• 제목/요약/키워드: IS-PCR

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국내에 발생하는 조 바이러스의 종류 및 발생 실태 (Occurrence of Viruses Infecting Foxtail Millet (Setaria italica) in South Korea)

  • 박충열;민현근;이홍규;염윤아;오종희;김봉섭;배대현;윤영남;이수헌
    • 식물병연구
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    • 제23권1호
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    • pp.69-74
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    • 2017
  • 2015년, 조 바이러스 발생양상을 구명하기 위하여 전국적인 조사를 실시하였다. 주요재배단지 7개 지역에서 이상 증상과 바이러스 병징을 보이는 식물체 100점을 수집하여, RT-PCR 진단과 RNA sequencing 방법을 이용하여 전체 4종의 바이러스를 동정하였다. 수집한 시료에서는 Barley virus G (BVG)가 10점, Rice stripe virus (RSV)는 4점, Northern cereal mosaic virus (NCMV), Sugarcane yellow leaf virus (ScYLV)가 각각 1점씩 검출되었다. 이들중에서 BVG와 NCMV는 국내 조에서 첫 발생보고이며, ScYLV는 Polerovirus속의 신종으로 예상된다. 본 연구결과는 조 식물체의 무병종자와 저항성 품종개발을 위한 기초연구 자료로 이용 가능할 것으로 생각된다.

개 코로나바이러스성 장염의 발생 역학 (Prevalence of Canine Coronaviral Enteritis in Korea)

  • 정석영;안소저;박선일;김두
    • 한국임상수의학회지
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    • 제27권3호
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    • pp.209-215
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    • 2010
  • 본 연구는 최근 국내에서 발생하는 CCV 장염의 역학적 특성을 조사하기 위하여, 2003년 6월부터 2007년 9월까지 전국의 10개 지역 동물병원에서 설사증상을 보이는 381두의 분변 시료를 채취하였으며, 이중 358두는 혈청학적 검사를 위하여 혈청 시료를 채취하였다. 또한 CCV 장염의 발생에 대한 역학적 조사와 CCV 장염에 이환된 환자의 생존에 영향을 미치는 역학적 요인들에 대하여 조사하였다. 설사증상을 보이는 총 381두중 131두(34.4%)가 CCV 장염으로 확진되었으며, 그 중 30.5%의 변에서는 genotype I이 검출되었고 29.0%에서는 genotype II가 검출되었으며 40.5%에서는 genotype I과 II가 혼합 감염되어 있었다. CCV 장염은 6-18주령의 예방접종을 실시하지 않았거나 불완전하게 실시한 개체에서 주로 발생하였다. 주요 임상증상으로 설사, 구토와 식욕 결핍 증상이 대부분의 환축에서 나타났다. CCV에 이환된 환자 중 나이가 많거나 예방접종을 완료했을 경우 생존율이 높았으며(P < 0.05) 식욕 결핍이 없는 개체일수록 생존율이 높게 나타났다(P < 0.01). CCV 장염에 이환된 환자의 대부분은 개 파보바이러스(CPV-2)와 혼합감염되었으나 이로 인한 생존율에서 유의차는 나타나지 않았다. 따라서 국내에서 CCV의 감염은 빈번하게 발생하고 있으며, CCV 장염은 어린 개체에서 설사를 일으키는 중요한 요인 중의 하나로 확인되었으므로 CCV 감염된 집단으로부터 감수성 있는 개체를 분리하고 CCV에 대한 예방접종을 실시할 필요성이 제기되고 있다.

대두 철분결합단백질 유전자 발현 형질전환 감자의 감자무름병 방어 증진효과 (Tolerance to Potato Soft Rot Disease in Transgenic Potato Expressing Soybean Ferritin Gene)

  • 배신철;여윤수;허성기;황덕주;변명옥;고승주
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제29권4호
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    • pp.229-233
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    • 2002
  • 식물의 항산화력을 증진하여 식물병원균 저항성 작물을 개발하고자, 철분 결합 단백질인 대두의 ferritin 유전자를 CaMV 35S와 hsr203J promoter에 연결하여 감자에 형질전환하였다. PCR및 Northern분석에 의한 형질전환 감자에 ferritin 유전자가 존재하는 것과 이들 유전자 식물체내에서 발현되는 것을 확인하였다. ferritin 유전자를 담배 유래 병원균 특이 발현promoter인 hsr203J와 연결하여 획득된 형질전환 감자 식물체는 감자역병균 접종 후 24시간대에서 전사체 발현량이 가장 많았으며 그 후 줄어드는 경향을 나타내었다. 유전자 도입이 확인된 형질전환체 감자괴경의 철분 함량은 CaMV 35S와 ferritin 유전자 도입 형질전환체가 2.5배, hsr203J promoter와 ferritin 유전자 도입 형질전환체가 1.5배 각각 증가하는 것으로 나타냈다. 또한 이들 형질전환체는 감자 무름병균에 대한 저항성 증진효과를 관찰할 수 있었다.

백굴채약침액(白屈菜藥針液)이 LPS로 유도(誘導)된 RAW 264.7 대식세포(大食細胞)에서의 항염증효과(抗炎症效果) (Effects of Chelidonii Herbal-acupuncture solution Anti-inflammatory in RAW 264.7 macrophages)

  • 박동천;박지현;이우경;이진규;서일복;김호현;김정선;김이화
    • Korean Journal of Acupuncture
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    • 제21권2호
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    • pp.125-137
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    • 2004
  • Objectives : Recently, Herbal-acupuncture therapeutics has been used for the treatment of inflammatory diseases such as rheumatoid arthritis. Especially, we have been interested in chemical mediators concerned with inflammation such as prostaglandin, cytokine, nitrous oxide. The purpose of this study is investigated that the effect of Chelidonii Herbal-acupuncture solution in lipopolysaccharide-stimulated RAW 264.7 macrophages, performed several expeimental items : those are prostaglandin $E_2$, nitric oxide and cyclooxygenase-2. Methods : The cytotoxicity of Chelidonii Herbal-acupuncture solution in RAW 264.7 macrophages were measured by MTT-based cytotoxicity assay. In order to observe cyclooxygenase-2 mRNA expression in lipopolysaccharide-stimulated RAW 264.7 macrophages, RT-PCR was used. Prostaglandin $E_2$ formation and nitric oxide production was measured by competitive enzyme immunoassay and Griess assay. Results : 1.The MTT assay demonstrated that cytotoxic effect of Chelidonii Herbal-acupuncture solution in RAW 264.7 macrophages were not appeared before concentration of 1mg/ml. 2.Chelidonii Herbal-acupuncture solution inhibited cyclooxygenase-2 mRNA expression in lipopolysaccharide-stimulated RAW 264.7 macrophages. 3. Chelidonii Herbal-acupuncture solution inhibited nitric oxide production in lipopolysaccharide-stimulated RAW 264.7 macrophages. 4. Chelidonii Herbal-acupuncture solution inhibited prostaglandin $E_2$ formation in lipopolysaccharide-stimulated RAW 264.7 macrophages. Conclusions : On the basis of these results, It was shown that Chelidonii Herbal-acupuncture solution is significantly able to inhibit the production of $PGE_2$ and NO, as well as COX-2 mRNA expression. Our results may provide new mechanism by which Chelidonii Herbal-acupuncture solution accounts for its beneficial effect on accelerating wound healing and anti-inflammation.

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전장유전체수준 메틸레이션 분석을 통한 두경부암 특이 메틸레이션 바이오마커의 발굴 (Genome-wide Methylation Analysis and Validation of Cancer Specific Biomarker of Head and Neck Cancer)

  • 장재원;박기완;홍소혜;정승남;류려화;김진만;오태정;구본석
    • 대한두경부종양학회지
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    • 제33권1호
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    • pp.21-29
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    • 2017
  • Methylation of CpG islands in the promoter region of genes acts as a significant mechanism of epigenetic gene silencing in head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC). DNA methylation markers are particularly advantageous because DNA methylation is an early event in tumorigenesis, and the epigenetic modification, 5-methylcytosine, is a stable mark. In the present study, we assessed the genome-wide preliminary screening and were to identify novel methylation biomarker candidate in HNSCC. Genome-wide methylation analysis was performed on 10 HNSCC tumors using the Methylated DNA Isolation Assay (MeDIA) CpG island microarray. Validation was done using immunohistochemistry using tissue microarray of 135 independent HNSCC tumors. In addition, in vitro proliferation, migration/invasion assays, RT-PCR and immunoblotting were performed to elucidate molecular regulating mechanisms. Our preliminary validation using CpG microarray data set, immunohisto-chemistry for HNSCC tumor tissues and in vitro functional assays revealed that methylation of the Homeobox B5 (HOXB5) and H6 Family Homeobox 2 (HMX2) could be possible novel methylation biomarkers in HNSCC.

두 종의 한국산 홍조 지누아리류(Grateloupia filicina, Grateloupia divaricata)의 생태특성과 18S rDNA 염기서열 상동성 분석 (The Ecological Character and Sequence Similarity Analysis of 18S rDNA from the Two Species of Grateloupia (Grateloupia, Rhodophyta) in Korea)

  • 김영대;;송홍인;홍정표;이주;전창영;김수경;김동삼;한형균;홍용기
    • 생명과학회지
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    • 제16권5호
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    • pp.723-728
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    • 2006
  • The species of Grateloupia filicina, Grateloupia divaricata in East Sea were investigated taxonmically in order to clarify taxonomic position. The ecological character, external morphology, anatomy of vegetative structure. Blade length are $15{\sim}40\;cm$, erect from discoidal holdfast of $3{\sim}10\;mm$ in diameter. Stipe $1{\sim}2.5\;cm$ long, narrowly cylindrical below, compressed above Grateloupia filicina. Main axis are long and compressed, $3{\sim}7\;mm$ broad in broadest part. Colors are scarlet to light red. Blade length are $10{\sim}25\;cm$, erect from discoidal holdfast of $3{\sim}8\;cm$ in diameter Grateloupia divaricata. Stipe are single and simple $2{\sim}5\;mm$ broad. Thallus composed of cortex and medulla in section ; cortex composed of $9{\sim}10$ layers of anticlinally arranged cortical cell, divided into outer, middle and inner parts. Partial fragments of nuclear 18S rDNAs from the two species of Grateloupia (Rhodophyta) were amplified using the PCR reaction and sequenced to compare their similarity. The partial sequences showed 98.9% similarity each other. Grateloupia filicina has 371 bp sizes and Grateloupia divaricata has 372 bp size. The G+C contents of Grateloupia filicina is 54.3% and Grateloupia divaricata is 53.64%.

후코이단이 혈관 내피세포의 신생혈관 생성 효과 및 관련 유전자의 발현에 미치는 영향 (Effect of Fucoidan on Angiogenesis and Gene Expression in Human Umbilical Vein Endothelial Cells)

  • 박호;김범수
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제49권4호
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    • pp.323-328
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    • 2017
  • 신생혈관생성은 여러 신생혈관 생성 인자들이 포함되는 중요한 과정이며, 특히 이 과정에서는 섬유아세포증식인자(FGF-2)는 세포의 증식률과 미세관 형성을 촉진하기 때문에 중요한 신생혈관 생성인자로 여겨진다. 최근 연구에 따르면 해조류에서 추출되는 후코이단 다당류 물질이 섬유아세포 증식인자2에 의한 혈관내피세포의 미세관형성을 더욱 촉진한다고 보고하였다. 그러나 섬유아세포 증식인자와 후코이단 복합처리에 따른 신생혈관생성 활성에 대한 분자적 메카니즘은 아직 연구가 부족하다. 따라서 본 연구에서는 신생혈관생성 활성을 알아보기 위하여 섬유아세포 증식인자와 후코이단 물질의 복합처리에 따른 세포의 증식과 미세관형성률 그리고 세포의 이동율을 측정하였다. 또한 이들의 신생혈관 생성 활성에 관련된 인자를 탐색하기 위하여 VEGF-A, ICAM-1, MMP9, 그리고 ICAM-1 유전자를 연전사 중합연쇄반응으로 평가하였다. 본 연구의 결과에서는 후코이단과 섬유아세포 증식인자 복합처리는 혈관내피세포의 성장률, 미세관 형성률 그리고 세포의 이동률을 촉진하고, 이 과정에서 신생혈관생성 기능과 관련된 STAT3, VEGF-A, MMP9 그리고 ICAM-1의 유전자 발현을 촉진함으로 신생혈관 생성활성이 나타나는 것으로 보여진다. 그러나 이러한 유전자 발현이 fucoidan/FGF2에 의한 angiogenic 활성 촉진에 직접적인 영향을 미치는 지에 대한 추가적인 연구가 이루어져야 할 것으로 생각된다.

발효한약추출물 HP-1이 알코올을 투여한 쥐의 알코올 대사에 미치는 영향 (Effect of Fermented Herbal Extracts, HP-1 on Enzyme Activities and Gene Expressions Related to Alcohol Metabolism in Ethanol-loaded Rats)

  • 정용준;한동오;최보희;박철;이혜정;김성훈;함대현
    • 동의생리병리학회지
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    • 제21권2호
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    • pp.387-391
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    • 2007
  • Recently, much attention has been paid to developing various kinds of fermented herbal extracts, a new type of traditional herbal medicine, in the field of Korean traditional medicine. The fermentation of medicinal herbs is intended to exert a favorable influence on digestability, bioavailavility and pharmacological activity of herbal extract in the gastrointestinal tract. It also produces a number of fermentation products that intensify the nutritional and pharmacological aspects of the medicinal herbs. In order to develop a functional beverage of alleviating the aftereffects of the previous drinks, the extracts (HP-1) of fermented herbal mixture, including Artemisia capillaris Thunb., Lonicera japonica Thunberg, and Hovenia dulcis Thunb., were prepared and the medicinal effect as a hangover cure was evaluated in ethanol-loaded rats. The enzyme activities of alcohol dehydrogenase (ADH) and acetaldehyde dehydrogenase-2 (ALDH2) were analyzed by measuring the concentration of blood ethanol and acetaldehyde. The mRNA expression of ADH and ALDH2 was also investigated through RT-PCR analysis. In the HP-1-treated group, the concentration of blood ethanol was significantly reduced at one hour after loading of ethanol, as compared to that in the saline-treated group. The reduced ethanol was converted to acetaldehyde, which resulted in rapid increase in acetaldehyde concentration in an hour. Acetaldehyde was started to decrease at 5 hours after ethanol loading. It implies that HP-1 is highly effective to stimulate the activities of ADH and ALDH2. The HP-1 treatment also activated the mRNA expression of ADH and ALDH. This study suggests that fermented herbal extract, HP-1 can be used as a functional beverage of alleviating the alcohol-induced hangover symptoms by stimulating the activities and gene expression of hepatic alcohol metabolizing enzymes.

체세포배발생을 통한 오일팜나무(Elaeis guineensis Jacq.) 클론의 기내증식 및 RAPD를 이용한 체세포변이의 검정 (In vitro propagation of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) clones through somatic embryogenesis and analysis of somaclonal variation by RAPD)

  • 안인숙;박혜림;손성호
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제39권3호
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    • pp.196-204
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    • 2012
  • 본 실험은 오일팜나무에서 somatic embryo mass(SEM)를 유도한 후 이로부터 식물체 분화를 통한 클론묘 대량증식 시스템을 확립하고, 기내 배양에 의하여 야기된 체세포변이의 확인 방법을 확립하기 위하여 수행되었다. 오일팜 조직배양묘의 정단 부분을 $NaH_2PO_4{\cdot}2H_2O$와 카제인이 첨가된 1/2MS 수정 배지에 배양하여 체세포배성 캘러스를 유도하였다. 유도된 체세포배성 캘러스는 몇 번의 계대배양을 통하여 SEM으로 발달하였다. SEM 조직은 단단하며, 강하게 붙어있어서 개개의 체세포배를 따로 분리하는 것이 매우 어려웠다. SEM 조직을 $NH_4NO_3$, 카제인, L-ascorbic acid가 첨가된 MS 수정 배지에 배양하였을 때 신초가 성공적으로 분화하였다. 기내 오일팜나무를 야외로 순화하여 완전한 오일팜나무 클론묘를 획득할 수 있었다. 기내 배양묘 중 건강하고 생장이 양호한 신초를 무작위로 95 개체를 선발하여 RAPD 분석을 실시하였다. 총 19개의 random primer를 사용하여 95 개체에 대한 RAPD를 수행한 결과, 대부분의 primer에서는 동일한 밴드 형태를 보여 어떠한 변이도 감지할 수 없었다. 그러나, MspI으로 절단된 genomic DNA를 BNR36 primer로 PCR을 수행하였을 때, 개체 간 차이를 보이는 밴드 형태를 나타내어 체세포변이를 감지할 수 있었다. 95 개체 중 #22, #28, #35, #77 의 4 개체에서 약 1kb 부근의 밴드 하나가 없었으며, 그 중 #28, #35, #77의 밴드 강도는 정상 밴드보다 월등히 강한 것을 확인하였다. NCBI 분석 결과, 이 변이 밴드는 오일팜나무의 엽록체 게놈과 관련이 있는 것으로 확인되었다. 본 연구 결과로부터 오일팜나무의 클론묘 대량증식 시스템을 확립할 수 있었고, RAPD 분석을 통하여 기내 상태에 있는 조직배양묘의 체세포 변이 여부를 판별할 수 있는 방법 확립할 수 있었다.

DNA 염기서열에 기초한 벼과 잡초의 분자생물학적 동정 (Identification of Korean Poaceae Weeds Based on DNA Sequences)

  • 이정란;김창석;이인용;오현주;김중현;김선유
    • Weed & Turfgrass Science
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    • 제4권1호
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    • pp.26-34
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    • 2015
  • 최근에 전 세계적으로 동물, 식물뿐만 아니라 균류, 해조류 등에서 활발하게 이용하는 DNA 바코드는 게놈 DNA의 단편을 이용해 종들 간의 DNA 변이를 발견하여 형태적 지식 없이 정확하게 종을 동정하고 분류하는 방법이다. 고등식물에서는 단일마커로 바코드 조건을 충족할 수 없어 엽록체 DNA의 rbcL과 matK 유전자를 표준마커로 이용하고 있다. 본 연구는 식물 표준 바코드마커와 핵 DNA의 ITS 부위를 이용하여 국내 벼과 식물 252 분류군 중 주로 농경지에서 발생하는 잡초 총 84분류군 403생태형을 바코드하여 데이터베이스를 구축하기 위하여 수행하였다. 바코드 결과 PCR 증폭과 염기서열 분석 성공률은 rbcL에서 가장 높았으며 matK에서 가장 낮았다. 그러나 바코드 갭과 종식별 해상력은 matK에서 가장 높았다. 80.9%의 염기서열 분석 성공률을 보인 ITS는 matK와의 조합에서 92.9% 까지 종 식별 해상력을 높일 수 있어 벼과 바코드에 매우 유용한 조합이었다. 벼과의 바코드데이터는 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁하여 genbank 번호를 부여받아 공개하였다. 그러므로 형태적으로 동정이 어려운 벼과 잡초를 matK와 ITS 부위의 염기서열을 분석하여 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁한 데이터와 비교함으로써 쉽고 간편하게 동정할 수 있게 되었다.