• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제26권
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• pp.5.1-5.11
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• 2011

Objectives: In order to identify the possibility of slender bitterling (SB) (Acheilognathus yamatsutae) being used as a test species for estrogenic endocrine disrupting chemicals (EEDCs), we carried out the cloning and sequence characterization of the estrogen receptor (ER). Methods: The ER from a slender bitterling was obtained by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), 5'- and 3'-rapid amplification of cDNA ends (5'-RACE and 3'-RACE) and T-vector cloning. The expression of ER mRNA was also analyzed in six tissues (brain, liver, kidney, gill, gonad, and intestines) by real-time PCR. Results: We obtained an ER from the slender bitterling. The SB ER cDNA was 2189 base pairs (bp) in length and contained a 1707 bp open reading frame that encoded 568 amino acid residues. The SB ER amino acid sequence clustered in a monophyletic group with the $ER{\alpha}$ of other fish, and was more closely related to zebrafish $ER{\alpha}$(88% identity) than to the $ER{\alpha}$ of other fish. The SB ER cDNA was divided into A/B, C, D, E and F domains. The SB ER has conserved important sequences for ER functions, such as the DNA binding domain (D domain), which are consistent with those of other teleosts. Conclusions: The ER of the slender bitterling could provide basic information in toxicological studies of EEDCs in the slender bitterling.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제58권2호
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• pp.181-184
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• 2020

Blastocystis, an enteric protist, has been reported to be an important cause of protozoal gastrointestinal manifestations in humans and animals worldwide. Animals harboring certain Blastocystis subtypes (STs) may serve as a potential source of human infection. However, information about the prevalence and genetic diversity of Blastocystis in alpacas is limited. In the present study, a total of 366 fecal samples from alpacas in Shanxi Province, northern China, were examined for Blastocystis by PCR amplification of the small subunit rRNA gene, followed by sequencing and phylogenetic analysis. The prevalence of Blastocystis in alpacas was 23.8%, and gender difference in the prevalence of Blastocystis was observed. The most predominant Blastocystis ST was ST10, followed by ST14 and ST5. The detection of ST5, a potentially zoonotic genotype, indicates that alpacas harboring ST5 could be a potential source of human infection with Blastocystis. These data provide new insight into the prevalence and genetic diversity of Blastocystis in alpacas.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제11권11호
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• pp.4473-4482
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• 2010

한방의학에서 절진에 속하는 맥진은 28가지의 맥상 분석 방식을 기존의 아날로그 시스템에 적용하여 사용하였다. 그러나 아날로그 시스템은 ECG (Electrocardiogram)와 같은 특징점 추출방법을 이용해 맥파를 분석하는데 특징점 추출방법과 입력 신호의 과도한 증폭으로 맥파의 Clipping현상이 발생되어 맥파의 모양을 정확하게 분석할 수 없는 문제점들이 발생되었다. 본 논문에서는 이러한 아날로그 맥진기 시스템에 문제점을 보완하기 위한 방안의 하나로 전자 맥진기 시스템의 중요한 부분이라 할 수 있는 디지털 필터를 설계하기 위하여 신호의 특징점 추출을 위한 C-spline 보간법을 이용하고, signal modeling에 Prony's method로 디지털 필터를 설계하는 방법을 제안 하였다. 또한 기존의 아날로그 시스템에 맥파 분석 방법의 문제점을 보안하기 위한 전자 맥진기 시스템을 구성하여 새로운 맥파 분석 알고리즘과 아날로그 시스템에서 분석이 어려웠던 맥파의 모양 분석 알고리즘을 제안하였다. 증폭 단 이후 제안된 필터 설계방법을 이용하여 구성된 전자 맥진기 시스템의 출력 값이 아날로그 맥진기의 출력 파형과 아주 유사하면서 파형이 깨끗한 신호를 얻을 수 있어 설계방법의 적합성을 확인 하였고, 제안된 알고리즘에 의한 맥파 분석 결과가 아날로그 시스템의 맥파 분석 보다 정확한 맥파를 분석할 수 있었음을 확인할 수가 있었다.

• 융합정보논문지
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• 제7권2호
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• pp.1-9
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• 2017

최근에 증폭기법을 이용한 DDoS 공격은 정상적인 서버들에서 정상 트래픽과의 구분을 어렵게 하고 공격 탐지를 하더라도 감지가 어려운 특성을 가지고 있다. SSDP 프로토콜은 IoT 장비들에서 널리 사용되는 일반적인 프로토콜이기 때문에 DDoS 증폭 공격으로 활용되고 있는 형편이다. 본 연구에서는 SSDP의 서비스 확인 메시지 중계의 약점을 이용한 반사체공격기법을 분석하고 이러한 공격에 대하여 각 디바이스의 Mac 주소를 관리하여 공격을 감지하고 방어하는 기술적 제안과 홈 IoT 관리 체계를 제안하였다. 가상 환경 속에서 실험적 공격을 수행하여 가상공격의 효과에 대하여 정리 분석하였으며 제안 기술로 공격을 방지하도록 검증하였으며 또한 홈 IoT의 보안관제 체제를 제안하였다.

• 농업과학연구
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• 제48권2호
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• pp.283-297
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• 2021

Investigation of genetic diversity and molecular characterization in high yielding rice varieties is important for their identification. The experiment was conducted during 2016 - 2017 to analyse the genetic diversity of fifteen high yielding rice varieties in Bangladesh by using random amplification of polymorphic DNA (RAPD) markers. Polymorphism was revealed in 12 RAPD primers out of 30, whereas no other reaction was detected on the remaining 18 primers. The 40 out of 45 bands (88.89%) polymorphics were produced by the primers and ranged from 50 to 100%. The maximum number of polymorphic bands was produced by the primer OPB-18 whereas the lowest number of polymorphic bands belonged to OPC-12. The genetic similarity coefficients were determined with the RAPD data, which ranged from 0.47 to 0.94. The unweighted paired group of arithmetic means (UPGMA) dendrogram presented the studied rice varieties into two major clusters. Moreover, the value of Nei's genetic diversity is 0.26 and the Shanon information index is 0.41. The study produced distinct positions, suggesting that the genotypes were different from each other. The results indicated that these markers could be efficient for comparing the genetic relationships, patterns of variation, and measurement of genetic distance among rice varieties. Considering all of these results, RAPD analysis is found to be an effective tool for estimating the genetic diversity of different rice varieties. The outcomes of this research may contribute to the germplasm data of rice accessions and a future breeding program of rice genotypes.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제48권1호
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• pp.26-33
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• 2021

당귀는 일반적으로 이용되는 대표적인 다년생의 약용식물이다. 최근 국제적 추세에 따라 자국의 유전자원의 발굴, 보존 등이 강화됨에 따라 인접국가와 국내 자생 당귀 계통을 판별할 수 있는 기준설정에 관한 연구의 필요성이 대두되고 있지만, 분자생물학적 판별 기술의 개발은 아직 미흡한 실정이다. 본 연구에서는 국내 토종 당귀인 참당귀와 세발당귀, 그리고 해외 유래 당귀 종의 기원을 판별하기 위해 핵의 리보솜에 존재하는 ITS 유전자단편에서 SNP를 이용한 판별 프라이머를 확보하였으며, 이를 보완하여 보다 신속하게 판별하기 위하여 ARMS-PCR 기술을 이용한 판별 마커와 그 조건을 확립하였다. 그러므로, 본 연구에서 개발된 SNP 마커는 다양한 지역 또는 국가에서 서식하는 당귀 종들의 신속한 확인을 위해 매우 유용하게 이용될 것으로 생각된다.

• 대한본초학회지
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• 제37권5호
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• pp.9-16
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• 2022

Objectives : The purpose of this study is to report that applying the genetic discrimination method to Pinelliae Tuber is suitable as a countermeasure for the limitations of morphological identification announced publicly in the Ministry of Food and Drug Safety(MFDS). Methods : Randomly selected fifty samples in Pinelliae Tuber imported from China were used for morphological and genetic identification. The morphological identification was applied method announced publicly by the MFDS. The traits of morphological identification were classified as Pinellia ternata, P. tripartita, Pinellia pedatisecta, and Typhonium flagelliforme, according to the formation of tuberous root and tuber morphology. The genetic identifications were conducted by Sequence Characterized Amplified Region(SCAR) marker and DNA barcoding analysis for cross-validation, respectively. SCAR marker was verified according to the presence or absence of amplicon through PCR amplification using species-specific primers. DNA barcoding analysis used sequence information of the matK region. Results : As a result of the morphological identification, 27 out of 50 samples were identified as original species 'P. ternata' of genuine 'Pinelliae Tuber', and 23 were identified as adulterant species 'P. pedatisecta'. Unlike this, the genetic identification was identified as the original species 'P. ternata' in all 50 samples in the SCAR marker and matK regional sequence analysis. Conclusions : Pinelliae Tuber of morphological mutant that can not be classified by morphological identification is imported from China. The SCAR marker would be used as accurate and efficient assays for species identification of the morphological mutant.

• 대한본초학회지
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• 제28권3호
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• pp.75-84
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• 2013

Objectives : The origin of Breeae Herba (So-gye) and Cirsii Herba (Dae-gye) is differently prescribed in Korean and Chinese modern pharmacopoeia. Since the similar morphological characteristics and chaotic plant names, moreover, the aerial part of Carduus crispus have been used as the Cirsii Herba. To develop a reliable method for correct identification of these herbal medicines and to evaluate the genetic relationship of these closely related plant species, we analyzed sequences of DNA barcode regions. Methods : Thirty-one samples of 6 medicinal plants (B. segeta, B. setosa, C. japonicum var. maackii, C. setidens, C. chanroenicum, and C. crispus) were collected from different habitate and nucleotide sequences of DNA barcode regions (rDNA-ITS, matK, and rbcL) were analyzed after amplification using appropriate primers reported in previous studies. The nucleotides of species-specific authentic marker and phylogenetic relations were estimated based on the entire sequences of DNA barcodes by the analysis of ClastalW and UPGMA, respectively. Results : In comparative analysis of DNA barcode sequences, we obtained specific nucleotides to discriminate the medicinal plant of Breeae/Cirsii Herba in species level and evaluated the phylogenetic relationship of these species. Futhermore, we identified distinct marker nucleotides enough to authenticate respective species. These sequence differences at corresponding positions were avaliable genetic markers to determine the botanical origins of Breeae Herbal as well as Cirsii Herba. Conclusions : These marker nucleotides would be useful to identify the official herbal medicines by providing of definitive information that can identify each plant species and distinguish from unauthentic adulterants and substitutes.

• 한국환경생태학회지
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• 제31권6호
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• pp.492-499
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• 2017

퉁퉁마디 개체군의 서식 면적에 따른 유전적 다양성을 조사하기 위하여 6개 군집 96개체를 대상으로 ISSR marker를 사용하여 분석하였다. 6개 ISSR 프라이머에서 총 49개의 PCR 증폭 밴드가 관찰되었으며 이 중 30개의 밴드가 유전적 다형성을 갖는 밴드로 나타났다. 퉁퉁마디 개체군 전체의 유전적 다양성을 나타내는 지수 I(Shannon's information index)는 0.382로 나타났으며 h(gene diversity)는 0.249으로 나타났다. 군집 크기에 따른 유전적 다양성 지수는 $0.1m{\times}0.1m$에서 0.092(I), 0.058(h)로 가장 낮게 나타났고 $25m{\times}25m$에서 0.338(I), 0.227(h)로 가장 높게 나타나 유전적 다양성이 높은 군집 형성에 적합한 면적이라 할 수 있다. 퉁퉁마디 개체군 간 거리에 따른 유전적 다양성의 상관관계를 UPGMA 방법으로 분석한 결과 퉁퉁마디 개체군 간 거리와는 유의한 상관관계를 보이지 않았다. 본 연구 결과 제한된 환경에서 서식하는 퉁퉁마디는 유전적 다양성을 갖는 군집 형성을 위해 일정한 크기 이상의 면적이 확보되어야 할 것으로 판단된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제32권3호
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• pp.256-264
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• 2004

본 연구는 벼의 세균병 중 치명적인 흰잎마름병을 유발하는 Xanthomonas oryzae pv. oryzae를 검출할 수 있는 프라이머를 개발하기 위해 실시하였다. X. o. pv. oryzae str. KACC10331의 hpaA유전자 염기서열로부터 흰잎마름병만을 특이적으로 검출할 수 있는 프라이머를 제작하여 중합효소연쇄반응에 사용하였다. 개발된 특이 프라이머는 X. o. pv. oryzae str. KACC10331과 X. campestris pv. vesicatoria, X. campestris pv. campestris, X. axonopodis pv. citri 그리고 X. axonopodis pv. glycines의 phaA유전자 염기서열의 상동성을 비교하여, 그 중 X. o. pv. oryzae만이 가지는 특이적인 부분을 바탕으로 각각 20-mer인 XOF와 XOR를 제작하였다. 제작된 프라이머를 이용하여 중합효소 연쇄반응을 실시한 결과 반응 후 생성된 단편의 크기는 534-bp였다. 반응 후 생성된 단편은 Southern hybridization을 통하여 Xanthomonas 균주들의 hpaA유전자 존재 여부 및 그 상동성을 비교분석하기 위해 사용하였다. 또한 제작된 프라이머를 이용하여 흰잎마름병에 감염된 벼 잎에서의 검출 여부를 확인하였고 X. o. pv. oryzae의 순수 균주 배양액을 중합효소연쇄반응에 이용하여 검출한계를 검정하였다. 본 연구에서 제작된 프라이머를 사용한 중합효소연쇄 반응 방법은 X. o. pv. oryzae의 검출 뿐만 아니라 흰잎마름병의 발생 예찰에 매우 유용할 것으로 판단 되었다.