• 생약학회지
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• 제30권2호
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• pp.130-136
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• 1999

The cytotoxic and antitumor activity of Herba cratalariae sessiliflorae on cultured NIH 3T3 fibroblast and human oral epitheloid carcinoma cells were evaluated by 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl-2H-tetrazoliumbromide (MTT) colorimetric method. The light microscopic study was carried out to observe morphological changes of cultured mouse fibroblast and human oral epitheloid carcinoma cells (KB). These results were obtained as follows; Ethyl acetate, chloroform and hexane extracts showed a significant cytotoxicity in NIH 3T3 fibroblast, but the other extracts did not show. All extracts exhibited a significant antitumor activity in human oral epitheloid carcinoma cells, but ethanol extract did not show a antitumor activity. Hexane extract showed low cytotoxic effect, but exhibited the most antitumor activity. The MTT absorbance in NIH 3T3 fibroblast was significantly decreased by treatment with chloroform, ethyl acetate and hexane extracts respectively. Human oral epitheloid carcinoma cells was significantly decreasd by treatment with all extracts with the exception of ethanol extract. The difference in MTT absorbance in two cell Types was most remarkable when treated with water and hexane extracts. Cholroform and hexane extracts showed the strongest effect in growth inhibition of human oral epitheloid carcinoma cells. These results indicated that water extract possessed no cytotoxicity and a strong antitumor activity.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제2권2호
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• pp.61-71
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• 2000

By screening a cDNA library of auxin-treated mung bean (Vigna radiata L.) hypocotyls, we have isolated two full-length cDNA clones, pVR-ACS6 and pVR-ACS7, for 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) synthase, the rate-limiting enzyme in the ethylene biosynthetic pathway. While PVR-ACS6 corresponds to the previously identified PCR fragment pMBA1, pVR-ACS7 is a new cDNA clone. A comparison of deduced amino acid sequences among auxin-induced ACC synthases reveal that these enzymes share a high degree of homology (65-75%) to VR-ACS6 and VR-ACS7 polypeptides, but only about 50% to VR-ACS1 polypeptide. ACS6 and ACS7 are specifically induced by auxin, while ACS1 is induced by cycloheximide, and to lesser extent by excision and auxin treatment. Results from nuclear run-on transcription assay and RNA gel blot studies revealed that all three genes were transcriptionally active displaying unique patterns of induction by IAA and various hormones in etiolated hypocotyls. Particularly, 24-epibrassinolide (BR), an active brassinosteroid, specifically enhanced the expression of VR-ACS7 by distinct temporal induction mechanism compared to that of IAA. In addition, BR synergistically increased the IAA-induced VR-ACS6 and VR-ACS7 transcript levels, while it effectively abolished both the IAA- and kinetin-induced accumulation of VR-ACS1 mRNA. In light-grown plants, VR-ACS1 was induced by IAA in roots, whereas W-ACS6 in epicotyls. IAA- and BR-treatments were not able to increase the VR-ACS7 transcript in the light-grown tissues. These results indicate that the expression of ACC synthase multigene family is regulated by complex hormonal and developmental networks in a gene- and tissue-specific manner in mung bean plants. The VR-ACS7 gene was isolated, and chimeric fusion between the 2.4 kb 5'-upstream region and the $\beta$-glucuronidase (GUS) reporter gene was constructed and introduced into Nicotiana tobacum. Analysis of transgenic tobacco plants revealed the VR-ACS7 promoter-driven GUS activity at a highly localized region of the hypocotyl-root junction of control seedlings, while a marked induction of GUS activity was detected only in the hypocotyl region of the IAA-treated transgenic seedlings where rapid cell elongation occurs. Although there was a modest synergistic effect of BR on the IAA-induced GUS activity, BR alone failed to increase the GUS activity, suggesting that induction of VR-ACS7 occurs via separate signaling pathways in response to IAA and BR.

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.195-200
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• 2005

Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자군은 protocatechuate (PCA)의 분해과정에 관여하는 PCA 4,5-dioxygenase, 4-carboxy-2hydroxymuconic semialdehyde (CHMS) dehydrogenase, 2-pyrone04,5-dicarboxylate(PDC) hydrolase, 4-oxalomesaconate (OMA) hydratase, 그리고 4-oxalocitramalate (OCM) aldolase 등의 효소들을 생산하는 유전자들과 transporter의 역학을 하는 유전자로 각각 확인되었다. 이 유전자군은 Comamonas sp. strain DJ-12의 chromosomal DNA로부터 얻은 PCR 산물들을 T-vector에 ligation하여 재조합 플라스미드 pMT1, pMT2, pMT3, pMT4, pMT5, pMT6, pMT7, pMT8, pMT9, pMT10을 제조하였다. 이들 재조합 플라스미드의 염기서열을 분석한 결과 PCA 4,5-dioxygenase 유전자는 alpha(pmcA)와 beta(pmcB) 두 개의 subunit으로 구성 되어있으며, 각각 450 bp와 870 bp이었다. CHMS dehydrogenase 유전자(pmcC)는 960 bp, PDC hydrolase 유전자(pmcD)는 918 bp이였으며, OMA hydratase 유전자(pmcE)는 1029 bp, OCM aldolase 유전자 (pmcF)는 689 bp, 그리고 transporter 유전자(pmcT)는 1,398 bp이였다. 이들 pmc 유전자들은 pmcT-pmcE-pmcF-pmcD-pmcA-pmcB-pmcC의 순서로 배열되어 있었다. Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자산물의 아미노산 서열을 분석한 결과, Comamonas testosteroni BR6020 및 Psedomonas ochraceae NG.J1와 $94{\~}98\%$의 높은 유사성을 보였고, 그 유전자들의 배열 순서도 동일하였다. 그러나 Sphingomonas paucimobilis SYK-6, Sphingomonas sp. LB126, 그리고 Arthrobacter keyser 12B와는 아미노산 서열이 $52{\~}74\%$의 유사성을 보였고, 그 유전자의 배열 구조도 상이하였다.

• 지능정보연구
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• 제8권1호
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• pp.141-157
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• 2002

XML(eXtensible Markup Language, XML)은 인터넷에서의 자료 교환을 위해 고안된 언어이다. 본 논문에서는 XML의 개념을 발전시킨 확장형 규칙 표식 언어(eXtensible Rule Markup Language, XRML)를 제안하고 있다. XRML은 웹 페이지에 내재된 암묵적 규칙의 식별, 구조적인 규칙으로의 변환, 사람과 소프트웨어 에이전트간의 지식 공유를 가능하게 하며, 이를 통해 지식기반시스템(Knowledge Based System)과 지식관리시스템(Knowledge Management System)의 통합을 실현할 수 있는 새로운 언어가 될 것이다. 본고에서는 XRML이 이상과 같은 능력을 갖기 위해 반드시 갖춰야 할 6가지 설계 기준과, 이들 기준을 반영한 XRML 구성 요소로서 RIML(Rule Identification Markup Language), RSML(Rule Structure Markup Language)과 RTML(Rule Triggering Markup Language)을 설계하였으며, 개별 요소들의 기능 및 특성과 함께 태그와 DTD(Document Type Definition)도 식별하였다. 나아가 전술한 구조를 기반으로 하여 XRML을 워크플로우 시스템상의 폼처리에 적용한 Form/XRML이라는 프로토타입 시스템을 설계하고 구현하였다. 본 프로토타입의 개발을 통해, 지식기반시스템의 지식을 활용하는 RTML이 폼을 비롯한 다양한 응용시스템에 내재될 수 있으며, 웹 페이지의 암묵적 규칙과 지식기반시스템의 규칙이 일관성 있게 유지될 수 있음을 보여 주었다. 요컨대 본 연구는 XRML이 지능형 웹으로 발전하기 위한 새로운 도구이며, KBS와 KMS의 통합을 위한 중요한 도구임을 입증하였다는 점에서 큰 의의를 갖는다고 하겠다.

• BMB Reports
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• 제44권2호
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• pp.123-128
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• 2011

Leucine-rich repeat containing protein 10 (LRRC10) is characterized as a cardiac-specific gene, suggesting a role in heart development and disease. A severe cardiac morphogenic defect in zebrafish morphants was recently reported but a contradictory result was found in mice, suggesting a more complicated molecular mechanism exists during mouse embryonic development. To elucidate how LRRC10 is regulated, we analyzed the 5'enhancer region approximately 3 kilo bases (kb) upstream of the Lrrc10 start site using luciferase reporter gene assays. Our characterization of the Lrrc10 promoter indicates it possesses complicated cis-and trans-acting elements. We show that GATA4 and MEF2C could both increase transcriptional activity of Lrrc10 promoter individually but that they do not act synergistically, suggesting that there exists a more complex regulation pattern. Surprisingly, knockout of Gata4 and Mef2c binding sites in the 5’enhancer region (-2,894/-2,889) didn't change the transcriptional activity of the Lrrc10 promoter and the likely GATA4 binding site identified was located in a region only 100 base pair (bp) upstream of the promoter. Our data provides insight into the molecular regulation of Lrrc10 expression, which probably also contributes to its tissue-specific expression.

• 정보처리학회논문지B
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• 제12B권6호
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• pp.703-714
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• 2005

문서 범주화 분야에 대한 연구들은 전체 문서 단위에 한정되어 왔으나, 오늘날 대부분의 전문들이 주요 주제를을 표현하기 위해서 조직화 된 특정 구조로 기술되고 있어, 텍스트 범주화에 대한 새로운 인식이 필요하게 되었다. 이러한 구조는 부주제(Sub-topic)의 텍스트 블록이나 문단(Passage) 단위의 나열로서 표현되는데, 이러한 구조 문서에 대한 부주제 구조를 반영하기 위해서 문단 단위(Passage-based) 문서 범주화 모델을 제안한다. 제안한 모델에서는 문서를 문단들로 분리하여 각각의 문단에 범주(Category)를 할당하고, 각 문단의 범주를 전체 문서의 범주로 병합하는 방법을 사용한다. 전형적인 문서 범주화와 비교할 때, 두 가지 부가적인 절차가 필요한데, 문단 분리와 문단 병합이 그것이다. 로이터(Reuter)의 4가지 하위 집합과 수십에서 수백 KB에 이르는 전문 테스트 컬렉션(KISTl-Theses)을 이용하여 실험하였는데, 다양한 문단 타입들의 효과와 범주 병합 과정에서의 문단 위치의 중요성에 초점을 맞추었다 실험한 결과 산술적(Window) 문단이 모든 테스트 컬렉션에 대해서 가장 좋은 성능을 보였다. 또한 문단은 문서 안의 위치에 따라 주요 주제에 기여하는 바가 다른 것으로 나타났다.

• 한국약용작물학회지
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• 제10권3호
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• pp.194-199
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• 2002

한국과 중국 동북부 지역에서 수집한 16종의 더덕으로부터 genomic DNA를 추출한 후, Bioneer사로부터 구입한 random primer(10-mer)를 이용하여 PCR을 수행하였다. 총 49종의 primer를 스크린 한 결과 재현성이 있으면서 polymorphism을 보이는 20개의 primer를 선발하였다. 선발한 primer로부터 PCR에 의해 증폭된 DNA의 크기는 125 bp에서 2.0 kb 내외였으며, 총 148개의 band가 관찰되어 평균 band 수는 7.4개였다. 이들 중에서 polymorphism을 보이는 band의 수는 73개이었으며 (49.3%), polymorphism은 각 primer별로 $1{\sim}9$개로써 다양하였다. 16개 수집종의 유사계수 범위는 0.682에서 0.959로써 유전적 유연정도는 크지 않았다. UPGMA 분석에 의한 수집종들의 유연관계를 dendrogram으로 나타낸 바, 수집종들간의 유전적 거리는 $0.133{\sim}0.400$이었으며, 국내 수집종과 중국 수집종간에는 확실하게 두 그룹으로 분류되었고, 유전적 거리는 약 0.281이었으며, 이들은 모두 지역적인 차이를 보였다. 한편, 중국의 '통화현(通化縣)'과 '류하현(柳河縣)' 수집종이 다른 지역의 수집종보다 유전적 거리가 가장 크게 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제28권2호
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• pp.91-97
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• 1990

생체내의 유해산소를 제거하는 superoxide dismutase (superoxide : superoxide oxidoreductase E.C.1.15.1.1) 중 세포질내에서 그 활성을 지니는 인체의 세포질 superoxide dismuta~ie (SODl) 유전자를 사람의 간 cDNA library로부터 동위원소로 표지된 oligonucleotide probe를 이용, in situ plaque hybridization 방법으로 선별 분리하여 내장균 벡터로 클로닝하였다. 이 클론은 SOD1 유전자의 5"L"TR과 3’UTR을 포함한 1.6 kb 정도의 cDNA였다 SOD1 구조유전자만을 선택적으로 분리하기 위해서 ATG를 포함하는 sense strand primer와 3’UTR 부위의 antisense strand primer를 이용하여 중합효소연쇄반응(Polymerase Chain Reaction) 방법을 써서 SOD1 구조유전자 부위만을 선택적으로 증폭시켰다. Taq DNA polymerase에 의해 증폭된 DNA를 벡터 pUCl9의 multiple cloning site (MCS) 내의 Hinc II 위치에 넣였으며 이 insert DNA를 M13 mp19으로 옮겨 dideoxy chain termination 방법으로 sequenase를 사용하여 염기서열을 결정하였다. 클론닝된 cDNA는 153개의 아미노산을 포함하고 있는 하나의 open reading frame (ORF)을 가셨다. 중합효소연쇄반응에 의해 이때 증폭된 SOD1 구조유전자를 $\lambda P_{L}$ 프로모터를 포함하고 있는 발현 벡터 pUPL에 옮긴 후 대장균에서 대량으로 발현시켰다. 이때 발현된 단백질 SOD1은 고유의 효소활성을 가지고 있었다.

• 한국정보과학회논문지:정보통신
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• 제30권2호
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• pp.282-292
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• 2003

본 논문은 IPv4와 IPv6을 지원하는 라우터에서 기가비트의 속도로 포워딩 검색을 수행하는 효율적인 포워딩 테이블 구조를 제안한다. 포워딩 검색은 최장 프리픽스 일치검색, LPM(Longest Prefix Matching)의 복잡도가 포워딩 테이블 및 주소크기에 따라 증가하여 라우터 성능의 병목지점으로 알려져 있다. 포워딩 검색의 고속화를 위해 본 논문에서는 빈번한 메모리 접근을 최소화할 수 있는 BMT(Bit-Map Trie) 자료구조를 소개한다. BMT 포워딩 검색은 필요한 모든 검색연산이 캐쉬에 저장된 소형 인덱스 테이블에서만 발생한다. 포워딩 테이블의 트라이로부터 소형 인덱스 테이블을 구축하기 위해서 BMT는 차일드(child) 노드 포인터와 포워딩 테이블 엔트리에 대한 포인터를 각각 한 비트로 표현하는 비트-맵을 구성한다. 또한 IPv6와 같이 주소길이가 증가하면 트라이의 깊이가 깊어져서 전통적인 트라이 검색속도가 느려지는 문제점을 해결하기 위해서 BMT에서는 검색을 시작할 적절한 트라이의 레벨을 결정하는 이진검색 알고리즘을 사용한다. 실험 결과 BMT는 IPv4 백본 라우팅 테이블을 펜티엄-II 프로세서의 L2 캐쉬 크기인 512KB 보다 작게 압축하였으며, 최대 250ns/패킷의 검색속도를 제공하여 기존의 알려진 가장 빠른 최장 검색 알고리즘의 성능과 같은 속도를 실현하였다.

• BMB Reports
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• 제38권1호
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• pp.77-81
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• 2005

The monocyte chemotactic protein-3 (MCP3), on chromosome 17q11.2-q12, is a secreted chemokine, which attracts macrophages during inflammation and metastasis. In an effort to discover additional polymorphism(s) in genes whose variant(s) have been implicated in asthma, we scrutinized the genetic polymorphisms in MCP3 to evaluate it as a potential candidate gene for asthma host genetic study. By direct DNA sequencing in twenty-four individuals, we identified four sequence variants within the 3 kb full genome including 1,000bp promoter region of MCP3; one in promoter region (-420T>C), three in intron (+136C>G, +563C>T, +984G>A) respectively. The frequencies of those four SNPs were 0.020 (-420T>C), 0.038 (+136C>G), 0.080 (+563C>T), 0.035 (+984G>A), respectively, in Korean population (n = 598). Haplotypes, their frequencies and linkage disequilibrium coefficients (|D'|) between SNP pairs were estimated. The associations with the risk of asthma, skin-test reactivity and total serum IgE levels were analyzed. Using statistical analyses for association of MCP3 polymorphisms with asthma development and asthma-related phenotypes, no significant signals were detected. In conclusion, we identified four genetic polymorphisms in the important MCP3 gene, but no significant associations of MCP3 variants with asthma phenotypes were detected. MCP3 variation/haplotype information identified in this study will provide valuable information for future association studies of other allergic diseases.