• Mass Spectrometry Letters
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• 제6권3호
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• pp.80-84
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• 2015

Here, we demonstrate the use of MALDI-TOF as a fast and simple analytical approach to evaluate the DNA-binding capability of various peptides. Specifically, by varying the amino acid sequence of the peptides consisting of lysine (K) and tryptophan (W), we identified peptides with strong DNA-binding capabilities using MALDI-TOF. Mass spectrometric analysis reveals an interesting novel finding that lysine residues show sequence selective preference, which used to be considered as mediator of electrostatic interactions with DNA phosphate backbones. Moreover, tryptophan residues show higher affinity to DNA than lysine residues. Since there are numerous possible combinations to make peptide oligomers, it is valuable to introduce a simple and reliable analytical approach in order to quickly identify DNA-binding peptides.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제33권10호
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• pp.746-758
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• 2006

광역 환경에서 존재하는 수많은 서버객체들은 이름이나 속성에 의해, 다양한 중복된 성질을 갖는다. 이러한 같은 성질을 갖는 서버객체들인 중복객체들에게 서비스를 요청할 때, 기존의 네이밍이나 트레이딩 서비스는 중복된 서버객체들의 바인딩 서비스가 불가능하다. 따라서 우리는 광역 컴퓨팅 환경에서 중복객체의 선정 및 동적 바인딩 서비스를 위한 통합모델을 제시하였다. 본 모델은 중복된 객체들의 일치관리 기능뿐만 아니라 시스템들간의 부하 균형화를 유지하기 위해서 최소부하를 갖는 시스템상의 객체를 선정하는 동적 바인딩 서비스 기능을 제공한다. 이러한 목적에서 우리는 광역 컴퓨팅 환경에서 중복특성을 가진 서버객체들의 바인딩을 지원하기 위한 서비스 방안과 모델을 구축해 왔다. 본 논문에서는 구축된 모델에 대해 실험환경을 보이고, 연합 모델에서 클라이언트와 서버와의 바인딩 과정을 성능 평가하였고, 부하균형이 우리의 모델에 적용될 수 있는지 확인하기 위하여 주어진 조건을 이용하여 우리의 모델을 검증하였다. 또한 우리는 광역환경을 위한 도메인들간의 연합을 고려한 모델의 수행결과도 분석하였다. 이들 수행 결과를 통해 기존 네트워크의 물리적인 트리 구조상에서 검색 비용이 적음을 보였다.

• Biomolecules & Therapeutics
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• 제30권4호
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• pp.380-388
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• 2022

Snail is implicated in tumour growth and metastasis and is up-regulated in various human tumours. Although the role of Snails in epithelial-mesenchymal transition, which is particularly important in cancer metastasis, is well known, how they regulate tumour growth is poorly described. In this study, the possible molecular mechanisms of Snail in tumour growth were explored. Baculoviral inhibitor of apoptosis protein (IAP) repeat-containing protein 3 (BIRC3), a co-activator of cell proliferation during tumourigenesis, was identified as a Snail-binding protein via a yeast two-hybrid system. Since BIRC3 is important for cell survival, the effect of BIRC3 binding partner Snail on cell survival was investigated in ovarian cancer cell lines. Results revealed that Bax expression was activated, while the expression levels of anti-apoptotic proteins were markedly decreased by small interfering RNA (siRNA) specific for Snail (siSnail). siSnail, the binding partner of siBIRC3, activated the tumour suppressor function of p53 by promoting p53 protein stability. Conversely, BIRC3 could interact with Snail, for this reason, the possibility of BIRC3 involvement in EMT was investigated. BIRC3 overexpression resulted in a decreased expression of the epithelial marker and an increased expression of the mesenchymal markers. siSnail or siBIRC3 reduced the mRNA levels of matrix metalloproteinase (MMP)-2 and MMP-9. These results provide evidence that Snail promotes cell proliferation by interacting with BIRC3 and that BIRC3 might be involved in EMT via binding to Snail in ovarian cancer cells. Therefore, our results suggested the novel relevance of BIRC3, the binding partner of Snail, in ovarian cancer development.

• 한국정보과학회논문지:정보통신
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• 제30권3호
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• pp.293-306
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• 2003

최근 분산 컴퓨팅 환경은 급진적으로 광역화되고, 이질적이며, 연합형태의 광역 시스템 구조로 변화하고 있다. 이러한 환경은 네트워크상에 광범위한 서비스를 제공하는 통신 네트워크 기반에서 구현된 수많은 객체로 구성된다. 더욱, 지구상에 존재하는 모든 객체들은 이름이나 속성에 의해 중복된 특성을 갖는다. 그러나 기존의 네이밍이나 트레이딩 메커니즘은 독립적인 위치 투명성 결여로 중복된 객체들의 바인딩 서비스 지원이 불가능하다. 서로 다른 시스템 상에 존재하는 중복된 객체들이 동일한 서비스를 제공한다면, 각 시스템의 부하를 고려하여 클라이언트의 요청을 분산시킬 수 있다. 이러한 이유로 본 논문에서는 광역 컴퓨팅 환경에서 중복된 객체들의 위치 관리뿐만 아니라 시스템들간의 부하 균형화를 유지하기 위해 서 최소부하를 갖는 시스템에 위치한 객체의 선정하여 동적 바인딩 서비스를 제공할 수 있는 새로운 모델을 설계하고 구현하였다. 이 모델은 네이밍 및 트레이딩 기능을 통합한 서비스에 의해 중복된 객체들에 대한 단일 객체 핸들을 얻는 부분과, 얻어진 객체 핸들을 사용하여 위치 서비스에 의해 하나 이상의 컨택 주소를 얻는 부분으로 구성하였다. 주어진 모델로부터, 우리는 네이밍/트레이딩 서비스와 위치 서비스에 의한 전체 바인딩 메커니즘의 처리과정을 나타내고, 통합 바인딩 서비스의 구성요소들에 대한 구조를 상세하게 기술하였다. 끝으로 구현 환경과 구성요소에 대한 수행 화면을 보였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권1호
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• pp.46-49
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• 2012

The Vibrio vulnificus vuuA gene, of which expression is repressed by a complex of iron and ferric uptake regulator (Fur), was characterized to localize the Fur-binding site in its upstream regulatory region. In silico analysis suggested the presence of two possible Fur-binding sites; one is a classical Fur-box and the other is a previously reported distinct Fur-binding site. Site-directed mutagenesis and DNase I protection assays revealed the binding site for the iron-Fur complex, which includes an extended inverted repeat containing a homologous sequence to the classical Fur-box.

• 한국콘크리트학회:학술대회논문집
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• 한국콘크리트학회 2006년도 추계 학술발표회 논문집
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• pp.537-540
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• 2006

Over the past few decades, a considerable number of studies on the durability of concrete have been carried out extensively. A lot of improvements have been achieved especially in modeling of ionic flows. However, the majority of these researches have not dealt with the chloride binding isotherm based on the mechanism, although chloride binding capacity can significantly impact on the total service life of concrete under marine environment. The purpose of this study is to develop the model of chloride binding isotherm based on the individual mechanism. It is well known that chlorides ions in concrete can be present; free chlorides dissolved in the pore solution, chemical bound chlorides reacted with the hydration compounds of cement, and physical bound attracted to the surface of C-S-H grains. First, sub-model for water soluble chloride content is suggested as a function of pore solution and degree of saturation. Second, chemical model is suggested separately to estimate the response of binding capacity due to C-S-H and Friedel's salt. Finally, physical bound chloride content is estimated to consider a surface area of C-S-H nano-grains and the distance limited by the Van der Waals force. The new model of chloride binding isotherm suggested in this study is based on their intrinsic binding mechanisms and hydration reaction of concrete. Accordingly, it is possible to characterize chloride binding isotherm at the arbitrary stage of hydration time and arbitrary location from the surface of concrete. Comparative study with experimental data of published literature is accomplished to validity this model.

• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제3권sup4호
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• pp.38-38
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• 2007

• 전기학회논문지
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• 제58권1호
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• pp.147-154
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• 2009

This paper presents a grating~integrated SPR (Surface Plasmon Resonance) sensor chip for simple and inexpensive biomolecule detection. The grating-integrated SPR sensor chip has two sensing channels having a nano grating for SPR coupling. An external mirror is used for multi channel SPR sensing. The present sensor chip replaces bulky and expensive optical components, such as fiber-optic switches or special shaped prisms, resulting in a simple and inexpensive wavelength modulated multi-channel SPR sensing system. We fabricate a SPR sensor chip integrated with 835 nm-pitch gratings by a micromolding technique to reduce the fabrication cost. In the experimental characterization, the refractive index sensitivity of each sensing channel is measured as $321.8{\pm}8.1nm$/RI and $514.3{\pm}8.lnm$/RI, respectively. 0.5uM of the target biomolecule (streptavidin) was detected by a $1.13{\pm}0.16nm$ shift of the SPR dip in the 10%-biotinylated sample channel, while the SPR dip in the reference channel for environmental perturbation monitoring remained at the same position. From the experimental results, multi-channel biomolecule detection capability of the present grating-integrated SPR sensor chip has been verified. On the basis of the preliminary experiments, we successfully measured the binding reaction rate for the $2\;nM{\sim}200\;nM$ monoclonal-antibiotin, thus verifying biomolecule concentration detectability of the present SPR sensor chip. The binding reaction rates measured from the present SPR sensor chip agredd well with those from a commercialized SPR sensor.

• 정보처리학회논문지A
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• 제9A권2호
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• pp.241-248
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• 2002

광역 컴퓨팅 시스템의 구조가 처음으로 네델란드 Vrije 대학의 분산 컴퓨팅 연구팀에서 명세화를 시키면서, 많은 연구개발자들은 분산객체의 광역 위치와 접속 서비스에 대한 연구들을 추진하고 있다. 이들 대부분의 연구들은 광역 컴퓨팅 사이트들 상에서 존재하는 비중복된 연산 객체들간에 바인딩 서비스에 대해서만 고려하고 있다. 그러나 지구상에 존재하는 수많은 객체들은 이름이나 속성에 의해 중복된 특성을 지닌다. 이러한 같은 특성을 갖는 객체들은 중복된 연산객체로 정의할 수 있다. 기존의 네이밍이나 트레이딩 기법으로는 독립적인 위치투명성의 결여로 중복된 연산객체들의 바인딩 서비스 지원이 불가능하다. 따라서 본 논문에서는 광역 컴퓨팅 환경에서 중복된 연산객체들의 위치관리 뿐 아니라 시스템들간의 부하균형화를 유지시키면서 퇴적객체의 선정을 통한 바인딩 서비스의 시간을 최소화 할 수 있는 새로운 모델을 제시한다.이 모델은 네이밍 및 트레이딩 기능들을 통합한 서비스에 의해 중복된 연산객체들에 대한 단일 객체핸들을 얻는 부분과, 이 객체핸들을 사용하여 노드관리자에 의해 중복객체들의 복수개의 컨택주소들을 제공하는 위치 서비스 부분으로 구성하였다. 위치 투명성을 제공하기 위해, 이 두 서비스는 서로 독립적으로 수행된다. 이러한 모델을 기반으로 분산객체의 광역 통합트리의 구조, 컨택주소들의 탐색 및 갱신 알고리즘을 기술하였다. 마지막으로 클라이언트 객체로부터 서로 다른 영역에 위치하는 분산객체들의 광역 바인딩을 제공할 수 있는 연합구조를 보였다.

• 상하수도학회지
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• 제20권6호
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• pp.893-904
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• 2006

To improve sensitivity of biosensor as yeast two-hybrid detection system for estrogenic activity of suspected chemicals, we tested effects of several combinations of the bait and fish components in the two-hybrid system on Saccharomyces cerevisiae inducted a chromosome-integrated lacZ reporter gene that was under the control of CYC1 promoter and the upstream Gal4p-binding element $UAS_{GAL}$. The bait components that were fused with the Gal4p DNA binding domain are full-length human estrogen receptor ${\alpha}$ and its ligand-binding domain. The fish components that were fused with the Gal4p transcriptional activation domain were nuclear receptor-binding domains of co-activators SRC1 and TIF2. We found that the combination of the full-length human estrogen receptor ${\alpha}$ with the nuclear receptor-binding domain of co-activator SRC1 was most effective for the estrogen-dependent induction of reporter activity among the two-hybrid systems so far reported. The relative strength of transcriptional activation by representative natural and xenobiotic chemicals was well correlated with their estrogenic potency that had been reported with other assay systems.