixture.
Genetic diversity of 31 rice varieties including 25 japonica and 6 indica varieties was evaluated using a combination of 19 microsatellite or simple sequence repeats (SSRs) and 28 random decamer oligonucle-otide primers. All 19 microsatellite primer sets representing 19 loci in the rice genome showed polymorphisms among the 31 varieties and revealed 91 alleles with an average of 4.80 bands per primer. Also all 28 random decamer primers used were informative and generated 114 non-redundant bands with a mean of 4.07 bands. Microsatellite markers detected higher number of alleles than random primers .although the mean difference was not statistically significant. A cluster analysis based on Nei's genetic distances calculated from the 205 bands resolved the 31 varieties into two major groups that correspond to indica and japonica subspecies, which is consistent with the genealogical information. As few as six random decamer primers or a combination of one microsatellite and four random decamer primers were sufficient to uniquely differentiate all 31 varieties. These combinations would be potentially useful in rice variety protection and identification considering that 25 out of 31 varieties used in this study are japonica rices with high grain quality and have close make up.
고양이의 혈통 등록을 위한 개체식별 및 친자판정을 목적으로 microsatellite DNA다형을 조사한 결과 다음과 같은 성적을 얻었다. 고양이 20두를 대상으로 microsatellite DNA다형의 대립유전자를 조사한 본 연구에서는 관찰된 대립유전자의 수는 $3{\sim}8$개 (평균 5.5개)이며 marker별 대립유전자는 FCA005 142bp (0.3750), FCA026 148 bp (0.5500), FCA075 136 bp (0.5000), FCA105 191 bp (0.4250), FCA224 156 bp (0.7750), FCA229 166 bp (0.6500), FCA240 163 bp (0.3000), FCA293 185 bp (0.5000), FCA453 186 bp (0.5500), FCA651 134 bp (0.6750) 대립유전자가 높은 빈도로 관찰되었다. Expected heterozygosity와 PIC는 각각 $0.390{\sim}0.827$(평균 0.639), $0.357{\sim}0.780$(평균 0.581)으로 나타났고 FCA240의 marker는 PIC value가 0.70 이상이었다. 또한 PE는 $0.076{\sim}0.444$으로서 10개 marker를 조합시 total PE는 0.9441로 관찰되었다. 10개의 microsatellite DNA다형 좌위를 가지고 친자관계를 분석한 결과 8두 중에서 1두(12.50%)가 모순으로 판정되었다. 또한 국내에서 사육중인 고양이의 개체식별 및 친자판정에 microsatellite marker를 활용할 수 있을 것으로 사료된다.
Kim, Mi-Jung;An, Hye-Suck;Hong, Seong-Wan;Park, Jung-Youn
Fisheries and Aquatic Sciences
/
제11권2호
/
pp.82-87
/
2008
Marine fisheries are important natural resources and must be maintained, especially fish species that are important sources of food. Despite the increase in stocking programs to maintain fisheries with artificially raised fish, the genetic impact stocking has on the wild fry population has not been addressed. Genetic variation in rock bream, Oplegnathus fasciatus, within and between wild-caught parents and the $F_1$ generation produced by them in 1 day was assayed using nine highly variable micro satellite markers. The nine micro satellite loci used in this study displayed diverse polymorphisms, and in total, 98 different alleles were observed over all loci. Differences in genetic variability of the $F_1$ offspring compared to their wild-caught parents (brood stock) were observed in terms of allele frequency, gene diversity, and heterozygosity. Although the $F_1$ generation of rock bream was missing 16% of the micro satellite alleles, no significant reduction was found in mean heterozygosity of the $F_1$ population compared to the brood stock. Eight of nine loci showed significant Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) deviations in the $F_1$ population, while the brood stock deviated from HWE at three micro satellite loci (KOF85, KOF360 and KOF374). These deviations showed mostly a deficit of heterozygotes. Our results provide evidence for genetic differences in the $F_1$ hatchery offspring compared to their wild-caught parents and reinforce the need for a series of consecutive egg collections to avoid the loss of genetic variability. This also further underscores the importance of monitoring genetic variability of hatchery populations for the conservation of natural rock bream resources.
The characteristics of allelic polymorphisms of the two (CA)n microsatellite (p599 and ㅅ599) markers spanning the long arm of chromosome 5 were studied in 52 DNA samples from unrelated inhabitants of Seoul (Korea) by using the polymerase chain reaction (PCR) to investigate differences in allele frequencies between Korean and Caucasian populations. The 6 alleles were observed for p599 (CA)n with a polymorphism informative content (PIC) value of 0.71 and 9 alleles for ㅅ599 (CA)n with a PIC value of 0.82. The observed heterozygote frequencies of the loci were estimated to 0.730 and 0.846, respectively. Several allele frequencies of two loci showed significant differences between Korean and Caucasian populations. Genotype data from the two loci were consistent with the Hardy-Weinberg equilibrium by x2 test. Linkage disequilibrium between p599 (CA)n and ㅅ599 (CA)n loci was observed in x2 test between the observed and expected frequency of allelic association. The probability of matching calculated at each locus was 0.104 for p599 (CA)n and 0.043 for ㅅ599 (CA)n, respectively. These results demonstrate the need to determine populationspecific allele frequency distributions for polymorphic markers when performing genetic linkage studies in racially defined several populations.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.