• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제24권2호
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• pp.61-68
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• 2008

Acrylamide is present as a contaminant in heated food products, predominantly from the precursor asparagine. Nonanchored inter simple sequence repeats (ISSRs) are arbitrary multiloci markers produced by PCR amplification with a microsatellite primer. In order to assess the feasibility of microsatellite primers as markers for DNA damage, the study was conducted on common bean (Phaseolus vulgaris L.) exposed to different concentrations of acrylamide. Polymorphisms were abundant among plant samples treated with acrylamide in comparison to control (untreated one) tested with 4- tri-nucleotide, 2 tetra-nucleotide, and 3- dinucelotide primers. The primer (CCG)4 was the best tested primer to generate polymorphism between the DNA of plants treated or not by acrylamide. Polymorphisms became evident as the presence and absence of DNA fragments in treated samples compared with the untreated one. The highest number of DNA variation on ISSR patterns was observed at the micromollar concentrations of acrylamide. Acrylamide was able to induce DNA damage in non concentration-dependent manner with effectiveness at micromollar concentrations. This study demonstrated that ISSR markers can be highly reliable for identification of DNA damage induced by acrylamide.

• 한국약용작물학회지
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• 제20권6호
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• pp.440-446
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• 2012

Gastrodia elata, an achlorophyllous orchid plant, is rare medicinal plant. We investigated the genetic diversity in G. elata from 4 locations by using Inter-Simple Sequence Repeats (ISSR) markers. Shannon's information Index (S.I.) indicating genetic diversity ranged from 0.255 (Pocheon) to 0.322 (Muju) with the mean of 0.29. The level of genetic diversity was lower than other plant and most genetic diversity was allocated among individuals within populations (26.81%). The UPGMA dendrogram based on genetic distance failed in showing decisive geographic relationship. In the case of gastrodin (GA), the major components in G. elata, Sangju was highest. The ergothionine (ERG) was detected a lot of contents in Muju and Pocheon. In conclusion, our results is very important information for explaining relationship of genetic variation and functional substances without the effects of environment factors and developing genetic marker by ISSR in G. elata, which may be responsible for the development of breeds with a lot of functional substance in G. elata.

• 한국버섯학회지
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• 제15권3호
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• pp.139-144
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• 2017

양송이(Agaricus bisporus)는 국내에서 2015년 약 10,757톤이 생산되어 5번째로 많이 생산되는 버섯이다. 본 연구에서는 ISSR 마커를 사용하여 국내 수집균주와 상업품종간의 유전적 다양성을 분석하였다. 이를 위해 우선, 다양한 마커 중 양송이 속 내 비교 분석이 가능다고 알려진 ISSR마커를 선발하였다. 분석한 마커는 ISSR 807, 808, 809, 810, 811, 834, 835, 836, 841, 842, P3, P8, P17, P22, P30, P38 and P39 총 16종이였고 이들 중 육종에서 모본선발을 위한 효율적인 마커를 선발하기 위하여 양송이 수집균주 ASI 1110, 1114, 1115, 1238, 1246, 1365, 1366, 1369 등 8종을 선발하여 수행하였다. 그 결과 ISSR P31, P38, P39 마커에서 종내 구분이 가능한 다양한 밴드가 나타났다. 이를 바탕으로 선발된 3종의 마커를 이용하여 국내 수집균주와 새아, 새연 등의 상업품종이 포함된 39균주를 UPGMA 프로그램을 통하여 유연관계를 분석하였다. 국내 수집균주와 상업품종간의 계통도를 분석한 결과, 국내 수집균주와 상업품종들이 다른 그룹을 형성하는 것을 확인하였다. 이 결과를 근거로 ISSR P31, P38, P39가 상업품종을 구분할 수 있는 마커로 활용될 것이라 기대된다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제35권1호
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• pp.52-59
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• 2011

Recently, new ginseng cultivars having superior agricultural traits have been developed in Korea. For newly developed plant cultivars, the identification of distinctiveness is very important factors not only in plant cultivar management but also in breeding programs. Thus, eighty-five inter simple sequence repeat (ISSR) primers were applied to detect polymorphisms among six major Korean ginseng cultivars and two foreign ginsengs. A total of 197 polymorphic bands with an average 5.8 polymorphic bands and 2.9 banding patterns per assay unit across six Korean ginseng cultivars and foreign ginsengs from 236 amplified ISSR loci with an average 6.9 loci per assay unit were generated by 34 out of 85 ISSR primers. Three species of Panax ginseng including the Korean ginseng cultivars, P. quinquefolius, and P. notoginseng, could be readily discriminated using most tested primers. UBC-821, UBC-868, and UBC-878 generated polymorphic bands among the six Korean ginseng cultivars, and could distinguish them from foreign ginsengs. Sequence characterized amplified region (SCAR) marker system was introduced in order to increase the reproducibility of the polymorphism. One SCAR marker, PgI821C650, was successfully converted from the randomly amplified polymorphism by UBC-821. It showed the expected dominant polymorphism among ginseng samples. In addition, the specific polymorphism for Sunwon was generated by treating Taq I restriction enzyme to polymerase chain reaction products of PgI821C650. These results will serve as useful DNA markers for identification of Korean ginseng, especially Sunwon cultivar, seed management, and molecular breeding program supplemented with marker-assisted selection.

• 생명과학회지
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• 제14권3호
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• pp.425-428
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• 2004

ISSR마크를 사용하여 고려 인삼의 품종 및 계통간 분자적 인증과 유전적 다형현상을 조사하였다. 56개의 ISSR 프라이머 중 5개가 일곱 품종 및 계통간 명확하고 재현성이 높은 DNA분절을 나타내는 최적 프라이머로 선택되었다. 전체 43밴드는 250 bp - 1,700 bp의 분자량을 가지며 프라이머당 8.6개의 밴드를 나타내었다. 고려 인삼에서 다형현상 정도는 20.9%였다. 특히 천풍 품종이 가장 높은 다형현상을 나타낸 반면 다른 품종은 거의 다형현상을 나타내지 않았다. 결론적으로 DNA수준에서 ISSR마크로 천풍이 다른 고려 인삼의 품종 및 계통인 연풍, 황숙종, 자경종과 구분에 이용될 수 있음이 판명되었다.

• 생명과학회지
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• 제16권2호
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• pp.253-258
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• 2006

마늘은 전 세계적으로 분포하는 다년생 초본이다. 마늘은 약리적, 경제적으로 중요한 작물이다. 야생종과 재배종의 유전관계를 ISSR 마커로 조사하였다. 또 ISSR 분석으로 이들 종의 유전적 다양도와 집단구조를 실시하였다. 한국의 세 야생 집단은 분리되어 있고 패치 분포를 보이지만 재배종에 비해 높은 유전적 다양성을 유지하고 있었다. ISS5R 마커로 야생종과 재배종의 계통관계는 잘 분리되었다. 비록 한국내 재배종 마늘이 산마늘에서 진화하였 다는 직접적 증거는 없지만 본 연구 결과 그런 가능성은 시사된다. 또한 야생종 산마늘 집단은 생식질 동정과 재배종 마늘의 진화과정에서 유익하게 쓰일 수 있다.

• 한국환경생태학회지
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• 제31권6호
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• pp.492-499
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• 2017

퉁퉁마디 개체군의 서식 면적에 따른 유전적 다양성을 조사하기 위하여 6개 군집 96개체를 대상으로 ISSR marker를 사용하여 분석하였다. 6개 ISSR 프라이머에서 총 49개의 PCR 증폭 밴드가 관찰되었으며 이 중 30개의 밴드가 유전적 다형성을 갖는 밴드로 나타났다. 퉁퉁마디 개체군 전체의 유전적 다양성을 나타내는 지수 I(Shannon's information index)는 0.382로 나타났으며 h(gene diversity)는 0.249으로 나타났다. 군집 크기에 따른 유전적 다양성 지수는 $0.1m{\times}0.1m$에서 0.092(I), 0.058(h)로 가장 낮게 나타났고 $25m{\times}25m$에서 0.338(I), 0.227(h)로 가장 높게 나타나 유전적 다양성이 높은 군집 형성에 적합한 면적이라 할 수 있다. 퉁퉁마디 개체군 간 거리에 따른 유전적 다양성의 상관관계를 UPGMA 방법으로 분석한 결과 퉁퉁마디 개체군 간 거리와는 유의한 상관관계를 보이지 않았다. 본 연구 결과 제한된 환경에서 서식하는 퉁퉁마디는 유전적 다양성을 갖는 군집 형성을 위해 일정한 크기 이상의 면적이 확보되어야 할 것으로 판단된다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제50권4호
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• pp.325-333
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• 2011

기후변화에 따른 고도별 곤충의 유전 변이를 분석하고자 배추에서 복숭아혹진딧물(Myzus persicae)을 지표해충으로 변이 분석이 가능한 마커를 개발하고자 하였다. 즉, 지역의 기후가 변하면 유전자가 변동할 것이라는 가설 하에 실내에서 누대 사육된 계통을 비교집단으로 가정하고 횡성, 평창과 강릉 지역에서 고도별 5개 지역(157 m, 296 m, 560 m, 756 m, 932 m)에서 채집된 지역 집단간의 변이를 찾고자 하였다. 생태적 변이는 모든 집단에서 찾을 수가 없었고, 에스터레이즈 동위효소 분석 및 inter-simple sequence repeat (ISSR) PCR 결과에서 실내 사육 계통과 지역 집단간의 차이는 보였으나 지역 집단간의 큰 차이는 찾을 수가 없었다. 그러나 rRNA와 mtCO I 부분 염기서열을 분석하여 5개의 지역집단 내에서 internal transcribed spacer-2 (ITS-2) 와 mtCO I에 각각 한 개씩의 단일염기다형성(SNP)를 발견하였다. 이 SNP는 유전 변동 추적이 가능한 매우 유용한 마커로 사용 될 수 있다.

• 한국작물학회지
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• 제55권4호
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• pp.319-326
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• 2010

Safflower (Carthamus tinctorius L.) is a herb primarily distributed throughout in the world. We have used the inter-simple sequence repeats (ISSR) technique to investigate the phylogenetic relationships and genetic diversity of C. tinctorius. Of all germplasms, 88.7% were polymorphic among all germplasms. Mean genetic diversity within germplasms was very low (0.048). The Turkey germplasm had the highest expected diversity (0.082) and Australia germplasm was the lowest (0.020). These values indicate that most of the genetic diversity of safflower is found among germplasms and there is a high among-germplasm differentiation. We found eight phenetic bands for determining the specific marker of germplasm with SCAR markers. The regions of the Mediterranean Sea and India may be the most probable candidates for the origin of safflower. The tree showed four major clades: (1) European germplasms, (2) Azerbaijan, Egypt, and Ethiopia, (3) Australia, and (4) America.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제47권4호
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• pp.289-297
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• 2020

The genetic diversity of two subpopulations of Corynandra chelidonii, one of terrestrial and the other of aquatic environments, was measured with molecular markers, such as start codon targeted (SCoT), inter simple sequence repeats (ISSR), and random amplification of polymorphic DNA (RAPD). The traditional morphological traits such as habitat, habit, leaf morphology, the colour of the sepals and petals, number of stamens, and seed morphology formed the base for their realization as two varieties, C. chelidonii var. pallae and C. chelidonii var. chelidonii. The polymorphism between the two variants was 100% with the primers SCoT-2 and OPA-1 and 4, while maximum polymorphism was detected with ISSR-2, SCoT-3, and OPA-3. The study used, for the first time, more than one molecular marker to assess the genetic variation underscoring the morphological variation in Corynandra chelidonii (L.f.) Cochrane & Iltis. The study justifies the recognition of the two subpopulations of Corynandra chelidonii from aquatic and terrestrial environments as two distinct varieties, C. chelidonii var. pallae (Reddy & Raju) V.S.Raju and C. chelidonii var. chelidonii, respectively, based on the traditional taxonomic evidence.