곤포사일리지에 발생하는 곰팡이를 분류 동정하기 위하여 2009년부터 2011년까지 253개의 오염된 곤포사일리지를 채집하였다. 이탈리안라이그라스 수단 그라스, 호밀, 옥수수, 보리와 귀리에서 분리한 총 253 목초 샘플을 분석했다. 채집된 곤포사일리지에서 총 270균주를 순수 분리하였고, 분리된 곰팡이의 형태와 rDNA sequence를 분석하여 분류 동정하였다. 분리한 곰팡이를 형태를 기준으로 분류 동정 한 결과 Rhizopus sp., Fusarium spp., Coprinus sp., Blastomyces sp., Aureobasidium sp., Polypaecilum sp., Botryoderma sp., Mucor sp., Scytalidium sp., Sphaeropsis sp., Aspergillus spp., Trichocladium sp., Humicola sp., Staphylotrichum sp., Periconia sp., Verticillium sp., Diplococcium sp., Penicillium spp., Trichoderma spp. 등 19종의 곰팡이가 분리 동정되었다. 한편, 사일리지에서 분리한 곰팡이의 염기서열을 분석한 결과 Acremonium strictum, Asperillus tubingensis, Bionectria ochroleuca Dipodascaceae sp., Fusarium proliferatum, Fusarium oxysporum, Fusrium solani, Gelasinospora reticulata, Gibberella monliliformis, Gibberella zeae, Nectria mauritiicola, Penicillium paneum, Pseudallecheria boydii, Schizaphyllum commune, Scoplariopsis brevicaulis, SimpliciIlium lamellicola로 분류 동정되었다. PenicIlliwn sp.와 Trichoderma sp.는 각각 74와 64균주가 분리되어 가장 많이 분리 동정되었고, Humicola sp., Aspergillus sp., Coprinus sp., Fusarium spp.도 10~30 균주가 분리 동정되었다. 곤포 사일리지에서의 대부분의 곰팡이는 한 종 이상의 곰팡이가 복합적으로 오염되었다.