• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.237-237
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• 2022

Cynodon transvaalensis belongs to the warm-season grasses and is one of the economically and ecologically important crops. Cynodon species with high heterozygosity are difficult to assemble, so genome research has not been actively conducted. In this study, hybrid assembly was performed by sequencing with Illumina and PacBio. As a result of the assembly, the number of scaffolds and the length of N50 were 1,392, 928 kb, respectively. The completeness of the assembly was confirmed by BSUCO at 98.3%. In addition, as a result of estimating the size of the assembled genome by K-mer analysis (k=25), it was approximately ~413 Mb. A total of 37,060 cds sequences were annotated in the assembled genome, and their functions were identified through blast. After that, we try to complete the assembled genome into a pseudochromosome-level genome through Hi-C technology. These results will not only help to understand the complex genome composition of african bermudagrass, but also provide a resource for genomic and evolutionary studies of grass and other plant species.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권4호
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• pp.538-541
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• 2023

In this study, we present the draft genome of Aureobasidium pullulans strain MHAU2101, which is the first strain to effectively control fire blight caused by Erwinia amylovora in Korea. The genome of strain MHAU2101 was composed of 28,669,322 base pairs, with a C+G content of 50.4%. The assembly comprised 17 contigs and had 99.22% completeness. The results of this study will be a valuable resource for future research on the biocontrol mechanism of A. pullulans strain MHAU2101.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권4호
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• pp.562-565
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• 2023

Escherichia coli-specific phage, KFS-EC1, was isolated and purified from a slaughterhouse. The complete genome of the phage was obtained using Illumina MiSeq platforms. Its assembled genome consisted of a single chromosome of 164,715 bp with a GC content of 40.5%. The phage genome contained 170 hypothetical and 101 functional ORFs, and exhibited orthologous average nucleotide identity values of >95% with other E. coli phages belonging to the family Straboviridae. Additionally, phylogenetic analysis revealed that KFS-EC1 was finally classified into the family Straboviridae of the genus Caudoviricetes. The genome has been deposited in GenBank under the accession number NC_055757.1.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권3호
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• pp.325-327
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• 2023

This paper presents the complete genome sequence of a novel marine actinomycete, Streptomyces sp. MMBL 11-1. The genome of Streptomyces sp. MMBL 11-1 was obtained through next-generation sequencing using the PacBio Sequel system and Illumina platform provided by Macrogen, Korea. The assembled genome consists of five contigs, with a total length of 8,496,900 bp and a G+C content of 71.6%. The genome harbors multiple biosynthetic gene clusters (BGCs) associated with producing microbial natural products (MNPs). The comprehensive genomic information of this type of strain will serve as a valuable resource for identifying other marine actinomycetes strains.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권3호
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• pp.289-292
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• 2023

Thermotolerant Bacillus subtilis NIB353 was isolated from Nuruk, a traditional Korean fermentation starter. The complete B. subtilis NIB353 genome sequence was obtained using MinION and Illumina (MiSeq) platforms. The B. subtilis NIB353 genome sequence was 4,247,447 bp with a GC content of 43%. The B. subtilis NIB353 strain exhibited orthologous average nucleotide identity values of 98.39% and 98.38% with B. subtilis 168 and B. subtilis ATCC6051a, respectively. The genome has been deposited in GenBank under the accession number NZ_CP089148.1.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제52권2호
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• pp.215-217
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• 2024

Purple pigment producing bacterium strains AMJK, AMJM, and AMRM were isolated from sediment in sinan-gun, Korea and their draft genomes were sequenced using Illumina Hiseq 4000 platform. The lengths of AMJK, AMJM, and AMRM genomes were 6,380,747 bp, 6,381,259 bp, and 6,380,870 bp, respectively and G+C contents were 62.82%, 64.15%, and 62.82%, respectively. Comparative analysis of genomic identity showed that three strains were closely related to the group of Janthinobacterium lividum. Functional analysis of AMJK, AMJM, and AMRM genomes showed that all strains harbor genes related to producing violacein (VioABCDE).

• 한국산학기술학회논문지
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• 제21권1호
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• pp.240-246
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• 2020

본 연구는 백우 품종 육성을 위해 분자생물학적 방법을 이용하여 유전적 특성을 파악하고 백우 품종을 식별하기 위한 백우 품종 특이적인 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) 마커를 개발하기 위해 수행되었다. 한우 48두와 백우 22두의 혈액에서 추출된 DNA를 이용하여 Illumina Bovine HD 777K SNP chip으로 SNP genotyping을 실시하였다. 각 SNP의 Minor Allele Frequency (MAF) difference (한우와 백우의 차이 절대값)을 계산하고, Fisher's Exact test (Genotype)을 통해 MAF difference의 통계적 유의성(P-value)을 계산하였다. 품종 별 차이를 나타낼 수 있는 마커를 선발기준으로 MAF difference가 100%의 차이를 나타내는 SNP를 식별하였다. 이러한 유전적 차이를 보이는 9개의 단일염기다형성 마커(rs42125585, rs42125591, rs42125833, rs109461720, rs134735704, rs109447299, rs42164846, rs42160000 및 rs137353829)가 선발되었다. 선발된 마커들은 한우와 백우 특이적인 대립유전자를 가지고 서로 다른 대립유전자를 나타내고 있다. 이들 9개의 SNP 마커들을 이용하여 한우와 백우의 품종을 식별할 수 있음을 확인하였고, 이러한 결과들을 바탕으로 백우 품종 식별 마커 특허를 등록하였다. 백우는 원종인 한우에서 분리되어 한국재래종의 특성을 잘 나타내 주는 계통으로, 이러한 백우가 가지고 있는 유전적 특성 연구는 백우를 식별하고 품종으로서 육종하는데 사용되어 종축으로서의 가치 증진을 위한 기반 연구가 될 것으로 생각된다.

• 한국초지조사료학회지
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• 제39권4호
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• pp.227-234
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• 2019

본 연구는 고온기 여름철 사육환경에서의 홀스타인종 젖소의 반추위내 미생물 균총 변화를 분석하고, 반추위내 미생물과 고온 스트레스간의 연관성을 규명하고자 수행하였다. 국립축산과학원 낙농과에서 사육 중인 홀스타인 젖소 10두의 반추위액을 채취하였으며, 채취한 시료 샘플은 PowerSoil® DNA Isolation Kit (Cat. No. 12888, MO BIO)를 이용하여 DNA를 추출한 후 Illumina HiSeq^TM platform (Illumina, CA, USA)을 이용하여 미생물 균총 분석을 실시하였다. 반추위액 내 미생물 균총을 분석한 결과, 사육환경 온습도에 따른 미생물 군집 구성에는 큰 차이는 없었으나, 미생물의 상대적 함량에는 차이가 있었다. LEfSe 분석을 통해 적온과 고온 환경에서 특정 미생물들의 상대적 조성이 유의적으로 증가함을 확인하였다. 이들 결과를 볼 때, 반추위내 미생물 균총은 고온과 같은 외부 환경변화에 영향을 받는 것으로 판단되어 젖소의 고온스트레스 반응에 있어 반추위 미생물 변화가 중요한 역할을 담당할 것으로 사료된다. 추후 연구는 이러한 차이를 나타내는 미생물들의 대사 경로나 대사 물질에 분석을 통해 환경변화와 미생물간의 연관성 및 이러한 미생물 균총 조절을 통한 고온기 젖소의 적응성 향상을 위한 미생물학적 전략 연구가가 필요할 것으로 생각된다.

• 한국환경농학회지
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• 제39권1호
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• pp.1-9
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• 2020

본 연구에서는 일천궁의 연작재배에 따른 토양 이화학성 및 토양세균군집을 비교 분석하기 위해 천궁 중에서 재배 빈도수가 높은 일천궁의 초작 및 연작 재배지를 선정하여 토양 이화학성 및 토양세균군집 특성을 분석하고, 토양 이화학성 및 토양세균군집 간의 상관관계를 구명하고자 하였다. 토양 이화학성은 농촌진흥청 토양분석법을 이용하였고, 토양세균군집 분석은 Illumina Miseq sequencing system을 이용하여 상대적 빈도수 및 주좌표 분석을 하였다. 토양 이화학성과 토양세균군집 간의 상관관계는 DISTLM과 Spearman's 상관관계 분석을 이용하였다. 일천궁 재배지의 토양세균군집은 일천의 재배법에 따라 뚜렷하게 2개의 cluster로 군집화를 이루었고, 초작 및 연작 재배지 모두 Proteobacteria와 Alphaproteobacteria가 우점종으로 나타났다. 주좌표 분석과 DISTLM 분석에서는 일천궁 재배지의 토양 pH와 Ca이 토양세균의 군집화에 유의적으로 영향을 주고 있음을 확인하였고, Spearman's 상관관계 분석을 통해 일천궁의 재배법에 따라 유의적인 차이를 보였던 Acinobacteria와 Acidobacteria의 상대적 빈도수는 토양 pH, Ca 함량과 유의적인 상관관계를 보이는 것으로 나타났다. 본 연구는 일천궁의 재배법에 따른 토양 이화학성 및 토양세균군집의 변화와 상관관계를 구명하는데 중요한 자료가 될 것으로 판단된다. 또한, 토양 이화학성과 토양세균군집의 변화에 따른 일천궁 재배지의 연작장해 원인을 구명하는데 있어 도움을 줄 수 있을 것이다. 향후 본 연구를 바탕으로 향후 일천궁의 재배법에 따른 곰팡이(fungi)의 군집과 병원성 미생물군집의 변화를 확인하고 토양 이화학성과의 상관관계를 분석할 수 있다면 일천궁의 연작장해 원인을 명확하게 구명하는데 도움을 줄 수 있을 것으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권5호
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• pp.738-747
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• 2018

Objective: In a previous study, analysis of Illumina sequenced metagenomic DNA data of bacteria in Vietnamese goats' rumen showed a high diversity of putative lignocellulolytic genes. In this study, taxonomy speculation of microbial community and lignocellulolytic bacteria population in the rumen was conducted to elucidate a role of bacterial structure for effective degradation of plant materials. Methods: The metagenomic data had been subjected into Basic Local Alignment Search Tool (BLASTX) algorithm and the National Center for Biotechnology Information non-redundant sequence database. Here the BLASTX hits were further processed by the Metagenome Analyzer program to statistically analyze the abundance of taxa. Results: Microbial community in the rumen is defined by dominance of Bacteroidetes compared to Firmicutes. The ratio of Firmicutes versus Bacteroidetes was 0.36:1. An abundance of Synergistetes was uniquely identified in the goat microbiome may be formed by host genotype. With regard to bacterial lignocellulose degraders, the ratio of lignocellulolytic genes affiliated with Firmicutes compared to the genes linked to Bacteroidetes was 0.11:1, in which the genes encoding putative hemicellulases, carbohydrate esterases, polysaccharide lyases originated from Bacteroidetes were 14 to 20 times higher than from Firmicutes. Firmicutes seem to possess more cellulose hydrolysis capacity showing a Firmicutes/Bacteroidetes ratio of 0.35:1. Analysis of lignocellulolytic potential degraders shows that four species belonged to Bacteroidetes phylum, while two species belonged to Firmicutes phylum harbouring at least 12 different catalytic domains for all lignocellulose pretreatment, cellulose, as well as hemicellulose saccharification. Conclusion: Based on these findings, we speculate that increasing the members of Bacteroidetes to keep a low ratio of Firmicutes versus Bacteroidetes in goat rumen has resulted most likely in an increased lignocellulose digestion.