Jung K. C.;Lee Y. J.;Yu S. L.;Lee J. H.;Jang B. K.;Koo Y. B.;So H. K.;Choi K. D.
Korean Journal of Poultry Science
/
v.32
no.1
/
pp.23-27
/
2005
The aim of this study was to investigate differentially expressed proteins between normal chicken liver and chicken liver inffeted by Salmonella pullorum. 2-dimensional electrophoresis (2DE) and mass spectrometry (MS) were used to identify the proteins. More than 300 protein spots were detected on silver stained 2DE gels using pH 3$\~$10 gradients. The most outstanding protein spot was further analyzed by MALDI-TOF MS and protein database using the Mascot search engine. The protein was finally identified as APOAI (Apolipoprotein AI). Based on the known function of the APOAI, this gene acts protective action against the accumulation of platelet thrombin at the site of vascular damage for the pullorum disease. Therefore APOAI protein, identified in this study, can be a valuable biomarker in relation to the pullorum disease in chicken.
Zarei, Hemadollah;Fakheri, Barat Ali;Naghavi, Mohammad Reza;Mahdinezhad, Nafiseh
Journal of Plant Biotechnology
/
v.47
no.1
/
pp.15-25
/
2020
Allium L. is one of the largest genera of the Amaryllidaceae family, with more than 920 species including many economically important species used as vegetables, spices, medicines, or ornamental plants. Currently, DNA barcoding tools are being successfully used for the molecular taxonomy of Allium. A total of 46 Allium species were collected from their native areas, and DNA was extracted using the IBRC DNA extraction kit. We used specific primers to PCR amplify matK. DNA sequences were edited and aligned for homology, and a phylogenetic tree was constructed using the neighbor-joining method. The results show thymine (38.5%) was the most frequent and guanine (13.9%) the least frequent nucleotide. The matK regions of the populations were quite highly conserved, and the amount of C and CT was calculated at 0.162 and 0.26, respectively. Analysis of the nucleotide substitution showed C-T (26.22%) and A-G (8.08%) to have the highest and lowest percent, respectively. The natural selection process dN/dS was 1.16, and the naturality test results were -1.5 for Tajima's D and -1.19 for Fu's Fs. The NJ dendrogram generated three distinct clades: the first contained Allium austroiranicum and A. ampeloprasum; the second contained A. iranshahrii, A. bisotunense, and A. cf assadi; and the third contained A. rubellum and other species. In this study, we tested the utility of the matK region as a DNA barcode for discriminating Allium. species.
Large conductance calcium-activated potassium (BK) channels participate in many important physiological functions in excitable tissues such as neurons, cardiac and smooth muscles, whereas the knowledge of BK channels in bone tissues and osteoblasts remains elusive. To investigate the role of BK channels in osteoblasts, we used transcription activator-like effector nuclease (TALEN) to establish a BK knockout cell line on rat ROS17/2.8 osteoblast, and detected the proliferation and mineralization of the BK-knockout cells. Our study found that the BKknockout cells significantly decreased the ability of proliferation and mineralization as osteoblasts, compared to the wild type cells. The overall expression of osteoblast differentiation marker genes in the BK-knockout cells was significantly lower than that in wild type osteoblast cells. The BK-knockout osteoblast cell line in our study displays a phenotype decrease in osteoblast function which can mimic the pathological state of osteoblast and thus provide a working cell line as a tool for study of osteoblast function and bone related diseases.
Metabolic syndrome, including obesity, glucose intolerance and elevated blood pressure, is related to type 2 diabetes and cardiovascular disease. Previous studies have reported the anti-oxidative, anti-inflammatory and anti-diabetic effects of purple corn extract. We investigated the efficacy of purple corn extract (PC) against high-fat diet (HFD)-induced obesity and glucose intolerance, and examined the underlying mechanisms by analyzing expression of proteins and genes involved in glucose regulation and macrophage infiltration. C57BL/6 mice were fed with normal chow diet (ND), or HFD treated with distilled water (DW, control) or PC, for 10 weeks. Although body weights were similar in the HFD-fed groups, we observed a decrease in the liver and epididymal adipose tissue (EAT) weights, and enhanced glucose tolerance test (GTT) results in the PC group, as compared with DW group. Liver showed increased Akt phosphorylation in the PC-treated mice; however, no changes were observed in the EAT, for all groups. In PC-treated mice, decreased macrophage infiltration was seen in the EAT, with a reduced expression of macrophage marker genes. Finally, proinflammatory cytokine gene expressions were decreased by PC in the EAT, and a modest trend for downregulation was observed in the liver. Hence, we conclude that PC may decrease glucose intolerance by increasing the phosphorylation of Akt and reducing the macrophage infiltration into the EAT.
Objective: Transient receptor potential vanilloid subfamily type 1 (TRPV1), a most specific marker of the nociceptive primary afferent, is expressed in peptidergic and non-peptidergic primary afferents innervating skin and viscera. However, its expression in sensory fibers to skeletal muscle is not well known. In this study, we studied the neurochemical characteristics of TRPV1-positive primary afferents to skeletal muscles. Methods: Sprague-Dawley rats were injected with total $20{\mu}l$ of 1% fast blue (FB) into the gastrocnemius and erector spinae muscle and animals were perfused 4 days after injection. FB-positive cells were traced in the L4-L5 (for gastrocnemius muscle) and L2-L4 (for erector spinae muscle) dorsal root ganglia. The neurochemical characteristics of the muscle afferents were studied with multiple immunofluorescence with TRPV1, calcitonin gene-related peptide (CGRP) and $P2X_3$. To identify spinal neurons responding to noxious stimulus to the skeletal muscle, 10% acetic acids were injected into the gastrocnemius and erector spinae muscles and expression of phospho extracellular signal-regulated kinase (pERK) in spinal cords were identified with immunohistochemical method. Results: TRPVl was expressed in about 49% of muscle afferents traced from gastrocnemius and 40% of erector spinae. Sixty-five to 60% of TRPV1-positive muscles afferents also expressed CGRP. In contrast, expression of $P2X_3$ immnoreaction in TRPV1-positive muscle afferents were about 20%. TRPV1-positive primary afferents were contacted with spinal neurons expressing pERK after injection of acetic acid into the muscles. Conclusion: It is consequently suggested that nociception from skeletal muscles are mediated by TRPV1-positive primary afferents and majority of them are also peptidergic.
Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
/
2019.10a
/
pp.43-43
/
2019
The collection, evaluation and conservation of crop germplasm have been treated as one of the basics to breeding program. An understanding of genetic relationships among germplasm resources is vital for future breeding process like yield, quality, and resistance. In the present study, EST-SSR markers were employed to assess the polymorphism and genetic diversity of 192 accessions of Proso millet preserved in the National Agrobiodiversity Center of RDA. We evaluated the efficiency of EST-SSR markers developed for proso millet species. A total of 98 alleles were detected with an average allele number of 4.5 per locus among 192 proso millet millet accessions using 22 EST-SSR markers. The averaged values of gene diversity ($H_E$) and polymorphism information content (PIC) for each EST-SSR marker were 0.362 and 0.404 within populations, respectively. Our results showed the moderate level of the molecular diversity among the proso millet accessions from diverse countries. A phylogenetic tree revealed three major groups of accessions that did not correspond with geographical distribution patterns with a few exceptions. The less correlation between the clusters and their geographic location might be considered due to their type difference. Our study provided a better understanding of genetic relationships among various germplasm collections, and it could contribute to more efficient utilization of valuable genetic resources. The EST-SSR markers developed here will serve as a valuable resource for genetic studies, like linkage mapping, diversity analysis, quantitative trait locus/association mapping, and molecular breeding.
In a previous study, we mapped 12 QTLs for 1,000 grain weight (TGW) in the 172 $BC_2F_2$ lines derived from a cross between Oryza sativa ssp. Japonica cv. Hwaseongbyeo and O. rufipogon. These QTLs explained 5.4 - 11.4% of the phenotypic variance for TGW. Marker-aided selection combined with backcrosses was employed to develop QTL-NILs for each QTL. $BC_2F_2$ lines with each target QTL were backcrossed to Hwaseongbyeo twice and then allowed to self to produce $BC_4F_5$ populations. SSR markers linked to TGW were employed to select QTL-NILs with the respective target QTL. Six QTL-NILs with the recurrent parent, Hwaseongbyeo were evaluated for nine traits for three years from 2007 and 2009. Differences were observed between each of the 6 QTL-NILs and Hwaseongbyeo in TGW. In addition to TGW, these QTL-NILs displayed differences in other agronomic traits possibly indicating a tight linkage of genes controlling these traits. The direction of the QTL for TGW in 6 QTL-NILs was consistent as in the $BC_2F_2$ lines from the same cross. Difference in TGW between each of the QTL-NILs and Hwaseongbyeo was associated with the difference in one or two grain shape traits; grain length, grain width, and grain thickness. SSR markers linked to the QTL for TGW will facilitate selection of the grain shape character in a breeding program to diversify grain shape and provide the foundation for map-based gene isolation. Also, the QTL-NILs developed in this report and the progenies from crosses between the QTL-NILs will be useful in clarifying epistatic interactions among QTLs for TGW.
Self-incompatibility (SI) prevents self-fertilization by inhibiting the pollen tube growth of self-pollen. Molecular analysis has revealed that the S locus comprises a number of genes, such as the S-locus glycoprotein (SLG), the S-locus receptor kinase (SRK), and SP11 (SCR). Although molecular markers related to those genes have been developed, a simple S-haplotype detecting method has not been reported due to the highly polymorphic and relatively small coding regions. In this study, the sequence characterized amplified region (SCAR) markers were used to establish an efficient radish genotyping method. We identified the S-haplotypes of 192 radish accessions using 19 different markers, which proved to be highly reliable. The accessions were assigned to 17 types of S-haplotypes, including 8 types of SRKs and 9 types of SLGs. Since the developed SCAR markers are based on their gene sequences, we could easily identify the S-haplotypes by a single specific band, with the highest frequencies detected for SLG 5, SRK 1, and SLG 1, in order. Among the tested markers, the SLG 1, SRK 1, and SRK 5 markers exhibited high reliability, compared to phenotypic results. Furthermore, we identified the seven types of unreported SLGs using SLG Class -I and -II specific markers. Although the developed SCAR markers still need to be improved for the genotyping of all S-haplotypes, these markers could be helpful for monitoring inbred lines, and for developing the MAS in radish breeding programs.
Asekova, Sovetgul;Kulkarni, Krishnanand P.;Oh, Ki Won;Lee, Myung-Hee;Oh, Eunyoung;Kim, Jung-In;Yeo, Un-Sang;Pae, Suk-Bok;Ha, Tae Joung;Kim, Sung Up
Plant Breeding and Biotechnology
/
v.6
no.4
/
pp.321-336
/
2018
Sesame (Sesamum indicum L.) is an important oilseed crop grown in tropical and subtropical areas. The objective of this study was to investigate the genetic relationships among 129 sesame landraces and cultivars using simple sequence repeat (SSR) markers. Out of 70 SSRs, 23 were found to be informative and produced 157 alleles. The number of alleles per locus ranged from 3 - 14, whereas polymorphic information content ranged from 0.33 - 0.86. A distance-based phylogenetic analysis revealed two major and six minor clusters. The population structure analysis using a Bayesian model-based program in STRUCTURE 2.3.4 divided 129 sesame accessions into three major populations (K = 3). Based on pairwise comparison estimates, Pop1 was observed to be genetically close to Pop2 with $F_{ST}$ value of 0.15, while Pop2 and Pop3 were genetically closest with $F_{ST}$ value of 0.08. Analysis of molecular variance revealed a high percentage of variability among individuals within populations (85.84%) than among the populations (14.16%). Similarly, a high variance was observed among the individuals within the country of origins (90.45%) than between the countries of origins. The grouping of genotypes in clusters was not related to their geographic origin indicating considerable gene flow among sesame genotypes across the selected geographic regions. The SSR markers used in the present study were able to distinguish closely linked sesame genotypes, thereby showing their usefulness in assessing the potentially important source of genetic variation. These markers can be used for future sesame varietal classification, conservation, and other breeding purposes.
Objective: The purpose of this study was to investigate a single step genome-wide association study (ssGWAS) for identifying genomic regions affecting reproductive traits in Landrace and Large White pigs. Methods: The traits included the number of pigs weaned per sow per year (PWSY), the number of litters per sow per year (LSY), pigs weaned per litters (PWL), born alive per litters (BAL), non-productive day (NPD) and wean to conception interval per litters (W2CL). A total of 321 animals (140 Landrace and 181 Large White pigs) were genotyped with the Illumina Porcine SNP 60k BeadChip, containing 61,177 single nucleotide polymorphisms (SNPs), while multiple traits single-step genomic BLUP method was used to calculate variances of 5 SNP windows for 11,048 Landrace and 13,985 Large White data records. Results: The outcome of ssGWAS on the reproductive traits identified twenty-five and twenty-two SNPs associated with reproductive traits in Landrace and Large White, respectively. Three known genes were identified to be candidate genes in Landrace pigs including retinol binding protein 7, and ubiquitination factor E4B genes for PWL, BAL, W2CL, and PWSY and one gene, solute carrier organic anion transporter family member 6A1, for LSY and NPD. Meanwhile, five genes were identified to be candidate genes in Large White, two of which, aldehyde dehydrogenase 1 family member A3 and leucine rich repeat kinase 1, associated with all of six reproduction traits and three genes; retrotransposon Gag like 4, transient receptor potential cation channel subfamily C member 5, and LHFPL tetraspan subfamily member 1 for five traits except W2CL. Conclusion: The genomic regions identified in this study provided a start-up point for marker assisted selection and estimating genomic breeding values for improving reproductive traits in commercial pig populations.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.