• 제목/요약/키워드: MD Simulation

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Adaptive Modulus를 이용한 NM-MMA 적응 등화 알고리즘의 성능 개선 (A Performance Improvement of NM-MMA Adaptive Equalization Algorithm using Adaptive Modulus)

  • 임승각
    • 한국인터넷방송통신학회논문지
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    • 제18권6호
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    • pp.113-119
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    • 2018
  • 본 논문은 NM-MMA (Novel Mixed-Multi Modulus Algorithm) 알고리즘에서 고정 modulus 대신 adaptive modulus를 이용한 적응 등화 성능을 개선시킨 AM-NM-MMA (Adaptive Modulus-NM-MMA)에 관한 것이다. NM-MMA는 MMA의 정상 상태에서 적은 잔여량을 얻는 대신 수렴 속도가 느리며, SE-MMA는 수렴 속도가 빠르지만 잔여량이 증대되는 성능을 절충시키기 위해 등장하였다. 그러나 고정 modulus를 이용하므로 완전 등화 상태에서도 잔여량이 0이 되지 않아 등화 성능이 열화되므로 이를 개선하기 위하여 논문에서는 adaptive modulus를 적용하였으며, 이의 개선된 성능을 시뮬레이션을 통해 확인하였다. 이를 위하여 등화 성능 지수로 등화기 출력 성상도, 잔류 isi, MD, MSE 및 SER 성능을 적용하였다. 컴퓨터 시뮬레이션의 결과 AM-NM-MMA는 NM-MMA보다 등화 출력 신호의 성상도, 잔류 isi, MD, MSE에서 수렴 속도와 잔여량에서는 우월하였으나, SER 성능에서는 열화됨을 확인하였다.

Monte Carlo 모사, 그리고 분자동역학

  • 유동훈;이진호
    • 기계저널
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    • 제44권3호
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    • pp.55-63
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    • 2004
  • 이 글에서는 마이크로와 나노스케일의 해석에 사용하는 수치모사 방법인 직접모사 몬테 카를로 (Direct Simulation Monte Carlo : DSMC)방법과 분자동역학(Molecular Dynamics: MD)과이 관계에 대하여 설명한다.

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인증과 무결성을 위한 비밀키 워터마킹 (A Secret Key Watermarking for Authentication and Integrity)

  • 우찬일;신인철
    • 한국정보처리학회논문지
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    • 제7권11호
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    • pp.3576-3583
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    • 2000
  • 디지털 워터마크는 멀티미디어 콘텐츠에 대한 저작권 보호와 인증의 목적으로 최근에 제안되었다. 워터마킹 기술은 공간 영역이나 주파수 영역에서 영상 내에 워터마킹 구조를 혼합하는 알고리즘으로 구성된다. 본 논문에서는 디지털 영상의 인증과 무결성을 위한 새로운 워터마킹 방법을 제안하였고, 제안된 알고리즘은 MD5 해쉬 함수와 대칭키 암호 알고리즘을 사용하였다. 원 영상에 삽입되는 워터마크의 위치와 픽셀 내의 비트 위치를 결정하기 위하여 비밀키를 MD5 해쉬 함수의 입력으로 사용하였다. 시뮬레이션 결과는 제안하는 알고리즘이 삽입된 워터마크의 위치를 찾기 어려운 장점을 가지며, 워터마크 된 영상의 화질이 Wong의 방법과 비슷하게 유지됨을 보인다.

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산업용 압전 잉크젯 헤드의 구동신호에 따른 특성 (The Effects of Driving Waveform of Piezoelectric Industrial Inkjet Head for Fime Patterns)

  • 김영재;유영석;심원철;박창성;정재우;오용수
    • 대한전기학회:학술대회논문집
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    • 대한전기학회 2006년도 제37회 하계학술대회 논문집 C
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    • pp.1621-1622
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    • 2006
  • This paper presents the effect of driving waveform for piezoelectric bend mode inkjet printhead with optimized mechanical design. Experimental and theoretical studies on the applied driving waveform versus jetting characteristic s were performed. The inkjet head has been designed to maximize the droplet velocity, minimize voltage response of the actuator and optimize the firing frequency to eject ink droplet. The head design was carried out by using mechanical simulation. The printhead has been fabricated with Si(100) and SOI wafers by MEMS process and silicon direct bonding method. To investigate how performance of the piezoelectric ceramic actuator influences on droplet diameter and droplet velocity, the method of stroboscopy was used. Also we observed the movement characteristics of PZT actuator with LDV(Laser Doppler Vibrometer) system, oscilloscope and dynamic signal analyzer. Missing nozzles caused by bubbles in chamber were monitored by their resonance frequency. Using the water based ink of viscosity of 4.8 cps and surface tension of 0.025N/m, it is possible to eject stable droplets up to 20kHz, 4.4m/s and above 8pL at the different applied driving waveforms.

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Molecular Dynamics Simulation Studies of Benzene, Toluene, and p-Xylene in NpT Ensemble: Thermodynamic, Structural, and Dynamic Properties

  • Kim, Ja-Hun;Lee, Song-Hi
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제23권3호
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    • pp.447-453
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    • 2002
  • In this paper we have presented the results of thermodynamic, structural, and dynamic properties of model systems for liquid benzene, toluene and p-xylene in an isobaric-isothermal (NpT) ensemble at 283.15, 303.15, 323.15, and 343.15 K using molecular dynamics (MD) simulation. This work is initiated to compensate for our previous canonical (NVT) ensemble MD simulations [Bull. Kor. Chem. Soc. 2001, 23, 441] for the same systems in which the calculated pressures were too low. The calculated pressures in the NpT ensemble MD simulations are close to 1 atm and the volume of each system increases with increasing temperature. The first and second peaks in the center of mass g(r) diminish gradually and the minima increase as usual for the three liquids as the temperature increases. The three peaks of the site-site gC-C(r) at 283.15 K support the perpendicular structure of nearest neighbors in liquid benzene. Two self-diffusion coefficients of liquid benzene via the Einstein equation and via the Green-Kubo relation are in excellent agreement with the experimental measures. The self-diffusion coefficients of liquid toluene and p-xylene are in accord with the trend that the self-diffusion coefficient decreases with increasing number of methyl group. The friction constants calculated from the force auto-correlation (FAC) function with the assumption that the fast random force correlation ends at time which the FAC has the first negative value give a correct qualitative trends: decrease with increase of temperature and increase with the number of methyl group. The friction constants calculated from the FAC's are always less than those obtained from the friction-diffusion relation which reflects that the random FAC decays slower than the total FAC as described by Kubo [Rep. Prog. Phys. 1966, 29, 255].

Molecular Dynamics Simulations on β Amyloid Peptide (25-35) in Aqueous Trifluoroethanol Solution

  • Lee, Sang-Won;Kim, Yang-Mee
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제25권6호
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    • pp.838-842
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    • 2004
  • Amyloid peptide (A${\beta}$) is the major component of senile plaques found in the brain of patient of Alzheimer's disease. ${\beta}$-amyloid peptide (25-35) (A${\beta}$25-35) is biologically active fragment of A${\beta}$. The three-dimensional structure of A${\beta}$25-35 in aqueous solution with 50% (vol/vol) TFE determined by NMR spectroscopy previously adopts an ${\alpha}$-helical conformation from $Ala^{30}$ to $Met^{35}$. It has been proposed that A${\beta}$(25-35) exhibits pH- and concentration-dependent ${\alpha}-helix{\leftrightarrow}{\beta}$sheet transition. This conformational transition with concomitant peptide aggregation is a possible mechanism of plaque formation. Here, in order to gain more insight into the mechanism of ${\alpha}$-helix formation of A${\beta}$25-35 peptide by TFE, which particularly stabilizes ${\alpha}$-helical conformation, we studied the secondary-structural elements of A${\beta}$25-35 peptide by molecular dynamics simulations. Secondary structural elements determined from NMR spectroscopy in aqueous TFE solution are preserved during the MD simulation. TFE/water mixed solvent has reduced capacity for forming hydrogen bond to the peptide compared to pure water solvent. TFE allows A${\beta}$25-35 to form bifurcated hydrogen bonds to TFE as well as to residues in peptide itself. MD simulation in this study supports the notion that TFE can act as an ${\alpha}$-helical structure forming solvent.

Computer-aided drug design of Azadirachta indica compounds against nervous necrosis virus by targeting grouper heat shock cognate protein 70 (GHSC70): quantum mechanics calculations and molecular dynamic simulation approaches

  • Islam, Sk Injamamul;Saloa, Saloa;Mahfuj, Sarower;Islam, Md Jakiul;Jahan Mou, Moslema
    • Genomics & Informatics
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    • 제20권3호
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    • pp.33.1-33.17
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    • 2022
  • Nervous necrosis virus (NNV) is a deadly infectious disease that affects several fish species. It has been found that the NNV utilizes grouper heat shock cognate protein 70 (GHSC70) to enter the host cell. Thus, blocking the virus entry by targeting the responsible protein can protect the fishes from disease. The main objective of the study was to evaluate the inhibitory potentiality of 70 compounds of Azadirachta indica (Neem plant) which has been reported to show potential antiviral activity against various pathogens, but activity against the NNV has not yet been reported. The binding affinity of 70 compounds was calculated against the GHSC70 with the docking and molecular dynamics (MD) simulation approaches. Both the docking and MD methods predict 4 (PubChem CID: 14492795, 10134, 5280863, and 11119228) inhibitory compounds that bind strongly with the GHSC70 protein with a binding affinity of -9.7, -9.5, -9.1, and -9.0 kcal/mol, respectively. Also, the ADMET (absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity) properties of the compounds confirmed the drug-likeness properties. As a result of the investigation, it may be inferred that Neem plant compounds may act as significant inhibitors of viral entry into the host cell. More in-vitro testing is needed to establish their effectiveness.

샘플-홀드 방식과 햅틱 장치 물성치에 따른 햅틱 시스템의 안정성 분석 (Stability of Haptic System with consideration for Sample-and-Hold Methods and Properties of Haptic Device)

  • 이경노
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제14권11호
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    • pp.5338-5343
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    • 2013
  • 햅틱 시스템에서 가상 벽의 스프링상수 (Kw)가 크면 클수록 사용자는 실제 벽처럼 느끼지만 햅틱 시스템은 그만큼 불안정해진다. 그래서 시스템의 안정성을 유지하면서 가상 벽에 대한 사용자 몰입감을 향상시키기 위해서 일차 홀드 방식을 이용한 방법을 제시하고자 한다. 특히 가상 벽 (virtual wall)로 구성된 가상 환경과 상호 작용할 때 일차홀드 (FOH) 방식을 이용하는 경우 햅틱 장치의 물성치인 질량 (Md)과 댐핑 상수 (Bd)가 시스템의 안정성에 미치는 영향을 분석한다. 시뮬레이션을 통해 시스템의 안정성을 유지하는 가상 벽의 스프링 상수 (Kw)가 햅틱 장치의 질량 (Md)과 댐핑 상수 (Bd)의 제곱근에 비례한다는 것을 보이고, 이를 통해 기존의 영차홀드 (ZOH) 방식보다 큰 가상 스프링의 구현이 가능함을 보인다. 따라서 사용자의 몰입감 높은 햅틱 시스템 구현이 가능함을 보인다. 그리고 시뮬레이션 결과분석을 통해 시스템 안정성을 보장하는 가상 스프링 상수 (Kw)의 범위를 샘플링 주기 (T), 햅틱 장치의 질량 (Md), 댐핑 상수 (Bd)의 관계로 유도한 결과가 $K_w{\leq}{1.611M_d}^{0.50}{B_d}^{0.50}T^{-1.51}$ 임을 보인다. 이 때 시뮬레이션 결과와의 상대 오차가 평균 0.53%로 매우 작다.

Na-, K-버네사이트 층간 구조에 대한 분자동역학 시뮬레이션 연구 (A Molecular Dynamics Simulation Study of Na- and K-birnessite Interlayer Structures)

  • 박수정;권기덕
    • 광물과 암석
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    • 제33권3호
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    • pp.143-152
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    • 2020
  • 버네사이트(birnessite)는 약 7Å의 d-spacing을 가지는 대표적인 층상형 산화망간광물로 높은 양이온 교환능력을 가지기 때문에 지하수나 퇴적물 공극 유체의 화학조성을 결정짓는 중요한 역할을 한다. 버네사이트의 양이온 교환 반응 기작을 규명하기 위해서는 층간 내 양이온의 배위 환경과 결정구조에 대한 원자 수준의 이해가 매우 중요하다. 이번 연구에서는 원자 수준의 계산광물학 방법인 고전 분자동역학(classical molecular dynamics; MD) 시뮬레이션을 이용하여 기존 실험에서 보고된 화학조성을 가지는 삼사정계 Na-와 K-버네사이트의 결정구조, 층간 양이온의 배위 환경 및 적층 구조를 계산하였다. 계산 결과는 기존 X-선 실험에서 보고된 격자 상수와 층간 배위 환경을 잘 재현하여 시뮬레이션 방법의 신뢰성을 보여주었으며, X-선 실험만으로는 구분하기 어려운 층간의 양이온과 물 분자 위치를 구별한 원자 수준의 정보를 제공하였다. 망간 팔면체 층의 적층 순서는 동일하지만 층간 내 Na+와 K+의 위치가 서로 상이하고, 층간 양이온의 배위 환경과 결정구조 간의 상관관계를 보인다. 원자 수준의 분자동역학 시뮬레이션은 버네사이트의 양이온 교환 반응 기작 규명에 크게 기여할 것으로 기대한다.

나노압흔시 응력에 따른 결정립계거동의 분자역학모사 (MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF STRESS INDUCED GRAIN BOUNDARY MIGRATION DURING NANOINDENTATION EXPERIMENTS)

  • 윤장혁;김성진;장호
    • 한국재료학회:학술대회논문집
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    • 한국재료학회 2003년도 추계학술발표강연 및 논문개요집
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    • pp.39-39
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    • 2003
  • Molecular dynamics (MD) simulation was performed to study the stress induced grain boundary migration caused by the interaction of dislocations with a gain boundary. The simulation was carried out in a Ni block (295020 atoms) with a ∑ = 5 (210) grain boundary and an embedded atom potential for Ni was used for the MD calculation. Stress was provided by indenting a diamond indenter and the interaction between Ni surface and diamond indenter was assumed to have a fully repulsive force to emulate a faction free surface. Results showed that the indentation nucleated perfect dislocations and the dislocations produced stacking faults in the form of a parallelepiped tube. The parallelepiped tube consisted of two pairs of parallel dislocations with Shockley partials and was produced successively during the penetration of the indenter. The dislocations propagated along the parallelepiped slip planes and fully merged onto the ∑ = 5 (210) grain boundary without emitting a dislocation on the other grain. The interaction of the dislocations with the grain boundary induced the migration of the grain boundary plane in the direction normal to the boundary plane and the migration continued as long as the dislocations merged onto the grain boundary plane. The detailed mechanism of the conservative motion of atoms at the gram boundary was associated with the geometric feature of the ∑ = 5 (210) grain boundary.

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