• Molecular & Cellular Toxicology
• /
• 제4권3호
• /
• pp.246-252
• /
• 2008

Tumor tissue is usually contaminated by normal tissue components, which reduces the sensitivity of analysis for exploring genetic alterations. Although microdissection has been adopted to minimize the contamination of tumor DNA with normal cell components, there is a concern over the amount of microdissected DNA not enough to be applied to array-CGH reaction. To amplify the extracted DNA, several whole genome amplification (WGA) methods have been developed, but objective comparison of the array-CGH outputs using different types of WGA methods is still scarce. In this study, we compared the performance of non-amplified microdissected DNA and DNA amplified in 2 WGA methods such as degenerative oligonucleotide primed (DOP)-PCR, and multiple strand displacement amplification (MDA) using Phi 29 DNA polymerase. Genomic DNA was also used to make a comparison. We applied those 4 DNAs to whole genome BAC array to compare the false positive detection rate (FPDR) and sensitivity in detecting copy number alterations under the same hybridization condition. As a result microdissected DNA method showed the lowest FPDR and the highest sensitivity. Among WGA methods, DOP-PCR amplified DNA showed better sensitivity but similar FPDR to MDA-amplified method. These results demonstrate the advantage and applicability of microdissection for array-CGH analysis, and provide useful information for choosing amplification methods to study copy number alterations, especially based on precancerous and microscopically invaded lesions.

• 정보처리학회논문지:컴퓨터 및 통신 시스템
• /
• 제6권3호
• /
• pp.135-142
• /
• 2017

DDoS (Distributed Denial of Service)는 대량의 좀비 PC를 이용하여 공격 대상 서버에 접근하여 자원을 고갈시켜 정상적인 사용자가 서버를 이용하지 못하게 하는 공격이다. DDoS 공격발생 사례가 꾸준히 증가하고 있고, 주요 공격대상은 IT 서비스, 금융권, 정부기관이기 때문에 DDoS를 탐지하는 것이 중요한 이슈로 떠오르고 있다. 본 논문에서는 DNS 서버를 이용하여 패킷을 증폭시키는 DNS DDoS 공격 즉, DNS Amplification 공격(이하 DNS 증폭 공격)을 Deep Learning (이하 딥 러닝)을 활용해 실시간으로 탐지하는 방법에 대해 소개한다. 기존 연구들의 한계점을 극복하기 위하여 실험망 환경의 데이터가 아닌 실 환경 데이터를 혼합하여 탐지 시스템을 학습하였다. 또한 이미지 인식에 주로 사용되는 Convolutional Neural Network (이하 CNN)을 이용하여 딥 러닝 모델을 구축하였다.

• 정보처리학회논문지B
• /
• 제16B권1호
• /
• pp.1-6
• /
• 2009

움직임에 의해 흐려지고 잡음으로 훼손된 영상을 복원하는 것은 매우 어렵다. 기존의 방법들은 영상의 국부적인 특성을 고려하지 않고 영상 전체에 일률적으로 복원처리를 행함으로써 윤곽부분에서 리플잡음을 초래하고 평면부분에서도 잡음증폭을 피할 수 없다. 이러한 문제점을 개선하기 위하여, 본 논문에서는 윤곽방향을 고려한 방향성 정칙화 연산자를 사용하여 적응적으로 처리되는 반복 정칙화 방법을 제안한다. 그것과 더불어 적응 정칙화 파라메타와 이완 파라메타를 적용하는 알고리즘도 함께 제안한다. 결론적으로, 이 방법은 기존의 방법과 비교할 때, 평면부분에서 잡음증폭을 억제하고, 시각적으로 중요한 윤곽부분의 리플잡음을 억제함으로써 윤곽부분 복원에 더욱 효율적임을 실험을 통하여 확인할 수 있었으며 또한 ISNR 면에서도 우수하였다는 것을 확인할 수 있다.

• 정보처리학회논문지:컴퓨터 및 통신 시스템
• /
• 제11권12호
• /
• pp.419-428
• /
• 2022

플래시 메모리는 in-place 수정이 불가능한 특성을 가지기 때문에 out-of-place 방식으로 쓰기 작업을 수행한다. 덮어쓰기가 발생한 오래된 페이지는 유효하지 않은 페이지로 전환된다. 유효하지 않은 페이지들은 높은 오버헤드를 가진 가비지 컬렉션 과정을 유발한다. 가비지 컬렉션은 많은 읽기, 쓰기 작업을 유발하기 때문에 플래시 메모리의 주요 성능 이슈 중 하나이다. 2R에서는 OLTP(On-Line Transaction Process) 워크로드의 I/O 특성을 가비지 컬렉션 알고리즘에 적용하여 WAF(Write Amplification Factor)를 개선하였다. 본 논문에서는 접근 간격이 긴 페이지들을 추가로 분리하는 2R++를 통해 2R에서 발생하는 지역 오염 문제를 해결했다. 2R++는 블록 당 추가 bit를 도입해 second chance mechanism 기반으로 warm 페이지를 분리해서 warm 페이지가 cold 페이지로 오인 식별되는 것을 방지한다. TPC-C와 Linkbench에 대해 알고리즘 별 성능 비교 실험을 진행하였고, 그 결과 2R++의 WAF는 2R대비 각각 57.8%, 13.8%의 개선을 이루어냈음을 확인했다.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제39권2호
• /
• pp.191-206
• /
• 2023

Ground cherry (Physalis pubescens) is the most prominent species in the Solanaceae family due to its nutritional content, and prospective health advantages. It is grown all over the world, but notably in northern China. In 2019 firstly bacterial leaf spot (BLS) disease was identified on P. pubescens in China that caused by both BLS pathogens Xanthomonas euvesicatoria pv. euvesicatoria resulted in substantial monetary losses. Here, we compared whole genome sequences of X. euvesicatoria to other Xanthomonas species that caused BLS diseases for high similarities and dissimilarities in genomic sequences through average nucleotide identity (ANI) and BLAST comparison. Molecular techniques and phylogenetic trees were adopted to detect X. euvesicatoria on P. pubescens using recQ, hrpB1, and hrpB2 genes for efficient and precise identification. For rapid molecular detection of X. euvesicatoria, loop-mediated isothermal amplification, polymerase chain reaction (PCR), and real-time PCR techniques were used. Whole genome comparison results showed that the genome of X. euvesicatoria was more closely relative to X. perforans than X. vesicatoria, and X. gardneri with 98%, 84%, and 86% ANI, respectively. All infected leaves of P. pubescens found positive amplification, and negative controls did not show amplification. The findings of evolutionary history revealed that isolated strains XeC10RQ, XeH9RQ, XeA10RQ, and XeB10RQ that originated from China were closely relative and highly homologous to the X. euvesicatoria. This research provides information to researchers on genomic variation in BLS pathogens, and further molecular evolution and identification of X. euvesicatoria using the unique target recQ gene through advance molecular approaches.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제33권8호
• /
• pp.1101-1110
• /
• 2023

Streptococcus mutans is the primary causative agent of caries, which is one of the most common human diseases. Thus, rapid and early detection of cariogenic bacteria is critical for its prevention. This study investigated the combination of loop-mediated isothermal amplification (LAMP) and microfluid technology to quantitatively detect S. mutans. A low-cost, rapid microfluidic chip using LAMP technology was developed to amplify and detect bacteria at 2.2-2.2 × 10⁶ colony-forming units (CFU)/ml and its detection limits were compared to those of standard polymerase chain reaction. A visualization system was established to quantitatively determine the experimental results, and a functional relationship between the bacterial concentration and quantitative results was established. The detection limit of S. mutans using this microfluidic chip was 2.2 CFU/ml, which was lower than that of the standard approach. After quantification, the experimental results showed a good linear relationship with the concentration of S. mutans, thereby confirming the effectiveness and accuracy of the custom-made integrated LAMP microfluidic system for the detection of S. mutans. The microfluidic system described herein may represent a promising simple detection method for the specific and rapid testing of individuals at risk of caries.

• 대한전자공학회논문지SD
• /
• 제46권8호
• /
• pp.86-94
• /
• 2009

차동형 아날로그 PRML 디코더의 하드웨어 구현 시에 발생하는 mismatching 문제를 해결하기 위해서 입력 심볼 에러를 증폭함으로써 에러 정정 효과를 향상시키는 방법을 제안하였다. 차동형 아날로그 PRML 비터비 디코더는 축약된 길이만큼의 트렐리스 다이아그램 회로를 2 개 구성하고, 그 중 한 회로는 0에 해당하는 가지들을 절단하고, 다른 회로는 1에 해당하는 가지들을 절단하여 두 회로의 출력을 비교함으로써 디코딩한다. 이 때, 두 회로 출력 값의 차이가 작을 경우에는 하드웨어 구현시의 mismatching 때문에 디코딩 에러가 발생할 수 있다. 본 논문에서는 입력 심볼 에러 값들을 증폭함으로서 큰 경로 에러 값들은 saturation시키는 대신, 작은 경로 에러 값들 간에는 구별 성을 키움으로써 결과적으로 0 혹은 1 간의 구별 마진이 커지게 하는 방법을 제안하였다. 회로의 디코딩 성능 개선효과를 보이기 위해 시뮬레이션 결과를 제시하였다.

• 한국정보통신학회논문지
• /
• 제24권12호
• /
• pp.1670-1675
• /
• 2020

본 연구에서는 DRDoS 공격에 대한 효과적인 네트워크 기반 대응책을 수립하는데 필요한 기초 자료를 제공하고자, DRDoS의 네트워크 기반 특징을 식별하고 이에 대한 확률 및 통계 기법을 적용한 새로운 'DRDoS 공격 다단계 탐지기법'을 제안하고자 한다. 제안된 기법은 DRDoS의 특징인 반사 서버의 증폭에 의한 네트워크 대역폭에서 무제한 경쟁으로 정상적인 트래픽이 무분별하게 차단될 수 있는 한계를 제거하고자 'Server to Server' 및 이에 대한 'Outbound 세션 증적' 여부를 비교하여 정확한 DRDoS 식별 및 탐지가 가능하고 이에 대한 트래픽에 대해서만 통계 및 확률적 임계값을 적용하기에, 네트워크 기반 정보보호 제품은 이를 활용하여 완벽하게 DRDoS 공격 프레임을 제거가 가능하다. 시험을 통해 제안한 기법이 DRDoS 공격에 대한 식별 및 탐지 정확성을 높이고 희생자 서버의 서비스 가용성을 확보함을 확인하였다. 따라서 본 연구결과는 DRDoS 공격 식별 및 대응에 크게 기여할 수 있을 것으로 기대한다.

• 한국경영정보학회:학술대회논문집
• /
• 한국경영정보학회 2008년도 춘계학술대회
• /
• pp.1023-1028
• /
• 2008

Recently the advent of web 2.0 era is an important trend in the business environmental change. Web 2.0 era means users' active participation, share, and openness, develop 'Internet penetration into everyday life,' and change many aspects of our society. web 2.0 has been making these following changes in the socioeconomic aspects: 1) acceleration of system shift to a small quantity of multi-species production system 2) growing influence of on-line channel/information to consumers 3) various minorities' power increase in the socioeconomic sector. Web 2.0 has been making these following changes in the firms' strategies for information management: 1) increase of external knowledge and information utilization 2) amplification and reproduction of information from customers 3) change of information distribution: pursuit of two-way communication with customers 4) integration of different information/services for business transformation. Firms must squarely look at socioeconomic changes owing to web 2.0, and utilize them for firms' effective information management.

• 대한전자공학회:학술대회논문집
• /
• 대한전자공학회 2005년도 추계종합학술대회
• /
• pp.1301-1304
• /
• 2005

본 논문에서는 전력선 통신 시스템에서 급격하게 변화는 임피던스 때문에 발생하는 에러율을 개선하기 위하여 제안한 D급 증폭 구동 회로를 적용하였다. 전력선 모뎀에, 일반적인 구동회로인 전압 구동 회로와 전류 구동 회로를 제작하여 실험을 하였다. 그리고 같은 전력선 모뎀에 본 논문에서 제안한 D급 증폭 회로를 이용한 구동 회로를 사용하여 실험을 하였다. 실험 결과 본 논문에서 설계한 구동 회로가 전력선 통신에서 임피던스 변화에 대하여 다른 구동 회로보다 성능이 우수함을 보였다.