• 제목/요약/키워드: Integrative analysis

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Hemicastration induced spermatogenesis-related DNA methylation and gene expression changes in mice testis

  • Wang, Yixin;Jin, Long;Ma, Jideng;Chen, Li;Fu, Yuhua;Long, Keren;Hu, Silu;Song, Yang;Shang, Dazhi;Tang, Qianzi;Wang, Xun;Li, Xuewei;Li, Mingzhou
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제31권2호
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    • pp.189-197
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    • 2018
  • Objective: Hemicastration is a unilateral orchiectomy to remove an injured testis, which can induce hormonal changes and compensatory hypertrophy of the remaining testis, and may influence spermatogenesis. However, the underlying molecular mechanisms are poorly understood. Here, we investigated the impact of hemicastration on remaining testicular function. Methods: Prepubertal mice (age 24 days) were hemicastrated, and their growth was monitored until they reached physical maturity (age 72 days). Subsequently, we determined testis DNA methylation patterns using reduced representation bisulfite sequencing of normal and hemicastrated mice. Moreover, we profiled the testicular gene expression patterns by RNA sequencing (RNA-seq) to examine whether methylation changes affected gene expression in hemicastrated mice. Results: Hemicastration did not significantly affect growth or testosterone (p>0.05) compared with control. The genome-wide DNA methylation pattern of remaining testis suggested that substantial genes harbored differentially methylated regions (1,139) in gene bodies, which were enriched in process of protein binding and cell adhesion. Moreover, RNA-seq results indicated that 46 differentially expressed genes (DEGs) involved in meiotic cell cycle, synaptonemal complex assembly and spermatogenesis were upregulated in the hemicastration group, while 197 DEGs were downregulated, which were related to arachidonic acid metabolism. Integrative analysis revealed that proteasome 26S subunit ATPase 3 interacting protein gene, which encodes a protein crucial for homologous recombination in spermatocytes, exhibited promoter hypomethylation and higher expression level in hemicastrated mice. Conclusion: Global profiling of DNA methylation and gene expression demonstrated that hemicastration-induced compensatory response maintained normal growth and testicular morphological structure in mice.

Mutant p53-Notch1 Signaling Axis Is Involved in Curcumin-Induced Apoptosis of Breast Cancer Cells

  • Bae, Yun-Hee;Ryu, Jong Hyo;Park, Hyun-Joo;Kim, Kwang Rok;Wee, Hee-Jun;Lee, Ok-Hee;Jang, Hye-Ock;Bae, Moon-Kyoung;Kim, Kyu-Won;Bae, Soo-Kyung
    • The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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    • 제17권4호
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    • pp.291-297
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    • 2013
  • Notch1 has been reported to be highly expressed in triple-negative and other subtypes of breast cancer. Mutant p53 (R280K) is overexpressed in MDA-MB-231 triple-negative human breast cancer cells. The present study aimed to determine whether the mutant p53 can be a potent transcriptional activator of the Notch1 in MDA-MB-231 cells, and explore the role of this mutant p53-Notch1 axis in curcumin-induced apoptosis. We found that curcumin treatment resulted in an induction of apoptosis in MDA-MB-231 cells, together with downregulation of Notch1 and its downstream target, Hes1. This reduction in Notch1 expression was determined to be due to the decreased activity of endogenous mutant p53. We confirmed the suppressive effect of curcumin on Notch1 transcription by performing a Notch1 promoter-driven reporter assay and identified a putative p53-binding site in the Notch1 promoter by EMSA and chromatin immunoprecipitation analysis. Overexpression of mutant p53 increased Notch1 promoter activity, whereas knockdown of mutant p53 by small interfering RNA suppressed Notch1 expression, leading to the induction of cellular apoptosis. Moreover, curcumin-induced apoptosis was further enhanced by the knockdown of Notch1 or mutant p53, but it was decreased by the overexpression of active Notch1. Taken together, our results demonstrate, for the first time, that Notch1 is a transcriptional target of mutant p53 in breast cancer cells and suggest that the targeting of mutant p53 and/or Notch1 may be combined with a chemotherapeutic strategy to improve the response of breast cancer cells to curcumin.

한국산 Cobitis속 (Pisces: Cobitidae) 어류의 계통분류학적 연구 1. 참종개(Cobitis kireensis)의 지리적 변이 및 분류에 관하여 (Systematic Studies of the Genus Cobitis (Pisces: Cobitidae) in Korea I. Geographic Variations and classification of Cobitis koreensis)

  • 양서영;박병상;김재야
    • 한국동물학회지
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    • 제32권3호
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    • pp.242-251
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    • 1989
  • 한국 특산종 Cobitis kireensis의 두 아종 C. k. koreensis와 C. k. pumilus의 지리적 변이 및 아종의 위치를 규명하기 위하여 남한의 6개 집단에서 채집된 457개체를 대상으로 형태 형질 분석 및 전기영동법에 의한 유전적 변이를 조사하였다. 형태형질의 계측, 계수 및 discriminant function 분석에서 집단 간 및 아종 간의 유의한 차이는 발견되지 않았다. 각 집단 간 유전적 변이는 평균 A=1.5, P =37.3%, HD=0.053, 및 HG=0.097로 타 어류군이 변이정도보다 다소 높은 편이었으나 C. k. pumilus는 A= 1.2, P=19.0%, HD=0.029, 및 HG=0.078로 변이정도가 매우 낮았다. 두 아종 간의 평균 유전적 근연치는 S=0.894로 C. k. koreensis 5개 집단간 평균 유전적 근연치 S=0.894와 거의 동일하였으며 아종 간에 유전적 차이가 없었다. 따라서 C. k. pumilus를 아종으로 분류하는 것은 부적합하다고 사료된다.

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홈네트워크환경에서 개인적 특성과 지각된 상호작용성이 서비스 만족, 태도, 사용의도에 미치는 영향:몰입이론을 중심으로 (Effect of Individual Characteristics and Perceived Interactivity in Home-network Context on Service Satisfaction, Attitude, and Intention to Use:Focusing on the Flow Theory)

  • 성기문;신지나;안중호
    • 한국전자거래학회지
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    • 제14권2호
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    • pp.71-94
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    • 2009
  • 본 연구의 목적은 홈네트워크 시스템 효과를 향상시키는 요인을 파악하기 위해 몰입이론을 기반으로 지각된 상호작용성, 컴퓨터 유희성, 컴퓨터 불안감이 서비스 만족, 태도, 사용의도에 미치는 영향을 밝히고자 하는 것이다. 특히 컴퓨터 유희성 뿐 아니라 개인의 부정적 특성인 컴퓨터 불안감을 연구모형에 추가하여 서비스 만족과 같은 태도변수에 미치는 영향을 파악하고자 실증연구를 실시하였다. 분석결과 지각된 상호작용성과 컴퓨터 유희성은 서비스 만족과 긍정적인 관계가 존재하며, 반대로 컴퓨터 불안감은 서비스 만족에 부정적 영향을 주는 것으로 확인되었다. 이러한 결과는 지각된 상호작용성, 컴퓨터 유희성, 컴퓨터 불안감과 서비스 만족간의 높은 관련성을 설명하는 증거이다. 또한 만족, 태도, 사용의도 등 세가지 태도변수들 간에도 서로 의미 있는 관계가 존재함을 확인하였다. 본 연구를 통해 홈네트워크 기술을 활용하는 사용자 만족 및 사용요인이 포함된 통합적인 연구모형을 제시하였고, 기존 상호작용성의 연구영역을 확장하였으며, 서비스 만족, 태도, 사용의도의 관계를 지속적으로 지지하는 실증적 결과를 제시하였다. 이러한 홈네트워크의 상호작용성 영향은 단순 가전기기의 활용도뿐 아니라 전자상거래 등 다양한 홈네트워크 기반 서비스 분야에서 사용자의 지속적인 선택 기준 및 사용요인을 제시함으로써 실무적 시사점도 함께 제공하였다.

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양이온 교환막을 이용한 이산화탄소의 전기화학적 환원 (Electrochemical Reduction of Carbon Dioxide Using a Proton Exchange Membrane)

  • 김학윤;안상현;황승준;유성종;한종희;김지현;김수길;장종현
    • 전기화학회지
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    • 제15권4호
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    • pp.216-221
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    • 2012
  • 전기화학적 환원을 통한 이산화탄소의 활용을 위한 노력은 오래 전부터 계속되어 왔다. 최근에는 액체연료 중 가격이 비싸고 그 활용도가 높은 포름산의 생성을 위한 연구가 많이 진행되고 있지만 실제 포름산을 생성하고 분석하는 과정에서 효율의 개선과 분석에 어려움이 따른다. 따라서 이산화탄소 환원을 이용한 포름산 생성에 필요한 시스템의 제조, 반응 조건의 개발 및 분석 방법의 정량화가 필요하다. 본 연구에서는 이산화탄소의 전기화학적 환원을 통한 포름산의 생성을 진행하고 생성된 포름산의 양을 분석하였다. 실험에 이용된 셀은 양이온 교환막을 사용하는 대용량의 회분형 셀을 이용하였으며 전위차계를 통하여 삼전극에서 전기화학 실험을 진행하였다. 전기화학 실험은 다양한 촉매 금속을 이용하여 선형 전위 주사법과 chronoamperometry를 통해 진행했으며 이 때 기준전극은 염화은 전극을 이용하였고 상대전극은 백금 전극을 사용하였다. 실험을 통해 생성된 포름산의 농도를 high performance liquid chromatography(HPLC)를 통하여 분석하여 시스템의 적정성과 분석 방법의 유효성을 검증하였다.

Effect of Gamiondam-tang (GMODT), a Polyherbal Formula on the Pharmacokinetics Profiles of Tamoxifen in Male SD Rats

  • Ryu, Eun-A;Kang, Su-Jin;Song, Chang-Hyun;Lee, Bong-Hyo;Choi, Seong-Hun;Han, Chang-Hyun;Lee, Young-Joon;Ku, Sae-Kwang
    • 대한한의학회지
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    • 제38권2호
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    • pp.61-72
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    • 2017
  • Objectives: The effects of Gamiondam-tang (GMODT) co-administration within 5min on the pharmacokinetics (PK) of tamoxifen were observed as a process of the comprehensive and integrative medicine, combination therapy of tamoxifen with GMODT to achieve synergic pharmacodynamics and reduce toxicity on the breast cancer. Methods: After 50mg/kg of tamoxifen treatment, GMODT 100mg/kg was administered within 5min. The plasma were collected at 30 min before administration, 30 min, 1, 2, 3, 4, 6, 8 and 24 hrs after end of GMODT treatment, and plasma concentrations of tamoxifen were analyzed using LC-MS/MS methods. PK parameters of tamoxifen (Tmax, Cmax, AUC, $t_{1/2}$ and $MRT_{inf}$) were analysis as compared with tamoxifen single administered rats using noncompartmental pharmacokinetics data analyzer programs. Results: Co-administration with GMODT induced increased trends of plasma tamoxifen concentrations to 1hr after end of administration, and then showed decreased trends of plasma tamoxifen concentrations, and especially significant (p<0.05) increases of plasma tamoxifen concentrations were demonstrated at 0.5hr after end of co-administration with GMODT and also related significant (p<0.05) decreases of $AUC_{0-inf}$ and $MRT_{inf}$ as compared with tamoxifen single formula treated rats, at dosage levels of tamoxifen 10 mg/kg and GMODT 100 mg/kg within 5 min, in this experiment. Conclusion: Based on the results of the present study, it is considered that single co-administration GMODT within 5min significantly inhibited the oral bioavailability of tamoxifen through variable influences on the absorption and excretion of tamoxifen, can be influenced on the toxicity or pharmacodynamic of tamoxifen.

개념 망 구조를 기반으로 한 문항 관리 시스템의 설계 및 구현 (Design and Implementation of a Question Management System based on a Concept Lattice)

  • 김미혜
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제8권11호
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    • pp.412-425
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    • 2008
  • 이-러닝을 통한 교육에 있어 학습자의 학업 성취도를 향상시킬 수 있는 중요한 요인 중의 하나는 다양한 평가문항을 제공하여 학습자가 원하는 주제의 문제들을 용이하게 검색하여 학습할 수 있도록 지원하는 것이다. 그러나 평가문항을 위한 시스템은 주로 구문해석에 기반 한 키워드 검색과 영역별 단원 중심의 계층적인 분류체계에만 의존하고 있어 영역별 연관 관계에 의한 통합된 유형의 문항 검색에는 어려움을 지닌다. 본 논문에서는 C언어 프로그래밍 학습을 위한 문항을 웹상에서 쉽게 관리하고 유지할 수 있는 더불어 관리된 문항들을 효과적으로 검색하여 활용할 수 있는 문항관리 및 검색 시스템을 설계하고 구현 하였다. 제안된 문항 검색 시스템은 사용자 질의가 가지는 의미로부터 문항간의 개념적 연관 관계에 의한 검색을 가능하게 함으로써 단일 주제의 문항뿐만 아니라 영역별 연관 관계에 의한 통합된 유형의 문항들을 편리하게 검색하여 학습에 활용할 수 있도록 하였다. 따라서 제안된 시스템은 교과의 기본적인 원리, 개념의 이해뿐만 아니라 종합적인 지식 활용 및 문제 해결 능력 향상을 지원하는 시스템으로 기대된다.

Development of Predictive Mathematical Model for the Growth Kinetics of Staphylococcus aureus by Response Surface Model

  • Seo, Kyo-Young;Heo, Sun-Kyung;Lee, Chan;Chung, Duck-Hwa;Kim, Min-Gon;Lee, Kyu-Ho;Kim, Keun-Sung;Bahk, Gyung-Jin;Bae, Dong-Ho;Kim, Kwang-Yup;Kim, Cheorl-Ho;Ha, Sang-Do
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제17권9호
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    • pp.1437-1444
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    • 2007
  • A response surface model was developed for predicting the growth rates of Staphylococcus aureus in tryptic soy broth (TSB) medium as a function of combined effects of temperature, pH, and NaCl. The TSB containing six different concentrations of NaCl (0, 2, 4, 6, 8, and 10%) was adjusted to an initial of six different pH levels (pH 4, 5, 6, 7, 8, 9, and 10) and incubated at 10, 20, 30, and $40^{\circ}C$. In all experimental variables, the primary growth curves were well ($r^2=0.9000$ to 0.9975) fitted to a Gompertz equation to obtain growth rates. The secondary response surface model for natural logarithm transformations of growth rates as a function of combined effects of temperature, pH, and NaCl was obtained by SAS's general linear analysis. The predicted growth rates of the S. aureus were generally decreased by basic (pH 9-10) or acidic (pH 5-6) conditions and higher NaCl concentrations. The response surface model was identified as an appropriate secondary model for growth rates on the basis of correlation coefficient (r=0.9703), determination coefficient ($r^2=0.9415$), mean square error (MSE=0.0185), bias factor ($B_f=1.0216$), and accuracy factor ($A_f=1.2583$). Therefore, the developed secondary model proved reliable for predictions of the combined effect of temperature, NaCl, and pH on growth rates for S. aureus in TSB medium.

우리나라 ABS(나고야의정서) 대응정책의 평가와 과제 (Evaluation and Challenges of Policy Responses to ABS (Nagoya Protocol) of Korea)

  • 홍형득;임홍탁;조은설
    • 기술혁신학회지
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    • 제16권2호
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    • pp.506-529
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    • 2013
  • 2010년 유엔 생물다양성협약 총회에서 나고야의정서(일명, ABS)가 채택됨으로 인해 각 국가는 해외자원의 이용과 국내자원에 대한 보호 측면에 관한 전략적인 대응이 필요하게 되었다. 본 연구는 우리나라가 ABS이행을 위한 대응정책을 효과적으로 하고 있는지 평가하고, 관련 부처 및 기관들의 긴밀한 연계체계 구축과 통합적 관리 및 효율적 운영 시스템을 확립하기 위한 방안을 찾고자 하였다. 연구결과 우리나라 정부 부처들은 다양한 생물유전자원관리 법률을 가지고 있으나 ABS에서 제기하고 있는 이용 및 이익 공유에 대한 규정을 모두 갖고 있지는 않은 것으로 나타났다. 대부분의 법률은 생물유전자원의 보존, 혹은 그 서식지의 보전 측면을 강조하고 있으나, '자원이용국'으로서 가지고 있어야 할 제도나 전략에 대해서는 미비한 것으로 나타났다. 따라서 향후 과제는 ABS에 대응하여 '자원제공국'뿐만 아니라 '자원이용국' 입장에서의 부처별 역할 조정 및 통합이 필요하고, 원산지 기재 특허 요건화에 대해서도 법률적으로 입장을 뚜렷이 할 필요가 있다.

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모바일 쇼핑몰 고객들의 구매 의사 결정에 관한 연구: TPB와 신뢰의 통합적 관점에서 (Consumer Purchase Decision in a Mobile Shopping Mall: An Integrative View of Trust and Theory of Planned Behavior)

  • 홍세일;이빈;김병수
    • 경영정보학연구
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    • 제18권2호
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    • pp.151-171
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    • 2016
  • 최근 스마트 폰, 스마트 패드와 같은 모바일 기기의 급속한 확산과 이동통신 기술의 발전으로 소비자들의 쇼핑 행태가 변화하고 있다. 본 연구에서는 계획 행동 이론(TPB: Theory of Planned Behavior)에 신뢰를 통합하여 모바일 쇼핑몰 고객들의 구매 의사 결정 메커니즘을 살펴보고자 한다. 지각된 용이성, 지각된 유용성, 지각된 유희성, 신뢰를 행동에 대한 태도의 주요 선행 요인으로 고려하였다. 또한, 보안, 지각된 위험, 주관적 규범이 신뢰에 미치는 영향도 살펴보았다. 모바일 쇼핑몰에서 구매 경험이 있는 154명의 고객들을 대상으로 연구 모형을 분석하였고, PLS(Partial Least Squares)를 활용하였다. 연구 분석 결과 행동에 대한 태도와 지각된 행동 통제력 모두 구매 의도에 유의한 영향을 미치는 것으로 분석되었다. 또한, 고객들이 모바일 쇼핑몰이 유용하고 재미있다고 인지할수록 구매에 긍정적인 태도 형성을 통해 구매 의도에 영향을 미쳤다. 하지만 신뢰는 직접적으로 구매 의도에 영향을 미치지 않았고, 행동에 대한 태도를 통해서 구매 의도에 유의한 영향을 미치는 것으로 분석되었다. 마지막으로 주관적 규범은 신뢰에 유의한 영향을 미쳤지만, 보안과 지각된 위험은 신뢰에 유의한 영향을 미치지 않았다. 모바일 쇼핑몰 제공업체들은 모바일 쇼핑몰 고객들의 구매 의사 결정 메커니즘에 대한 이해를 바탕으로 보다 효과적인 운영 및 마케팅 전략을 수립해야 할 수 있을 것으로 기대된다.