Recent advances in high-throughput genotyping technologies have enabled us to conduct a genome-wide association study (GWAS) on a large cohort. However, analyzing millions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) is still a difficult task for researchers conducting a GWAS. Several difficulties such as compatibilities and dependencies are often encountered by researchers using analytical tools, during the installation of software. This is a huge obstacle to any research institute without computing facilities and specialists. Therefore, a proper research environment is an urgent need for researchers working on GWAS. We developed BioSMACK to provide a research environment for GWAS that requires no configuration and is easy to use. BioSMACK is based on the Ubuntu Live CD that offers a complete Linux-based operating system environment without installation. Moreover, we provide users with a GWAS manual consisting of a series of guidelines for GWAS and useful examples. BioSMACK is freely available at http://ksnp.cdc.go.kr/biosmack.
Communications for Statistical Applications and Methods
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제19권2호
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pp.257-266
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2012
최근 학교나 기업에서 통계분석 소프트웨어인 R의 이용자가 늘어나고 있는 추세이지만 SPSS나 SAS 등 상용소프트웨어에 비하여 학습이 어려운 측면이 있고 교육환경을 만들기 위해서도 번거로운 면이 있다. 이러한 이유로 R 초보사용자를 위한 교육, 혹은 실험실에서의 사용을 위해 통합관리가 용이한 웹기반의 R 환경구축이 필요하다. 웹기반 R 환경구축과관련된 선행연구들은 웹프로그래밍 언어, DBMS에 대한 지식을 필요로 하거나 제한된 통계분석 기능만을 이용할 수 있다. 본 연구에서는 웹프로그래밍 언어 이외의 별도의 지식이 없이도 가능한 웹기반 R 환경인 WebER를 개발하였다. WebER는 Linux apache 서버에서 PHP를 이용하여 R과 연동함으로써 웹에서 통계 분석이 가능하도록 하였을 뿐만 아니라, 기본적인 Rgui의 기능인 R 프로그램편집, 텍스트 및 그래픽 출력, 오류 출력 등을 구현함으로써 초보 R 사용자를 위한 교육환경에 적합하도록 하였다. 또한 다중사용자가 동시에 이용이 가능하도록 설계되었다.
최근 인터넷 트래픽이 증가하면서 웹 서버의 성능 향상에 많은 노력들을 기울여왔다. 고사양 하드웨어로의 교체 또는 서버 수의 증설과 같은 하드웨어 측면 해결방법 외에 소프트웨어 측면의 해결 방법들이 있는데 최근 이에 대한 연구들이 활발히 진행되고 있다. 본 논문에서는 기존 TCP 네트워킹 수신과정에서 발생하는 성능 저하 문제점들을 파악하고 이를 해결할 수 있는 방법을 제안한다. 리눅스 TCP 네트워킹 성능 개선에 관한 기존 방법 세 가지와 본 논문에서 새로 제안하는 두 가지 방법을 통합 적용하여 성능을 향상시킨다. 기존 개선 방법들로는 멀티코어 환경에서 패킷을 흐름단위로 코어에 할당하는 방법, 과도한 인터럽트 요청을 조절하는 ITR(Interrupt Throttle Rate) 방법, sk_buff 자료구조 recycling 방법이다. 본 논문에서 새로 제안하는 방법은 fd 자료구조 recycling 방법과 epoll_event 자료구조 recycling 방법이다. 웹 서버 환경에서 실험을 통해 본 논문의 제안방법들의 성능 개선효과, 또한 기존방법들과의 통합 적용했을 경우 성능 개선효과를 검증한다. 웹 서버로는 간단한 웹 서버, 리눅스에서 일반적으로 사용하는 Lighttpd와 Apache 웹 서버를 사용한다. 간단한 웹 서버 환경에서 본 논문에서 제안한 fd 재사용과 epoll_event 재사용을 적용할 경우 성능이 각각 7%와 6% 개선되고, 이 두 가지 방법을 기존의 세 가지 방법과 통합하여 적용한 경우 성능이 총 40%까지 개선된다. Lighttpd와 Apache 웹 서버 환경에서 다섯 가지 통합 방법을 적용한 경우 성능이 각각 총 36%, 20%까지 개선된다.
최근 리눅스에 대한 사용이 빠른 속도로 증가하고 있다. 하지만 리눅스의 오픈 소스 정책에 따른 리눅스 보안의 필요성이 대두되어 리눅스 기반의 효과적인 암호 개발이 급속히 확산되고 있다. 하지만 암호는 본래 가지고 있는 키 관리의 어려움 때문에 여러 가지 문제가 발생할 수 있다. 이러한 암호의 사용이 야기하는 역기능을 해소하고 순기능을 지향하기 위해 키 복구에 대한 연구가 활발히 진행되고 있으며, 지금까지 많은 키 복구 기술들이 제시되어왔다. 본 논문에서는 IPSec(IP Security) protocol로 구현된 VPN(Virtual Private Network) 환경 하에서 종단간에 연결이 끊어졌을 경우 이에 따른 연결 재 설정에서의 시간적 소모를 줄이기 위한 방안으로 키 복구 기술을 이용한 메커니즘을 제안한다. 즉 제안한 KRFSH(Key Recovery Field Storage Header)라는 새로운 메커니즘은 VPN에서 SG와 호스트 사이의 터널 형성을 위한 세션 정보를 잃어버렸을 경우를 대비해서 세션 정보를 미리 저장해두고, 필요할 때 복구 할 수 있다. 이러한 메커니즘을 리눅스상의 IPSec 프로그램인 FreeS/WAN에 탑재함으로써, 위에서 언급한 VPN의 문제점을 해결한다.
본 논문에서는 VoIP를 통화 수단으로 사용하는 IP 컨택센터에서 상담원과 고객간의 대화 내용을 기록할 수 있는 VoIP 녹취 시스템을 설계하고 구현하였다. 본 논문에서 구현한 녹취 시스템은 패킷 스니퍼링 기법을 이용하여 네트워크 부담 없이 실행될 수 있으며 호 제어 프로토콜인 H.323과 SIP에 구분 없이 녹취가 가능하다. 구현된 녹취 시스템은 CTI 시스템과 연동하여 고객과 상담원과의 통화 내용을 효율적으로 저장하고 관리한다. 녹취 시스템을 시스템에 독립적으로 설계하였으며 이를 바탕으로 Windows 및 Linux 환경에 모두 구현하였다.
본 논문은 지능형 Gadget 시스템의 개발환경 구현에 관한 논문이다. 지능형 Gadget 시스템에서 사용된 임베디드시스템 응용 프로그램과 리눅스 커널의 구조 및 동작에 대해 논하고 지능형 Gadget 시스템에 필요한 기능 및 구성 요소에 대해 조사 및 분석을 통한 리눅스 커널과의 동작 및 기능 검증 구현을 보인다. 새로운 지능형 임베디드 시스템의 하나인 Gadget 시스템에 적용 가능하도록 요구되는 기능과 동작을 구현하고 새로운 소형 운영 체제를 위한 개발에 적용 가능하다. 그러한 소형 운영체제는 지능형 개인정보서비스를 위한 임베디드 Gadget 시스템으로써 지능형 정보화 기능을 지원하고 새로운 소형 운영 체제를 탑재한 시스템의 개발에 적용 가능하다. 본 논문에서는 그러한 지능형 임베디드 Gadget 시스템과 응용 개발을 위한 개발환경 구현에 대하여 기술한다.
최근 무선 인터넷 서비스에 대한 관심이 고조되면서 관련 기술 개발이 활발히 진행되고 있다. 현재 가장 유력한 국제표준 중 하나로 인식되어 가고 있는 WAP(Wireless Application Protocol)의 규격에 따르면 이동 단말과 WAP 서버는 WAP 게이트웨이를 통하여 통신하도록 되어있다. 본 논문은 리눅스 기반에서 WAP 게이트웨이와 서버가 통합적으로 지원되는 I(Intelligent) WAP 게이트웨이/서버 플랫폼의 설계 및 구현에 관한 것이다. 제안된 WAP 플랫폼은 WAP 게이트웨이, JAVA기반의 서버 개발 환경, WML 툴킷 및 MUI(Management User Interface) 등 크게 4개의 모듈로 구성되고, 베어러(bearer)망으로 SMSC(Short Message Service Center)와 CSD(Circuit Switched Data) 라우터를 고려하였다.
디지털 포렌식 조사에서 파일의 시간정보는 중요한 의미를 가진다. 리눅스의 Ext4(Extended File System 4) 환경에서 획득할 수 있는 파일의 시간정보는 파일 접근 시간(Access Time), 수정 시간(Modification Time), Inode 변경 시간(Change Time), 삭제 시간(Deletion Time), 생성 시간(Creation Time)이다. 일반적으로 파일의 생성, 수정, 복사 등 여러 가지 행위에 따라 시간 정보가 변화되며, 증거 분석을 위해 행위에 따른 파일 시간변화에 대한 연구가 필요하다. 본 논문에서는 리눅스 Ext4 환경에서 파일 및 폴더의 다양한 행위에 따른 시간정보를 분석하였고 이를 이용하여 악성코드의 실제 감염시간과 파일의 변조 여부를 확인하는 방안을 연구하였다.
정보통신망의 빠른 발달과 이로 인한 인터넷 사용의 급증으로 인하여 해킹, 바이러스 등의 정보통신 역기능 또한 빠르게 발전하고 있다. 이를 방지하기 위해 F/W, IDS, VPN 등의 보안 제품이 많이 사용되고 있다. 그러나, 1.25 인터넷 대란에서 알 수 있듯이 현 상황은 관리자가 보안 제품들에서 발생하는 경고 메시지를 화인하고 해당 내용을 대응할 수 없을 정도로 빠른 시간에 확산된다. 따라서, IDS와 더불어 자동 대응 기능을 갖추고 있는 침입방지시스템(IPS)이 절실히 요구되어지고 있고, 널리 사용되어지고 있다. 본 논문에서는 linux 운영 체제 환경에서의 공개된 도구인 snort와 iptables를 이용한 IPS를 설계하였다. 제안된 시스템은 snort에서 발생시킨 경보 메시지를 iptables와 연계하여 자동 대응을 수행하도록 구성되었으며, 이를 통하여 관리자 개입을 최소화하고 해킹사고에 대한 피해를 최소화 할 수 있도록 제안되었다.
최근 모바일 기기의 보편화로 인하여 모바일 데이터베이스를 필요로 하는 많은 새로운 모바일 응용들이 나타나고 있다. 대표적인 모바일 데이터베이스로는 SQLite, Realm 등이 있는데, 이들은 리소스 제약이 큰 소형기기에 적합한 데이터베이스 엔진들이며 리눅스 기반 모바일 기기에 많이 사용되고 있다. 이 엔진들은 대부분 오픈소스 프로그램들이며 범용 데이터베이스에 비해 가볍고 속도가 빠른 장점을 지닌다. 이 논문에서는 모바일 데이터베이스의 선두 주자인 SQLite의 성능 실험과 분석에 초점을 맞춘다. 대상인 모바일 환경을 고려하여 리눅스 기반 환경에서 실험한다. 그리고, SQLite 데이터베이스의 검색 성능을 파악하기 위한 테스트 프로그램을 구현하고 성능 실험을 실시한다. 실험은 같은 환경에서 실행되는 Oracle 데이터베이스와 비교하여 진행한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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