Omran, Dalia Abd El Hamid;Awad, AbuBakr Hussein;Mabrouk, Mahasen Abd El Rahman;Soliman, Ahmad Fouad;Aziz, Ashraf Omar Abdel
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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v.16
no.1
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pp.381-385
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2015
Background:Hepatocellular carcinoma (HCC) is the second most common malignancy in Egypt. Data mining is a method of predictive analysis which can explore tremendous volumes of information to discover hidden patterns and relationships. Our aim here was to develop a non-invasive algorithm for prediction of HCC. Such an algorithm should be economical, reliable, easy to apply and acceptable by domain experts. Methods: This cross-sectional study enrolled 315 patients with hepatitis C virus (HCV) related chronic liver disease (CLD); 135 HCC, 116 cirrhotic patients without HCC and 64 patients with chronic hepatitis C. Using data mining analysis, we constructed a decision tree learning algorithm to predict HCC. Results: The decision tree algorithm was able to predict HCC with recall (sensitivity) of 83.5% and precession (specificity) of 83.3% using only routine data. The correctly classified instances were 259 (82.2%), and the incorrectly classified instances were 56 (17.8%). Out of 29 attributes, serum alpha fetoprotein (AFP), with an optimal cutoff value of ${\geq}50.3ng/ml$ was selected as the best predictor of HCC. To a lesser extent, male sex, presence of cirrhosis, AST>64U/L, and ascites were variables associated with HCC. Conclusion: Data mining analysis allows discovery of hidden patterns and enables the development of models to predict HCC, utilizing routine data as an alternative to CT and liver biopsy. This study has highlighted a new cutoff for AFP (${\geq}50.3ng/ml$). Presence of a score of >2 risk variables (out of 5) can successfully predict HCC with a sensitivity of 96% and specificity of 82%.
Kang, Inho;Kim, Ji Ae;Kim, Jinchul;Lee, Ju Hyeon;Kim, Mi-jee;Ahn, Jeong Keun
BMB Reports
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v.55
no.5
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pp.220-225
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2022
Hepatocellular carcinoma (HCC), a primary type of liver cancer, is one of the leading causes of cancer related deaths worldwide. HCC patients have poor prognosis due to intrahepatic and extrahepatic metastasis. Hepatitis B virus (HBV) infection is one of the major causes of various liver diseases including HCC. Among HBV gene products, HBV X protein (HBx) plays an important role in the development and metastasis of HCC. However, the mechanism of HCC metastasis induced by HBx has not been elucidated yet. In this study, for the first time, we report that HBx interacts with the suppressor of cytokine signaling 1 (SOCS1) which negatively controls NF-κB by degrading p65, a subunit of NF-κB. NF-κB activates the transcription of factors associated with epithelial-mesenchymal transition (EMT), a crucial cellular process associated with invasiveness and migration of cancer cells. Here, we report that HBx physically binds to SOCS1, subsequently prevents the ubiquitination of p65, activates the transcription of EMT transcription factors and enhance cell migration and invasiveness, suggesting a new mechanism of HBV-associated HCC metastasis.
Objective: The objective of this study was to evaluate the association of MDR1 gene polymorphisms with susceptibility to hepatocellular carcinoma (HCC). Methods: A total of 689 HCC patients and 680 cancer-free subjects were enrolled. Human MDR1 gene polymorphisms were investigated by created restriction site-polymerase chain reaction (CRS-PCR) and DNA sequencing methods. Multiple logistic regression models were applied to estimate the association between MDR1 gene polymorphisms and susceptibility to HCC. Results: We detected a novel c.4125A>C polymorphism and our findings suggested that this variant was significantly associated with susceptibility to HCC. A significantly increased susceptibility to HCC was noted in the homozygote comparison (CC versus AA: OR=1.621, 95% CI 1.143-2.300, ${\chi}^2$=7.4095, P=0.0065), recessive model (CC versus AC+AA: OR=1.625, 95% CI 1.167-2.264, ${\chi}^2$=8.3544, P=0.0039) and allele contrast (C versus A: OR=1.185, 95% CI 1.011-1.389, ${\chi}^2$=4.4046, P=0.0358). However, no significant increase was observed in the heterozygote comparison (AC versus AA: OR=0.995, 95% CI 0.794-1.248, ${\chi}^2$=0.0017, P=0.9672) and dominant model (CC+AC versus AA: OR=1.106, 95% CI 0.894-1.369, ${\chi}^2$=0.8560, P=0.3549). Conclusions: These findings suggest that the c.4125A>C polymorphism of the MDR1 gene might contribute to susceptibility to HCC in the Chinese population. Further work will be necessary to clarify the relationship between the c.4125A>C polymorphism and susceptibility to HCC on larger populations of diverse ethnicity.
Liver cancer, particularly hepatocellular carcinoma (HCC), poses a significant global threat to human lives. To advance the development of innovative diagnostic and treatment approaches, it is essential to examine the hidden features of HCC, particularly its 3D genome architecture, which is not well understood. In this study, we investigated the 3D genome organization of four HCC cell lines-Hep3B, Huh1, Huh7, and SNU449-using in situ Hi-C and assay for transposase-accessible chromatin sequencing. Our findings revealed that HCC cell lines had more long-range interactions, both intra-and interchromosomal, compared to human mammary epithelial cells (HMECs). Unexpectedly, HCC cell lines displayed cell line-specific compartmental modifications at the megabase (Mb) scale, which could potentially be leveraged in determining HCC subtypes. At the sub-Mb scale, we observed decreases in intra-TAD (topologically associated domain) interactions and chromatin loops in HCC cell lines compared to HMECs. Lastly, we discovered a correlation between gene expression and the 3D chromatin architecture of SLC8A1, which encodes a sodium-calcium antiporter whose modulation is known to induce apoptosis by comparison between HCC cell lines and HMECs. Our findings suggest that HCC cell lines have a distinct 3D genome organization that is different from those of normal and other cancer cells based on the analysis of compartments, TADs, and chromatin loops. Overall, we take this as evidence that genome organization plays a crucial role in cancer phenotype determination. Further exploration of epigenetics in HCC will help us to better understand specific gene regulation mechanisms and uncover novel targets for cancer treatment.
Aim: XRCC1 and XPD are two major repair genes involved in nucleotide excision repair (NER), which is reported to be associated with risk of several cancers. We explored the association of XRCC1 and XPD polymorphisms with the risk of HCC. Methods: A total of 410 cases with HCC and 410 health controls were collected. XRCC1 Arg194Trp, XRCC1 Arg399Gln, XPD Lys751Gln and XPD Asp312Asn genotyping was performed by duplex polymerase-chain-reaction with the confronting-two-pair primer (PCR-CTPP) method. Results: XRCC1 194Trp/Trp was strongly significantly associated with an increased risk of HCC cancer when compared with the wide-type genotype (OR=2.26, 95% CI=(1.23-5.38). Individuals carrying the XRCC1 399Gln/Gln showed increased risk of HCC (OR=1.74, 95%CI=1.06-2.74). The XPD 751Gln/Gln and Gln allele genotype were associated with strong elevated susceptibility to HCC (OR=3.51 and 1.42, respectively). Conclusion: These results suggest that polymorphisms in XRCC1 and XPD may have functional significance in risk of HCC.
Kim, Kyoung-Yeon;Lee, Seung-Ku;Kim, Min-Ho;Cheong, Jae-Youn;Cho, Sung-Won;Yang, Kap-Seok;Kwack, Kyu-Bum
Genomics & Informatics
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v.6
no.4
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pp.192-201
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2008
Erythropoietin-producing human hepatocellular carcinoma receptor B1 (EPHB1) is a member of the Eph family of receptor tyrosine kinases that mediate vascular system development. Eph receptor overexpression has been observed in various cancers and is related to the malignant transformation, metastasis, and differentiation of cancers, including hepatocellular carcinoma (HCC). Eph receptors regulate cell migration and attachment to the extracellular matrix by modulating integrin activity. EphrinB1, the ligand of EPHB1, has been shown to regulate HCC carcinogenesis. Here, we sought to determine whether EPHB1 polymorphisms are associated with hepatitis B virus (HBV)-infected liver diseases, including chronic liver disease (CLD) and HCC. We genotyped 26 EPHB1 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 399 Korean CLD, HCC, and LD (CLD+HCC) cases and seroconverted controls (HBV clearance, CLE) using the GoldenGate assay. Two SNPs (rs6793828 and rs11717042) and 1 haplotype that were composed of these SNPs were associated with an increased risk for CLD, HCC, and LD (CLD+HCC) compared with CLE. Haplotypes that could be associated with HBV-infected liver diseases by affecting downstream signaling were located in the Eph tyrosine kinase domain of EPHB1. Therefore, we suggest that EPHB1 SNPs, haplotypes, and diplotypes may be genetic markers for the progression of HBV-associated acute hepatitis to CLD and HCC.
Background: The aim of this study was to evaluate any association between a single nucleotide polymorphism (SNP) in the patatin-like phospholipase domain containing 3 (PNPLA3) (rs738409, C>G) and the development and prognosis in patients with hepatocellular carcinoma (HCC). Materials and Methods: Two hundred heathy controls and 388 HCC cases were included: 211 with HBV, 98 patients with HCV, 29 with alcoholic steatohepatitis (ASH) and 52 with non-alcoholic steatohepatitis (NASH). The SNP was determined by real-time PCR based on TaqMan assays. Results: The prevalence of rs738409 genotypes CC, CG and GG in controls was 91 (45.5%), 88 (44.0%), and 21 (10.5%), respectively, while the corresponding genotypes in all patients with HCC was 158 (40.7%), 178 (45.9%), and 52 (13.4%). The GG genotype had significantly higher distribution in patients with ASH/NASH-related HCC compared with controls (OR=2.34, 95% CI=1.16-4.71, P=0.018), and viral-related HCC cases (OR=2.15, 95% CI=1.13-4.08, P=0.020). However, the frequency of the GG genotype was similar between controls and patients with viral-related HCC. At initial diagnosis, HBV-related HCC were larger and at more advanced BCLC stage than the other HCC groups. There were no significant differences between the GG and non-GG groups regarding clinical characteristics, tumor stage and overall survival. Conclusions: These data suggest an influence of the PNPLA3 polymorphism on the occurrence of HCC in patients with ASH/NASH but not among those with chronic viral hepatitis. However, the polymorphism was not associated with the prognosis of HCC.
Background: S100A14 has recently been implicated in the progress of several types of cancers. This study aimed to investigate the clinical significance and possible mechanisms of action of S100A14 in the invasion and metastasis of hepatocellular carcinoma (HCC). Methods: S100A14 expression in HCC was detected at mRNA and protein levels and its prognostic significance was assessed. Functional roles of S100A14 in HCC were investigated using MTT, BrdU, wound healing, transwell invasion assay and HCC metastatic mouse model. Results: S100A14 was significantly elevated in HCC tissues, correlated with multiple tumor nodes, high Edmondson-Steiner grade and vascular invasion. Multivariate Cox analysis showed that the S100A14 expression level was a significant and independent prognostic factor for overall survival (OS) of HCC patients (hazard ratio=1.98, 95% confidence interval=1.14-3.46, P=0.013). S100A14 promoted cell proliferation, invasion and metastasis of HCC in vitro and in vivo. Conclusion: These results suggest S100A14 is a novel prognostic marker and therapeutic target for HCC.
Park, Se-Keun;Ji, Jun-Gu;Jang, Hee Jung;Kim, Yeong-Kwan;Oh, Young-Sook;Choi, Sung-Chan
Korean Journal of Microbiology
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v.51
no.1
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pp.7-13
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2015
Hydrotrope-combined copper (HCC) is a copper ($Cu^{2+}$)-based algicide, which is combined with a hydrotrope that keeps copper ion in solution to improve performance. This study assessed the growth inhibition effect of HCC against Microcystis aeruginosa which is one of the most common toxic cyanobacterium in eutrophic freshwater environment. Various HCC doses, ranging from 5.5 to $550{\mu}g/L$ as $Cu^{2+}$, were applied to either BG-11 or 1/4 diluted medium with low- or high-inoculum density of M. aeruginosa. Growth inhibition was monitored based on a decrease in chlorophyll-a content in culture medium during the incubation. Results showed that HCC significantly inhibited the growth of M. aeruginosa in a dose-dependent manner. In case of 1/4 diluted BG-11 medium, HCC dose as low as $5.5{\mu}g$$Cu^{2+}/L$ completely inhibited the production of chlorophyll-a by M. aeruginosa. It was found that HCC did not induce any significant release of microcystin-LR from M. aeruginosa. Acute toxicity of HCC was tested using Daphnia magna, and the 24-h $EC_{50}$ value was 0.30 mg/L as $Cu^{2+}$ which was much higher than the actual inhibition dose. Ames test was performed using Salmonella enterica serovar Typhimurium TA100, and HCC showed no increase in the number of revertant colonies. The result suggested that HCC does not have any mutagenic potential in the aquatic environment. In addition, no genotoxic effect of HCC was also confirmed based on the SOS ChromoTest using Escherichia coli PQ37. Therefore, HCC could be used as a relatively safe and effective pre- and post-treatment agent to control hazardous algal blooming in aquatic environments.
Al-Kubaisy, Waqar Abd Al Qahar;Obaid, Kadhim Jawad;Noor, Nor Aini Mohd;Ibrahim, Nik Shamsidah Binti Nik;Al-Azawi, Ahmed Albu-Kareem
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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v.15
no.18
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pp.7725-7730
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2014
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the third most common cause for cancer death in the world, now being especially linked to chronic hepatitis C virus (HCV) infection. This case-control study consisting of 65 HCC patients and 82 patients with other malignant tumours as controls was conducted to determine the association of HCV markers with HCC. Serum of each participant was obtained for detection of HCV Ab and RNA by DNA enzyme immunoassay (DEIA). Twenty six per cent (26.0%) of HCC patients had positive anti-HCV which was significantly greater than the control group (p=0.001). HCC patients significantly have a risk of exposure to HCV infection almost 3 times than the control group (OR=2.87, 95% C.I=1.1-7). Anti-HCV seropositive rate was significantly (p=0.03) higher among old age HCC patients and increases with age. Males with HCC significantly showed to have more than 9 times risk of exposure to HCV infection (OR=9.375, 95 % CI=1.299-67.647) than females. HCV-RNA seropositive rate was (70.8%) significantly higher among HCC patients compared to (22.2%) the control group (p=0.019). The most prevalent genotype (as a single or mixed pattern of infection) was HCV-1b. This study detected a significantly higher HCV seropositive rate of antibodies and RNA in HCC patients.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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