Kim, Kee-Young;Kang, Pil-Don;Ryu, Kang-Sun;Kim, Ki-Hwan;Sung, Gyoo-Byung;Ji, Sang-Deok;Kim, Mi-Ja;Kim, Ik-Soo
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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v.25
no.1
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pp.81-92
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2012
A total of 85 Chinese-origin silkworm strains preserved in Korea were genotyped for eight polymorphic micro-satellite loci. We obtained per-locus number of alleles, ranging from 5 to 14 with an average value of 9.5, perlocus observed heterozygosity, ranging from 0.07 to 0.99, and per-locus polymorphic information content (PIC), ranging from 0.34 to 0.82, indicating that some loci are highly variable. Phylogenetic analysis with the eight concatenated microsatellite loci showed no clustering on the basis of known strain characteristics. A total of 22 strain-specific apomorphic alleles, which discriminate 19 among 85 silkworm strains were obtained from eight loci. These strain-specific alleles, thus, can casually be utilized for the discrimination of applicable strains without any further typing of other loci. Furthermore, a substantial number of homozygote strains, represented by 27 among 76 alleles in eight loci were found. These results collectively suggest that the silkworm microsatellite DNA is actually and potentially important molecular markers for the eventual discrimination of silkworm strains that are preserved as hundreds in Korea.
Journal of the Korean Data and Information Science Society
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v.17
no.4
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pp.1041-1051
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2006
The effectiveness of genetic markers on Hanwoo traceability systems was applied and evaluated from Korean 33 Hanwoo elite sire families. Five microsatellite markers were selected finally, which were located on chromosomes different chromosomes with the end sequencing of 100 HW-YUBAC that were recorded in the NCBI by Yeungnam University. Eleven major microsatellite markers were selected from allele amplified, their frequencies, H(Heterozygosity) and PIC(Polymorphism information content) with Hardy-Weinberg equilibrium. Next, in order to evaluate the power of the markers selected on the individual animal identification with experimental condition, the match probability(MP) and the relatedness coefficient(R) were computed.
Communications for Statistical Applications and Methods
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v.13
no.3
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pp.733-743
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2006
To apply and evaluate the effectiveness of genetic markers on Hanwoo traceability systems, samples of 33 Hanwoo individuals from Korean elite sire families were used, and five microsatellite markers were selected finally, which were located on chromosomes different chromosomes with the end sequencing of 100 HW-YUBAC that were recorded in the NCBI by Yeungnam University. Ten major microsatellite markers were selected from alleles amplified, their frequencies, H(Heterozygosity) and PIC(Polymorphism information content) with Hardy-Weinberg equilibrium. Next, in order to evaluate the power of the markers selected on the individual animal identification, the match probability(MP) and the relatedness coefficient(R) were computed.
Genetic diversity of 21 Korean Phytophthora capsici isolates was analyzed by using several molecular markers such as random amplified polymorphic DNA(RAPD), M-13, microsatellite and random amplified microsatellite sequences(RAMS). The overall average similarity coefficient among the isolates was 86% based on the combined data obtained by the molecular markers. No molecular markers were found to be associated with hosts or geographic regions. In addition to RAPD, analysis based on repeated sequences such as $(GTG)_5$, M-13 and RAMS could be used to assess population structure of P. capsici.
Samples of 33 Hanwoo individuals from Korean elite sire families were used and five microsatellite markers were selected finally, which were located on chromosomes different chromosomes with the end sequencing of 100 HW-YUBAC that were recorded in the NCBI by Yeungnam University. Ten major microsatellite markers were selected from alleles amplified, their frequencies, H(Heterozygosity) and PIC(Polymorphism information content) with Hardy-Weinberg equilibrium. Next, in order to evaluate the Power of the markers selected on the individual animal identification, the match probability(MP) and the relatedness coefficient(R) were computed.
Genomics research has two ultimate applied goals: to Isolate and clone genes of economic importance for bio-technology and gene-assisted selection (GAS), and to locate and use markers for marker-assisted selection (MAS) in selective breeding programs. To this end, we have identified linked markers for feed conversion efficiency growth rate, and disease resistance to enteric septicemia of catfish (ESC). Three microsatellite markers Ip266, Ip384, and Ip607 were identified to be linked to feed conversion efficiency. Similarly one marker each was identified to be linked to growth rate (Ip607) and disease resistance to ESC (Ip477). Ip607 marker linked to both growth rate and feed conversion efficiency, indicating that the QTL for both growth rate and feed conversion efficiency may either be the same or located in the same chromosomal region in the catfish genome. On phenotypic evaluation, certain traits such as growth rate can be accurately evaluated by body weight evaluation while other traits such as disease resistance can be quite complex. The linked DNA markers will be highly useful for MAS programs and for directing further efforts of genomic mapping for important quantitative traits.
Communications for Statistical Applications and Methods
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v.11
no.3
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pp.657-668
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2004
Permutation test has been applied for the QTL(quantitative trait loci) analysis and we selected a major locus. K -means clustering analysis, for the major DNA Marker mining of ILSTS035 microsatellite loci in Hanwoo chromosome 6, has been described. Finally, bootstrap testing method has been adapted to calculate confidence intervals and for finding major DNA Markers.
Background: Lynch Syndrome (LS) is a familial cancer condition caused by germline mutations in DNA mismatch repair genes. Individuals with LS have a greatly increased risk of developing colorectal cancer (CRC) and it is therefore important to identify mutation carriers so they can undergo regular surveillance. Tumor DNA from LS patients characteristically shows microsatellite instability (MSI). Our aim here was to screen young CRC patients for MSI as a first step in the identification of unrecognized cases of LS in the Saudi population. Materials and Methods: Archival tumor tissue was obtained from 284 CRC patients treated at 4 institutes in Dammam and Riyadh between 2006 and 2015 and aged less than 60 years at diagnosis. MSI screening was performed using the BAT-26 microsatellite marker and positive cases confirmed using the pentaplex MSI analysis system. Positive cases were screened for BRAF mutations to exclude sporadic CRC and were evaluated for loss of expression of 4 DNA mismatch repair proteins using immunohistochemistry. Results: MSI was found in 33/284 (11.6%) cases, of which only one showed a BRAF mutation. Saudi MSI cases showed similar instability in the BAT-26 and BAT-25 markers to Australian MSI cases, but significantly lower frequencies of instability in 3 other microsatellite markers. Conclusions: MSI screening of young Saudi CRC patients reveals that approximately 1 in 9 are candidates for LS. Patients with MSI are strongly recommended to undergo genetic counselling and germline mutation testing for LS. Other affected family members can then be identified and offered regular surveillance for early detection of LS-associated cancers.
Microsatellites are short tandem repeated nucleotide sequences that are present throughout the human genome. Variations in the repeat number or a loss of heterozygosity around the microsatellites have been termed a microsatellite alteration (MA). A MA reflects the genetic instability caused by an impairment in the DNA mismatch repair system and is suggested to be a novel tumorigenic mechanism. A number of studies have reported that MA in the DNA extracted from the plasma occurs at varying frequencies among patients with a non-small cell lung carcinoma (NSCLC). The genomic DNA from 9 subjects with a non-small cell lung cancer (squamous cell cancer 6, adenocarcinoma 2, non-small cell lung cancer1) and 9 age matched non-cancer control subjects (AMC: tuberculosis 3, other inflammatory lung disease 6) and 12 normal control subjects (NC) were extracted from the peripheral blood leukocytes and plasma. Three microsatellite loci were amplified with the primers targeting the Gene Bank sequence D21S1245, D3S1300, and D3S1234. MA in the form of an allelic loss or a band shift was examined with 6% polyacrylamide gel electrophoresis and silver staining. None (0/12) of the NC subjects less than 40 years of age showed a MA in any of the three markers, while 88.9%(8/9) of the AMC above 40 showed a MA in at least one of the three markers (p<0.05). Sixty percent(6/10) of the control subjects with a smoking history showed a MA in one of the three markers, while 9.1%(1/11) of the control subjects without smoking history showed a MA (p<0.05). However, not only did 66.7%(6/9) of lung cancer patients show a MA in at least one of the three markers but so did 88.9%(8/21) of the AMC patients (p>0.05). In conclusion, a MA in the D21S1245, D3S1300, and D3S1234 loci using DNA extracted from the plasma was detected in 66.7% of lung cancer while no MA was found in the young non-smoking control subjects. However, many of the non-cancer control subjects (aged smokers) also showed a MA, which compromised the specificity of the MA analysis as a screening test. Therefore, a further study with a larger sample size will be needed.
Muhammad Noorullah;Amina Zuberi;Muhib Zaman;Waqar Younas;Sadam Hussain;Muhammad Kamran
Fisheries and Aquatic Sciences
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v.26
no.12
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pp.752-761
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2023
Genetic diversity serves as the basis for selecting and genetically enhancing any culturable species in aquaculture. Here, two different strains of wild (River Ravi and River Kabul) and six captive-bred strains of Labeo rohita from various provinces were se- lected, and genetic diversity among them was evaluated using three different microsatellite markers, i.e., Lr-28, Lr-29, and Lr-37, and one mitochondrial CO1 (Cytochrome c oxidase subunit 1) gene. Different strains of L. rohita were collected, and part of their caudal fin was cut and preserved in ethanol for DNA extraction and determination of genetic diversity among them. Results in- dicated that selected markers were polymorphic with polymorphic information content (PIC) content values above 0.5 with the highest in Lr-28 followed by Lr-29 and then Lr-37. The observed heterozygosity (Ho) of all strains was higher (Avg: 0.731) but less than the expected heterozygosity (He). Moreover, TMs and WRs showed the highest He, while TKs showed the lowest, He. Over- all, inbreeding coefficient (FIS) values observed for all strains with selected markers were positive. The DNA barcoding with the CO1 gene revealed genetic variation among various strains, as demonstrated by the clades in the phylogenetic tree separating the strains into two distinct clusters that then divided into sub-clusters. In conclusion, TMs showed the highest heterozygosity as compared to other strains. Overall results provide the baseline data for the initiation of the genetic improvement program.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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