• Journal of Microbiology
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• 제38권2호
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• pp.66-73
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• 2000

To investigate the genetic relationship among 12 species belonging to the Fusarium section Martiella, Dlaminia, Gibbosum, Arthrosporiella, Liseola and Elegans, the internal transcribed spacer(ITS) regions of ribosomal DNA (rDNA) were amplified with primer pITS1 and pITS4 using the polymerase chain reaction(PCR). After the amplified products were digested with 7 restriction enzymes, restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns were analyzed. The partial nucleotide sequences of the ITS region were determined and compared. Little variation was observed in the size of the amplified product having sizes of 550bp or 570bp. Based on the RFLP analysis, the 12 species studied were divided into 5 RFLP types. In particular, strains belonging to the section Martiella were separated into three RFLP types. Interestingly, the RFLP type of F. solani f. sp. piperis was identical with that of isolates belonging to the section Elegans. In the dendrogram derived from RFLP analysis of the ITS region, the Fusarium spp. examined were divided into two major groups. In general, section Martiella excluding F. solani f. sp. piperis showed relatively low similarity with the other section. The dendrogram based on the sequencing analysis of the ITS2 region also gave the same results as that of the RFLP analysis. As expected, 5.8S, a coding region, was highly conserved, whereas the ITS2 region was more variable and informative. The difference in the ITS2 region between the length of F. solani and its formae speciales excluding F. solani f. sp. piperis and that of other species was caused by the insertion/deletion of nucleotides in positions 143-148 and 179-192.

• 전자공학회논문지
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• 제54권1호
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• pp.3-10
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• 2017

카운팅 블룸필터는 표준 블룸필터에서 제공하지 못하는 삭제 기능을 제공하여, 동적 집합에 대한 멤버쉽 쿼리를 허용하므로, 다양한 네트워크 알고리즘과 어플리케이션에 널리 사용된다. 그러나 카운팅 기능으로 인해 표준 블룸필터에는 없었던 오버플로우가 발생할 수 있고 이에 따라 거짓 음성이 발생할 수 있다. 4-비트 카운팅 블룸필터가 일반적으로 많이 사용되는데, 이는 모든 카운터에 4 비트를 할당하므로 메모리를 낭비한다는 단점이 있다. 거짓 음성의 가능성을 제거하고 메모리 사용량을 줄이기 위해서, 본 논문은 카운팅 블룸필터의 변형인 터너리 블룸필터(Ternary Bloom filter)를 제안한다. TBF는 하나의 카운터에 2개 이상의 원소가 대응될 경우, 더 이상의 삽입이나 삭제가 불가능하게 정한 구조이다. 실험을 통해 4-비트 카운팅 블룸필터와 같은 크기의 메모리 사용 시 TBF는 거짓 음성을 발생시키지 않을 뿐 아니라 거짓 양성률에 있어서도 상당한 우위를 보임을 확인하였다.

• Journal of Nutrition and Health
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• 제49권2호
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• pp.72-79
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• 2016

Purpose: The initiation of mandatory folic acid fortification using pteroylmonoglutamic acid (PteGlu) has reduced the rate of congenital malformations. However, it also appears to be responsible for several adverse effects, including increased cancer incidence. This may be related to physicho-chemical characteristics of PteGlu. This study examines the potential effect of high concentrations of PteGlu on a population subjected to mandatory folic acid fortification using an in vitro model. Methods: Caco-2 (colorectal cancer) and MCF7 (breast cancer) cell lines were cultured at 6 different PteGlu concentrations (0, 0.1, 1, 50, 250, and $500{\mu}g/ml$) for 6 days. Cell growth was determined using thiazolyl blue tetrazolium bromide assay. The genotype of dihydrofolate reductase 19bp deletion/insertion (DHFR 19-del) was also scored in cell lines using a restriction fragment length polymorphism technique to examine whether genetic variations may factor in cell proliferation. Results: PteGlu exhibited differential growth promoting properties between cell lines. Caco-2 cells did not show a significant growth difference at low concentrations compared to control, however, at higher concentrations, the growth showed a contrasting trend in the early experimental period, while MCF7 showed enhanced cell growth at all concentrations. The DHFR 19-del genotype differed in the two cell lines. Conclusions: Altered response to PteGlu by Caco-2 and MCF7 may reflect a tissue specific disease aetiology or genotype specific differential enzyme activity, for example by DHFR, to critical levels of PteGlu. As folic acid fortification is a blanket intervention, and DHFR and other enzyme activities vary between individuals, PteGlu intake may have an as yet undefined effect on health. These findings may be relevant when considering mandatory folic acid fortification for disease prevention.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• nspc3호
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• pp.139-146
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• 1992

중합효소연쇄반응(PCR)을 이용한 클로닝 기법과 Taq 염기서열분석법을 사용하여 갑각류에 속하는 뿔물맞이게(Pugettia quadridens)(십각 목, 범배 아목, 게 하목)에 대한 18S 리보솜 RNA 유전자의 1차염기서열을 밝혔다. 본 종의 18S 리보솜 RNA 유전자는 십각류에 속하는 또 다른 종인 두드러기어리게(Oedignathus inermis)보다 46개가 짧은 1837개의 염기로 이루어져 있었다. 염기가 삽입되거나 결실된 부분을 고려하지 않았을때에 두 종간에 염기서열 유사도는 90.8%이었다. 염기서열이 가장 보존적인 부위는 1137-1206(70개) 분위로 이 부위에서는 두 종이 완전히 동일한 염기서열을 보이고 있었고, 변이가 연속적으로 가장 큰 부위는 46-55 부위였고 399-407 부위가 그 다음으로 많은 연속적 변이를 가지고 있었다. 18S 리보솜 RNA 유전자의 1차구조에 있어서 염기서열의 변이는 이 유전자 전체를 통해 고르게 분포하지 않았다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제8D권5호
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• pp.593-604
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• 2001

데이타베이스 공유 시스템(Database Sharing System:Dss)은 고성능의 트랜잭션 처리를 위해 제안된 구조이다. DSS에서 고속의 통신망으로 연결된 노드들은 별도의 메모리와 운영체제를 가지며, 데이타베이스를 저장하고 있는 디스크 모든 노드에 의해 공유된다. 빈번한 디스크 액세스를 피하기 위해 각 노드는 최근에 액세스한 데이타 페이지와 인덱스 페이지들을 자신의 메로리 버퍼에 캐싱한다. 일반적으로 B-트리 인덱스페이지들은 데이타 페이지에 비해 빈번하게 캐싱되고, Fetch, Fetch Next, 삽입, 그리고 삭제와 같은 복잡한 연산을 수행하므로, 높은 동시성을 지원하는 효율적인 캐쉬 일관성 기법이 필요하다. 본 논문에서는 DSS에서 B-트리 인덱스 페이지의 식별자와 리프 페이지의 PageLSN을 사용한 캐쉬 일관성 기법을 제안한다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제20권4호
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• pp.1-10
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• 2015

낸드 플래시는 기존의 하드디스크와 다르게 지움 연산이 필요하고 제자리 갱신이 불가능한 특성을 가지고 있어 플래시 전환 계층(FTL: Flash Translation Layer)을 사용한다. 하지만 플래시 전환 계층을 이용하는 방법은 사상 테이블의 사용에 따른 메모리 소비량이 많은 단점이 있어서 최근에는 사상 테이블을 사용하지 않는 색인 구조에 대한 연구가 많이 이루어지고 있다. 하지만 이러한 연구들은 사상 테이블을 사용하지 않는 시스템에서 발생되고 있는 업데이트 파생문제를 해결하여야 한다. 논문에서는 이러한 업데이트 파생문제를 효과적으로 해결하고자 CL-트리(Cache List Tree)라 명명된 새로운 색인 구조를 제안한다. 제안하는 기법은 메모리상에 쓰기 연산이 이루어진 노드들의 주소를 다중 리스트로 이루어진 CL-트리에 저장함으로써, 추가적인 쓰기 연산을 줄일 뿐만 아니라 자주 접근되는 노드에 대하여 빠르게 접근할 수 있기 때문에 탐색 측면에서도 뛰어난 성능을 보인다. 성능평가 결과 제안하는 CL-트리 구조는 작업 수행 속도에서 기존의 B+ 트리와 주요 관련 연구에 비해 삽입 속도는 최대 173%, 탐색 속도는 179% 향상되었음을 보였다.

• 대한바이러스학회지
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• 제29권2호
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• pp.107-118
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• 1999

To characterize the molecular nature of human immunodeficiency virus (HIV)-1, we determined the full-length HIV-1 sequences from cultured peripheral blood mononuclear cells (PBMC) of a Korean long-term nonprogressor (LTNP). Without antiretroviral therapy, the individual has maintained CD4+ T counts over $500/{\mu}l$ from 1989 to 1999. Plasma viral RNA copy was 992 U/ml in 1998. Culture supernatant showed positive from culture days 9. A series of 9 overlapping PCR products were amplified from cultured PBMC and cloned About 9.2 kb from R of 5' LTR to R of 3' LTR was determined by automated sequencing. The G-to-A hypermutations were shown throughout the entire region. As a result of G to A hypermutations, premature stop codon was found in integrase coding region. Though there was no recombination between subtypes over all genomes, TATA box in both LTRs was TAAAA which is detected in subtype E instead of TATAA in subtype B. And, there were nucleotide GC insertion between $NF-{\kappa}B$ I and Sp1 III, and duplication of $TCF-1{\alpha}$ in LTR. We could not find any deletion of amino acid in Nef, Gag, Pol and Env gene. This study is the first report on molecular nature of full genomes of HIV-1 isolated in Korea.

• 한국약용작물학회지
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• 제3권1호
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• pp.50-55
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• 1995

체세포배의 생산, 보호 및 저장조건의 구명과 체세포배의 기내분화 및 체세포배 배양식물의 유전변이 여부를 탐색하기 위한 연구를 수행한 결과 MS기본배지 보다 1/2MS배지가 체세포배형성에 가장 효과적이었으며 BA, kinetin처리 모두 $0.1{\sim}1mg/L$에서 체세포배가 발이하여 식물체 형성이 양호하였고 농도가 높을수록 억제되는 경향을 보였으며 shoot의 발근과 신장을 위해서는 IAA처리가 효과적이었다. 1/2MS기본배지에 2.0%의 알진산 용액으로 알진산캡슐을 씌운 체세포배의 기내에서의 식물체형성(전환율)은 $AgNO_3$5mg/l처리가 86%로 가장 앙호하였다 . $5^{\circ}C$에서 3개월 동안 체세포배를 저온저장하여 65%의 발아가 이루어졌으며 저장기간이 길어질수록 발아율이 저하되었다. 체세포배 배앙식물은 RAPD(Randomly Amplified Polymorphic DNA)분석을 통하여 여러 major band 수준에서 DNA polymorphism이 관찰되었다.

• 한국정보처리학회논문지
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• 제6권10호
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• pp.2574-2586
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• 1999

SGML문서는 정보 표현의 기본 단위인 엘리먼트로 구성되어져 있기 때문에 SGML 정보 검색은 기존의 정보 검색에서의 문서 단위 검색뿐만 아니라 엘리먼트 단위 검색이 이루어져야 한다. 또한, SGML 인덱스 구조는 동적 환경을 위해 문서의 부분 삭제와 부분 삽입을 지원해야 한다. 이를 위해 본 연구에서는 동적 환경하에서 구조 질의에 적합한 SGML 인덱스 구조를 제안한다. 그리고, 제안된 인덱스 구조에 근거하여 내용 및 구조-기반 검색을 효율적으로 지원하는 인덱스 관리자를 설계하고, O2시스템을 기반으로 SGML 정보 검색 인덱스 관리자를 구현하며, 기존 인덱스 관리자와 성능 비교를 수행한다. 검색성능 비교 결과, 본 연구에서 제안한 방법이 기존의 K-ray 완전 트리를 사용한 방법보다 더 우수함을 나타낸다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제14권7호
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• pp.89-95
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• 2009

본 논문의 공간색인을 사용하여 RFID 태그를 관리하는 태그색인 기법을 제안한다. 재고 관리 등에 사용되는 태그는 리더에 의해 위치가 결정된다. 즉, 태그가 부착된 제품이 리더에 인식됨으로써 제품의 위치가 생성되어 추적이 가능하다. 본 논문은 RFID 태그가 부착된 제품을 관리하는 혼합태그색인(hTag-tree: Hybrid Tag index)을 제안한다. hTag-tree는 태그의 특성을 반영하여 빠른 검색이 가능하도록 제안하는 새로운 색인이며 리더의 공간좌표를 이용하여 태그를 관리하는 태그 인덱스이다. 본 제안 색인은 동적환경에서 태그의 삽입, 삭제, 갱신에서 빠른 노드접근이 가능하며, 기존 기법에 비해 태그 검색시 노드접근 횟수를 최소화한다. 또한 기존 태그색인에서 MBR의 확장으로 인하여 조상 노드를 접근함으로써 탐색성능이 저하되는 것을 방지하였다. 제안한 색인의 실험은 태그 인덱스인 Fixed Interval R-tree와 기존의 공간색인인 R-tree를 비교 하였으며 결과적으로 데이터 탐색을 위한 노드접근횟수와 검색 시간에 있어서 hTag-tree가 더 향상된 시간을 나타낸다. 이는 제안 색인을 이용하면 다량의 RFID 태그를 보다 효율적으로 관리할 수 있다는 사실을 보여주고 있는 것이다.