• 제목/요약/키워드: H1N1

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Comparative Study of the Nucleotide Bias Between the Novel H1N1 and H5N1 Subtypes of Influenza A Viruses Using Bioinformatics Techniques

  • Ahn, In-Sung;Son, Hyeon-Seok
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제20권1호
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    • pp.63-70
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    • 2010
  • Novel influenza A (H1N1) is a newly emerged flu virus that was first detected in April 2009. Unlike the avian influenza (H5N1), this virus has been known to be able to spread from human to human directly. Although it is uncertain how severe this novel H1N1 virus will be in terms of human illness, the illness may be more widespread because most people will not have immunity to it. In this study, we compared the codon usage bias between the novel H1N1 influenza A viruses and other viruses such as H1N1 and H5N1 subtypes to investigate the genomic patterns of novel influenza A (H1N1). Totally, 1,675 nucleotide sequences of the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of influenza A virus, including H1N1 and H5N1 subtypes occurring from 2004 to 2009, were used. As a result, we found that the novel H1N1 influenza A viruses showed the most close correlations with the swine-origin H1N1 subtypes than other H1N1 viruses, in the result from not only the analysis of nucleotide compositions, but also the phylogenetic analysis. Although the genetic sequences of novel H1N1 subtypes were not exactly the same as the other H1N1 subtypes, the HA and NA genes of novel H1N1s showed very similar codon usage patterns with other H1N1 subtypes, especially with the swine-origin H1N1 influenza A viruses. Our findings strongly suggested that those novel H1N1 viruses seemed to be originated from the swine-host H1N1 viruses in terms of the codon usage patterns.

생명정보학 기반 H5N1에 특이적인 진단키트 개발을 위한 epitope 선별 (Selection of epitope for development of H5N1 specific diagnostic kit based on bioinformatics)

  • 이인성;김학용
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2014년도 추계 종합학술대회 논문집
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    • pp.57-58
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    • 2014
  • 인플루엔자 A 바이러스의 아형인 H5N1은 고병원성으로 조류 독감을 일으킨다. H5N1 바이러스는 원래 조류끼리만 감염되는 독감이고, 사람에게는 전염되지 않는다고 알려져 있었으나, 2003년에 베트남과 중국을 시작으로 현재까지 168명의 사망자가 기록되고 있다. 그러나 현재 시판되고 있는 진단키트(Rapid diagnostic kits)들은 H5N1 에 특이적인 것이 아니라 influenza A virus 모두를 진단한다. 따라서 influenza 감염여부는 확인 할 수 있지만, 이것이 H5N1 인지는 확인 할 수가 없다. H5N1은 전염성이 강하기 때문에 빠르게 진단하여 감염조류를 살 처분 하여야 더 많은 경제적 손실을 줄일 수 있다. 따라서 H5N1 에만 특이적인 epitope를 네트워크 기반으로 예측하여 진단제에 응용할 수 있도록 하고자 한다. 각 서열 정보는 Openflu (http://openflu. vital-it.ch/browse.php)에서 얻었다. H5N1은 H1N1에서 유래되었기 때문에 두 subtype의 차이점을 알아보고자 TCOFFEE에서 multiple sequence alignment를 수행한 결과 N-terminal 부분이 상이하였다. 상이한 H5N1의 N-terminal 부분이 H5N1 virus에 감염된 모든 host에서 존재하는지 알아보기 위해 host가 사람인 경우와 조류인 경우를 TCOFFEE에서 alignment 하였다. 그 결과 H5N1의 N-terminal 부분은 사람과 조류에서 보존적이었다. 따라서 H5N1의 N-terminal이 다른 subtype과 유사하지 않고 H5에만 특이적이기 때문에 진단키트 제작을 위한 epitope로 사용할 수 있을 것으로 기대된다.

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경북지역 돼지인플루엔자 바이러스(H1N1, H3N2) 항체조사 (Seroprevalence of Swine Influenza Viruses H1N1 and H3N2 in Gyeongbuk Province, Korea)

  • 채태철;김성국;조광현;어경연;권오덕
    • 한국임상수의학회지
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    • 제31권4호
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    • pp.293-297
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    • 2014
  • Swine influenza is an acute respiratory disease prevalent in pig-growing areas worldwide. In total, 518 gilt and sow serum samples and 14 litters (66 samples) of aborted fetuses from 37 farms (average of 14 serum samples per farm) in Gyeongbuk Province were collected between September 2010 and May 2011. All samples were examined for antibodies to swine influenza virus (SIV) H1N1 and H3N2 using enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). The seropositive rates of gilt and sows were 59.8% (310/518) for SIV H1N1, 78.8% (408/518) for H3N2, and 55.6% (288/518) for both subtypes tested. The rate of aborted fetuses was 13.6% (9/66) for H1N1, 9.1% (6/66) for H3N2, and 9.1% for both subtypes. The seroprevalence for H1N1 in gilts and sows was 46.6% (69/148) and 65.1% (241/370), respectively, and that for H3N2 was 78.4% (116/148) and 78.9% (292/370), respectively.

Strong Higher Derivations on Ultraprime Banach Algebras

  • Lee, Young-Whan;Park, Kyoo-Hong
    • 충청수학회지
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    • 제7권1호
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    • pp.117-122
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    • 1994
  • In this paper we show that if {$H_n$} is a continuous strong higher derivation of order n on an ultraprime Banach algebra with a constant c, then $c||H_1||^2{\leq}4||H_2||$ and for each $1{\leq}l$ < n $$c^2||H_1||\;||H_{n-l}{\leq}6||H_n||+\frac{3}{2}\sum_{\array{i+j+k=n\\i,j,k{\geq}1}}||H_i||\;||H_j||\;||H_k||+\frac{3}{2}\sum_{\array{i+k=n\\i{\neq}l,\;n-1}}||H_i||\;||H_k|| $$ and for a strong higher derivation {$H_n$} of order n on a prime ring A we also show that if [$H_n$(x),x]=0 for all $x{\in}A$ and for every $n{\geq}1$, then A is commutative or $H_n=0$ for every $n{\geq}1$.

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소아암 환자에서 2009 대유행 인플루엔자 A(H1N1) 감염의 임상적 고찰 및 계절 인플루엔자와의 비교 분석 (2009 Pandemic Influenza A(H1N1) Infections in the Pediatric Cancer Patients and Comparative Analysis with Seasonal Influenza)

  • 최수한;유건희;안강모;성기웅;구홍회;김예진
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제19권2호
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    • pp.61-70
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    • 2012
  • 목적: 본 연구는 단일 기관에서 소아암 환자의 2009 인플루엔자 A(H1N1) [A(H1N1)pdm09] 감염 양상을 조사하고 이전의 계절 인플루엔자 감염과 비교 분석하고자 하였다. 방법: 삼성서울병원에서 2009년 8월부터 2010년 2월까지 A(H1N1)pdm09 감염, 2000년 1월부터 2009년 5월까지 계절 인플루엔자 A 감염이 확진된 소아암 환자의 의무기록을 후향적으로 분석하였다. 결과: 82명의 소아암 환자에서 A(H1N1)pdm09 감염이 확진되었다. 10명(12.2%)의 환자에서 하기도 감염증 또는 호흡기 외 감염이 발생하였다. 3명(3.7%)의 환자가 사망하였고 그 중 2명은 A(H1N1)pdm09 기여 사망이었다. 합병된 감염증과 관련하여 유의성을 가지는 위험인자는 감염의 시점(2009년 44-45주)과 병원 내 감염이었다. 이전의 계절 인플루엔자 A 감염과 비교하였을 때 임상적 특성에는 유의한 차이가 없었으나 A(H1N1) pdm09 감염에서 적극적인 항바이러스제 치료가 시행되었다. 결론: 소아암 환자에서 A(H1N1)pdm 감염은 경증부터 중증까지 다양한 임상 경과를 보였으며 이전의 계절 인플루엔자와 비교했을 때 임상 양상의 유의한 차이는 없었다.

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경남지역 내 돼지에서의 swine influenza virus (H1N1, H3N2) 감염률 조사 (Seroprevalence survey of swine influenza virus (H1N1, H3N2) in pigs in Gyeongnam area)

  • 장은희;하도윤;박동엽;이국천;허정호
    • 한국동물위생학회지
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    • 제34권3호
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    • pp.195-200
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    • 2011
  • Swine influenza is an acute respiratory disease prevalent in pig-growing areas all around the world and plays the roles of an intermediate host to be transmitted to mammals including human beings through a genetic recombination with the avian influenza virus. Recognizing that people could be contracted with swine influenza, this study set out to investigate the seroprevalence of individual and multiple infections with two subtypes (H1N1 and H3N2) of the swine influenza virus in pig farms in the Gyeongnam region according to age, area, and season, as well as to provide basic data for the prevention and control of swine influenza. Used in the study were total 904 swine sera that were not vaccinated against the influenza gathered from the pig farms in the Gyeongnam region from November, 2009 to October, 2010. HerdChek SIV (H1N1, H3N2) ELISA kit (IDEXX Laboratories, USA) was used for antibody testing against swine influenza. The test results show that 370 sera (40.9%) were infected with either H1N1 or H3N2 with 37.3% (337 sera) being contracted with H1N1, 13.1% (118 sera) with H3N2, and 9.4% (85) with both H1N1 and H3N2.

2019년 국내에서 분리한 H1N2 돼지 인플루엔자바이러스 유전자 분석 및 이의 마우스에 대한 감염성 (Genetic Analysis of the 2019 Swine H1N2 Influenza Virus Isolated in Korean Pigs and Its Infectivity in Mice)

  • 장윤영;서상희
    • 생명과학회지
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    • 제30권9호
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    • pp.749-762
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    • 2020
  • 돼지인플루엔자는 동물에서 사람에게 감염할 수 있는 인수공통전염병이다. 우리는 2019년 한국 돼지농장에서 호흡기 증상을 보이는 돼지에서 3주의 H1N2형 인플루엔자바이러스를 분리하였다. 유전자 분석결과, 이들 바이러스의 8개 유전자 중 PA 및 NP 유전자는 2009 대유행 H1N1 인플루엔자 유래였고, 나머지 유전자는 돼지에 유행하는 H3N2 및 H1N2 인플루엔자 유래 유전자를 가진 재조합 바이러스 이었다. 분리된 H1N2 바이러스를 마우스에 접종한 결과, 마우스는 17% 정도 체중이 감소하였고, 염증 세포들이 침윤한 간질성 폐렴 증상을 보였다.

신종플루 바이러스를 통한 인플루엔자 바이러스의 해석 및 전망 (Interpretation and Prospection of Influenza Virus through Swine-origin Influenza Virus)

  • 장경수
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.1-15
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    • 2010
  • Swine influenza virus (SIV) or swine-origin influenza virus (S-OIV) is endemic in swine, and classified into influenza A and influenza C but not influenza B. Swine influenza A includes H1N1, H1N2, H3N1, H3N2 and H2N3 subtypes. Infection of SIV occurs in only swine and that of S-OIV is rare in human. What human can be infected with S-OIV is called as zoonotic swine flu. Pandemic 2009 swine influenza H1N1 virus (2009 H1N1) was emerged in Mexico, America and Canada and spread worldwide. The triple-reassortant H1N1 resulting from antigenic drift was contained with HA, NA and PB1 of human or swine influenza virus, PB2 and PA polymerase of avian influenza virus, and M, NP and NS of swine influenza virus, The 2009 H1N1 enables to transmit to human and swine. The symptoms and signs in human infected with 2009 H1N1 virus are fever, cough and sore throat, pneumonia as well as diarrhea and vomiting. Co-infection with other viruses and bacteria such as Streptococcus pneumoniae can occur high mortality in high-risk population. 2009 H1N1 virus was easily differentiated from seasonal flu by real time RT-PCR which contributed rapid and confirmed diagnosis. The 2009 H1N1 virus was treated with NA inhibitors such as oseltamivir (Tamiflu) and zanamivir (Relenza) but not with adamantanes such as amantadine and rimantadine. Evolution of influenza virus has continued in various hosts. Development of a more effective vaccine against influenza prototypes is needed to protect new influenza infection such as H5 and H7 subtypes to infect to multi-organ and cause high pathogenicity.

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매우 치사율이 높은 H5Nl 독감바이러스에 대한 킬러 T임파구 반응에 대한 연구

  • 서상희
    • 한국가금학회:학술대회논문집
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    • 한국가금학회 2002년도 가을 학술발표논문집
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    • pp.59-63
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    • 2002
  • 1997년 홍콩 가금시장에서의 H5N1 조류독감바이러스의 발병은 18명의 감염된 사람 중에서 6명의 사람의 생명을 앗아갔다. 이 사건은 조류독감바이러스가 매개체를 통하지 않고 닭에서 바로 사람에게 감염한 처음 있는 사건이다. 홍콩가금시장에서의 역학조사는 H5Nl과 H9N2 조류독감바이러스가 함께 공존한다는 것을 밝혔다. 가금에서는 H5N1과 H9N2 조류독감바이러스가 검출되었다. 우리는 H5N1 조류독감바이러스로부터 자을 방어하는데 H9N2 조류독감바이러스의 역할에 대해 연구했다. H5N1과 H9N2 바이러스의 혼합바이러스를 동시에 자에 접종하면 자은 생존하지 못했다. 그러나, H5N1 조류 독감바이러스감염 이전에 H9N2 조류독감바이러스를 감염한 닭들은 생존할 수 있었다 H9N2 조류 독감바이러스로 감염된 닭으로부터 얻어진 혈청은 H5N1 조류독감바이러스와 교차반응을 일으키지 않는다. H9N2 조류독감바이러스로 감염시킨 닭으로부터 얻어진 T임파구 또는 CD8 T임파구를 감염하지 않은 닭에 주입할 때 닭은 H5N1 조류독감바이러스로부터 생존할 수 있었다. 실험실외 킬러임파구실험은 H9N2 조류독감바이러스로 감염된 닭으로부터 얻어진 T임파구는 H5N1과 H9N2 조류독감바이러스로 감염된 목표세포를 동시에 감지했다. 게다가, 생체내 T임파구의 제거실험은 교차보호면역은 a/b TCR를 가진 CD8 T임파구가 중요한 역할을 하며, a/b TCR (Vbl)형의 T임파구가 목표세포를 감지한다는 것을 증명했다. H9N2 조류독감바이러스에 의한 방어면역은 시간이 지남에 따라 감소를 했고, 감염 100일까지 방어력을 나타냈다. 1997년 조류독감바이러스인 H5N1의 홍콩에서의 발병에 대한 풀리지 않은 것 중의 하나는 약 20%의 조류들이 매우 치사율이 높은 H5N1 독감바이러스를 가지고 있음에도 홍콩가금시장에서의 대부분의 닭들은 건강했다. 얻을 수 있는 정보에 따르면 대부분의 자들은 H5N1조류독감바이러스를 변으로 방출했고, 단지 두 곳의 가금시장에 있는 자들이 질병증상을 보였다. 홍콩가금시장에서 분리된 모든 H5N1 조류독감바이러스를 닭에 감염하면 100%의 치사율을 나타낸다. 바이러스 측면에서의 연구에 따르면, H9N2 조류독감바이러스는 홍콩가금시장에서 두 번째로 많이 분리되었다. H9N2 조류독감바이러스에 대한 연구에 따르면 세 가지 형이 홍콩가금시장에서 검출되었다. 1997년에 가장 많이 분리된 H9N2 조류독감바이러스는 PB1과 PB2가 A/Chicken/HongKong /156/97 (H5N1)과 유전적으로 유사한 A/HongKong/G9/97 (H9N2)형이다. A/Chicken/Hong Kong/156/97(H5N1)의 나머지 유전자는 A/Chicken/HongKong/739/94 (H9N2)와 A/chicken /Hong Kong/G23/97의 유전자와 비슷하다. 하나의 A/Quail/Hong Kong/G1/97은 Quail에서 분리되었고, 두 개의 A/Duck/Hong Kong/Y280/97 (H9N2)은 오리에서 분리되었다. A/Quail/Hong Kong/G1/97 (H9N2)의 6개의 내부유전자는 A/HongKon9/156/97 (H5N1)에 유사하나, A/Duck/ Hongkong/Y280/97 (H9N2)의 유전자는 A/HongKong/156/97 (H5N1)과 유사하지 않다. 킬러임파구는 바이러스로 감염된 목표세포를 MHC에 의존하여 파괴한다. 독감바이러스 특이 킬러임파구는 독감바이러스로 감염된 mice의 폐로부터 독감바이러스를 제거하는데 중요하다고 알려져 있다. 독감바이러스의 HA단백질은 특이 킬러임파구의 주요 목표항원 단백질이 아니다. 내부단백질인 nucleoprotein, polymerase (PB1 PB2, PA), Matrix protein, 그리고 비 구조단백질인 NS1에 대한 특이 킬러임파구의 반응이 사람과 mice에서 보고되었다. 독감바이러스에 대한 mice의 킬러임파구의 인식영역은 제한되어 있다고 알려져 있다. 많은 mice MHC 1은 독감바이러스 단백질의 킬러임파구의 epitope를 표현하지 못한다. 사람 기억킬러임파구는 다양한 종류의 독감바이러스의 단백질을 인식한다고 알려져 있다. 지금까지, 닭에서의 독감바이러스의 킬러임파구에 대한 연구는 되지 않았다.

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국내의 돼지 인플루엔자 바이러스(H1N1, H3N2)의 혈청학적 조사 (Sero-prevalence of swine influenza virus (H1N1, H3N2) In Korea)

  • 윤재순;박봉균;한정희
    • 대한수의학회지
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    • 제47권3호
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    • pp.273-279
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    • 2007
  • Swine influenza is an acute, infectious respiratory disease caused by type A influenza viruses in pigs. In the previous studies, serological surveys have indicated the presence of H3N2 swine influenza virus (SIV) since 1995 in Korea. And the percentage of the antibody-positive rate was 39.12% in the survey determining the prevalence of H1N1 SIV antibodies in 2002. The purpose of this study was therefore to investigate the sero-prevalence of SIV regard to the age of the pig and the season between June 2004 and May 2005. In this study, a total of 932 sera were used. These sera were randomly selected from blood samples, which were submitted to Department of Veterinary Pathology, Kangwon National University and Department of Veterinary Virology, Seoul National University from June 2004 to May 2005. These sera have been tested by ELISA test kit (IDEXX Lab, USA) for the SIV H3N2, H1N1 respectively. SAS version 9.1 was used for the statistical analysis based on the age of the pig and the season. The overall sero-prevalence of the antibody against H3N2 SIV was 20.82% (194/932). The overall sero-prevalence of the antibody against H1N1 SIV was 37.23% (347/932). The overall dual sero-prevalence of the antibody against H3N2 and H1N1 SIV was 10.62% (99/932). H3N2 has significant difference in statistically regarding the age of the pig and the season (p<0.0001). H1N1 has significant difference in statistically regarding the age of the pig (p<0.0001) but has not significant difference in statistically regarding the season (p=0.5882).